海軍罪案調查處

空軍一號上的一名海軍上尉在和總統共進晚餐之後突然中毒身亡。海軍罪案調查處（NCIS）的Gibbs奉命來調查死因，和特勤處總統的保鏢Kate合作。FBI、CIA等機構在空軍一號上各執一詞，混亂不堪，Gibbs帶着他的得力助手Tony、Ducky醫生趁亂搶得先機，開始全面調查。在調查過程中發現，根本不會兇手有機會在總統的食物裏下毒，所以死去的上尉很可能早就中了毒。正當事情一籌莫展，大家互相猜疑的時候，又有一名海軍上尉在自己的車裏死去，他還有一個身份是Kate的男友……

因為違反規定和自己的同事約會，Kate從特勤處辭職，Gibbs將其招募到了海軍罪案調查處。一名海軍陸戰隊士兵的屍體突然從天而降，穿透了一輛越野車的車頂。Gibbs帶着部下來到現場，發現這個死去的士兵的降落傘拉繩被人燒斷了，兇手很可能是他一起跳傘的戰友，他們沒收了傘兵的降落傘包，能夠在跳傘前接觸到這些傘包的一共有三個人，Tony奉命和傘兵一起跳傘……

一輛無人駕駛的快艇衝上了邁阿密海灘，一羣正在野營的人被衝散，一名海軍軍官的屍體被發現。Gibbs帶着Kate和Tony來到現場，發現現場已經被破壞，而在不遠處還有另一具屍體，身上攜帶着整整一包假鈔。經過調查發現和國際販毒集團有關，可是隨着調查的深入，發現這只是障眼法，真正的目標是供電塔……

一夥潛水的年輕人在珊瑚礁附近發現了一具穿戴整齊的海軍屍體，他的腰上綴着沉重的鐵快。屍體很快得到確認，是個十九歲的新兵，在一艘從波多黎各開來的軍艦上服役。Gibbs帶着Kate和Tony來到軍艦調查，得知船員間盛行玩網上殺人遊戲，Abby得到代碼進入這個遊戲，得到了這個新兵的網絡日記，而託尼在波多黎各的調查發現了更大的秘密，械鬥已經從虛擬走進現實，這個新兵混淆了現實和虛擬的界限……

一個獵人在馬里蘭的國家公園打獵，發現了一個廢棄的彈殼，裏面有一具已經成了木乃伊的海軍中尉。經過調查，這個名叫休斯的中尉是個捲走120萬海軍軍費的不名譽的嫌疑犯，但是她的妻子不相信，他們的女兒也因為父親的醜聞得不到大學基金。當時指認休斯的兩個同伴一個回到了墨西哥，一箇中了獎捲成了富婆，可是當時的審訊充滿了疑點，休斯在失蹤的那個時間正在給醫院裏的妻子打電話……

一個海軍士兵休假期間在酒吧發狂，海軍懷疑他吸毒可是沒有任何證據，接着在他服役的羅斯福航空母艦上又陸續發生海軍發狂事件，Gibbs受以前的下屬斯坦邀請前來調查，Tony面對Gibbs對斯坦的欣賞很是嫉妒。Kate和Tony在航空母艦上總是迷路，艦上的監視錄像和海員的行為也沒有任何異常，直到在士兵牀位懸梯上發現了咖啡因粉末，士兵們都隨身攜帶咖啡因膠囊，為什麼灑的到處都是？而船員發狂的跡象是安非他明中毒……

一具海軍屍體在鹽酸桶裏被泡得面目全非，唯一的身份識別是他身上一所潛水艇標誌的文身，可是那艘潛水艇上並沒有人員失蹤。Gibbs懷疑有人冒名頂替，他帶着Kate進了潛艇，Tony必須和新來的海軍基地菜鳥探員McGee合作。潛艇裏的調查越來越清晰，Tony和McGee闖進了嫌疑人的房子，種種跡象表明，極端保護鯨魚的綠色組織打算在潛艇裏釋放神經氣體沙林氣。嫌疑人自殺了，潛艇的危險似乎解除了……

一名古巴關塔那摩基地的軍官死在駕駛途中，死因是吞進肚子裏的綠寶石穿透了腸胃，這些綠寶石經過鑑定產自阿富汗……Gibbs一行來到關塔那摩尋找線索，駐地的特別探員卡西蒂非常引人注目，她實際上是死去的軍官賽義德的秘密女友。卡西蒂對自己的嫌疑犯身份非常憤怒，極力洗脱嫌疑。原來她在不知情的情況下被人利用，因為有殺手要潛入基地，他的目標是關在裏面的——本·拉登的侄子……

兩名在南美的海軍上尉因公殉職，死因成了軍事機密。在葬禮的進行過程中，其中之一吉姆的妻子接到了吉姆的電話，聲稱自己還沒有死……兩位軍官的上司沃爾什上校找到Gibbs，上司聲稱兩位軍官是因為嫖妓風波被當地人用甲醇毒死的，為了名譽不能公開死因。當Gibbs再次找這位上校時，發現他是一個冒名頂替者。吉姆再次打電話來聲稱自己沒有死，經過批准Gibbs開棺驗屍，裏面確實躺着吉姆，可是他只死了兩天，而且是活生生被防腐處理的……

一位失去記憶的女士攔住一輛疾馳的車，聲稱自己的是被活埋的，她只記得一顆炸彈將要炸燬一艘海軍艦艇。在活埋的地點，Gibbs找到了一枚旅館鑰匙，上面隱藏着微小的號碼，而這種隱形刻字技術通常只用來標記鑽石。病人的記漸漸恢復，她是一位在德國公司的炸彈專家，名叫蘇珊。沒有什麼恐怖事件，僅僅是讓人心碎的感情故事，蘇珊被和自己有婚外情的上司活埋。蘇珊決定用自己的方式報仇……

新來的海軍技術員在用衞星監測系統偷看在海灘上的美女時，意外的目睹了一起謀殺。死者是一位分管邊防觀測的上校，他剛研發了一種觀測槍，只製作了一個原型，在他死亡的同時原型也不翼而飛。嫌疑最大的是上校的研發中心主管和自己的婚外戀情人。Abby找到了自己在衞星觀測中心的朋友，他們開始對嫌疑人進行追蹤……

一個流浪漢在翻找垃圾桶時意外發現一條人腿，上面的紋身番號證明死者是個海軍。通過紋身查到這名22歲名叫當姆年輕人的死因竟然是心肌梗塞！Kate和Tony來到登記當姆死亡的小鎮，小鎮年老的女醫生湯瑪斯把當姆死亡的過程説得滴水不漏。Gibbs查到了當姆的死亡保險受益人——他的姐姐，卻發現兩個人有着超越姐弟的關係。當姆的姐姐作為最大的嫌疑人接受調查，卻在她家衣櫃裏意外發現了湯瑪斯醫生……

海軍招募辦公室的一名軍曹被狙擊手射殺，殺手從幾百米外的的牆上拿掉一塊兒磚做瞄準點，手段非常高明。調查工作完全沒有頭緒，軍曹沒有任何敵人，在這時FBI又來橫插一腳。Gibbs決定自己假扮軍曹招募新丁，引誘殺手出現。殺手終於出現了，他射出了子彈，但是被防彈玻璃隔住了……

在格雷斯郡，一名海軍上校在路邊被殺害，錢物衣服都被洗劫一空，Gibbs必須和當地強悍的女治安官合作，可是這名治安官更大的興趣是追求Gibbs。殺人現場的跡象表明，兇手是一名女性。陸續又有男性受害者出現，殺人手法相同，又一個連環殺手出現了。海軍上校的妻子正在和他打離婚官司，而上校的女上司涉嫌對他性騷擾，她倆成為最大的嫌疑犯，可是在她們被監控後，出乎意料的兇手出現了……

Gibbs軍中的老上司瑞恩涉嫌在伊拉克搶劫300萬軍費，機場監控顯示他偷偷回國了。Gibbs一行人來到瑞恩躲藏的小屋。裏面只有一個已經中彈死去的人和將要爆炸的炸彈……瑞恩約Gibbs酒吧會面，上校告訴Gibbs自己是被冤枉的。Fornell前來調查處興師問罪，Kate和Tony覺得Gibbs有什麼事瞞着他們。

一具屍體被送進達克的解剖室，當屍袋被拉開時，裏面卻是個持槍的活人。恐怖分子找到了同夥的屍體，脅迫Ducky讓Abby把證物送還解剖室，Abby正受到屍體恐懼症的影響，Kate幫Abby將證物送到解剖室，Ducky醫生機智的回答讓Kate知道了發生了意外，但恐怖分子卻先發制人制住了Kate。

死去的海軍上士從夜總會的廁所屋頂墜落，放跑了恐怖分子的Gibbs異常暴躁，Kate和Tony小心翼翼地跟着Gibbs來到現場。死者是軍械庫的管理員，案發當晚，他和四個好友同事在一起。Gibbs發現他們幾個早已串供。在證據和Gibbs的佈局下，四個人總算招供，可事實卻與他預想的恰恰相反。

海軍軍官科頓的妻子被殺了，雖然他自己報了案，可是仍有很大的嫌疑。Kate奉命在科頓家保護他的孩子，半夜科頓突然出現……Gibbs和Kate來到科頓的父母家，面對那個過早失去母親的孩子，Gibbs讓Kate和McGee留下保護這家人。面對所有的嫌疑犯都有不在場證明，Gibbs決定用引蛇出洞這一招……

海軍罪案調查處的克里斯探員被害，死後更慘遭剖腹，這跟他正在查一樁貪污海軍失蹤案有關，失蹤者是沃斯上校。Ducky在克里斯的身體裏發現了相機的儲存卡，儲存卡里的照片是叫阿曼達的女人。Gibbs租下了阿曼達對面的公寓追蹤沃斯上校，Tony則迅速和她開始約會。與此同時，Abby在實驗室內分析阿曼達和沃斯生物檢材時，有了驚人的發現。

亞提拉斯上士在酒吧附近失蹤，因為他是會組裝小型核武的人員，Gibbs帶隊開始搜尋。亞提拉斯上士的指揮官賽科認為他是逃兵，可是Abby對比檔案發現賽科的小隊已經失蹤3個人。Tony到酒吧探聽情況，醒來發現自己和奄奄一息的亞提拉斯一起被關在下水道里。Gibbs追蹤賽科中校來到下水道里，卻發現兇手另有其人，而這其中的故事充滿了悲哀。

一幫玩極限運動的孩子在野外樹林裏發現一具被火箭炮打爛的海軍屍體，經過調查這名軍官是軍械庫的守衞，殺死他的武器也出自軍械庫。Tony假扮卧底，在交易時卻意外發現對方是槍械管理局特工梅琳達，梅琳達正在秘密調查民兵組織槍支走私案件。Gibbs假扮軍火商和梅琳達去和秘密民兵組織交易，不料武器被查出問題，Gibbs被一槍擊中心臟。

海軍上尉簡森在演習中從懸崖摔下身亡，在事故現場，Gibbs發現了一個壞掉的登山索掛鈎。神父拉里是簡森的好友，簡森上尉生前的最後兩個電話就是打給他的，可是他有不在場證明，而且掛鈎上的嫌疑指紋是簡森的妻子的，但是更大的秘密在裏面。

Gibbs夢到了那個逃脱的恐怖分子，也夢到Kate死在停屍房了，似乎要有不好的事情發生……在McGee的努力下，恐怖分子的身份終於查明，是個叫阿里的醫學博士。此時正好是以色列總統來訪的日子，恐怖分子盯上了空軍一號。阿里將Kate綁架，Kate覺得阿里的言行很奇怪。FBI的Fornell特工找到Gibbs，告知阿里的真正身份是摩薩德的特工。

Watson上校來到辦公室，電腦傳出一個奇怪的聲音，告訴他的妻女已經被綁架，必須挪用兩百萬才能救她們，他被攝頭監視不能移動，於是偷偷求救NCIS。Kate和McGee來到上校的家裏，發現這對母女是被騙走的。Gibbs 授意Watson上校讓綁匪釋放他的女兒。女兒是個盲人，可是有超乎尋常的聽力，她聽出了綁架地點，但是綁匪顯然不是主謀……

施工隊挖出了一個隱藏的地下室，裏面有一具乾屍，身上穿着新娘的服飾……女屍是海軍中尉，經過驗屍發現已經死亡兩年。屋裏的擺設和書籍都是五十年代的風格，Gibbs率領手下調查發現，很有可能是個迷戀五十年代女性的變態殺手。很快又有新的女性失蹤者，Gibbs利用Abby從昆蟲身上得到的線索，來到一處海軍基地……

黑鷹直升機停在小村莊的神秘稻田圈上，兩名陸戰隊員失蹤了，當地村民聲稱是飛碟來訪…… McGee在樹林中發現一間被燒燬的小屋，裏面有一具被燒焦的人類屍體。Gibbs發現村民的行為越來越可疑，究竟有什麼不為人知的秘密？懷孕的少女被什麼脅迫了？

兩名海員在路邊發現一具穿着上尉軍服的女屍，Ducky醫生在檢查屍體的時發現了一個三叉戟的烙印，勾起了他的回憶，十年前一名女屍身上留有三叉戟的烙印。當時入獄的那個變態殺手剛巧在幾周前出獄就醫，Tony和McGee來到他的住處堵截，卻發現他已經死了兩週……

有個被捆綁的人醒來發現自己在了海軍的實彈演習場，儘管他努力逃跑，還是被炸身亡。Gibbs率隊來到現場調查發現不止一具屍體……Fornell突然來訪，原來死者是FBI打入黑幫的卧底，顯然有內鬼出賣了他。Fornell也遭陷害入獄，在獄中他請Gibbs要找出內鬼，誰知不久Fornell上吊身亡……

海軍女飛行員Maggie在超市停車場遭到炸彈襲擊，倖免遇難。Maggie在阿富汗時中曾經誤炸平民，Gibbs懷疑這是伊斯蘭極端組織的報復行為。FBI再次插手，Gibbs找出了疑犯，但是FBI隱瞞消息並且干預Gibbs審問犯人。第二次爆炸又發生了，Gibbs利用FBI的軟肋威脅了他們，雙方達成交易，罪犯順利收押。他們在開往總部的路上接到Abby的電話，兇手還有另一批……

一位老人找到NCIS總部，聲稱自己殺了人，Gibbs發現他是二戰英雄，是硫磺島戰役倖存者。老人剛失去了相伴的老伴，由於悲痛很多記憶消失了，但是堅持自己在二戰時殺了好友。Gibbs申請開棺驗屍，屍體頭上被擊打的凹槽和證物手槍的槍柄吻合。海軍軍法署決定羈押老人，但是Gibbs找了一個當年同在硫磺島的日本老兵，他要嘗試重新喚起老人的回憶……

深夜做完心臟手術的Dornan上校突然在病牀上自燃爆炸了。McGee檢查了醫院錄像，在Dornan死亡前出現了一名海軍少尉。Gibbs、Kate找到少尉時，發現他正在嘗試自殺，Kate意外擊斃了他。他的游泳教練是他生前最後一個談話者，他證明少尉是無辜的，Kate陷入了深深的自責。Abby模擬了引爆過程，證實是輸氧管爆炸導致，可是怎麼點火仍舊是個謎團……

海軍基地，有人闖進Lowness太太的家企圖強姦，Lowness開槍擊中了他。Lowness太太説沒見過來人。醫院裏的強姦犯説自己是被邀請去Lowness家的，他們在一個情色網站相識。Gibbs和Kate在Lowness家中找到了他們來往的電子郵件。Abby混進網站發現服務器被盜用，Lowness是無辜的。但當他們趕到黑客家裏時，那裏只有一具被挖去雙眼的屍體……

Tony卧底監獄和貪污犯White轉獄，他們製造了一起逃脱事故。White始終沒有招供他在伊拉克偷運的古董下落，而本人又毛手毛腳，幾次意外卻讓Tony和總部失去了聯繫……副國務卿一直跟蹤此案，不勝其煩的菜鳥McGee終於讓對方閉了嘴。Kate發現新的線索，White不僅是盜竊犯，手上還有三條人命，手段及其殘忍，眾人為Tony深深擔憂。循着Tony留下的記號，Gibbs和Kate追蹤到了他們，但是車裏的Tony已經向White表明了身份，不動聲色的White偷偷取出了刀……

失蹤了兩年的海軍上尉Brian的意外被發現，他和汽車一起沉在黑湖裏，他的家人懸賞100萬尋找他的下落。屍檢中發現了子彈，Brian的弟弟Tom成了最大的疑犯。發現屍體的是著名私家偵探Cooper，他不厭其煩的找到Gibbs希望可以結案，以便他領取賞金。Abby修好了Brian的手機，發現他死前的最後兩個電話是Tom打來的……

電話公司銷售員正在向一名海軍下士Lamport推銷電話服務，卻意外接聽了一起謀殺案。Gibbs來到現場，屋裏到處是打鬥的痕跡，Gibbs根據血滴形狀斷定下士詐死。下士牽扯大額的非法藥品倒賣活動，他的失蹤似乎恰好解釋了他的罪行。但不久他的屍體在公園裏被發現，貨也被拿走了，Gibbs僅有的線索只是屍體旁邊的煙頭……

Ducky醫生在家收到的人肉碎塊拼成了三具屍體，身份是當年Ducky醫生作證的一起強姦殺人案的法官、檢察官、律師，案犯是醫學院學生Vinson Hanlan，而Hanlan已經在一 年 前 的車禍中喪生。Ducky醫生處境危險，Kate 和Tony負責保護他和老母親，可是深夜，Ducky醫生在家中被劫走了……

女孩報案住在對面樓裏的海軍被人勒死，可警察在現場找不到任何痕跡。Tony和Kate在模擬現場時發現了可疑的人類尿液，經過搜查找到了藏匿的現金。女孩想不起兇手的長相，Gibbs派McGee在案發現場監視，結果女孩在和McGee通電話時被殺害了，McGee在慌亂中也沒有看清兇手的特徵。死亡海軍的屍體在公廁被發現，McGee在催眠師的幫助下想起了……

在雪蘭多國家公園，海軍中士從山崖墜下身亡。目擊證人只有中士的妻子和好友，他們告訴中士在失蹤之前和公園裏的流浪漢有過沖突。Abby在死者頭上找到了棒球棍的碎片，中士是被謀殺的。中士手持的攝像機在河邊被找到，雖然損壞嚴重，但裏面的畫面證實了中士妻子和好友有私情，他們作為嫌疑犯被羈押。Abby再次檢查錄像，在中士滾落山谷的一瞬間，錄像機還是開着的，它真實的記錄了那一幕……

海軍中尉Amanda被害，疑犯堅決聲稱自己是無辜的，認為死者不是和自己一夜情的女孩，那個女孩是酒吧的舞女。Abby證實雖然疑犯滿手是血，可是兇器上卻沒有指紋。Tony和Kate來到酒吧，意外的見到死者的妹妹Samantha在台上表演，Amanda生前因為妹妹的事情找過酒吧老闆。酒吧老闆把Samantha叫進辦公室。等到Gibbs衝進去，事情遠遠比看到的複雜……

一對人類眼球寄到了海軍中士Benjamin家裏，但是Benjamin否認和這些有關，不久Benjamin在家裏自殺。Benjamin的老師Purcell是海軍秘密行動的講師，還是在巴拉圭活動的間諜。眼球的主人確認是一個17歲的女孩，她還有一個身份是Purcell的妻子。Tony和Kate受命去巴拉圭秘密調查證據，因為有大人物保護Purcell……

