數碼寶貝02

太一等人的冒險已經過去三年了——高石武搬到了御台場，在他上小學五年級的第一天的途中分別遇到井上京、火田伊織、本宮大輔，還有昔日並肩戰鬥的同伴——八神光。太一突然收到亞古獸發來的緊急信號，然後他進入了數碼世界，但卻無法使亞古獸進化，眾人被迫躲到山洞裏，在那裏他們發現了一個有勇氣徽章圖樣的東西。太一觸碰它之後，三道光射出，原來分別是大輔、小京和伊織的新型暴龍機。大輔於是進入數碼世界，並輕易舉起太一用盡力氣也拔不出的“數碼裝甲”，大輔的搭檔V仔獸也同時誕生了。V仔獸讓大輔叫“裝甲計劃！”使自己裝甲進化成烈焰獸，打碎了角龍獸身上的黑色魔輪，使其恢復本性。戰鬥結束後，太一將自己的風鏡送給了大輔。

小京和伊織決定第二天去數碼世界。當天晚上，太一等人商量和大家去數碼世界，但美美去了美國，阿和與阿丈都沒空。第二天，大家一起進入了數碼世界，不久就遭到操縱着邪惡環的暴龍改造者的襲擊。大輔與V仔獸均被捉去。大家來到一座山上的建築物裏，發現了愛心和知識裝甲。素娜和光子郎拔不起來，便引導小京和伊織去拔。裝甲成功被拿起，小京的搭檔麻鷹獸以及伊織的拍檔穿山獸誕生，分別用愛心和知識裝甲進化成鐵鷹獸和鋼鑽獸，救出了大輔併成功將被操縱的數碼暴龍們的邪惡環打碎。

小京帶來零食，除迪路獸外的四隻數碼寶貝都對其反應強烈。大家在等伊織的時候看電視，看到無論智力和體能都非常優秀的天才少年一乘寺賢。伊織來到後，大家準備進入數碼世界。在數碼世界裏，暴龍改造者又用邪惡環控制同種數碼暴龍，讓它們打鬥以此來取樂。突然，他的黑暗暴龍機有了反應，便騎着巨龍獸去攻擊大輔他們。在戰鬥中，暴龍改造者以多打少，集中進攻不能進化的巴達獸和迪路獸的戰術佔上風。於是伊織和阿武、嘉兒去找數碼裝甲。他們找到以後，阿武和嘉兒的暴龍機自動升級成為新型暴龍機，並拿起希望和光明的裝甲。巴達獸和迪路獸分別裝甲進化成天馬獸和尼菲迪獸，合力將所有巨龍獸的邪惡環打碎。

加布獸所在的區域也受到了邪惡環的影響，結果它被抓住關了起來。正打算逃跑，卻被發現而被紅鼻屎獸痛打，跌下山後加布獸發出求救信號。阿和等人接到信號後立即去數碼世界，打算救回被捉的其它數碼暴龍。途中大輔多次想戰鬥都被大家阻止，後來因為説自己姐姐討厭而被大家批評，搞得大輔很沒有信心。V仔獸為了使大輔重新振作精神，決定於紅鼻屎獸戰鬥，因為不敵而被它痛打。戰鬥中暴龍改造者建造的黑暗塔被紅鼻屎獸不小心打裂，加布獸立即進化成加魯魯獸。大家於是打倒黑暗塔，控制紅鼻屎獸的邪惡環就失效了。大家明確了目的——打倒黑暗塔，解放被封印的區域。

暴龍改造者用暴利逼迫哥瑪獸所在區域的基剎獸為它建造黑暗之塔，哥瑪獸阻止卻被圍攻。於是它發出求救信號。因為伊織要練習劍道不能去數碼世界，阿丈和其他人準備去數碼世界營救哥瑪獸。伊織由於練習時不專心被爺爺發現，並最終得到請假。當他趕到時，穿山獸非常不高興。大家造了雪橇準備去破壞黑暗塔，卻被雪人獸攔截，伊織掉下河中，被迫停下休息。阿丈留下照顧他，其他人去破壞黑暗之塔。暴龍改造者派貝殼獸和龍蝦獸攻擊伊織和阿丈，就在危機關頭，大輔等人破壞了黑暗之塔，哥瑪獸進化成海獅獸終於打敗了敵人。

