海軍罪案調查處第五季

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Shepard主任的父親的往事漸漸顯露驚人的蛛絲馬跡，而此時Tony也正式接觸到Jeanne的神秘父親——國際軍火商“青蛙”。Gibbs小組成員通過交通監控目睹了Tony的汽車爆炸……

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士官Munoz在駕車趕往驚喜派對的路上發生車禍，另一輛車上的一位女子已經死亡。女子的同伴用獵槍殺害士官後奪走他的車。調查發現死者竟是一名詐騙慣犯Hendy，Ducky驗屍發現她剛生了孩子，NCIS團隊開始緊張尋找這個新生的嬰兒。

PS：Tony將女友的分手信投入篝火中，他們的愛情也灰飛煙滅了。

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Reynolds上尉在家中被一把魚槍一箭穿心，其中一名目擊者是Gibbs第三任前妻，陸軍中校Mann要求和NCIS聯合調查案件，加上Shepard主任就是三軍大戰了！

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Ducky利用具捐贈遺體進行解剖授課，直到他發現死者腦部存在水銀，於是扣留了這具屍體進行調查。NCIS介入調查後發現這個看起來普通的死者竟被人為抹去了幾乎全部的背景，案子牽扯出專門為恐怖分子製作假身份的大魚。

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一對偷情的男女發現一名海軍要跳樓。NCIS到場，查出他是五角大樓的情報員Arnett上尉。Gibbs爬上高樓嘗試説服他，沒想到他卻在Gibbs眼前中槍墜樓身亡，案件升級為謀殺案。調查發現上尉生前最後一個來電源自NCIS總部，拉響了內鬼追蹤戰！

PS：Abby被挖角的謠言四起，演繹出各種版本……

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帶有“尖端配置、頂級機密”的奇美拉號研究艦，日裔海軍少校、海洋生物學家高田聰博士突然身亡。當NCIS小組到達船上的時候，卻發現所有船員憑空消失了。

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一開場就是Tony從沉在海里到達車上拖出Gibbs這種驚險場面！回到二十四小時前，一位年輕的金髮女孩Tyler，小時候與Kelly是好朋友，因為被一個瘋狂的海軍下士跟蹤騷擾而求助於Gibbs。Tyler告訴Gibbs有關她與Kelly埋下的時光膠囊，妻女的回憶再次籠罩Gibbs。大家都在擔心Gibbs。而Tyler在向Gibbs打完求救電話後，在他的眼皮底下被人拖上車帶走了。

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Kirkland少將與出租車司機被人多槍射殺，Ducky驗屍發現出租車司機才是兇手的目標。

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童子軍到NCIS參觀，Abby介紹指紋掃描儀，隨機抓了一個小男孩的手指頭做了示範，可是沒想到竟然搜到了配對，男孩曾經被綁架。大家發現這個男孩簡直就是一個小Tony。

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在醫院接受PTSD治療的Werth下士襲擊了勤務兵之後逃出了精神病院。NCIS調查發現Worth下士被人用作了“超級戰士”的實驗小白鼠。

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海軍一等兵Bark在參加完一個遜尼派清真寺禮拜之後，被人在一條後巷槍殺。穆斯林不接受屍檢，並且必須在死後24小時內下葬靈魂才能得到平靜，所以Ducky採取了非常規的驗屍方法。

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NCIS接到線報，被偷的海軍雷達藏匿於一個倉庫，為了揪出幕後黑手，Gibbs小分隊負責蹲守數月之久。但是，雷達在他們眼皮子底下再次被偷了，同時附近還發生了一宗兇殺案。

PS：漫長而無聊的蹲守，讓團隊成員情緒浮躁，他們用一些惡作劇來調節心情。

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NCIS調查海軍一名與販毒有關的警犬訓練員，可憐的McGee被一隻名叫小平頭的警犬咬傷，愛心氾濫的Abby發誓要為這隻警犬找出不是殺人兇手的證據。

PS：Abby同情那隻狗，去指責被咬傷的McGee，可憐的McGee，你混的連狗都不如了。

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因“青蛙”被殺案，NCIS的全體成員都被隔離調查，Gibbs帶領全體組員配合調查，而DiNozzo的前女友Jeanne則指認是他殺了“青蛙”。

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一名在巴格達安全區正在打籃球的上尉，因為迫擊炮的轟炸而身亡，他的未亡人堅信他是被謀殺的，Tony和Nikki飛往巴格達調查案件。

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Ziva在卧底時身份暴露，在團隊支援趕到之前，近距離射殺了嫌疑犯，心情鬱悶的Ziva在酒吧遇到了Michael，在他的幫助下，Ziva走出了心靈夢魘。

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五級大樓的翻新工地上發現了一具男屍，Palmer發現了一個疑犯卻差點被槍殺，在調查的過程中又發現了一具被藏在混凝土柱中的木乃伊。在艱難的回憶中，Palmer逐漸回憶起丟失的護照模樣和上面姓名拼寫。NCIS根據護照上的名字，鎖定謀殺嫌疑人。勇敢的Palmer猛踩油門，撞上了嫌疑人的車輛，阻止其逃離。

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在前NCIS特工Decker的葬禮上，Shepard主任上無意中聽到了一個名字“Oshimaida”，她故意擺脱守衞她的特工Tony和Ziva，從墨西哥秘密召回了Mike。他們在一家沙漠小餐館中枕戈以待，在Mike外出取水時，四名槍手來襲。

發覺形式不對勁的Tony和Ziva趕到沙漠餐館時，發現了倒在血泊中的Shepard主任。當Gibbs趕到現場時，Vance代理主任已經指揮Tony和Ziva完成現場取證。現場勘察發現，Shepard主任以一敵四，重傷流血致死。Gibbs從Mike口中得知了事情的來龍去脈，他們在Shepard家中擊斃了Chernitskaya，最後一把火將房子和屍體焚燒成灰燼。

十年前，Gibbs、Shepard奉命前往巴黎，執行秘密暗殺任務，Decker特工是他們的聯絡官，而“Oshimaida”一詞就是他們身份暴露的暗號。他們的暗殺目標是俄羅斯軍火商Zhukov和女友Chernitskaya。

PS：案件結束後，Vance正式接任Shepard，成為NCIS主任。