弗吉尼亞海灘正在進行泳裝秀，三號選手卻死在廁所。死者是海軍中士Difuni Jordan，臨死前曾給瑜加課教練Lisa打過電話，但是Lisa稱Difuni是自己的學生之一。一個出獄的男子給Difuni寫過很多信，可他卻有不在場證明。Ducky醫生檢查出死者生前已經懷孕，而Tony也查出死者有個神秘的男友，是個業餘攝影師，他替Difuni拍了登在雜誌上的照片，而這個攝影師還有另一個身份……

海軍中尉Jessica夜晚被魔鬼一樣的聲音威脅，Gibbs帶人前去調查，Jessica的主治醫生認為是幻覺。入院前Jessica在海軍秘密機構工作，她的上司Wade上校被控在政府交易收取回扣，上校卻堅持自己是清白的。電話中Jessica説有東西在她房間，等到Gibbs趕到，Jessica在病房上吊自殺了，但是Abby發現這是佈局精巧的謀殺……

深夜正在舉行兄弟會活動的海軍學員發現了一具脖子被折斷的屍體。死者是海軍學院的Turner，死亡方式是陸戰隊的專業手法，隊友Blake成了疑犯。Abby的電腦被黑客侵入了，McGee循着信號追蹤，竟然找到了Blake的屍體，死亡方式和Turner一樣。電腦黑客被抓，他告訴Gibbs兩個死者有一個共同的女友Ashley，可Ashley告訴他們兩人在幾天前在幫她躲避教官的騷擾……

陸戰隊士兵Tuobusi犧牲在伊拉克，他的朋友Amy整理他的儲物倉時發現了屍體，是他青梅竹馬的朋友Nora，在兩年前失蹤。海軍調查委員會命令Gibbs查出真相。當地警長和Nora父母都認為是Tuobusi是兇手，因為在Nora 失蹤後Tuobusi突然參軍去了。Kate和Gibbs詢問Amy，Amy欲言又止，之後竟然割腕自殺了，案情撲朔迷離……

NCIS收到一封印着唇印的信，Tony搶着打開後吸入裏面的白色粉末，Tony和Kate一起進入隔離病房。粉末是生化鼠疫病毒，Abby和Ducky讀了那封信，要求NCIS公開幾年前的一起海軍強姦案，疑犯依然逍遙法外。強姦受害者名叫Sasha，她的母親Hannah是生化研究機構的執行總裁。Hannah被捕時説自己只是想要公道。Tony被感染了，只有百分之十五的生存率。Sasha坦白當年的強姦案自己説謊了，可憐的Tony危在旦夕……

兩名海軍飛行員在度假途中被殺，其中一個被剁去了雙手，Gibbs帶隊調查時又險些被汽車裏的炸彈炸死。炸藥的成分和匿名的911電話表明是職業特工所為。Fornell告訴Gibbs，Ari已經脱離FBI的掌控，他的目標是殺死Gibbs！Gibbs查明海軍一架無人飛機被盜，此時海軍艦隊就要回港靠岸，Ari已經是徹頭徹尾的恐怖分子！船就要靠岸了，飛彈已經飛出，Gibbs他們只能全力阻止悲劇發生……

恐怖襲擊後，Gibbs和隊友都極度震驚，嘗試用各自的方法去面對Kate的離去。他們的首要任務是收集Ari的一切信息，在他造成更大破壞前阻止他。Gibbs被告知NCIS的總管升職，接替者是JennyShepard，一個過去曾與Gibbs並肩作戰並有過一段情的女人。

Kate突然死亡帶來的壓抑尚未消退，Ari又綁架了Ducky向Gibbs挑戰。Tony受命跟蹤摩薩德女特工Ziva以便找到Ari。Gibbs決定與Ari進行最後的決戰，而Ziva與Ari之間的特殊關係正是Gibbs需要的。

Gibbs接到新任務，與一個即將被處決的死囚交談、找出受害者埋屍之處。計劃並不成功，小組必須用他們自己的方式去解決這個案子。

電視考古小隊在發掘美國內戰時期的古墓時，在密封棺材裏發現了保存完好的北軍士兵屍體和一個破損的手機。Abby追查到受害者的最後一次通話。與此同時，Jenny告知Gibbs，Ziva已經正式成為一名全職的NCIS探員。

士兵在開車途中被射殺，NCIS接手調查。最初他們發現受害者過着雙重生活，以為找到了突破口。但後來在桌子下發現了受害者留下的信息，將整個調查引向完全不一樣的方向。

NCIS接到了一個很奇怪的案子——網絡上現場直播了一個海軍妻子的被殺過程。調查過程中發現兩個軍嫂正經營在線色情網站，而她們兩人都已經失蹤了。尋找她們的過程中，小組嘗試追蹤網絡管理員來破解這這宗謀殺案。

一個6歲的男童向NCIS求助，聲稱自己的爸爸被綁架了。調查發現他的爸爸是軍方秘密項目的負責人，而且他是唯一擁有最高權限代碼的人。不久項目已經被入侵，裏面的信息都已經被刪除掉了。到底這個失蹤的男人是清白無辜還是故布疑雲呢？

一對殺手夫妻因車禍喪生，為了查明行動計劃，Ziva和Tony假扮夫妻，入住豪華酒店卧底。期間為了能以假亂真，在牀上親熱、氣温不斷升高、曖昧漸生。而Gibbs發現自己的小隊並不是唯一調查這個案件的。

Quantico發現一具女性屍體，Tony被指控為兇手，小隊必須證明他的清白。所有線索都證明Tony是有罪的，小組必須竭盡全力為他們的同事、摯友洗脱罪名。

安保執勤期間，McGee誤殺了一名卧底警員。Jenny決定對McGee展開調查。小隊需要證明McGee的清白，令到Gibbs和Jenny之間的緊張關係推向了頂峯。與此同時，Tony被過去的事情纏繞、惹上了麻煩。

海軍訓練基地內正拍攝超模軍訓的真人秀，不料一個超模猝死，令海軍形象大受影響，Gibbs小組必須找出兇手。他們發現超模們和三個男人間存在多角戀，這三個男人也因此被定為疑犯。Gibbs拒絕參加表彰他成就的頒獎禮，Jenny非常不高興。

Tony和Ziva在港口碼頭調查走私武器的時失去聯繫，Gibbs必須找到他們，嘗試通過對GPS芯片的定位來尋找他們，但卻發現他們並不在服務區。與此同時，被困於集裝箱內的Tony和Ziva一邊想辦法逃生，一邊尋找對案件有用的證據。第13集 欺詐

一個掌握核燃料機密信息的軍官失蹤。Gibbs小組必須在綁架者得到機密資料或傷害該軍官前將他營救出來。

NCIS在調查兩個海軍妻子的被殺案，他們必須在兇手攻擊下一個目標（另一個海軍妻子）前將他捉拿歸案。

在調查非法改裝車輛的維修車間時，Gibbs小隊在其中一輛車上意外發現了藏匿起來的海軍頭顱。在找潛在嫌疑犯的同時，小組必須找到身體的其餘部分來找到真兇。

一名海軍士兵死於交通意外。救護車運送屍體的途中爆炸了。調查過程引出了意外的發現——救護車裏殘骸的DNA和那名海軍並不吻合；而且救護車是被預先設定好的炸彈引爆的；遇害海軍的家庭隱瞞着重大的秘密。

一隊遊客在國家森林公園裏發現了一塊海軍士兵的身份識別牌，在搜索該海軍士兵的宿營地期間，小組發現還有另外一個女人和他在一起，這個調查牽扯出更大的發現——在這個森林公園裏存在一個專向女人下毒手的連環殺手。

一箇中學生走進基地高中教室，他身上綁了炸彈並挾持了人質，聲稱要發動自殺式襲擊。Gibbs孤身進入教室、企圖化解危機，結果發現校外有人在控制着這個學生。教室外，Tony接管一切，擔起領導小組的重任。

孩子們在冰湖上溜冰時，被一個失蹤海軍的屍體絆倒了。Gibbs小組接報到場，在冰湖上搜索更多線索時，發現了另外三個被槍殺的屍體。屍體解剖時，Ducky和Gibbs發現其他三個受害者有黑幫紋身。小組開始調查海軍士官和死去的幫派人員間的聯繫。

五角大樓的解碼專家的屍體被發現。Gibbs小組必須查出她是否內奸、是否自殺。隨着調查的開展，他們發現她死的時候並不是孤身一人的，是被謀殺的。因此他們必須找出那個內奸、那個殺害這個解碼專家的人。

在調查一件普通的案子時，Abby幾乎被案子裏的證物殺死。事後證實這場謀殺是有預謀的，有人想置Abby於死地。小組成員對過去與Abby鬧得不愉快的人展開調查，必須在Abby受到傷害前找到幕後黑手。

一個被監管的嫌疑犯突然死亡，Ziva在事發前對他的態度令自己陷入了困境，整個小組盡力保護她。疑犯的哥哥並不知道弟弟已經死亡，綁架了Jenny，要求釋放他弟弟來交換Jenny，令事態變得更嚴重。

Gibbs在貨船上與卧底接頭，船隻突然爆炸，Gibbs被炸成重傷。送往醫院後，Gibbs陷入昏迷，過去的種種痛苦記憶不斷在腦海中重現。小組的其他成員不得不放下對Gibbs的擔心，繼續着手調查這個案件。Tony代替Gibbs 接管大局，弄出了不少麻煩。

Gibbs尚未從爆炸的受傷中復原過來。小組成員不得不在沒有Gibbs的情況下獨自解決恐怖組織的案子。當Gibbs的良師益友、舊日的上司Franks來訪時，看到Gibbs的記憶停留在妻女喪失之後的那段日子。小組在調查中發現Gibbs是唯一目睹恐怖分子襲擊的人，他的幫助尤其重要。Gibbs必須在恐怖分子發動襲擊前恢復記憶。

Ziva偶然目睹了一場政治暗殺的全過程。Gibbs正享受着退休生活，因此Ziva只能獨自處理。她知道FBI正在搜索自己，因此躲藏起來。Tony帶領的NCIS小組努力證明Ziva的清白。然而當事態變得更復雜，Ziva只得向一直相信她的人——Gibbs求助

Fornell逮捕的一個囚犯越獄了，他威脅要對付Fornell和他的女兒Emily。Gibbs中斷退休生活回來幫助他解決危機。Gibbs和小組成員重新調查這個囚犯的搶劫案。調查期間向一個退休海軍——逃犯入獄後唯一一個保持聯絡的人問話。整個調查過程引向了一個意想不到的結果。

一輛被遺棄的車輛上遍佈血跡，這倆車屬於一個失蹤的海軍中尉。調查中發現失蹤的中尉一直在剖析男人、希望能篩選出一個理想的結婚對象。他們還發現中尉曾經到一個酒店參加相親聚會。為了發現更多線索，Ziva喬裝打扮去參加那個聚會。剛完成心理學學位的Ducky忙着展示自己的新學問、對Ziva見到的男人逐一進行分析。Jenny私底下向Tony提供了一個職位。

警察逮捕一個持有武器的男人時，一倆載有屍體的車撞向了警車。被逮捕的男人是俄羅斯人，而國土安全局聲稱該男子是為他們工作的。這個俄羅斯人和Gibbs前上司Mike Franks以前辦的一箇舊案子有關聯。Mike 中斷退休生活回來將他繩之於法。

地產經紀帶客人看房子時，在空屋裏發現一名失蹤準下士的屍體。NCIS發現他最初被埋在後院然後又被挖出來。識別身份後，他們發現下士是被派往伊拉克服役的，但卻始終沒有去報道。接着他們又發現了新線索——下士竟然有兩個未婚妻。Abby分析這兩個女子的DNA，希望找出哪個能與屍體上發現的DNA吻合。

萬聖節的夜晚，一海軍士兵在家中遇襲，女兒被綁架，綁匪索要贖金。NCIS接報到場，展開調查。在調查過程中，他們發現這對夫婦已經分居，而妻子是有外遇的人。調查重點放到妻子的前男友身上，但審訊後一無所獲

海軍上校在基地的高爾夫球場打球時，突然被炸得粉碎。NCIS聯同陸軍罪案調查處一起調查疑似恐怖襲擊。接到CIA的線索後，他們一起去到一個廢棄的倉庫，隨即發現是個陷阱，這個倉庫已經安放好定時炸彈了！McGee運用他高超的電腦技術黑進了政府的秘密檔案裏，發現了恐怖組織的基層架構。

海軍在酒店舉行酒會，一個被授予榮譽勳章的退伍老兵屍體從天而降。NCIS展開調查，他們發現這個老兵並不是自殺的，而且退伍之後一直無家可歸、是個流浪漢。在清點他的個人物品時，發現了一些對他不利的證據，但Gibbs決心證明他的清白。

McGee的妹妹Sara神智不清、滿身鮮血地站在他家門口。為了幫助心愛的妹妹，McGee沒有按規矩上報。McGee努力的想找出妹妹身上發生了什麼事，與此同時，NCIS接到了一個海軍士兵被殺案，種種線索都引向Sara，情形相當不利。Tony和Abby都忙於解決自己的感情問題，而McGee貌似有另外一個秘密。

在施工人員清理海軍基地某建築的暖氣管道時，發現一具燒焦的木乃伊。NCIS與FBI一起調查這個案件。識別身體後，驚人地發現這具屍體竟然是連環殺手。整隊人去死者家中調查，發現了震驚的事情……

PS：案件峯迴路轉，結局令人驚悚！

名為“OTTO”的人工智能機器車輛將一海軍上尉鎖在車廂內並釋放一氧化碳將她殺害。這個智能車輛的研究是國防部高科技項目的組成部分。將車輛拖回車庫研究的Abby，幾乎也被該車謀殺。隊員們努力找出誰是這一連串謀殺行動的幕後真兇。Tony頻繁造訪醫院，Ziva暗自擔心不已。

海軍高級情報員在汽車旅館被殺。NCIS接報到場尋找真兇。由於死者於三天前遇害，小鎮的警察局聲稱完成了對現場的證據收集分析工作。但Gibbs發現案件另有玄機，可能於恐怖襲擊有關聯，他堅持用自己的方式調查案件，不讓小鎮當局當作普通案件處理。PS：小鎮的CSI MM很聰明，案件迂迴曲折。

十公斤高濃度化學毒氣武器落入被通緝的恐怖分子Mamoun Sharif手中。在Mann幫助下，NCIS試圖在他發動恐怖襲擊前找到並阻止他。

抓到一個國際武器交易家後，NCIS得知海軍的機密武器系統將被賣給一個外號為“La Grenouille”的武器交易家。為了能有證據和理由抓捕“LaGrenouille”，他們決定派出Ducky作為卧底，達成交易，以此為理由抓捕他。與此同時，他們發現CIA也參與了這個案件，而且CIA另有打算。

城市一個被遺棄的角落裏發現了一具士兵的屍體，種種跡象表明他是死於過量吸毒。當更多證據被發現之後，揭發出這是謀殺案。Tony在調查過程中與當地警方合作無間。

國際原子能機構的調查員——一名海軍上尉被人暗中用放射性物質毒害，NCIS致力找出真兇。上尉聲稱只有他的兩個同僚知道他的下一個任務。無論兇手是誰，目的都是阻止他進行下一步調查工作。真兇遲遲未找到，身在醫院的上尉竟繼續出現中毒現象，變得越來越虛弱。在相處中愛上他的Ziva痛苦不已

軍方陵墓的墓室泄露出氣體，工作人員查看時，墓室竟炸開，滿地都是肢體殘骸和屍液，場面極度噁心。NCIS接報後，要辨認出殘肢的身份、找到他們在世的親人，從而找出受害者間的聯繫、縮窄疑犯的範圍、找出是誰犯下如此惡行。Abby遇到個人問題，而唯一能傾訴併為自己解答的人是Gibbs

一個被認為已經凍死的海軍在Ducky的驗屍台上復活。NCIS研究他最近幾天的活動情況，試圖找出在他身上發生什麼以及誰要致他於死地。隨着調查的進行，他們發現受害者通過貨運機穿梭於巴格達和美國之間。並發現一些與Gibbs過去有關的事情。PS：出人意料的死者，出人意料的案件。死者是 Franks的兒子……

Gibbs的小組在週末與Cassidy的小組調休。Cassidy的小組接到匿名電話舉報，尾隨可疑人物進入可能是恐怖組織開會的地點。結果這是個陷阱，目標地點發生爆炸，小組除了Cassidy外無一生還。Cassidy內疚不已，認為是自己的錯。Gibbs的小組也很自責，努力找出幕後黑手。伊斯蘭教派為犧牲探員舉行的悼念會上，另一次爆炸又準備發動了……

一連串命案接連發生，而死者都是McGee新書中角色的原型。也因為這樣，McGee感受到非常大的壓力，並且有很深的罪惡感。

PS：和Bones上季的某個案件有點像。這集總體不錯，案件編得好，兇手也很出人意料之外

一心想將Le Grenouille繩之於法的Jenny單獨與一個線人會面。會面時線人被人射殺，Jenny很懊惱。NCIS蒐集現有的所有信息，企圖抓住對手。

一個盲人攝影師無意中拍到一個海軍職員的屍體。他運用超羣的嗅覺、觸覺、對環境的超強的感受能力帶領NCIS找到了屍體，並最終抓到兇手。Gibbs和Tony都各自在感情方面有大進展，確立了關係。

Jenny去法國參加國際性會員，任命Gibbs做代理主任。但Gibbs對文書工作絲毫不感興趣，一聽到有命案發生就立馬趕過去帶領調查。該集命案是一輛開往NCIS的出租車上驚現屍體，最後發現一切都是個局。

Jenny從歐洲歸來後，國土安全局突然要對NCIS進行測謊。每個人深藏的秘密逐步揭示出來。Tony和Jeanne在醫院裏毫無防備地被一個喪心病狂的販毒者挾持。

Jenny父親的往事漸漸顯露驚人的蛛絲馬跡，而此時Tony也正式接觸到Jeanne的神秘父親，他的身份是大學教授Dinardo。小組成員通過交通監控目睹了Tony的汽車爆炸……

士官Munoz在駕車趕往驚喜派對的路上發生車禍，另一輛車上的一位女子已經死亡。女子的同伴用獵槍殺害士官後奪走他的車。調查發現死者竟是一名詐騙慣犯Hendy Campion，Ducky驗屍發現她剛生了孩子。六人小分隊開始緊張尋找這個新生的嬰兒。雖然又開始戲耍McGee和開着玩笑，Tony仍被對Jeanne的愧疚困擾着。

海軍上尉Trent Reynolds死在陸軍基地家中自己的電腦前，被一把魚槍一箭穿心。Gibbs的陸軍中校Mann再次出場。同時還有Gibbs第三任前妻出現~加上Jenny就是三軍大戰了！McGee小朋友也遇見情敵了！

Ducky利用具捐贈遺體進行解剖授課，直到他發現死者腦部存在水銀，於是扣留了這具屍體進行調查。負責驗屍的是Jordan Hampton醫生。NCIS介入調查後發現這個看起來普通的死者竟被人為抹去了幾乎全部的背景，案子牽扯出專門為恐怖分子製作假身份的大魚。

一對偷情的男女發現一名海軍要跳樓。NCIS到場，查出他是五角大樓的情報員Michael Arnett上尉。Gibbs爬上高樓嘗試説服他，沒想到他卻在Gibbs眼前中槍墜樓身亡。調查發現上尉生前最後一個來電是NCIS打出。拉響內鬼追蹤戰！四隻PUPPY各有自己的一套推測！

PS：Abby被挖角的謠言四起演繹出各種版本，還有McGee的恐高，以及斷背山、ILOVE U，McGee的小插曲（撲哧——Tony太壞了），Gibbs真是背後靈啊~