今天是黃金假期，大家決定去數碼世界遠足。正要出發時剛從美國回來的美美進來了。於是大家約美美一起去。野餐時麻鷹獸因為追被穿山獸丟得很遠的壽司而和小京與大家失散了。美美去找小京，卻掉進了暴龍改造者的領地，被小京和麻鷹獸叫醒。突然，她們被邪惡環控制的怪蛙獸和蝌蚪獸追趕，幸虧被巴魯獸出現及時救了她們。正當好朋友相聚的感人時刻，美美説出來數碼暴龍世界的目的是為了遠足而不是來看巴魯獸時，巴魯獸很不高興。此時暴龍改造者派出蟑螂獸兄弟攻擊她們，美美利用蟑螂獸的攻擊打裂了黑暗塔，巴魯獸進化成仙人掌獸，與鐵鷹獸一起打倒了黑暗塔。

大家破壞了一座座黑暗塔。這天，大家來到守衞獸的地域，開始由於體力不足被迫撤退。但是一隻守衞獸在嘉兒進入之前打爛了電視，嘉兒被迫留在數碼世界。大輔與阿武決定返回數碼世界救小光。巴達獸在結界外進化成天使獸，但進去後又退化了。大輔很嫉妒，硬要V仔獸進化成什麼“超級天使獸”。當他們發現小光時，被邪惡環控制的安杜路獸出現。即使鐵鷹獸和鋼鑽獸增援都不敵它。後來，安杜路獸先後認出大輔帶着的風鏡、太一以及嘉兒，以前的記憶使邪惡環的力量消失。大家回去後，見到光子郎，得知新型暴龍機名叫D-3裝甲暴龍機。

大輔的足球隊要與天才少年一乘寺賢的足球隊比賽。上半場一乘寺賢沒有來，大輔攻進一球，以1：0領先。下半場一乘寺賢出場，以超乎尋常的能力攻進9球，但最後一球被大輔奮力剷下，但剷傷了一乘寺賢的右腳。大家到了數碼世界後，除大輔外所有人突然神秘消失，暴龍改造者用大輔的同伴威脅大輔，讓他下跪並讓V仔獸踩他的頭。後來阿武他們趕到，原來那些人質是假冒的。大輔非常氣憤，便單獨衝上去將暴龍改造者打了下來。突然大輔注意到暴龍改造者的右腳有傷，暴龍改造者終於亮出底牌——他就是一乘寺賢。

一乘寺賢看到自己接受採訪的錄象，覺得很討厭。於是他決定一直留在數碼世界研究。大輔他們找到一乘寺賢家的地址，卻發現他已失蹤，於是立即去數碼世界。他們遇到火焰獸，很辛苦終於打敗了它們。但是暴龍改造者將邪惡環帶在太一的暴龍獸上，並使它進行了黑暗進化！可怕的喪屍暴龍獸出現，它以壓倒性力量打倒所有數碼寶貝。最後喪屍暴龍獸因能量殆盡而退化成亞古獸，又被暴龍改造者帶走了，太一此時心急如焚。

大家來到電腦教室，小京因為恐懼被大家勸留在電腦室。同時，暴龍改造者不斷讓暴龍獸黑暗進化成喪屍暴龍獸，來檢測邪惡環的缺點。大家打敗朽木獸後得知暴龍改造者的位置。同時，暴龍改造者終於發現邪惡環的缺點，進而研製出邪惡螺旋環，此時卻發現亞古獸已被他的搭檔蟲蟲獸放走。太一等人遇到亞古獸，但在即將離開時又被暴龍改造者攻擊。暴龍改造者又將邪惡螺旋環套在亞古獸身上，將其進化成全身充滿病毒的藍色的機械暴龍獸。太一由於不願亞古獸受傷而阻止大家攻擊錯失良機，機械暴龍獸以其強大的攻擊力打倒了數碼暴龍們，此後被暴龍改造者帶走。

大家繼續前進追趕暴龍改造者，太一讓大家要盡全力攻擊機械暴龍獸。大輔不解，太一告訴他打架可以增進友情，他就更不解了。他們發現友情的裝甲，於是嘗試拔起來，沒有人成功。突然黃蜂獸攻擊他們，而且捉走巴達獸。暴龍改造者出現並想將邪惡螺旋環套在巴達獸身上，幸好加魯魯獸出現，救下巴達獸。眾人便向機械暴龍獸展開攻擊，只有大輔始終不敢攻擊，烈焰獸被迫退化。最後，大輔覺醒，使友情裝甲自動飛到大輔手裏。V仔獸裝甲進化成雷龍獸，與大輔並肩作戰，終於將機械暴龍獸的邪惡螺旋環打碎，亞古獸又回到了太一身邊。