帶有“尖端配置、頂級機密”的研究艦奇美拉號上一個日裔海軍少校、海洋生物學家高田聰博士突然身亡。當小組到達船上的時候所有船員憑空消失了。

一開場就是Tony從沉在海里到達車上拖出Gibbs這種驚險場面！回到二十四小時前，一位年輕的金髮女孩Mattie Tyler——小時候與Kelly是好朋友——因為被一個瘋狂的海軍下士RudiM Haas跟蹤騷擾而求助於Gibbs。Mattie告訴Gibbs有關她與Kelly買下的時光膠囊，妻女的回憶再次籠罩Gibbs。大家都在擔心Gibbs。

而Mattie在向Gibbs打完求救電話後，在他的眼皮底下被人拖上車帶走了。當小組到達Haas可能藏匿的地方時，卻發現他手腳被釘在電梯裏，已經死去多時。

Kirkland少將與出租車司機被人多槍射殺，Ducky驗屍發現出租車司機才是兇手的目標。

童子軍到NCIS參觀，Abby介紹指紋掃描儀，隨機抓了一個小男孩的手指頭做了示範，可是沒想到竟然搜到了配對，男孩曾經被綁架。大家發現這個男孩簡直就是一個小DiNozzo。

在醫院接受PTSD治療的Damon Worth下士襲擊了勤務兵之後逃出了精神病院。調查之後六人小分隊發現他被人用作了“超級戰士”的實驗小白鼠。

海軍一等兵Abdul Bark在參加完一個遜尼派清真寺禮拜之後被人在一條後巷槍殺。穆斯林不接受屍檢，並且必須在死後二十四小時內下葬靈魂才能得到平靜，所以Ducky採取了非常規的驗屍方法。

NCIS接到線報，被偷的海軍雷達藏匿於一個倉庫，為了揪出幕後黑手，小分隊負責蹲守。Ziva對Tony進行惡作劇。但是，雷達在他們眼皮子底下再次被偷了，同時附近還發生了一宗兇殺案。

NCIS調查海軍一名與販毒有關的警犬訓練員，可憐的McGee被一隻名叫小平頭的警犬咬傷，愛心氾濫的Abby發誓要為這隻警犬找出不是殺人兇手的證據。PS：Abby同情那隻狗去指責被咬傷的McGee，可憐的McGee，你混的連狗都不如了。

因“青蛙”被殺NCIS的全體成員都被隔離調查，Gibbs帶領全體組員自己調查，而DiNozzo的前女友Jeanne則指認是他殺了"青蛙"。

一名在巴格達安全區正在打籃球的上尉因為迫擊炮的轟炸而身亡，他的未亡人堅信他是被謀殺的，DiNozzo和kikki去了巴格達調查。

在卧底的時候殺死了嫌疑犯的Ziva，而心情鬱悶的在酒吧遇到了Michael ，已經被Ziva幹掉的嫌犯還有一個同夥的存在。

五級大樓的翻新工地上發現了一具男屍，Palmer發現了一個疑犯卻差點被槍殺，在調查的過程中又發現了一具被藏在混凝土柱中的木乃伊。

在前NCIS的探員Decker的葬禮上，Jenny主任發現了以前關於她和Gibbs在巴黎時留下的秘密，Jenny從墨西哥叫回了Mike私下進行調查，在混戰中Jenny主任被殺。新上任的主任Leon Vance解散了Gibbs小組。

發覺形式不對勁的Tony和Ziva趕到沙漠餐館時，發現了倒在血泊中的Shepard主任。當Gibbs趕到現場時，Vance代理主任已經指揮Tony和Ziva完成現場取證。現場勘察發現，Shepard主任以一敵四，重傷流血致死。Gibbs從Mike口中得知了事情的來龍去脈，他們在Shepard家中擊斃了Chernitskaya，最後一把火將房子和屍體焚燒成灰燼。

十年前，Gibbs、Shepard奉命前往巴黎，執行秘密暗殺任務，Decker特工是他們的聯絡官，而“Oshimaida”一詞就是他們身份暴露的暗號。他們的暗殺目標是俄羅斯軍火商Zhukov和女友Chernitskaya。

PS：案件結束後，Vance正式接任Shepard，成為NCIS主任。

Gibbs的菜鳥手下讓他都疼不已，在一起兇殺案中發現了一個潛伏在NCIS中的間諜，原來的組員能回來嗎？

Tony所在的軍艦上有一名上尉失蹤，而他的妻子則被害在家，McGee和Ziva回到了NCIS，那Tony呢？

一名海軍女少校死在湖中，Gibbs老戰友國會議員來找他承認他們之間的不倫之戀，Ziva從給Abby的蛋糕被偷了，她能找到她的蛋糕嗎。

因為一個案子Gibbs回到了老家靜水鎮，遇見了以前的老朋友或者是對手，還有一名行事作風與Gibbs非常相同的老者。PS：老Gibbs超可愛的。

海軍陸戰隊員被虐待致死在家中，同一小隊的另一名隊員成為了重要嫌疑犯，而這名嫌疑犯則是FBI的證人，FBI的探員證明他沒有作案時間，與此同時另一名隊員也被同樣手法致死在家中。

在浴室洗澡水管裏流出血水，一名被害者剛被發現屍體，關於他被害的網絡視頻就在互聯網上出現，而網絡視頻同時預報下一起兇殺案的發生，有人在挑戰Gibbs。

匡迪科中心的銀行里居然發生了搶案，銀行保安被打死，主任派了一名新人到Gibbs得團隊。

Gibbs策劃並實施“多米諾”陷阱行動以引誘NCIS內奸，偽裝竊賊的Tony和Ziva卻被真正的內奸觸發警報讓守衞當場擒獲，同時罪案現場的證據顯示Abby是偷竊者——

探員Lee的女兒被綁架，而疑犯Bankston的妻子已被真兇劫持一年了。與此同時，Vance主任發現Gibbs下載了“多米諾”行動中的機密情報。

水手Greg Collins參加地下搏擊後途中遇襲身亡。兇手是好友SamBennett還是美女Jodi ?

聖誕前夜，一對老夫妻在家遇害。疑犯卻是17年前Ducky鑑定死亡的越戰老兵NedQuinn……

McGee在馬里蘭女子監獄探監取證時，當值警衞Trimble遇刺身亡，女犯隨之暴動挾持人質。NCIS必須在日落前找出真兇，否則監獄會武力鎮壓。PS：McGee有驚人的表現……

Ducky在罪案現場遇刺受傷，疑犯Mosuma Daoub逃入阿富汗大使館。Tony和Ziva登門求證，大使卻説Ducky在30年前涉嫌違反日內瓦公約，在難民營虐殺平民——Daoub的哥哥。Gibbs求助CIA特工Trent查找Ducky的戰爭檔案，不料Trent故意把Vance主任的個人檔案也給了Gibbs。

海軍情報處上校Jennings下班途中遇害，兇手不僅將上校開膛破肚，還在背後留下五芒星印記。Tony、Ziva 發現海軍高科技裝備“鎖眼”在情報處實驗室丟失……

年輕士兵在自由高地臨死前留下了Gibbs的軍官號。Gibbs找回Franks，共同追查18年前緝毒時認識的哥倫比亞美女RoseTamayo的下落，發現她的兒子Thomas Tamayo涉嫌黑幫戰爭。

酒店受害人Grady上尉是Tony三年前負責的Grent貪污案的證人，而Renny Grent卻聲稱自己的無辜。Tony只能重新追查贓款，搖身變成了Gibbs的boss。

NCIS探員Patterson在和Abby見面前遇害，兇手卻伺機進入了NCIS。Patterson寄給Abby的包裹裏只有一幅剛完成的油畫。Abby發現重點不在油畫的內容，而是油畫的顏料。

主任Vance的老友Owen遇害，Vance親自帶隊破案，並命令知曉Owen平民身份的Gibbs不得插手此案。Gibbs只得另闢蹊徑查找真兇並得知了Vance的秘密。

海軍基地12歲男孩Noah私藏手槍，Abby發現手槍是四年前NCIS所辦理的謀殺案中的兇器，且該槍近期涉及多起謀殺案。Tony和McGee跟隨三個熊孩子尋找被槍殺的屍體，McGee應用童子軍技能，在叢林中找到失蹤的屍體。McGee發現Noah的手推車上擁有受害者的血跡，Gibbs在一張照片中發現破案的關鍵線索。

CIA的Trent請Gibbs合作追捕NCIS的頭號重犯Siravo，而Vance懷疑Trent另有所圖。Siravo組織頭目在Gibbs 到來前相繼被滅口，這又意味着什麼……Gibbs調查發現Siravo早已重病在牀，指揮Siravo組織的是他的會計師Perry，而CIA在Perry被逮捕後，也暗中掠奪了Siravo組織的資產（3億美金）。

一對年輕夫婦在寶寶監控器中收到求救信號，Gibbs小組在街頭髮現凍死的海軍一等兵Riggs，一等兵Riggs脖子上出現了類似被吸血鬼咬的痕跡。同時去看牙醫的Abby被突然出現的FBI探員帶走了，代替失蹤的Heller醫生，研究阿富汗戰爭綜合症。Gibbs小組發現一等兵Riggs生前計劃綁架殺害Heller醫生。

傳奇Legend，詞語創造者是斯塔西，是冷戰以來的東德秘密警察，他們意圖建立一種隱藏極深的假身份，任何詳細審查都對其無可奈何，護照、檔案、工作資歷，甚至是家史，沒有一樣是真實的。

OSP，NCIS特別項目辦事處，位於洛杉磯，是NCIS的間諜部門。

Gibbs在調查一起海軍陸戰隊員被害的案件，意外發現死者是OSP調查的一起恐怖組織攜款入境購買武器的案件的關聯人員，死者被脅迫被迫在從科威特回國時攜款入境，然而發生意外……，Gibbs 和McGee 前往洛杉磯，協助OSP調查案件。對於Gibbs而言，和OSP的主管Lara Macy打交道會引起對18年前舊事的不快的回憶。Abby發現綁繩上留有大量兇手的皮膚組織，Tony以此抓捕到兇手，並審問出幕後黑手——前愛爾蘭共和軍軍火商Liam Patrick Coil，一位傳奇人物。

OSP的Callen卧底成為軍火商Liam，Rivkin的出現干擾了OSP的調查，他化名Nick卧底入恐怖分子組織，先後射殺了兩個OSP想要逮捕的恐怖分子。最後， Callen街頭遇刺、Rivkin從洛杉磯飛往特拉維夫，中途轉機華盛頓，意味着案件仍未結束……

有人在CIA、ICE（移民局）、FBI和海軍部長的牌局時候試圖安放竊聽器，結果殺死了一名負責保護任務的ICE隊員，案件牽扯出情報頭目之間的情報交換細節、對內部人員的調查（包括Leon）和盟友摩薩德的刺探。調查中Abby發現竊聽器的鏈接竟然是Ziva的家裏網絡接口。Tonny為了當面詢問Ziva，獨自去了Ziva的公寓，結果意外發現了Rivkin。而Tonny的推測是Rivkin利用了Ziva的公寓進行針對美國的刺探，打鬥中Tonny擊斃了Rivkin…..

Ziva無論如何都不能接受Tonny是自衞才殺死了自己的男友Rivkin的説辭，更何況Gibbs剛到現場樓下就發生Ziva的公寓被炸得事情，現場痕跡蕩然無存。但是，在看過現場照片後，Ziva懷疑了，因為，手法太熟悉。

一切在特拉維夫得到了答案，面對Ziva的質問，Ziva的父親反問她：你到底忠誠與誰？是NCIS還是摩薩德？

Ziva留在了特拉維夫，她要找到答案，可是….

Ziva為了尋找內心的答案參加了摩薩德對索馬里Saleem Ulman的圍剿，然而，所搭乘的貨船“達摩克里斯”遇到船難，Ziva不幸被俘。Tonny、Mcgee和Abby由於聯繫不上Ziva都有不好的預感，幾番努力終於查到Saleem Ulman的老巢位置，為了確定情況，Tonny和Mcgee假裝被抓孤軍深入，Gibbs和老夥伴作為後援……Jethro夠man。

單身派對上，三個男人被殺了，其中一個是海軍上士，且他們的頭髮在死後都被剃光了。Gibbs小組介入調查，線索指向巴爾的摩警察Shelly，當Gibbs小組找到Shelly時，發現他已經被槍殺，Abby發現兇器是一把19世紀的古董槍。PS：Ziva回來了，但是她的心靈迴歸了嗎？

博客主Matt Burns在與一位線人見面前墜橋死亡，Burns曾在博客上發表過關於NCIS的負面博文，因而Gibbs小組介入調查。Gibbs發現Rod Arnett上尉的前女友是Burns的線人，並且得知Arnett上尉涉嫌股票內幕交易，Gibbs小組需對Arnett上尉車禍死亡的案件重新調查，發現Will Sutton在內幕交易案中獲利，但是Arnett和Sutton兩人之間毫不相干，他們是怎麼交換情報的……

PS：Ziva從摩薩德辭職了，她想要成為一名美國公民，一位真正的NCIS探員。

Ziva真的心靈迴歸了麼？有難言之隱麼？載有摩薩德特工的“達摩克里斯”貨船到底發生了什麼？其實當時摩薩德的“刺刀”小組在Ben-gidon的帶領下一行三人，經人介紹搭乘“達摩克里斯”號貨輪，介紹人卻是NCIS在喀布爾的探員Daniel Cryer（化名Daniel Shalev）。然而，中途事情暴露，在消滅了所有船員後，Ben-gidon殺死了Daniel，而此時Ben和Ziba其實已經知道了Daniel的真實身份，殺死他，不過是Ben為了滅口。Ziva在雙重煎熬中毅然隻身前往Saleem Ulman的老巢，只為了對離開NCIS和Daniel的死尋找心靈的解脱，一心求死的Ziva……真相後，答案明瞭了。

一個愛惡作劇的海軍陸戰隊員Korby，被發現死於一氧化碳中毒。Ducky在排出了自殺的可能性後，發現他是被強行灌入液氮窒息而死的。Korby的惡作劇在軍隊中並不受歡迎，他在阿富汗服役時曾經被羣毆和下毒過。Tony的直覺認為兇手是Korby的妻子，但Gibbs卻從照片中發現了疑點……

Gibbs送給Franks孫女的木船飄進了海軍基地，上面有兩具退伍軍人的屍體。Vance發現兩個死者生前曾經意圖追蹤Franks。Franks帶着兒媳Leyla和孫女Amira來投靠Gibbs，希望Gibbs能解開為什麼會有人試圖追殺他們爺孫三人。Ziva發現兩名死者受僱於第一國防私營軍事承包的首席運營官Merton Bell上校，原來是Frank的親家僱傭Bell上校來尋找Leyla母女，顯然Frank殺錯人了。Abby和Ducky從子彈上發現Frank並沒有殺人，而是為了掩護另外一個人——Leyla。Bell上校再次派遣武裝人員，意圖搶奪Leyla母女，帶隊的是Werth Damon（見S05E10），他的棄暗投明，讓Bell上校功虧一簣。

PS：Abby更有興趣研究Gibbs是怎麼把25英尺的木船從六尺高三尺寬的門搬出去。

美國海軍學院的兩名運動員發現了一輛無人看管的汽車和一名平民醫生的屍體。Vance主任發現兇手是他花了20年在追殺的朝鮮特工Lee Wuan Kai（見NCIS:LA S01E05），他認為Kai來到了D.C犯下兇案並不是巧合，Vance為他的家人感到擔心。單身派對上，三個男人被殺了，其中一個是海軍上士，且他們的頭髮在死後都被剃光了。Gibbs小組介入調查，線索指向巴爾的摩警察Shelly，當Gibbs小組找到Shelly時，發現他已經被槍殺，Abby發現兇器是一把19世紀的古董槍。

一隊劫匪進入一個網絡公司進行搶劫，導致全城大停電，搶劫現場遺留一具搶劫犯的屍體，她是海軍文工團上尉Emma Paxton。Gibbs小組想要知道一個海軍上尉為什麼會參與搶劫，根據輪胎印Gibbs小組發現劫匪的秘密基地，原來Emma上尉是國家安全局的秘密探員，她是一個真正的英雄，為了阻止“虹膜”後門被竊，不惜以死殉國。博客主Matt Burns在與一位線人見面前墜橋死亡，Burns曾在博客上發表過關於NCIS的負面博文，因而Gibbs小組介入調查。Gibbs發現Rod Arnett上尉的前女友是Burns的線人，並且得知Arnett上尉涉嫌股票內幕交易，Gibbs小組需對Arnett上尉車禍死亡的案件重新調查，發現Will Sutton在內幕交易案中獲利，但是Arnett和Sutton兩人之間毫不相干，他們是怎麼交換情報的……

PS：突然的大停電導致NCIS的查案工作陷入困境，連Abby愛喝的咖啡因飲料都沒了……

玉米地裏一具屍體被打扮成稻草人，他是海軍下士Trevor Lozada。Lozada在一個天才少年研究裏擔任保鏢，兇手利用Lozada的斷手進入研究所，在天才少女Angela的房間裏取走了兩幅拼貼畫，而Angela顯然有事情隱瞞着Gibbs。Abby發現拼貼畫中隱藏着軍事機密，研究所的主任想利用小女孩的畫謀利，但是畫中的機密只是遊戲之作，毫無價值。聰明Angela，在保護自己和媽媽的同時，將罪犯現形。Ziva真的心靈迴歸了麼？有難言之隱麼？載有摩薩德特工的“達摩克里斯”貨船到底發生了什麼？其實當時摩薩德的“刺刀”小組在Ben-gidon的帶領下一行三人，經人介紹搭乘“達摩克里斯”號貨輪，介紹人卻是NCIS在喀布爾的探員Daniel Cryer（化名Daniel Shalev）。然而，中途事情暴露，在消滅了所有船員後，Ben-gidon殺死了Daniel，而此時Ben和Ziba其實已經知道了Daniel的真實身份，殺死他，不過是Ben為了滅口。Ziva在雙重煎熬中毅然隻身前往Saleem Ulman的老巢，只為了對離開NCIS和Daniel的死尋找心靈的解脱，一心求死的Ziva……真相後，答案明瞭了。

PS：Ducky感恩節火雞派對第一次集齊了所有成員！

海軍中尉Thomas Ellis在森林裏祈禱時被人謀殺，Thomas出身於一個基督教海軍家庭，在參軍後不久卻更改了信仰，成為一個穆斯林，這讓他的父親Ellis上校及家人十分迷茫，最終Thomas 的弟弟Patrick在憤怒中殺死了自己的哥哥，因為他認為哥哥玷污了全家的信仰和榮譽。

PS：老Gibbs來到華盛頓準備和Gibbs一起過聖誕節，他好像有點心事……

護林員在森林火災現場發現一具半焦的屍體，他是海軍試飛員Hondo上校，現場散落這大量噴氣揹包的零件。Gibbs調查小組發現Hondo上校分別為離婚的Tillman夫婦試駕噴氣揹包，並暗中和同夥竊取海軍技術，製造全新的遙控式噴氣揹包。Ducky屍檢後發現Hondo上校是在被人毒死後，再塞進噴氣揹包的。當Gibbs調查小組正準備逮捕兇手時，兇手利用噴氣揹包逃走了，關鍵時刻，McGee用遙控器鎖定了噴氣揹包。Gibbs送給Franks孫女的木船飄進了海軍基地，上面有兩具退伍軍人的屍體。Vance發現兩個死者生前曾經意圖追蹤Franks。Franks帶着兒媳Leyla和孫女Amira來投靠Gibbs，希望Gibbs能解開為什麼會有人試圖追殺他們爺孫三人。Ziva發現兩名死者受僱於第一國防私營軍事承包的首席運營官Merton Bell上校，原來是Frank的親家僱傭Bell上校來尋找Leyla母女，顯然Frank殺錯人了。Abby和Ducky從子彈上發現Frank並沒有殺人，而是為了掩護另外一個人——Leyla。Bell上校再次派遣武裝人員，意圖搶奪Leyla母女，帶隊的是Werth Damon（見S05E10），他的棄暗投明，讓Bell上校功虧一簣。

PS：Tillman夫婦的女律師Allison Hart處處與Gibbs針鋒相對，Gibbs發現她和Bell上校有關（見S07E06），且上校逃脱了墨西哥的制裁……

沙特王子Sayif在參加海軍陸戰隊戰鬥飛行員的訓練中，遭遇汽車炸彈的蓄意謀殺，王子的副官誤中副車。McGee和Abby發現受害者就是安放炸彈的兇手，而幕後指使者是Sayif王子的哥哥。美國海軍學院的兩名運動員發現了一輛無人看管的汽車和一名平民醫生的屍體。Vance主任發現兇手是他花了20年在追殺的朝鮮特工Lee Wuan Kai（見NCIS:LA S01E05），他認為Kai來到了D.C犯下兇案並不是巧合，Vance為他的家人感到擔心。單身派對上，三個男人被殺了，其中一個是海軍上士，且他們的頭髮在死後都被剃光了。Gibbs小組介入調查，線索指向巴爾的摩警察Shelly，當Gibbs小組找到Shelly時，發現他已經被槍殺，Abby發現兇器是一把19世紀的古董槍。

PS：Tony多年未聯繫的父親來NCIS找他……

Tony和Ziva奉命從巴黎保護重要證人Nora女士前往華盛頓。海軍中士Parsons被發現死在高級公寓的浴缸中，身上灑滿了貓砂。Gibbs從公寓的保險箱中發現，Parsons中士是一位海軍殺手，且他的下一個目標正是Nora女士。Ducky屍檢後發現海軍殺手是被另一位職業殺手所殺。飛機上空警Neely 被人殺死在廁所裏，且他的配槍不見了。Abby從指紋上發現了一位空姐殺手，而買兇殺人的居然是Nora女士的未婚夫。

PS：Tony在巴黎拍攝了大量風景照，而他最喜歡的照片是有Ziva存在的那張。

一輛汽車在警匪追逐中爆炸，現場散落着車主的屍塊，McGee發現汽車後備箱中有髒彈的痕跡，為此拉響了華盛頓首府恐怖襲擊的警報。Ziva和Tony找到恐怖分子製作髒彈的倉庫，裏面殘留大量爆炸物品原料。Gibbs最終發現恐怖襲擊只不過是一場政客的利益騙局……

PS：律師Allison Hart和Gibbs第二次交鋒，Ziva、Tony和McGee吃着爆米花看戲……

前海軍陸戰隊員Werth Damon（見S05E10）出現在Gibbs的家裏，他是為了自己以前的戰友來尋求幫助。Gibbs小組調查發現Werth戰友的死亡和一場跨國汽車比賽有關……

PS：Werth和Ziva在案件卧底時的默契配合，讓Tony心生醋意……

一對夫妻帶着孩子散步時聽到數聲槍擊聲，海軍上校Joseph Norton和他的未婚妻在散步時遭遇槍擊，Gibbs驚訝的發現Norton上校的未婚妻是他的前岳母Joann Fielding。調查發現Norton上校生前和墨西哥販毒集團進行過大量毒品交易，而岳母Joann接近Norton上校的目的是為了復仇，為Shanne和Kelly死而復仇。Gibbs在得悉真相後，暗中聘請律師Allison Hart作為岳母Joann的辯護律師。

PS：岳母Joann的意外到來，讓Gibbs回憶起往昔……

三個海軍陸戰隊員在阿富汗執行秘密任務的歸途中，搶劫了一個阿富汗毒販的大量美金，而海軍中尉John Mayne獨吞了這一大筆贓款，然後秘密潛回美國，並改名換姓為Christian Wells，再次娶妻過上富豪的生活。6年後，一位私家偵探得知了他的雙重身份，試圖勒索Mayne中尉，雙方在槍戰中導致Mayne中尉重傷不治而亡。

PS：Ducky的母親去世，但是他沒告訴任何人，其實很多人都擔心他，尤其是Abby和Ziva。

年輕的海軍潛水員設下沉船寶藏騙局，和富豪醫生太太合謀殺夫騙錢，Gibbs和CGIS 的Abigail Borin（簡稱“Abby”）雙劍合璧，偵破案件。

CGIS：海岸警衞隊調查處，NCIS的兄弟單位。

PS：下班的Ziva推掉了自己的約會，和Tony一起欣賞老電影……

海軍先驅報的記者Justin Moss中尉，後中數刀後死亡，調查發現兇手是一位連環殺手，且每位受害者都是高級應召女郎Charlotte Cook的客户。

PS：Tony和諾福克警探Phil Mc Cadden成了好朋友，他們被稱為電影發燒友組合，他們身着“情侶”裝出雙入對，一起討論電影情節和漂亮女人。可是當McC在言語中準備向Ziva小甜心發起攻勢時，Tony和他“分手”了……

海軍士官的屍體被衝到河岸邊，現場又發現了另一具屍體，有組織犯罪集團的Stefano Delmar被人用鐵鏈綁在碼頭下，而我們的士官顯然是被殃及池魚。Delmar是FBI證人保護計劃的證人之一，而且是第三個被謀殺的證人。Gibbs和Fornell猜測存在內奸泄密，而Cooper公司是第一嫌疑對象。McGee發現NCIS的測謊師Susan Grady過去兩年在Cooper公司兼職。Cooper公司發生爆炸，Susan Grady倖免於難。最終幕後黑手，令人出乎意料……

海軍信息作戰司令部Hutton中尉在前往醫院途中死亡，而他的妹妹Dana也失蹤了。Palmer細心地發現了令Hutton中尉致死的原因——冷戰時期克格勃暗殺武器“蓖麻毒素”，這令Ducky十分的欣賞。Gibbs調查發現Dana不久繼承了一位前克格勃傳奇特工Yuri的財產，而這也是導致Hutton兄妹遭遇毒手的原因。

Tony再次違反了Gibbs的第10條規則——絕不把私人感情帶進案子裏，他深度地痴迷着Dana，愛着她的一切，甚至和她的前男友發生了肢體衝突，然而最終Tony卻眼睜睜的看着Dana死去……

Gibbs調查小組發現墨西哥Reynosa毒品家族，僱傭海軍下士Ray Collins殺害競爭對手，製造了斷腳連環殺人案。而Collins下士在最後失手了，被反殺棄屍於車輛報廢場。

與此同時，受Alejandro Rivera的邀請，McGee護送Abby前往墨西哥司法部參加一場教學研討會，教學的案例是20年前大毒梟Pedro Hernandez被殺案。在現場教學中Abby認識了Reynosa 毒品家族的頭目Paloma Reynosa，她送給了Abby一顆狙擊子彈。Abby發現了20年前大毒梟Pedro被狙擊的真相，同時她懷疑被邀請來墨西哥教學是一個陰謀……

原OSP特別探員Lara Macy（見S06E23）被發現死於一個篝火堆裏，且她在彭德爾頓做軍警時的個人筆記被盜。與此同時，Gibbs得知Bell上校的僱傭兵焚燒了Mike Franks的房子併到處追殺他，且殺害Macy探員的人正是Bell上校的得力助手Dean中尉。

這一切都和20年前大毒梟Pedro被狙殺案有關，Gibbs隻身前往墨西哥查明真相，卻意外發現Dean中尉殺害了Bell上校。

Gibbs隻身前往墨西哥查明真相，卻發現Paloma Reynosa和司法部的Alejandro Rivera是姐弟倆，而在調查他的Bell上校只是明線，背後卻是這姐弟倆，目的是查出誰在20年前擊斃了他們父親——大毒梟Pedro Hernandez。

Gibbs的第51條規則：有時候，你是錯的！——書寫於第13條規則“絕不要和律師產生聯繫”的紙條背後！

PS：Ziva在莊嚴的宣誓中成為一名美國公民！

女毒梟Paloma Reynosa的手下用機槍對Jackson Gibbs的商店進行掃射，但Jackson乘機從地窖後門逃走了。Jackson來到華盛頓和兒子住了數月，他感到有些無聊，想要回家重新開店。深夜時分，Franks秘密來到Gibbs的家裏，他和Gibbs一邊喝酒一邊述説着過往發生的事情。

西弗吉尼亞州，一架非法載客直升機降落，駕駛員和一位乘客死亡，Gibbs在直升機的監控中發現了女毒梟Paloma。Abby根據駕駛員體內的寄生蟲，分析出Paloma的飛行路線。面對Paloma對自己家人的死亡威脅，Gibbs小組和Jackson、Franks聯手設下了陷阱，引誘Alejandro Rivera親手射殺了姐姐Paloma Reynosa。

PS：Vance主任把Abby撰寫的大毒梟Pedro Hernandez的死亡報道，歸檔在儲物室的證物盒裏。

NCIS來了三位實習生，Gibbs安排他們分別去了法證、法醫和現場實習。匡提科高中發生了神秘氣體泄漏事件，學生和老師在上課時都睡着了，小女孩Rebecca Mason失蹤了。Gibbs小組調查發現Rebecca的爺爺Mason是一位退役的秘密間諜，他想要獨自解救自己的孫女，但是他很快發現這是一個陷阱，綁匪正在的目標是他。Abby的實習生在Mason汽車上發現了關鍵線索……

海軍拆彈專家Dempsey在家中槍殺了一位入侵者。NCIS發現Dempsey正在和已婚的FBI行政助理司長Gary Tolin私會，Abby通過精確搜索發現入侵者是一位職業殺手，但意外的是他的目標不是助理司長Gary Tolin，而是Dempsey中士。

PS：Tony被選中成為NCIS新的招募宣傳冊的封面了！但最終主任選中了一個權威的且正直的人……

海軍士官Edward Bick的屍體在一個露天浴缸中發現，且兇手剖開了Bick士官的腹部，從胃中取出了某樣東西。Gibbs小組調查發現Bick士官生前在執行一項CIA的機密任務，任務涉及三百萬CIA的美鈔。Abby在Bick士官的肺部檢測出一種特殊的花粉，Gibbs調查發現CIA的Tennison指揮官監守自盜。

PS：Tony對Ziva的邁阿密新男朋感到好奇，他偷看Ziva的電子郵件，卻被Ziva逮個正着。

一名槍手闖進鄉村電台的直播現場中殺死了三個人，包括海軍中校嘉賓和電台主持人Adam Gator，且主持人Adam是首要目標。Tony發現Adam因為即將的發言而被殺，Abby追蹤一個恐怖組織MAH的來電，發現電話來自一個封閉式富豪社區“皇家森林”，他們計劃來一次盛大的爆炸。爆炸發生的瞬間，Ziva迅速撲倒了Tony。

PS：Tony的嗓子嚴重發炎，導致幾乎失音了，Ducky建議他在24小時內都不要講話，以防止炎症惡化。

海軍上尉Clea Thorson神色驚慌中在街頭被公交車撞死，Clea是一名化學工程師，她的雙臂和肚子皮膚上佈滿神秘的化學公式。根據Clea手臂上的空間座標，Ziva和Tony找到了Clea的住所，那裏有着更多的化學公式。Abby破譯了化學公式，使得Gibbs成功抓住了罪犯。

PS：Tony的新女友喜歡角色扮演，她希望在週末狂歡中Tony能裝扮成……

五角大樓的海軍上將Chase在垃圾箱裏發現了他的一位老朋友的屍體，受害者是退休的海軍中校Woody Iverson。McGee發現Tony的父親DiNozzo Sr和受害者生前搭乘同一駕私人飛機。Woody的死亡和54年前失蹤的氫彈有關。Ziva利用DiNozzo Sr潛入Royce集團峯會，探查氫彈和謀殺訊息。

PS：DiNozzo Sr利用潛伏計劃大肆謀私利，向NCIS報銷了近萬美金！Tony決定要和父親好好談談……

一個女孩利用特殊裝置盜刷信用卡，但她無意中盜刷了在恐怖分子監視名單上的信用卡，Ziva利用該裝置找到了持卡人——摩薩德探員Malachi。

CGIS從墨西哥灣運來3具疑似走私者的屍體和空貨箱，Gibbs發現走私者把3名巴勒斯坦抵抗前線的殺手運達美國，他們的目標是摩薩德主任Eli David。

Vance主任主持一個由NCIS高級成員組成的會議，他邀請了Eli David參加會議，Gibbs小組參與了Eli的安全保護。

Eli的安全屋發生了恐怖襲擊，摩薩德探員Hadar死亡，Vance主任受重傷，David主任獨自逃離了現場。Abby發現安全屋被事先預設好了定向散鏢地雷。Ziva根據父親留下的訊息找到了他。手術昏迷中的Vance主任，回憶起了20年前的一件任務……

20年前，位於阿姆斯特丹的三叉戟行動，這是Leon的新手任務，也是他和Eli的初次見面。當年他們同樣製造了定向散鏢地雷，用於對付任務目標。然而這次行動是一位NCIS高層為實現自身野心而精心安排的陷阱，Leon只是陷阱上的誘餌。此次NCIS高層會議是Leon和Eli共同安排的，他們邀請了當年那場行動的所有參與者，一同回顧行動細節，尋找真相……

當Gibbs得知三叉戟行動的目標是俄羅斯人Anatoly Zhukov時（見S05E18），便知曉了幕後真兇。

海軍士官Jerry Neisler受到一份恐嚇光盤，他在出庭前夕躲藏起來了，NCIS應聯邦檢察官的要求介入緊急調查，因為Jerry是一起平民謀殺案的唯一目擊證人。

PS：Tony的行為發生了極大的轉變，他不再搗蛋且主動幫助同事，他不在工作中狂飆電影台詞，他也不再挑逗漂亮女人……，眾人對他的突然轉變極度不適應。

海軍中尉Jeremy Nolan在一次遊輪晚宴中死於槍戰，CGIS和Abigail Borin（見S07E18）也是晚宴的客人。Jeremy中尉死前剛剛繼承了億萬家產，但他無意繼承家族企業，想要把公司轉變為慈善機構，這無疑觸動了家族中其他人的利益。

在弗吉尼亞州費爾法克斯的一所高中，海軍招募員Simon Craig中士被推下樓梯後死亡。Simon中士是一位同性戀者，他為高中男孩Paul做心理輔導，但卻被帶有偏見的Paul父親所殺害。

一對遛狗的鄰居在自家的後花園裏，發現了被毆打致死的海軍中士Travis Wooten。NCIS調查發現Travis中士長期對妻子Georgia進行家暴，不堪忍受的妻子反擊了，帶着兒子逃離了丈夫。Abby發現了兇器的模樣，幫助Gibbs鎖定了真兇。

殖民號軍艦大副海軍中校Vincent Reynolds在客艙內被槍殺，NCIS介入調查。Reynolds中校一生未婚無子，他的一生全部奉獻給了事業，但是再過9個月他即將強制性離職，家庭事業一無所有的他，選擇了自殺。

心理醫生Rachel Cranston將作為臨時團隊成員，對Gibbs小組成員進行強制性心理評估。Rachel醫生是已故特工Kate Todd的姐姐，她在進行心理評估的同時，還想見見Kate生前在她身邊最親密的人。她的問題激起了大家對Kate的回憶。 PS：Gibbs帶領Rachel來到地下室，站在Ari死亡的地點，希望Rachel放下心結，重新生活……

貝爾格萊維亞國防部長Andor Gorgova和美國國務卿在美國大使館會晤時，遭遇恐怖襲擊。NCIS奉命保護國防部長的女兒Adriana，Adriana在McGee的保護中遭遇綁架，這讓Vance主任十分惱火。Gibbs發現Adriana的老師Fleming教授是恐怖襲擊的幕後指使者，且Adriana的綁架是場騙局。

PS：害怕打針的Tony在Abby的美女護士戰術下投降了；Gibbs的又一次擅自行動，令他和Vance主任之間的關係再次緊張起來！

地鐵警察在一名扒手的失竊錢包中發現了被肢解的指尖和牙齒，指紋證明他們是屬於海軍下士Zack Armstrong的。McGee發現Zack下士的前女友Maxine在玩一款熱門網絡遊戲“恐怖塔3”時，無意引發遊戲死機，這導致了謀殺案的發生。而“恐怖塔3”主設計師Reed Snyder在遊戲中植入木馬程序，想利用百萬玩家攻破五角大樓網絡。最終時刻，Gibbs採用他一貫對付電腦的方式，終結了遊戲……

一對小情人在停車場發現了NCIS前僱員Oliver Froman的屍體，Gibbs和McGee在受害者的汽車後備箱中發現了大量被NCIS查封的贓物，包括金融基金詐騙犯Leona Phelps被查封的財產。Gibbs發現兇手想要得到Leona基金的記賬簿，便故意放出誘餌，引蛇出洞，人贓並獲。

PS：NCIS總部迎來了一位新的同事——EJ Barrett，她是西班牙羅塔市NCIS分部的隊長，而這個職位原本是Tony的，相似的過往令Tony和EJ的關係曖昧起來了！

退役海軍上校Yale Peyton在自家中被殺，他被斧頭砍了七下。嫌疑犯是Peyton上校的兒子Nick，Vance主任希望Gibbs能夠找到弒父的鐵證，但Gibbs十分懷疑Vance主任的動機。NCIS發現Nick是戒毒所的常客，他和父親的吵鬧也從不間斷。在Vance主任的逼供下，Nick招供了殺父的罪責，但Gibbs卻認為他在撒謊，兇手另有其人……

一對年輕的夫婦在森林裏發現了海軍少校Patrick Casey的屍體，受害者在附近的一塊岩石上留下了血字遺言“鳥鳴”。NCIS發現Casey少校的遺言和一本名為《鳥鳴行動》的書有關，書中記載着國情局高層與軍火商內外勾結的內幕，以及一次刻骨銘心的愛戀……

PS：Gibbs和Fornell共同的前妻Diane，邀請他們參加她的第三次婚禮……

華盛頓郊區的農場裏發現了一具海軍水手的屍體，受害者被兇手精心清洗，然後裝扮成高級軍官，最後用透明塑料布包裹起來，且他的住所也被清潔乾淨，只在冰箱中留下“殺人線索”——冰凍蛇口花。Gibbs從水手的胸章上得到線索，找到了另一位受害者。酒吧裏P2P殺手為Tony點了一杯眼珠酒。

高級探員EJ Barrett被Vance主任召回的目的就是為了追查P2P謀殺案，初始案件發生在西班牙羅塔港口，迄今EJ團隊已調查過三起P2P謀殺案。Vance主任希望Gibbs將案件交由EJ負責，但是Gibbs對EJ的辦案能力表示懷疑。

PS：Ziva的邁阿密男友Ray突然來NCIS探望Ziva，這令Ziva十分驚喜，眾人也驚訝的發現Ray是CIA探員。當EJ無意中説出Ray是P2P謀殺案的聯絡官，且他到華盛頓的目的是為了配合調查，Ziva頓時對Ray接近她的目的感到懷疑……

五角大樓裏發生謀殺案，受害者是存檔室的海軍中尉Ross，監控視頻清晰地顯示了兇手Donner士官的謀殺過程。兩天後，NCIS找到了失蹤的Donner士官，但是他至少已經死去四天了。Abby破譯了監控視頻中的對話，發現Ross中尉被殺原因。Gibbs發現兇手使用了Donner士官的硅膠面具，進入機密檔案室。

EJ和她的團隊正式接管了P2P謀殺案，她在Palmer的幫助下，發現未知眼珠可以打開NCIS的虹膜鎖。

PS：Tony和EJ的辦公室戀情，令Tony在辦公時魂不守舍，Gibbs對此很是不滿。

一起新的P2P謀殺案發生了，Gibbs小組介入調查，Tony發現死者是他在巴爾的摩警察局的搭檔Danny Price。Ducky隨後發現這是一起模仿殺人案，兇手是警察系統的內部人員。Tony回憶起了自己在巴爾的摩的偵探生涯，包括他與Gibbs的第一次相遇。

EJ團隊的夏威夷調查發現眼珠的主人是CIA探員Trent Kort，他在P2P殺手的襲擊中倖免於難，但失去了一顆眼睛。

Kort向大家展示了一份CIA秘密影像檔案“科學怪人行動”， Kort曾經訓練一批海軍成為卧底刺客，Jonas Cobb上尉就是其中一位，他在首次暗殺任務後失蹤了，隨後P2P殺手出現了。

Mike Franks在Gibbs的召喚下，再次回到華盛頓。在電閃雷鳴的暴風雨夜中，Jonas Cobb出現在Gibbs家附近，Mike在與Cobb的搏殺中，發出生命中最後的絕唱。

PS：NCIS劇情中少有的暴風雨夜，往往預示着不祥，在S03E01中我們送走了Kate特工，而這次Mike也離我們而去了……

EJ團隊在抓捕Cobb時遭受襲擊，Levin探員死亡，Cade探員重傷，逃過一劫的EJ自責不已。在四下無人時，EJ偷偷的從Levin的手腕中取出了一枚微型芯片。Tony意外得知EJ的舅舅是海軍部長Phillip Davenport。

“科學怪人行動”是海軍和CIA的聯合行動，它最初的策劃者是Vance主任，而Cobb的首次任務，正是海軍部長Phillip私下批准的，Vance主任希望部長可以為自己錯誤的行為負責。

Cobb以Ray為誘餌，綁架了Ziva。正當Gibbs小組開始搜尋Ziva時，Cobb卻投案自首了。Cobb是為了進入NCIS才投降的，他要向海軍部長復仇。Cobb挾持了EJ、Palmer和Kort，他在最初之地和海軍部長了結恩怨……

PS：Ray有了一個新任務，他收到一條秘密信息，“Kort在特拉維夫，儘快處理”；新任海軍部長Clayton Jarvis交給了Tony一個秘密任務，NCIS中有一名探員正在出售絕密信息，Jarvis部長希望Tony不惜任何代價進行秘密調查……

Tony在槍擊中失去了部分記憶，Gibbs希望心理醫生Rachel Cranston（見S08E14）和他談一談，Rachel醫生讓Tony試着從他的秘密任務開始回憶……

新任海軍部長Clayton Jarvis交給了Tony一個關於微型芯片的秘密任務，命令他對NCIS探員Cade進行秘密調查。Tony利用EJ找到了失蹤的Cade，但神秘殺手Casey Stratton為他們設下陷阱，Cade當場身亡，EJ不知所蹤，Tony重傷失憶。

Ducky發現了EJ從Levin的手腕中取出了一枚微型芯片，Gibbs懷疑這與Tony執行的秘密任務有關。Jarvis部長的朋友Felix Wright上尉死在他的面前，Wright上尉的手腕處同樣有一道切口。Jarvis部長向Gibbs和Vance主任，介紹了ONI觀察者艦隊組長Sean Latham，Latham介紹説，Wright和Levin等八人都是“幻影8號”計劃的成員。他們身上的微型芯片，可以在全球範圍內，給予他們權限進入觀察者數據。Gibbs上交了丟失的芯片，然而事情並沒有結束，他從國防部文件中發現，Casey Stratton也是“幻影8號”計劃的成員之一，顯然Latham撒謊了！

PS：Ziva的試用期結束了，她成為了一名正式的NCIS特別探員。

一等兵Thomas Hill在返鄉派對上死亡，Tim和Ziva在追蹤血跡，尋找兇殺線索時，受害者的手機剛好被清潔車碾過，並自動吸入垃圾鬥中，Tony他們不得不在垃圾中翻找手機。Gibbs小組調查發現兇手的真正目標是Hill的妹妹Lindsey，而Lindsey的真實身世讓人唏噓。

海軍上尉Paul Booth在公園裏被人槍殺，受害人身上擁有Tim八年前的名片，但Tim卻對他沒有任何印象。Paul上尉是特列斯集團的分析員，特列斯的保密程度堪比五角大樓。Tim發現Paul上尉生前最後一個電話，打給了Penelope Langston。Penelope是Tim的奶奶，她曾經是特列斯集團的首任女分析員，她過去的一項研究報告，導致槍殺案的發生，自身也處於危險之中。

PS：Penelope是Tim的最親密的家人，奶奶的言行對Tim影響深遠，他親切的稱她為Penny。為了奶奶，Tim第一次反抗了Gibbs。

一個代號“冷卻者”的職業殺手，在躲避電視台採訪時，車禍致死。NCIS發現“冷卻者”的新目標是國會山海軍少校Brett，為了防止幕後僱傭者對Brett少校的再動殺機，NCIS決定對Brett少校進行保護性監視。

PS：Abby想要為一個陌生人捐出自己的腎臟，團隊成員為此很擔心。在和移植協調員見面後，她驚訝的發現另一位志願者是她從未見過的弟弟，這讓心煩意亂。

CGIS探員在搜尋走私船隻時，遭遇槍擊身亡。CGIS的Abigail Borin邀請Gibbs進行聯合執法。NCIS在走私船上發現了偷渡者，來自黎巴嫩的避難者Robinson一家。Abby發現走私船上只有Robinson一家四口人，且父親Farid是中情局恐怖分子名單上的通緝者。通過對Tony褲子上污跡的化驗，Abby發現了Robinson父子的驚天陰謀……

海軍中尉Jason Simms半夜橫穿高速公路，撞上了一輛油罐車。Ducky發現Simms中尉死前喝了30斤的水，導致“醉水”而死。NCIS調查得知這是一起連環殺人案，受害者都有一段失敗的婚姻。Gibbs發現兇手是Ducky新女友……

Gibbs和Fornell共同的前妻Diane向他們求助了，因為她懷疑自己的丈夫Victor Sterling（見S08E19）被人綁架了。Gibbs發現Victor失蹤時所在的快餐店裏有2名店員被槍殺，且失蹤後兩小時的Victor在國土安全部的數據存儲中心使用了門禁卡，下載了埃博拉病毒配方。兇手是國土安全部特工Pearce，他策劃了恐怖襲擊事件，計劃襲擊軍隊高層人士。軍方高層的裁軍計劃，事關數十億的軍費，觸動了很多人的利益，Pearce的幕後黑手身居要職。後續的調查令Vance主任十分頭疼，他把這個難啃的三明治交給了FBI。

一架運輸海軍烈士遺體的飛機墜毀，機組人員四死一重傷，烈士遺骸散落一地。悲傷的父親來NCIS尋找女兒Gabriela Flores的遺骸，但是Abby對遺骸的DNA進行辨別，發現Flores中尉的遺體並不在其中。NCIS調查發現Flores中尉在阿富汗遭遇火箭彈夜襲，現場僅留下她的士兵牌，Flores中尉到底在哪，她還活着嗎？

NCIS從衞星視頻中找到了Flores中尉的行蹤，她在夜襲前帶領兩個學生逃離寄宿學校，但遭遇襲擊者的綁架。Flores中尉的父親在教堂裏為女兒祈禱着，Tony神色凝重地推開門。Gibbs和海軍陸戰隊員神情悲傷地坐在運輸機裏，他們的面前是一副披着星條旗的遺體箱。

Tony的父親又一次陷入麻煩中，這一次他的一位生意夥伴Massey上尉被警察發現死於汽車後備箱，駕駛座上正是宿醉未醒的DiNozzo Sr。

Vance主任給Tony下達禁令，禁止他接觸案件和DiNozzo Sr。可是越來越不利的證據，讓Tony心急如焚，他不顧禁令，暗中追查着線索。

聖誕節前夕，海軍上校Jake Marsden在賓館中被職業殺手槍殺，Gibbs在犯罪現場接到一個神秘女子來電。NCIS在卡羅郡的購物中心找到了懷孕的Emma中尉，她告訴Gibbs有疑似國防部的車輛在跟蹤他，Jake是為了保護她而被殺的。Tim和Abby發現Emma中尉腹中的孩子是阿富汗阿米爾部落未來的國王。

平安夜的暴風雪裏，伴隨着陣陣交火聲，在Gibbs的幫助下，Emma中尉順利地誕下了自己的孩子。

失蹤多日的EJ意外出現在Gibbs小組的面前，她在四處躲避神秘殺手Casey Stratton的追殺。Gibbs通過海軍部長約見Sean Latham，逼迫他交出Jonathan Cole上校（Casey Stratton的真實身份）。狗急跳牆的Cole反殺了Latham，卻中了Gibbs的陷阱，失手被擒。

PS：EJ揭破了Tony和Ziva之間的曖昧，讓Tony明白自己心中的真愛！

海軍外交專員Maya Burris少校死於郊外空廠房中，Ziva在調查中意外發現，剛剛向她求婚的男朋友Ray，在CIA的秘密任務中錯殺了Burris少校。面對殺人事實，Ray供認不諱，但他認為自己在做對的事情，是在拯救美國民眾的生命。Ray的冷血無情，讓Ziva對他失望不已……

本集是特別劇集，它是NCIS全劇第200集。

Gibbs在咖啡廳遭遇槍擊時，在子彈時間內，他回憶了他的一生。Gibbs在天國裏見到了逝去的導師Mike，見到了年輕時期的母親Ann，還見到了一生的摯愛Shannon，他回想起自己一生中的決定……

海軍上尉Jack Wallace在花店中和店主一起被槍殺，Wallace上尉和店主是現實超級英雄團隊的成員，他們自發在夜間巡視社區街道，打擊犯罪。Ducky在和同行交流後，發現了多起超級英雄謀殺案。Abby根據手機信號塔，鎖定了真兇。

Tony的前未婚妻Wendy來到NCIS，她是國際新聞部的記者，而Wallace上尉是她的線人。Wendy希望和Tony重温舊夢，Tony會做何選擇？

Dr. Robert Banks在家中上吊自殺，他是海軍心理戰術部門的心理醫生。Dr. Banks的心理醫生Rachel Cranston否定了他自殺的可能性，認為他死於心理戰術。

海軍心理戰術部的負責人Dr. Samantha Ryan到NCIS配合調查，她的老同學Vance主任和Rachel醫生，不約而同的提醒Gibbs，不要相信她的話。喜歡掌控一切的Dr. Ryan在和Gibbs進行心理交鋒時，被擊中弱點俯首稱臣。

一位因持有毒品的海軍在上庭前，想要和Gibbs進行交易，他有一些關於軍火商Agah Bayar的內幕信息，然而他還沒開口就死於心臟病。Abby發現受害者死於被遠程操控的心臟起搏器。而NCIS對軍火商Agah Bayar的調查，卻遭到國防情報局的阻撓。隨後的調查發現，這是國情局針對俄羅斯的一次情報陷阱。

海軍部長Jarvis在NCIS和海軍心理戰術部的配合下，在一個演講會場中上演了一場暗殺好戲，這是一次針對Wickes鋼鐵造船公司總裁Philips Wickes的調查。Wickes公司涉及一個秘密情報泄露案和勒索案，Jarvis部長想知道他的好朋友Wickes是否參與其中，他要求NCIS全力阻止機密泄露。Gibbs和Dr. Ryan親密合作，從一張舊照片中，洞悉泄密案幕後真兇。

PS：Ziva從Gibbs歡快的腳步中，洞悉了Gibbs和Dr. Ryan的曖昧關係。

海軍士官Caleb在假期遭遇劫殺，疑犯Michael Thomas是Vance主任的小舅子，Vance深信他的小舅子不是殺人犯，但事實卻狠狠的扇了他一巴掌。

一對外出野營夫妻遭遇高空墜屍，受害者是海軍上尉Walter Larabee。NCIS調查發現Larabee上尉的最後一項任務是保護海軍牧師Wade，前往哥倫比亞進行人道援助和傳教。Gibbs派遣Tony和Ziva前往哥倫比亞，在前國際刑警Monique的幫助下，成功解救出Wade牧師。

PS：Palmer在為選擇他的伴郎而苦惱，最終他選擇了NCIS最美的伴郎——Abby！

巴爾的摩消防局在艾克耐斯公司倉庫的縱火現場，發現一具嚴重燒焦的屍體，和一堆海軍機密文件。NCIS調查發現受害者Carter Plimpton是“幻影8號”的成員之一，且現場丟失了一份觀察者艦隊的“藍寶石”計劃文件。縱火調查員Jason King指出縱火燃燒劑是鋁熱劑。

4年前，艾克耐斯公司生產了一批帶有缺陷的配電線，並將它們出售給海軍艦隊。分析員Carter Plimpton發現後，海軍和觀察者艦隊開始執行“藍寶石”計劃，秘密更改海軍艦隊的線路，但迄今為止只有1/3的艦隊完成改造。

縱火者遭人滅口，“藍寶石”文件的泄露，一場針對美國海軍艦隊的恐怖襲擊即將到來……

PS：20年前，Tony在居民樓火災中解救了King，但King的妹妹卻……。這件事改變了兩個人命運，他們一個成為了巴爾的摩警察，一個立志成為縱火調查員。

布魯斯號驅逐艦發生縱火襲擊案件，Tim在現場調查發現，縱火者因為一個意外玩火自焚。海軍艦隊安全員Burley特工，發現本傑明·富蘭克林號核動力航母上有鋁熱劑，Gibbs為此設下陷阱，逮捕了縱火者，並將幕後兇手Harper Dearing的照片釘在了NCIS通緝牆上的首位。

探員Dorneget的假牙中發現了屬於Dearing竊聽器，Dearing主動通過MTAC和Gibbs進行對話，並且他在海軍基地中留下了Gibbs木船的模型，他設下種種煙霧彈。當Gibbs為他的行為感到迷惑不解時，Tim緊急來電——Vance主任失蹤了……

Vance主任在一副石棺中甦醒，他的旁邊是一具乾屍作伴。Dearing認為NCIS要為他兒子的死亡負責，海軍艦隊的縱火案只是前奏。他在Vance主任的汽車裏安放了遙控炸彈，爆炸發生在NCIS總部大樓旁邊，Gibbs小組成員沒能及時撤離現場。正在出席Jimmy婚禮的Ducky驚聞噩耗，導致心臟病突發，暈倒在沙灘上……

NCIS總部大樓的爆炸襲擊，導致現場一片狼藉，人員傷亡慘重。慶幸的是Gibbs小組成員有驚無險，心臟病突發的Ducky也得到及時的搶救。美國總統下達最高指令，各部門合作全力追殺Harper Dearing。

逃亡中的Harper Dearing在汽車爆炸中化為焦屍，然而Gibbs識破了Dearing的假死計劃，他根據Dearing留下的訊息，與他進行生死對決。

爆炸案後失蹤的軍械庫主管Midge Watkins的車輛在池塘裏被人發現，康復中的Ducky協助Palmer進行屍檢，他們發現Midge被一顆發黴的子彈槍擊後，死於香水過敏。Tony聞着熟悉的香水味，擒住了正在拋棄兇器的兇手。

PS：海軍基地爆炸襲擊已經過去數月了，然而Abby卻還是天天從噩夢中驚醒，Gibbs建議她和自己的親弟弟（見S09E04）相認，以親情撫慰恐懼感。

Ducky從一份訃告中，發現12年前他經手的一件案子存在謀殺疑點，所以他擅自挖掘出案件受害者海軍中校Bruce Roberts。於此同時，NCIS發現海軍中士Raymond Hill在家中死於一氧化碳中毒，且他的死亡於Roberts中校息息相關。

“海鷹號”直升飛機在返航途中失蹤，一週後，三名機組人員在海灘上被人發現，但飛機駕駛員海軍少校Oliver Happ依然不知所蹤。NCIS和CGIS的Abigail Borin聯合調查該起事件，他們最終發現三名機組人員私下販賣“海鷹號”，並殺害了Happ少校。

海軍上士Boxer在一輛豪華跑車中被人槍殺，NCIS調查發現兇手的真正目標是超跑的主人，Boxer上士只是誤中副車。

Gibbs在追蹤兇器來源時，在當鋪中發現了一枚被典當的國會榮譽勳章，勳章的主人是Leroy Jethro Moore，他是Jackson Gibbs最好的朋友和商業夥伴，Gibbs的名字便是以他命名的。LJ和Jackson因為Ann Gibbs的自殺而反目，在Gibbs的協調下，兩位老朋友最終言歸和好。

海軍中尉Torres被人毆打致死，NCIS在現場附近找到渾身是傷的Joe Westcott上尉。Westcott上尉患有創傷後應激障礙（PTSD），他和Torres中尉在便利店中碰到Randall Kersey，這讓他回憶起阿甘達戰場上的一幕幕，在追蹤Randall過程中，發生肢體衝突，Torres中尉意外死亡。

PTSD導致Westcott上尉的記憶混亂，但他對IJI一詞念念不忘，Gibbs根據直覺深入追查，Westcott上尉小隊在阿甘達遭遇Ijil抵抗者組織的伏擊，而Randall Kersey正是Ijil組織的一員，且他正在策劃一起恐怖襲擊……

PS：Tony和Ziva分享了他的童年舊照，回憶起他和母親在一起的日子。

Gibbs幫助Westcott上尉的重塑記憶，逮捕了Randall Kersey，阻止了炸彈襲擊，也讓Westcott上尉恢復了自信。

PS：感恩節的第二天是Ziva的妹妹Tali的生日，每年的這一天，Ziva都會去歌劇院紀念她。但是今年，歌劇院的票售完了，這讓Ziva十分難過。知曉這一情況的Tony，為Ziva送上一份特別的禮物……

在電影院打工的女孩Lydia和Rosie下班時遭遇綁匪，Lydia的父親海軍上校David在阻攔綁匪時被槍殺，Rosie被綁匪劫走。Gibbs在一位老朋友的幫助下，成功解救了Rosie。

下班回家的Tobias Fornell遭遇槍擊，Gibbs和Fornell在兇手工作的酒吧中，發現他們的前妻Diane，利用Fornell的婚後姓氏，秘密調查偷税案件，這引發了Fornell的槍擊事件。在Vance主任的命令下，三人被迫合作偵破案件。

海軍中尉Huffner回到家中時，震驚的發現自己的丈夫死在沙發上。Abby在受害者的錢包中，發現了一張尚未發行的百元美金紙鈔。NCIS和經濟情報局聯合，追回了幾百萬失竊的未流通貨幣，並解決了謀殺案。

PS：DiNozzo Sr想要和Tony過一個傳統的聖誕節，以彌補他過去虧欠Tony的。他為Tony準備了一份特別的聖誕禮物。

一對父子在河邊釣魚時，釣上了一隻人耳。NCIS介入調查，一位聲名狼藉的記者偽裝成海軍士官，進入海軍基地秘密調查毒品醜聞，卻被人謀殺並沉屍河底。

Ziva的父親Eli，獨自一人秘密來到華盛頓，秘密會見他的童年好友——伊朗情報官Arash Kazmi，帶來和平的禮物。Vance主任邀請Eli父女參加安息日晚宴，晚宴中神秘殺手來襲，Eli當場死亡，Vance主任的妻子Jackie重傷搶救無效死亡。而兇手在Ziva和Gibbs的追擊中，服用氰化物自殺身亡。

NCIS需要在48小時內，查明Eli主任的謀殺真相，否則將造成重大的國際動盪。Tim從僱傭殺手的僱傭金上，追蹤到幕後兇手的賬户，查明瞭真相。摩薩德副主任Ilan Bodnar為謀求上位，僱傭殺手謀殺了Eli主任，在被NCIS發現後逃之夭夭！

一對情侶在私奔的途中，被人謀殺並偽裝成車禍。Abby在檢查車禍車輛時，回憶起自己的第一件案子，一起肇事逃逸案。

NCIS遭遇一次黑客入侵，導致一名卧底探員身亡。Gibbs抓獲了黑客Ajay Khan，為了讓他供出幕後指使者，Ducky和Gibbs利用其自私自利的性格弱點，設計了一出關塔那摩監獄之旅的劇目。

PS：Abby為自己換了一個新發型！

海軍陸戰隊士兵Crowe在訓練中猝死，調查發現Crowe的身上有着多處傷口。最終真相是一位新兵指揮官對士兵的過度訓練，導致士兵死亡。

Vance主任在整理妻子的遺物時，發現一把銀行保險箱鑰匙，保險箱中包含一些現金和一份財產公證。Gibbs的一番話，讓Vance明白了妻子的苦心和擔憂。

一名身受重傷的海軍軍官，喝了一罐通渠水自殺身亡。Ducky和Jimmy在運送屍體回程的路上，遭遇間諜三人組綁架。與此同時，NCIS發現受害者是一位冒名頂替的間諜，利用海軍身份竊取機密。Ducky和Jimmy在綁架者的威脅下，在山間小屋對屍體進行解剖，他們利用屍體製造了一起甲烷爆炸，乘機逃出生天。

時隔三年，死亡玫瑰殺手再次作案，華盛頓警方發佈了通緝人像。Gibbs的理髮師懷疑自己的兒子Cameron是死亡玫瑰殺手，Gibbs決定私下幫老朋友查明真相。Abby通過玫瑰花上的血液，查明瞭三年前的殺手，但是他早已死亡。新的死亡玫瑰殺手是一位模仿犯，他是一位新聞記者，為了拯救自己的事業而進行謀殺。

駐紮喀布爾的陸戰隊員Ted在搜尋犬Dex的幫助下，從雷區解救了一名小男孩，卻遭遇狙擊身亡。Ted的妻子Ruby來到NCIS尋求幫助，她懷疑自己的丈夫的死亡存在疑點。Gibbs帶領搜尋犬Dex前往喀布爾，抓獲了謀殺真兇。

PS：Vance主任在NCIS進行了一場保姆海選聘任大會……

北極光號軍艦的船醫在一場暴風雨中，被人謀殺橫屍甲板上。NCIS介入調查，偶遇急需離船的海軍上將John McGee，McGee將軍是Tim的父親。

McGee將軍有望成為總統內閣成員，在軍艦上偶感不適的將軍，被船醫診斷出癌症晚期。為了保護自己的職業生涯，將軍的副官殺害了船醫。

PS：Tim和父親第一次像家人一樣，心平氣和地交流起來了……

海軍中尉回家後，發現家裏一片狼藉，滿地血跡斑斑，丈夫Noah不見蹤影。NCIS介入調查，在廚房垃圾桶裏發現一根斷指。最終調查顯示，這是Noah自導自演的一起綁架案，目的是為了報復自己的妻子。

PS：Ziva私下裏在追蹤Ilan Bodnar的下落，她在Tim等朋友們的幫助下，鎖定了Bodnar的位置。Ziva希望Gibbs能夠同意她前往羅馬追捕Bodnar，Gibbs和Vance主任同意了，並讓Tony和她一起出發。

Ziva得到最新秘密消息，Bodnar即將抵達柏林，Ziva和Tony立刻出發，想趕在FBI、CIA和摩薩德之前抓到Bodnar。但是她只抓到了Bodnar的弟弟Yaniv。

新任摩薩德主任Orli Elbaz訪問NCIS尋求幫助，她交給了NCIS一個假謀殺案，意圖利用美國聯邦機構，找到隱藏在美國的Bodnar。但Gibbs和Vance主任識破她的陰謀後，她無奈交出了秘密資料。

PS：Orli Elbaz是Eli David的老情人，也是Ziva父母離婚的第三者。

Ziva和Tony在回程中遭遇嚴重車禍，襲擊者正是Bodnar。NCIS追蹤肇事車輛，槍斃了Bodnar的同夥，並從他身上獲得一張寫有“reisiger see 19”的紙條。Tim根據紙條上的信息，發現Bodnar將在巴爾的摩港口19號碼頭，乘坐航海者號貨船前往南非開普敦。Ziva獨自一人前往碼頭，殺死了Bodnar。

海軍艦艇廚師Lorry懷疑自己被人跟蹤監視，NCIS調查後發現Lorry曾經簽署一份聲明，主動成為一項全天候跟蹤監視測試的研究對象。正當調查結束，研究公司卻燃起了一場大火，視頻監控資料毀於火災。

國防部檢察官Parsons將針對Bodnar一案，詢問NCSI相關團隊成員。Ducky發現Parsons的目的不純，他向Ziva施加壓力，正在的目的卻是Gibbs。

檢察官Parsons指控Gibbs篡改證據，並妨礙司法公正，正式立案調查。他取走了大量NCIS文檔資料，並安裝了監聽設備。Parsons勸告Gibbs自首，那麼他就不會牽連其他人。Vance主任召集大夥在電梯中秘密會晤，想盡一切辦法幫助Gibbs。

海豹特遣隊中尉Chad McBride的頭顱被人從沙特送回家門口，Ducky在屍檢中發現，頭顱的輻射值超標。Vance主任與JSOC的Wayne隊長髮起了視頻通話，詢問McBride中尉的秘密任務，卻遭到拒絕。

前NCIS主任Tom Morrow告訴Vance主任，Eill David的謀殺案件，打開了一個政治上的潘多拉魔盒，無數投機者藉機獲利。CIA殺死伊朗情報官Kazmi，嫁禍於摩薩德Bodnar，挑動以色列和伊朗的關係；海豹特遣隊中尉McBride的謀殺案；以及Parsons針對Gibbs的調查。

Gibbs拒絕了逃避，他決定和Parsons奉陪到底，聯合Vance主任迎戰一切困難。Vance主任銷燬了Abby撰寫的大毒梟Pedro Hernandez的死亡報告（見S07E23），Ziva三人同時向Vance主任提交了辭職申請，Gibbs將Mike的秘密文檔付之一炬。

華盛頓一家酒店發生爆炸，海軍部長Clayton Jarvis當場身亡，國土安全部副主任Tom Morrow重傷。在酒店外目睹這一切的Parsons，從中領悟到了什麼……

Gibbs臨危受命前往伊朗調查McBride中尉謀殺案，剛下飛機的他遭遇槍擊，卻意外的被Parsons救了一命，Gibbs被告知自己中了圈套，McBride中尉案是個誘餌。與此同時，Ducky抓住了一個潛入者，Tony險些命喪槍口，Fornell及時帶走了危險中的Tim，Ziva在以色列遇襲失蹤……

一名年輕的巴基斯坦極端分子Benham Parsa，在美國成立了一個恐怖組織，勾結部分美國高官富豪，有計劃地製造高樓恐襲，以謀取暴利。為此他想要清除一切障礙，海軍部長Jarvis，國土安全部副主任Morrow，NCIS等人都是他的目標。

Tony獨自飛往以色列，尋找遇襲失蹤的Ziva。他在摩薩德和Adam的幫助下，找到了一張Ziva的願望清單，清單上最新的一條內容是“為了他終止這一切”。在靈光一閃中，Tony找到了Ziva的藏身處，她出生的地方，但是Tony對所有人隱瞞了這一切。Ziva把家人的死，歸咎於自己，她想要斬斷過去的一切，重新開始。Tony邀請她共渡一生，但遭到拒絕，Tony只好帶着對Ziva的無盡思念，獨自回到美國。

新任海軍部長Sarah Porter來到NCIS，她督促NCIS和FBI儘快剿滅恐怖組織“懷疑兄弟會”，並逮捕其領導人Benham Parsa！Gibbs在調查中發現，房地產商人兼反恐組織董事Tomas Mendez，是Parsa的秘密同謀者，也是炸彈爆炸案的兇手！

犯有抑鬱症的海軍中尉Terence Keith，私下購買了200磅的炸藥，並租賃了一架低空小型飛機，想要發動自殺性襲擊。低空飛機飛行高度位於雷達之下，航空局的雷達無法偵測到目標。靈機一動的Tim發動網友的力量，在推特上追蹤飛機，最終阻止了襲擊的發生。

PS：機智的Tim贏得了白宮的宴會邀請，也免去了他遺失證件徽章的懲罰！

一家枕頭店鋪的天花板上發現了一具海軍女尉官的屍體，屍體被強酸所毀容，調查發現死者來自阿富汗，使用假身份非法入境，且死者的緊急聯絡人居然是Mike的兒媳婦Leyla Shakarji。Mike生前一直在幫助一些受迫害的阿富汗婦女偷渡到美國，他曾經向Gibbs求助，但被Gibbs拒絕。

一位海軍保密人員死在森林邊上，案發現場的一團紫葡萄口香糖，讓Tony想起了15年前，他擔任巴爾的摩警察時的一件陳年舊案。

維吉尼亞的一個近海鑽井平台發生了一起爆炸，鑽井平台的管理者Hebner少校在爆炸中死亡，NCIS和CGIS再一次聯合執法。爆炸案讓Abigail Borin回憶起一次不愉快的過往。

PS：萬聖節的惡作劇接連不斷，Tim的木乃伊電腦桌，Ducky的蜂鳴器……，有前科的Tony被大家列為頭號嫌疑犯！

第二次世界大戰期間，Jackson的P-51野馬在法國上空執行任務時遭到了破壞，他的羅盤失靈失去了回到基地的方向感。德國戰鬥機飛行員Walter Beck向Jackson指明瞭返航的方向，並護送他一直到英吉利海峽的邊緣。對敵人飛行員的這種同情舉動對Jackson來説是一場改變人生的事件。當Jackson得知Walter命不久矣時，Jackson請求Gibbs和他一起去看望Walter，他有句重要的話想對Walter説。

PS：Jackson Gibbs的扮演者Ralph Waite於2014年2月13日去世，當時正在錄製第11季。

海軍士官Ray在夜跑時遭遇車禍當場死亡，NCIS很快就找到了肇事車輛和車主Dunne，Dunne猶豫地向律師Carrie Clark，訴説了自己的不在場證明，案發時間他在35公里外的福爾徹奇市殺死了一個人。

Carrie Clark律師是前FBI特工，她是Gibbs的老朋友，基於委託人和律師之間的保密條例，她無法向任何人訴説這件事。但心中的良知促使她隱晦地向Gibbs告了密，投桃報李的Gibbs也用迂迴的方式偵破了謀殺案。

海軍部長Sarah Porter的身上被發現有一隻竊聽筆，NCIS需要在秘密泄露之前，找到幕後黑手。

NSA分析員Ellie Bishop兩年前出具了一份國家安全報告，報告指出了利用日常用品，對政府高官進行竊聽的安全漏洞。Gibbs要求Ellie協助調查案件，在調查期間Ellie犯過錯誤，導致同事被害，但是她在面對挑戰時，能夠奮勇直追，這讓Gibbs十分滿意，他將重新考慮Ellie加入NCIS的申請報告。

一位海軍陸戰隊員在家中遭遇槍擊，目擊者述説襲擊者是一個小丑，Gibbs根據受害者的第二部手機上的最後一個來電，來到了亞當酒店，把正在幽會的Fornell和Diane抓了個正着，而第二部手機屬於Diane的前男友Eddie Macklin。

聖誕節來臨，Abby的老朋友Carol Wilson到訪NCIS，Carol在海軍醫學研究中心工作，她告訴Abby這兩天裏，特區30英里範圍內，有多名軍人家庭的子女，出現相同的病因不明的急症。Carol懷疑這是一起針對軍人的生化襲擊，她需要和NCIS合作緊急調查，找出涉案病菌、源頭和防止疫情蔓延的辦法。

Coyne中士在公園裏被一架美國無人機狙殺，Delilah Fielding向Vance主任和Gibbs展示了一段視頻，6個月前，Coyne中士駕駛無人機深入巴基斯坦，炸燬了恐怖組織“懷疑兄弟會”的巢穴，但是組織頭目Benham Parsa逃脱了，且繳獲了一台失事的無人機，國防部分析認為Coyne中士的死，是Parsa對美國報復的前奏。

國防部特工Hollis Mann突然到訪NCIS，她是Gibbs的老情人，被Tony稱為“第四位前妻”的女人。Hollis奉國防部部長的命令，和NCIS聯合調查無人機殺人案。

Gibbs在爆炸後積極尋找Parsa的下落，NCIS逮捕了Parsa的逃脱幫手Bashir Malik，Bashir供述了Parsa的下落，但是堅持説自己不是恐怖分子，而是一位運輸者。

無人機轟炸康拉德，Delilah不幸重傷，並確診為永久性半身癱瘓，Tim為此悲痛萬分，Rachel醫生認為Tim需要休息一段時間。

Bishop從六年前已經開始研究Parsa，她是第一個把Parsa定位為恐怖分子的人，FBI、CIA、NSA都指名她是對付Parsa的專家。

Bishop指出今年的2月6日是Parsa父母逝世十週年的紀念日，Parsa一定去父母的墓地祭奠。NCIS抓獲了喬裝潛逃的Parsa的表哥，脅迫其供述出Parsa的具體位置。海豹突擊隊秘密潛入巴基斯坦，成功抓獲了Parsa。Gibbs對於Bishop的表現，表示肯定並給予了獎勵，他同意Bishop成為一名NCIS實習探員。

兩名高中生的一次高空拋物，引發了一場車輛側翻事故，NCIS在事故車輛中查獲了三箱準備被非法銷售的劣質軍用防彈背心。菜鳥特工Bishop的第一次任務，也是第一次中彈！

PS：Tim向Delilah介紹了身殘志堅的Linn中士，半身癱瘓後的他，開辦了一個跳傘公司，做着他人認為不可能完成的事情。

DiNozzo Sr約見Tony，他想要向兒子宣佈一個好消息，在他們交談期間，Tony碰見一個身着海軍中校制服的可疑男子，Tony亮出證件徽章，要求其接受檢查，但被其拒絕後逃走，在追逐並持槍對峙後，Tony開槍打死了可疑男子，而父親剛好目睹了這一過程。

一把復古電吉他的試音，引爆了海軍慈善演出更衣室裏的一顆二戰魚雷，兩名受害者當場死亡。NCIS調查發現更衣室屬於一位過氣的80年代鄉村搖滾樂手Manheim。

在Tony的幫助下，Manheim鼓起勇氣，重新登上舞台，為他的歌迷和兒子獻上一首首經典老歌。在震耳欲聾的搖滾聲中，一場犯罪在演出的地下室進行着，Gibbs當場將爆炸案兇手人贓俱獲。

NIS/NCIS前特工，國會議員Dan McLane的屍體在新奧爾良海岸上被人發現。NCIS新奧爾良分部負責人，高級特工Pride向Gibbs尋求幫助，而FBI也介入調查，並帶走了議員的屍體。

McLane、Franks、Pride和Gibbs等五人是聯邦傳奇五特工，他們因破獲並逮捕“特權殺手”而聞名。當年的Pride和Gibbs只是兩名菜鳥特工，是McLane找到線索，並破獲了案件。隨着對McLane謀殺案的深入調查，Gibbs懷疑兇手是“特權殺手”模仿者。

第二名被害者出現了，FBI特工Doyle在自己的車內被人割喉，且腹部被刺兩刀。FBI和NCIS決定聯合調查，Gibbs親自帶領Bishop前往新奧爾良調查案件。

Ducky醫生對“特權殺手”Victor Lorta在獄中的來往信件進行查閲，希望找到殺人模仿者的蹤跡。Victor在每一封信中堅稱自己是無辜的，是有人利用偽證誣陷他，且誣陷他的人正是NIS特工Dan McLane。

儘管難以置信，Pride和Gibbs還是接受了這個真相，他們要彌補20年前的錯誤，找到真正的“特權殺手”。案件深入調查，目標直指Spencer Hanlon。

Delilah攔截了一封電子郵件，發現海軍情報官員Kit Jones在布達佩斯被害案的重要線索，Delilah想要上報給FBI和NCIS，但被DOD反情報主管駁回，並要求其保密。Delilah違反了主管的禁令，將情報告知了Gibbs，NCIS查明瞭真相，揪出了阻撓辦案的CIA內奸，救出了被綁架的假死的Kit Jones。

海軍少尉Tate的屍體在公路上被車碾過，Tim發現少尉生前撥打過NCIS家庭與性暴力熱線電話，舉報自己的同事Farrell遭遇迷姦。NCIS調查發現Tate少尉死於一次意外，但同時他們根據迷姦藥物，逮捕了海軍中的敗類。

海軍攝影記者Roe上士死於流浪者街區，屍檢發現死因是被人迷暈後，再注入過量的海洛因。Roe上士生前在調查流浪老兵的生存現狀，拍攝了大量照片。

Tony接到了一個特殊任務，前往法國馬賽帶回國防部Kendall上將的女兒Amanda，一個派對叛逆少女。剛抵達馬賽的Tony，就發現NCIS馬賽分部的五名探員全體被槍殺，自己也被法國警方通緝，在電話被監聽的情況下，機智的Tony利用“符號猜猜看”的遊戲，向Gibbs發送了求救信息。

與此同時，NCIS接收了一個有味道的犯罪現場，一具屍體被塞入一個巨型化糞池中，調查發現受害者使用假名，開設了一家空殼公司，從事間諜活動，且受害者和Amanda是大學同學，Kendall上將涉嫌泄露國家機密。

在逃亡過程中，Tony發現了Amanda的隱藏身份，她是國防部秘密行動局的間諜，以派對少女為卧底身份，探查伊朗情報。

押運“懷疑兄弟會”部分成員的海軍艦艇，遭遇故意縱火，兩名囚犯趁亂逃脱，“懷疑兄弟會”的第二頭目發佈聲明為該事件負責，NCIS調查發現，前墨西哥大毒梟之子Alejandro Rivera為“懷疑兄弟會”提供越獄資金，懸賞Gibbs的性命。NCIS順着Rivera的資金鍊，剿滅了“懷疑兄弟會”的剩餘頭目。Gibbs也擊斃了越獄的囚犯殺手。

Gibbs接到了一個噩耗，父親因中風去世了！Gibbs回到家鄉，收拾父親的遺物，安排了盛大的葬禮。

NCIS系統管理員Kevin Hussein前往莫斯科，將因癌症而死亡的叔叔的遺體託運回國內，突然發現自己被人監視跟蹤，他向美國大使館請求幫助。Gibbs和McGee搭乘軍用直升機護送Kevin回國，途中被地對空導彈擊落，直升機墜落在科拉半島附近，距離芬蘭國境二十公里處。三名機組成員全部陣亡，Gibbs等人遭遇國際僱傭兵Sergei Mishnev的追殺。Gibbs在反擊中擊斃了所有追殺者，Sergei僥倖重傷不死。

海軍少校Wallace在與總統私下見面前，被人發現死於國家公園的灌木叢中，NCIS介入調查，初步排除了搶劫殺人案的可能性，Wallace少校的死亡與他的前女友有關。

Leon在一次常規體檢後，發現自己可能得了淋巴瘤，他為孩子們的將來感到擔憂。Leon準備做次活體檢測，他吩咐保姆暫時對孩子們隱瞞這個消息。女兒Kayla無意中聽見保姆和Ducky醫生的通話，她來到醫院探望父親，並得知了好消息。

一輛行駛中的汽車被火箭彈打爆，駕駛員被大火燒成焦屍，身份信息顯示死者是Angus Clarke，Ducky悲傷的發現死者是他最好的朋友。初步屍檢後，Ducky開心的發現，死者的門牙完好無損，這意味着死者並非Clarke。DNA檢測死者是Clarke的一位僱員，他帶着一份死亡海軍的名單，即將前往NCIS。而根據英國方面的消息，Clarke在英國失蹤了，Ducky醫生不遠萬里飛往故鄉，同時他的思緒也飛往過去……

海軍研究所實驗室科學家Sofia Glazman在公園遭遇襲擊，她的脖子上被套上一個隱蔽的機械絞索，急救人員試圖解救她時，絞索瞬間將她的脖子割斷。

海軍部長邀請Vance主任和Gibbs，在五角大樓男廁中秘密會晤，俄羅斯外交參贊Anton Pavlenko請求NCIS秘密逮捕原政府科學家Nelly，他懷疑Nelly暗中投靠恐怖分子Sergei Mishnev，並用機械絞索殺害了一位同事。海軍部長要求Gibbs與FBI特工Pendergast聯合行動。

NCIS在酒吧中找到了Nelly，而真正的殺手也尾隨其後。Gibbs利用Nelly為誘餌逮捕殺手，但無路可逃的殺手用絞索器自殺了。Nelly不願意回到俄羅斯，Gibbs設計讓她假死，騙過Anton參贊。

CGIS和NCIS在公海上進行聯合演習時，發現一具落難者遺體，死者是民用貨船聖多米尼克號上的船員，雷電顯示聖多米尼克號偏離航線，且通訊呼叫無應答。海軍航母攔下貨船，Gibbs登船探查時，發現船隻被海盜佔領。

小女孩Rachel在鄰居家過夜回家時，發現了躺在血泊中媽媽Valerie。Rachel的父親是海豹陸戰隊指揮官Ryan Barnes，他在去年逮捕了恐怖分子Benham Parsa，隨後身份信息被人泄露在網上。然而NCIS很快發現兇手並非恐怖分子，而是一位具有反社會人格的人，她就是年僅十歲的Rachel，在冷血地殺害了自己母親後，迅速的將槍支埋藏在安全小屋下面，然後若無其事的回到鄰居家。

一位獨居的越戰老兵Hawkins被人槍殺在自家中，他的手中緊握着一塊屬於Kent的士兵身份牌。Kent和Hawkins是越戰戰友，45年前Kent在戰場上陣亡，屍體不知所蹤，Hawkins想要為Kent的家人，找到Kent的遺物。

Abby檢測發現Hawkins手中的身份牌是一個冒牌貨，且那是Hawkins臨死前從桌上拿下來的。Gibbs發現了一個專門製造假身份牌，以騙取失蹤士兵家人的非法公司。

NCIS接到一個肇事逃逸案，受害車輛衝出護欄。在急救車來臨前，恰巧目擊案發過程的前海軍醫護兵Anna Dillon，為受害者們進行了急救，但是當地警方卻要對Anna提起上訴，因為Anna沒有行醫執照。

這是一場關於生命和法律，孰輕孰重的問題，Gibbs懇請老朋友Carrie Clark成為Anna的辯護律師。在受害者家人的請求下，地方檢察官減輕了控告。

在白色感恩節裏，Bishop的同事們第一次見到了他的丈夫Jake Malloy，Jake要和Bishop搭乘早班的飛機去度假，他們在候機室偶遇等待接機的Tony。由於惡劣天氣，導致航班延誤，大量乘客滯留在候機室。

Gibbs收到NTAS發佈的恐怖警告，有恐怖分子要在華盛頓飛機場進行暗殺行動。Tony和Bishop發現一位冒牌空警被人殺死在廁所中，且他的配槍不翼而飛。Tony要在飛機降落前，找到殺手和暗殺目標。

聖誕節前夜McGee給父親寫了一封信，作為聖誕禮物。信中講述了上週在NCIS發生的一件不尋常的案件，案件使McGee想起了父親，因為它與“規則”有關，並通過這個案件，McGee有了一些感悟，關於父親、自己和全家。

兩位前妻聯袂而來，第二任前妻Rebecca Chase為過去因酗酒和出軌，對Gibbs造成的傷害而道歉，並送了一張婚禮邀請函，然而新郎卻是當年的第三者。

恐怖分子Sergei Mishnev也緊隨前妻們而來，Shepard主任槍殺模仿案與Mike Franks被殺模仿案相繼出現，甚至連Diane也被Sergei親手狙殺，以模仿特工Kate被殺案。這是Sergei以牙還牙的報復，他在逃走前盜走了大批美軍基地藍圖，策劃着更大的陰謀。

國際救援組織志願者Sarah在敍利亞照顧戰爭遺孤時，被敍利亞恐怖組織綁架並向美國政府勒索，海豹突擊隊剿滅了該恐怖組織，成功解救了Sarah Goode。國務院要求NCIS對Sarah進行事後問詢，Abby從海豹突擊隊蒐集到的證物中，發現了美國公民Kyle Nasry的指紋，證據表明Kyle是一位叛國者。國土資源部發現有多名美國青年，受到聖戰組織的誘騙，加入恐怖組織，並秘密返回國內，策劃恐怖事件。

Abby從原始視頻中發現，Sarah是一位叛國者，她意外的被海豹突擊隊解救，便和Kyle策劃暗殺Imam。關鍵時刻，Vance主任阻止了暗殺，逮捕了Sarah。

為國務院工作的Lieutenant上尉在家中被人槍殺，國防部特工Hollis Mann將介入NCIS的案件調查。Gibbs查明案件真相，維護了Lieutenant上尉的榮譽。

徒步者在山林中發現一具屍體，受害者Wallis手上戴着一枚雷明頓軍事學院的校戒，且他的手中緊握着一張浸滿鮮血的照片。雷明頓軍事學院是Tony的母校，也是他的最後一所預科學校。為了查明Wallis接到的最後一個來電的來源，以及照片上女孩的身份，Tony帶着Bishop重返母校，往昔的一幕幕也在腦海中重現。

Tobias Fornell在妻子Diane去世後，陷入頹廢狀態，他整日酗酒消愁，女兒Emily十分擔心他，她拜託Gibbs幫幫Fornell。Gibbs帶着Fornell前往林中小屋（見S10E24），過着與世隔絕的生活。

海軍艦艇中召開國際反恐會議，廚房艙室中發生爆炸，NCIS介入調查，發現爆炸物是一枚俄羅斯手榴彈，該案件與恐怖分子Sergei有關。根據國安局的情報，NCIS發現Sergei和Anton參贊是大學密友，且Sergei和Ari是同母異父的兄弟。

Anton參贊故意引誘Sergei前往林中小屋，Fornell在Gibbs的幫助下手刃仇敵。

一位平民駕車時被人狙殺，交警通知了NCIS，受害者是Leland Robert Spears。Spears是二十年前，Gibbs擔任NIS特工時的卧底身份，NCIS調查發現塞爾維亞特工利用假身份，盜取氮化鎵的情報。

眾人驚訝的發現，Gibbs的卧底身份是一個與他格格不入的IT男！

國勤局Pine上尉在辦公室被人殺害，他是Kleibor中將的助手。Abby發現兇手的目的是中將辦公室裏的一幅名畫。NCIS調查發現盜畫事件涉及CIA卧底特工死亡案件，DiNozzo Sr利用他的人脈，假裝買家聯繫盜畫者，卻不料陷入危機。

Anthony DiNozzo Sr突然到訪，他難過地告訴Tony，他和Lina的婚禮（見S11E16）取消了。盜畫事件讓父子兩的心更加貼近。

NCIS發現了一起入室盜竊死亡案件，小偷根據户主在網上自曝的隱私，實施入室盜竊，不料被人殘殺在車庫中。兇手在死者身上留下一個特殊標誌，調查發現該標誌屬於恐怖組織“龍牙”。

國防部特工Delilah Fielding一直在調查恐怖組織在社交媒體上的活動，“龍牙”組織正是其中之一。McGee和女友Delilah在案件調查中，感情迅速升温。

海軍士官Harver和站街女郎在車中被人槍殺，然而Ellie發現Harver士官查無此人，McGee查閲得知車輛被“同態復仇”行動徵用。得知這一消息的Tony，立刻放棄期待已久的休假，隨同Gibbs和Vance主任進入MTAC。

40年前，首都國際機場發生炸彈襲擊事件，有近百人傷亡，案件成為一件懸案。2年前，NCIS哥倫比亞探員，發現一條重要線索，疑兇指向Tomas Orlando。Tyson上將成立了秘密行動組“同態復仇”，Gibbs為行動負責人，Tony和Ziva為行動探員。

正當海豹突擊隊準備逮捕Orlando時，Orlando意外來到NCIS總部尋求政治避難，並訴説自己遭人陷害。Abby發現美國駐哥倫比亞外交官暗中監控並陷害Orlando，經Gibbs審訊後，大使交代了幕後指使人和爆炸案真兇。

海軍士兵的屍體和他的摩托車在草叢中被人發現，NCIS調查發現死者是在疾馳中被人近距離槍殺，而兇器槍支是屬於ATF。該槍支屬於ATF一次失敗的行動“速度與激情”行動中，遺失的兩千隻手槍之一。

Anthony DiNozzo Sr感到自己時日無多，他想要和兒子一起生活，他想要在家庭聚會上露一手，可是差的燒了整個廚房，父子倆又一次不歡而散。在Gibbs的調解下，Tony明白了父親的心意，DiNozzo Sr也知道兒子需要獨立的空間。

Wilkes軍士長髮現好友Landis上尉在家中被人殺害，在與襲擊者一番搏鬥後，襲擊者刺傷Wilkes並逃離現場。Abby在繩索上發現阿富汗籍塔利班恐怖分子Qasim Naasir的指紋。然而Wilkes卻説Qasim並非恐怖分子，他曾今在阿富汗救過Wilkes和Landis的性命，作為答謝Wilkes帶他回到了美國。根據NSA的情報，Qasim的哥哥Rasheed對於弟弟的背叛十分憤怒，他對弟弟下達了追殺令。Rasheed以海軍俘虜的性命為要挾，要求美國政府交出Qasim。Gibbs掩護Ellie，單槍匹馬潛入基地，擊斃恐怖分子解救俘虜。

一輛失控的轎車撞進一家餐廳中，駕駛員海軍少尉Janine Wilt被人割喉而死。Wilt少尉是一位網絡戰爭工程師，受聘於國家海軍情報局，調查發現她的死亡與哥倫比亞毒品黑幫無關。

Wilt少尉生前作為志願者，在戈頓保利高校擔任排球教練，她應用黑客技術，幫助一位隊員擺脱網絡聊天室的惡意騷擾，卻遭遇兇手的襲擊。根據兇器和聊天室名單的交叉對比，NCIS找到一位失去父親的偏執男孩Bradley，他用自製炸彈結束了自己的生命。

偏執男孩Bradley用自製炸彈在公交車中結束了自己的生命，但是他臨時前告訴Gibbs，自己沒有殺人。Gibbs要找到那個在網絡在誘惑青少年自殺的幕後兇手。

一個核心成員位於伊拉克，黨羽遍佈世界各地的恐怖組織“召喚”，大力在網絡上招募青少年，進行自殺性炸彈襲擊。代號“建設者”的召喚組織招募者Sadiq Samir，在黑市中購買了大量S地雷。開羅國際情報會議上，數枚增強型S地雷被人引爆，Ned Dorneget特工為了疏散人羣，在爆炸襲擊中犧牲了。

CIA特工Joanna Teague在悲痛中，請求加入案件調查，為自己的兒子復仇。調查發現召喚組織的領袖是Daniel Budd，他利用音樂控制並指揮誤入歧途的孩子們，他親手製造了開羅爆炸襲擊，但情報顯示那只是一次試驗爆炸。

Daniel Budd利用Luke，引誘Gibbs來到伊拉克，控制Luke向Gibbs開槍。完全沒有防備的Gibbs中槍倒地。

恐怖組織“使命召喚”的領袖Daniel Budd引誘Gibbs來到伊拉克集市中，控制迷失男孩Luke對Gibbs進行槍擊，完全沒有防備的Gibbs胸口中槍倒地。丹尼爾·韋伯斯特號航空母艦上，主刀醫生Cyril Taft自言自語地開始為Gibbs動手術，昏迷中的Gibbs在夢中見到了女兒Kelly。

在Gibbs修養期間，Tony和Teague特工聯手追蹤“使命召喚”組織到達中國上海。在一個小巷中，Tony擊斃了Daniel Budd，而Luke等孩子們也被帶回美國。

聖地亞哥緝毒局的Mitch特工上門求助，希望NCIS能夠幫忙調查一位行為出軌的海軍Gleason中士的行蹤，Gleason中士準備向Mitch特工提交一份，關於加州毒梟Benson Long的罪證，但在約定之日時Mitch特工被放鴿子了。然而大夥發現Gibbs對於毒梟Long的調查過於熱衷。

Mitch特工的父親是已故NIS特工Kurt Mitchell，當年Kurt自願保護Gibbs的妻女，但是卻被大毒梟Pedro Hernandez所殺，而Long也和謀殺案有關。

Newton上校約見Gibbs前，在慢跑時被人殺害，運動手環記錄了Newton上校的死亡時間和被拋屍路線。Newton上校的遺物中，有一把用餐巾紙細心包裹的一次性餐刀，餐刀上的指紋指向兇手Hudson夫婦。McGee和Bishop偽裝成夫妻，在Hudson夫婦的家庭工作邊進行卧底偵查。

一名水手搶劫了一家地下博彩店之後，在開車路上出車禍而死，NCIS現場調查發現水手的車內有大量現金，且水手的一顆眼睛被挖去。前NCIS特工Kip Klugman前來舉報謀殺案，Klugman曾因偷竊證據室的金錢和毒品，被當年的Vance特工抓獲，因此Vance主任不相信Klugman的舉報。當晚Klugman渾身是血地倒在Vance主任家門口，並向警方誣陷，毆打者是Vance主任。

海軍部長希望Vance主任能夠引咎辭職，但Vance主任不願意逃避，他主動放下身段，協助Gibbs調查案件，查出真相。

一位肇事女司機，偶遇殺人棄屍車輛。NCIS調查發現死者是Doblin上尉，他死於少林功夫鎖喉功。Abby在死者血液中檢出異常化合物，該化合物與塞勒迪恩藥業公司有關，她決定出趟外勤。

塞勒迪恩藥業公司突然遭遇劫匪，併發出假病毒警報，封鎖公司實驗室，Abby和數名實驗室人員被困。機智勇敢的Abby在通訊網絡斷絕的情況下，運用她聰明的大腦，向Gibbs發出了求救信號，並在救援人員到達之前，利用自制化學氣體和劫匪“同歸於盡”！

海軍下士Meyers在公園裏被人狙殺，NCIS調查發現兇手模仿三州狙擊殺手犯案。海軍性暴力組負責人Maureen Cabot到訪NCIS總部，言明Meyers下士是兩年前卡姆登號偷拍事件的嫌疑人，NCIS重新調查偷拍事件，發現Meyers下士是一位替罪羊，真兇另有其人。

兩個孩子在山林裏發現了一具半腐爛的屍體，死者是退休海軍少校Hayes，他被一支獵槍所殺，Ducky醫生意外的認識死者，並要求退出案件調查。

Ducky醫生業餘時間參加一個名為“福爾摩斯探案聯盟”的團體，專門研究陳年舊案。3周前，走投無路的Hayes少校來找探案聯盟幫忙，他的兒子Michael因軍事謀殺被判終身監禁，但Hayes少校堅持兒子是無辜的，他認為真兇是消防員Todd Bennett。

通過最新DNA鑑定技術和Tong小指上的樹脂，Gibbs和Abby洗清了時隔16年的冤案，Michael得以和女兒團聚。

NCIS特工Burley發來緊急救援信息，無國界醫生組織IDG派往南蘇丹的五名志願者，遭遇當地部落武裝的攻擊，三名志願者死亡，其餘兩人失蹤。Tony前往IDG總部查詢信息，意外遇到前女友Jeanne Benoit，但她已為人妻。

Gibbs準備出發救援時，舊傷復發昏迷，Taft醫生及時將其送往醫院。Tony自作主張帶着McGee和Jeanne飛往南蘇丹，解救失蹤David Woods醫生和Joni Ryan少尉。

海軍士官Kyle Friedgen殺害前女友Joe的案子，因為法律漏洞，法官否決了關鍵證據，使Friedgen士官無罪釋放，然而媒體和警方都認為他有罪，就連他的妻子Hanna也在庭審後離他而去。在Clark律師的介紹下，Kyle請求Gibbs逮捕他，並在軍事法庭上審理他的案件，查清真相還他清白。

Abby重新檢測被法官否決的關鍵證據，發現地方檢察官謀殺Joe並利用職權陷害Kyle士官的事實。

Gibbs接到了一個特殊的緊急任務，拯救一位垂死的海軍。Alex Quinn少尉罹患白血病，醫生希望他的血親中能找到骨髓匹配，然而他的哥哥姐姐在戰爭中犧牲，唯一的希望是失蹤六個月的弟弟Sean。

Gibbs找到了FBI卧底特工Sean，但是他的骨髓與哥哥不匹配。Bishop説服了在獄中服刑的前陸軍士官Richard Doogan，為Quinn少尉捐獻了骨髓。

Gibbs解救了被人綁架的Ducky醫生，綁架者想要知道Nicholas Mallard的下落。Nicholas是Ducky醫生同父異母的弟弟，Ducky和他的關係十分親密。Nicholas幼時被生母強行帶離英國，Ducky醫生承諾，縱使踏遍全世界，也要找回弟弟。然而，一位親戚告訴Ducky，Nicholas母子倆死於一場車禍，這讓Ducky心如死灰。

一封寄給Ducky的信件和一張稀有的亞瑟王郵票，讓Ducky發現弟弟尚在人世，這是他收到的最好的聖誕禮物。罹患老年痴呆症的Nicholas住在費城的一家療養院中，時隔近半個世紀的時光，Ducky終於實現了自己的諾言。

一架從新奧爾良飛往華盛頓的私人飛機失聯，機組人員和乘客全部中毒身亡，飛機自動墜毀在森林裏。NCIS新奧爾良分部的高級特工Dwayne Pride發現主廚Luca Sciuto也在飛機上，他是Abby的弟弟。

Luca僥倖逃過一劫，沒有登上死亡飛機，但卻成為了犯罪嫌疑人。審訊室中，Abby用手語讓Luca交代出被包庇者，一位俄羅斯女間諜Eva。Eva引導Gibbs來到一家酒吧，見到了俄羅斯參贊Anton，Anton參贊剛剛告訴Gibbs有關“蝠鱝計劃”的情報，就當場中毒身亡，所有的謀殺嫌疑指向女間諜Eva。Gibbs略施小計，讓Bishop帶着Anton參贊的屍體來到新奧爾良……

垃圾場發現一具凍結的女屍，受害者是海員Ramos，她原本下週要在大陪審團前為一樁謀殺案作證。Palmer屍檢時，在Ramos的腋下發現一顆微芯片殘骸，這讓Bishop想起一起舊案。3年前，NSA和FBI組成聯合特別小組，破滅了一個國際性人口販賣組織，Bishop聯繫當年的老同事，尋找線索。調查發現一位前NSA同事墮落腐敗，為人口販賣組織提供資金渠道。

奧林巴斯水下研究公司聘用潛水員進行深海作業，進餐休息時，減壓艙內的潛水隊長Rosa突然發狂並猝死，警衞隊主管認為Rosa軍士長的死亡很蹊蹺，所以通知了NCIS前來調查。減壓艙必須經過四天的減壓才能自由進出，剩下三名潛水員必須和Rosa的屍體共度四天，Ducky醫生隔着減壓艙，指導三名潛水員收集血液等證據。

海軍部長女士的女兒Megan被人綁架，綁匪向部長勒索一千萬美金的贖金，這正好是部長為女兒投保的金額。FBI和NCIS聯合調查，發現部長女士的前夫的新女友Justine策劃了綁架案，她利用了和部長有過節的Owen Dixon實施綁架。然而Owen欺騙並殺害了Justine，他真正的目的是要報復部長女士。

NCIS集訓教官Valerie Page特工，根據Gibbs的要求，帶領區域行動隊小組，進行了一場實戰集訓，解救了人質。

三名盜賊從海軍基地中偷盜軍火，槍殺了一名巡邏員，另一名巡邏員在與盜賊交火後，打死一名盜賊。Ducky醫生從死亡盜賊體內取出一枚舊子彈，Abby追溯子彈來源，發現它與已故國際軍火商Rene Benoit有關。Jeanne Benoit-Woods回憶往事，盜賊首領是父親當年的司機Pierre，根據ATF的消息，NCIS逮捕了逃亡中的Pierre。

傍晚時分，NCIS接到報案，授勳海軍下士Muldoon為了解救一位少女Amy，開槍殺死了一位有犯罪記錄的性侵者Grafton，案件似乎清晰明瞭，大夥各自下班回家。

Tony和“三高”美女約會，McGee享受着女友為他精心準備的晚餐……，然而犯罪現場一樁樁疑點浮現在他們心中，且屍檢發現死者的屍體被人移動過。搞砸了約會的大夥，半夜重返案發現場。

一隊海軍特種部隊四人小隊在伊拉克執行偵查任務時，被起義軍的榴彈炮擊中，唯一的倖存者是槍炮軍士Aaron Davis，但他的狙擊槍XR-30被奪。兩個月後，一對在伊拉克旅行的美國夫婦被人狙殺，兇手所用的狙擊槍是XR-30。NCIS調查發現兇手盜用美國護照入境，並把XR-30狙擊槍托運到美國。

Davis軍士在治療中心接受PTSD的治療，Gibbs需要向他詢問案發過程。兩位有着相似經歷的固執而又耐心的槍手獵人，在相互交流中，拂去了心靈上的塵埃，明白了家庭的重要意義。

在Davis軍士和“部隊音樂團”的一首《哈利路亞》的歌聲中，McGee準備為Delilah準備求婚戒指，Tony和Ducky、Jimmy、Leon一起開着摩托車參加家庭聚餐，Gibbs近二十年來第一次回到主卧房睡覺！

海軍刊物作家Jennings先生在家中被人槍殺，他的妻子Angelina和情婦JoAnn互相指控對方謀殺了。Gibbs根據Jennings的一份人身傷害意外保險，推測出Jennings自殺身亡，妻子和情婦為了他的保險金，故意製造了犯罪現場。

閒居在家DiNozzo Sr希望能找到事情做，他在午餐了路上碰到了一個失憶的流浪女子Susan，她將DiNozzo Sr誤認為父親。DiNozzo Sr非常同情Susan，他向Susan伸出了援助之手，然而流浪多年Susan得了絕症，僅剩一個月的壽命，在Susan最後的日子裏，DiNozzo Sr扮演一位父親，陪伴在她身邊。

Tony隨同Vance主任參加宴會，參議員Bransfield將他錯認為敲詐者，並給了他兩萬美金。一位Tony的冒牌貨死於車禍，NCIS希望Bransfield協助調查，但遭到拒絕，Abby暗中黑了Bransfield的郵箱，得知他被勒索的原因，並發現了另外兩名冒牌貨及兩名被勒索的參議員。審訊冒名者後，發現Tony的一夜情前女友是勒索案的幕後黑手。

殯儀館進口了一批新棺材，卻發現海運集裝箱裏有人居住過，且其中一副棺材有一具女屍。受害者是英格蘭獄警Sandra，在三個月前一次越獄中被劫持，兩名越獄囚犯是Cassio和前MI6特工Jacob Scott。

十四年前，MI6特工Jacob因向俄羅斯販賣NCIS機密情報被捕，M16和NCIS策劃杜松行動，試圖逮捕Jacob的買家，也就是他的妻子Nika Rzin，行動中Nika被擊斃。獄中的Jacob花費兩年時間，成功越獄並偷渡至美國，他挾持Vance主任盜出了杜松行動的人員名單。NCIS認為Jacob想要為妻子復仇，Gibbs趕到Morrow家中，發現他在書房中被人狙殺。

十四歲的男孩Henry用父親的槍支阻止了一起非法闖入。闖入者是Mickey Doyle，與多起涉及毒品的謀殺案有關。NCIS調查發現，數天前，男孩Henry目擊了Mickey的殺人過程，Mickey想要將其殺人滅口。

Vance主任和FBI特工Fornell前往英國倫敦，尋找杜松行動的英方負責人前MI6特工Jessica Terdei。他們從Terdei口中得知，杜松行動中出現內奸，Nika Rzin在逮捕前提前被人滅口，而內奸存在於美國聯邦內部。Terdei和Fornell在Gibbs家中遭遇神秘殺手，Terdei當場死亡，Fornell身中數槍重傷垂死。

FBI特工Tess Monroe和MI6軍官Clayton Reeves協助NCIS追查Jacob。Jacob主動投案自首，訴説自己是無辜的。調查團隊發現Jacob是一隻替罪羊，真正的兇手是前CIA特工Trent Kort，是他在十四年前泄露了NCIS機密數據，是他將Nika Rzin滅口，也是他殺死了前NCIS主任Morrow和前MI6特工Terdei等人。為了毀滅自己的犯罪證據，Kort一把火燒燬了前摩薩德主任Eli David的故居，居住在期間的Ziva生死未知。

Tony正準備飛往以色列尋找Ziva，卻被告知Ziva在火災中死亡，得知消息的Tony情緒失控，被Gibbs勒令回家休息。摩薩德主任Orli Elbaz到訪NCIS，帶來了一個小女孩Tali，她是Tony和Ziva的女兒。

Tobias Fornell從重傷昏迷中甦醒，但是他的身體還需要很長的時間才能完全康復，女兒Emily在他昏迷時，為他的腳指頭塗上了漂亮的指甲油。

NCIS找到了奪取了國際核能信息的Trent Kort，並將他亂槍擊斃。為了更好的照顧幼年的Tali，Tony決定辭去NCIS高級特工的職業。

NCIS卧底特工Nick Torres在阿根廷執行任務時失聯，他的姐姐Lucia Campbell少校前往阿根廷尋找他的下落，在回家途中，車輛被人安置了定時炸彈，丈夫死於車輛爆炸，Lucia和女兒Amanda逃過一劫。

Nick迴歸NCIS總部，向主任訴説自己失聯的原因。他發現南美軍火商人Leo Silva在國際執法學院招募僱傭兵，通過自己的兒子以非法手段物色人員。Nick為了深入滲透Silva集團，與Leo的女兒Elena談戀愛，得到Leo的信任並得知他在策劃一個大計劃。然而姐姐Lucia因為他的失蹤，跑到阿根廷打聽他的消息，導致他的身份暴露，姐姐一家也因此遭遇謀殺。

Gibbs在三個月內拒絕了八位候補探員，FLETC教官Quinn想要知道什麼樣的探員適合NCIS，Gibbs建議他留在NCIS跟蹤記錄。

Leo策劃在美國拉美節上暗殺Fernandez法官，女兒Elena向NCIS指證父親Leo的陰謀。案件結束後，Gibbs邀請Nick和Quinn加入團隊。

在匡蒂科的一場高中校友聚會上，Jim與高中同學Neal衝突後倒地而死，現場調查發現Jim死於中毒，且他在聚會現場安放了一顆遙控炸藥。McGee在他家中發現大量名貴油畫、珠寶等貴重物品。

Jim和Neal等五名同學組成了一個盜賊團，在五年內進行大肆盜竊。外表叛逆內心善良的Jim決定向警方自首，卻被看似老邁實者矯健的化學老師所殺。

海軍中士Erin Hill從自家公寓的樓頂墜落重傷瀕死，Hill中士的心理醫生Grace暗示，Hill並非自殺。Hill最終死去了，Grace醫生與她的保密協議也隨之失效，Hill被捲進了一樁被掩蓋的謀殺案中，但Grace醫生並不知道詳情。Abby發現公寓管理員送來的監控視頻存在篡改痕跡。

Jennifer Baxter在“胡佛號”驅逐艦的廢紙壓縮機中發現一具屍體，受害者是領航員Vivian Mills上尉，艦艇指揮官希望NCIS秘密調查，然而謀殺的流言已傳遍全船，並上了網絡熱搜。一個狗仔的無人機拍攝到犯罪過程，兇殺被抓獲。

MI6特工Clayton Reeves追蹤一位失蹤的同事Finley，來到費城的一條小巷中，意外發現一具水手屍體，Clay向Gibbs請求幫助。Gibbs派遣Bishop和Quinn前往費城，協助Clay進行案件調查，但是Quinn卻很不情願回到費城。

Quinn擔任NCIS東北區特工時，因為一個意外導致搭檔死亡，這件事讓她退居幕後，成為一位FLETC教官。在Gibbs的一番勸導下，Quinn終於放開心結。

Nick從照片中發現了關鍵線索，發現Finley勾結軍火走私犯並殺害水手的事實。

海軍士官Kelly Ristow殺害了綁架者，逃離地下室，而他的丈夫Chris在機場附近被人殺害。NCIS調查發現，Chris是一家空殼公司的執行總裁，且賬户上的三百萬美金不翼而飛，該公司屬於所有人Leonard Weiss有着重大的嫌疑。

Nick穿上Abby親手所織的鈷藍色毛衣，主動融入NCIS這個大家庭！

水兵Troy Willis在便利店中為阻止搶劫被槍殺，夜班店員Victor Medina撥打了報警電話，但在急救人員出現後就逃離現場。Victor是一位光榮退役的海軍陸戰隊員，因打架鬥毆入獄一年，導致他失去綠卡，移民局根據法律要將他驅逐出境，這就是他逃離現場的原因。

前NCIS特工Tony和女兒Tali決定永久定居於巴黎！Tony委託父親將自己的公寓對外出租，前提是要照顧好小金魚Kate和Ziva，Abyy、Bishop和McGee為此展開激烈的競爭。

海軍穆斯林傳教士Commander Derrick中校車輛在半夜衝破防護欄，現場勘察發現這是一起人為的車禍，Derrick中校在車禍前已經死亡。McGee在中校的筆記本中發現多份海軍關塔那摩監獄的機密文件，文件內容與政治犯Samira Hassan有關。

感恩前夕，Bishop的三個哥哥在突然拜訪，他們發現妹妹在和某個NCIS同事約會，便決定找出妹妹的約會對象。

Jenna Fleming議員女士受到死亡威脅，Vance主任希望Jenna議員接受NCIS的保護，但Jenna認為他們是在小題大做，然而很快事態升級，議員助理Max Sanders的屍體在汽車旅館的游泳池內被人發現。受害者通過拍下自己最後的午餐，偵破了自己的謀殺案。

MI6情報員Clayton Reeves派駐NCIS國際部，並自願加入代號“威洛比”的海軍行動。

Green上校在回家途中被網約車司機謀殺，在死者口袋找到一張寫有Ducky醫生故居地址的紙條，NCIS調查發現Green上校涉嫌泄露軍事機密，其三天前拜訪過Ducky醫生已故的母親Victoria，在離開時撥打了Balthazar Kilmeany的電話。

年輕時期的Victoria和Balthazar閃電式相愛並訂婚，當Ducky醫生髮現Balthazar是一個愛情騙子後，便暗中拆散了他們。然而，母親晚年刊登的一條尋人啓事，讓Ducky有點後悔當年的舉動，讓母親的晚年過於淒涼。但很快老園丁Rin就打開了他的心結，因為母親晚年和Rin有着一場轟轟烈烈的愛情。

Gibbs接到通知，籌備數月的威洛比行動正式啓動，他讓McGee將行動內容告知其他人。行動的目標是接近中國商人陳凱，蒐集他的犯罪證據。然而計劃還沒有開始，就出現了變故，空中監控發現陳凱改變行程不知所蹤，Gibbs緊急下令讓Reeves撤離飛機時，飛機突然爆炸。

NCIS翻譯員Qasim意外發現的一段對話，揭露出威洛比行動的內奸和陳凱的後續陰謀，但是Qasim也遭到報復性謀殺身亡。

Gibbs在早餐時偶遇一個老朋友，他對着監控探頭扔下自己的錢包和手機，跟着老朋友上了車。NCIS發現Gibbs失聯了，他們找到監控中車輛的主人是Bodie Whitman。

15年前，反政府武裝組織頭目Ramsay Whitman殺害了兩名海軍，搶劫了一車核廢料，試圖製造髒彈。Gibbs以卧底身份Leland Robert Spears潛入反政府組織，然而卧底行動失敗，Ramsay和髒彈不知所蹤。偶遇Bodie的Gibbs在團隊成員的幫助下，逮捕了Ramsay，追回了核廢料，並發現了聯邦內奸能源局副局長。

Quinn在Gibbs家中搜尋他的下落時，不小心摔裂了Kelly的專屬盤子。在神奇的Abby的修復下，盤子奇蹟般的還原如初。

Smith上校在和兒子Ryan發生不愉快的爭執後，下車取錢時被一輛疾馳而來的黑色SUV當場撞死，Ryan把父親的死歸咎於自己，想要跳樓自殺，Jimmy發現後毫不猶豫地登上窗沿阻止Ryan自殺。

Jimmy用自己和身邊同事的親身經歷勸説着Ryan，Gibbs也和團隊成員緊鑼密鼓地查明瞭肇事真相，最終成功讓Ryan打消了自殺念頭。

在Jimmy的勸説中，大夥都知道了Jimmy暗中考中了法醫執照，但為了不離開這個温馨的大家庭，他選擇了隱瞞下來。

披薩小哥發現了Maya中士的屍體躺在家門口，NCIS介入調查發現，當地警長是Walt Osorio，他是福爾摩斯探案聯盟的會長，他很高興能和NCIS再次聯合調查案件。DiNozzo Sr.發現了Kettering中士丈夫的不在場證明，成功偵破了殺妻案。

Anthony DiNozzo Sr.成為了福爾摩斯探案聯盟正式成員，並且愛上了副會長Judith McKnight。

一個國土安全部的智囊團，被要求執行一場假的恐怖襲擊，以測試安全措施，測試的最終執行者是Abby，然而恐怖襲擊的道具變成真的，有人換掉一顆炸彈，並把真正的沙林毒液放在氣球裏，並且殺害了智囊團組長Earl Goddard特工，NCIS介入調查，發現智囊團成員Phil Kurjak為了復仇，更改了測試文件，殺害了想要阻止他的Earl特工。

神秘黑客乘機入侵國土安全部行政官的電腦，盜取了智囊團過去兩年行動的所有文件，數十個成功的模擬攻擊案例及國安局的防禦手段。神秘黑客來自新奧爾良法語區，Gibbs派遣Nike和McGee前往新奧爾追回秘密文件。

Turner少校為了女兒，在神秘聲音的脅迫下舉槍自殺。NCIS調查發現神秘聲音與陳凱有關，當Gibbs準備抓捕陳凱時，Flemming議員女士阻止了他們的行動，原來陳凱和國防部進行了合作，計劃逮捕敍利亞恐怖分子。

Bishop回憶起和男友Qasim相戀的經過，她不甘心就此放過陳凱，便再次違抗Gibbs的禁令，與Reeves一起破解了陳凱的秘密通話內容，讓國防部與陳凱解除了協議。Bishop領先大夥一步殺死了陳凱，為男友復仇。

McGee下班回家發現兩名入室盜竊者，他擊斃了一名竊賊，卻發現自己的新公寓的牆壁和底板被撬開，NCIS介入調查，發現入室盜竊案與15年前的三起兇殺碎屍案有關，Abby運用小型X光檢測儀在McGee的睡牀下的地板中找到了一具乾屍。

退役海軍陸戰隊司令Ellison將軍的女兒Laura罹患癌症晚期命不久矣，Laura請求Gibbs完成她最後的心願，調查下屬David Collins上士的失蹤死亡原因。

Nike奉命保護Laura的安全，身患絕症但依舊爽朗的Laura，讓Nike道出了心中的秘密，極簡主義的他在辦公桌上放着一個相框，那上面是17歲的自己，是青梅竹馬的女友Sofia為他拍攝的，而Sofia因罹患癌症在花季凋零了。Laura將水面戰的勳章贈與了Nike，希望Nike不要再睹物思人。

志願者Beck下士陪同越戰老兵Henry Rogers參觀時，突然心臟病突發猝死，Ducky醫生從Beck下士的手臂上取出一枚微型中空飛鏢，受害者死於肉毒桿菌中毒，兇手用飛鏢發射器在近距離位置上暗中殺害了Beck下士。老兵Henry在受害者中毒前都在他身邊，他是受害者的最佳證人。Reeves奉命緊跟着Henry，問出破案線索，但顯然Henry是一個極難相處的老兵，他和Reeves上演了貓鼠遊戲。

Chase中將的私人電腦中了勒索軟件病毒，中將拒絕支付五百美金的贖金，他希望McGee能夠幫他解決病毒，但被McGee拒絕了。為了激勵McGee，中將故意讓勒索軟件病毒感染McGee的手機，然而病毒通過局域網絡，感染了團隊成員的手機或電腦，除了Gibbs的老式翻蓋手機。

海軍下士Campbell參與飛車銀行搶劫被同夥殺死，Nick發現搶劫所用的機車是他的。5年前，Nick深入卧底Rosewood飛車黨，策反飛車黨成員Royce，讓飛車黨首領Monroe獲得了20年的牢獄之災。

巖溪公園騎警追逐犯人時，警馬發現了槍炮中士Tanner的受害現場，和一堆西非小白鼻長尾猴的頭骨。NCIS和騎警聯合執法，破獲了一起非法將野味走私入美國的盜獵團伙。

麥奎爾號軍艦上烹飪師Jones士官在睡夢中死去，遺體被兇手故意沉海，NCIS介入調查，發現Jones士官的食物中摻有迷幻藥“藍漢堡”，這導致他心臟驟停。

McGee和Delilah為他們的婚前準備而忙碌着，突然得知Delilah有了身孕，他們將這個特大喜訊告訴了所有親朋好友，並在當夜邀請了NCIS全體團隊成員，在他們的公寓中即刻舉辦了婚禮。

兩名化學家在巴拉圭做鈾礦環境調查時，在河流中發現了一隻斷掌，斷掌屬於海豹突擊隊員Dean上士，在河道附近還發現了其他殘骸，屍檢發現剩餘的屍塊屬於Hudson下士。NCIS調查發現，去年海豹突擊隊指揮官帶領Dean上士等四人前往巴拉圭執行偵查任務，收集反政府武裝“革命武裝委員會”的情報，行動失敗被當地村民Ricardo所救。Dean上士在休假期間接到Ricardo的緊急求救電話，他的孩子被反政府武裝綁架。Dean上士發出集結號私下召集同伴，前往巴拉圭營救孩子們。

Gibbs和McGee留下來對抗大批武裝軍，掩護直升機帶走孩子們……