巴多拉獸被飛龍獸追擊，發出求救信號，小空收到求救信號後立即用電子郵件通知其他人。但阿武和巴達獸在睡覺，而小光和迪路獸去海邊散步，兩個人都沒有收到。於是素娜與其他人一起去數碼世界。他們在西部鎮遇到自稱正義守護者的五角星獸，後來卻發現它其實戴了邪惡環。所有人都被它捉住，他們發現比丘獸也被捉住了。趁五角星獸出去時，也自稱正義使者的左輪獸出現，但被大家懷疑也戴了邪惡環。證實了它沒被戴邪惡環後，大家向它求救，素娜和小京被救出後被迫和左輪獸玩牌，五角星獸回來後決定與左輪獸決鬥。穿山獸吃了它的便當回覆體力裝甲進化後衝出了牢房。最後烈焰獸打敗了五角星獸，發現並打倒了黑暗塔。正當眾人即將離去時，五角星獸和左輪獸卻強迫大家留下來一起打撲克牌。

嘉兒在上課時突然感到置身於大海。阿武發現嘉兒正在消失，大喊她，老師讓嘉兒去保健室。細心的阿武下課後發現嘉兒不在保健室，就去找她，找到後因為她太依賴哥哥很生氣而斥責。迪路獸發現嘉兒在過馬路時突然消失，大輔以為她在數碼世界，不停嘗試打開大門，阿武則根據嘉兒之前説的話去海邊找她。與此同時，嘉兒在一個奇怪世界的山洞裏發現了被邪惡螺旋環控制的奇蛙獸，突然飛龍獸襲擊……運用希望的力量，阿武終於來到那個世界，打倒了隱藏在燈塔中的黑暗之塔，發出的光使迪路獸超進化成天女獸，打敗飛龍獸並解放了奇蛙獸，然而它們不是真的奇蛙獸，它們想讓嘉兒幫它們生養後代。天女獸出手攻擊，使它們知難而退。

光子郎正在電腦室思索嘉兒的事，突然發現美國的數碼大門打開了，於是立即通知美美。大輔他們來到蛋蛋獸餐廳吃飯，卻沒有美金支付。老闆蛋蛋獸要他們用勞力代替。阿武想起它就是三年前逼哥哥與阿丈工作的蛋蛋獸。這時美美和一個叫麥克的美國被選中的孩子來到付帳。蛋蛋獸説自己已經改邪歸正，除小京外所有人都相信它。突然金剛獸來攻擊他們，蛋蛋獸奮力擋住攻擊，彈出很遠。麥克的搭檔比特獸進化成海龍獸和仙人掌獸弄掉金剛獸身上的邪惡螺旋環。突然蛋蛋獸掉下來，並攻擊大家。美美堅信它是被控制的，使小京終於忍不住説出自己原來就懷疑蛋蛋獸。此時純真裝甲突然出現，麻鷹獸裝甲進化成忍者獸，終於發現並打碎了蛋蛋獸身上的邪惡螺旋環。

大家從電腦上發現暴龍改造者的地域越來越大，於是立即進入數碼世界。在怪蛙皇的城堡區域，大家被受到控制的花拉獸和蘑菇獸攻擊，忍者獸更是遇到強敵伊賀獸。後來伊賀獸往怪蛙皇身上套邪惡螺旋環，並向忍者獸下挑戰書。大家利用怪蛙皇的攻擊打碎黑暗之塔，然後將其打睡過去。忍者獸戰勝清醒了的忍者豆豆獸，回來商量對策。大輔提議將套有邪惡螺旋環的鞭子砍掉，遭到譴責。最後大家一起攻擊，終於將邪惡環打碎。但是，暴龍改造者卻毫不關心。

大家由於發現裝甲而進入海底卻被受到控制的超海龍獸而被困在海底。由於空氣有限，大家讓伊織坐緊急脱出小艇去叫阿丈來救他們。伊織碰到爺爺，因為不想説出出去的原因，爺爺就教育他不要説謊。阿丈在考試，伊織被迫説謊讓阿丈出來，自己的良心受到譴責。到了數碼世界，大家讓伊織拿起剛找到的裝甲，伊織不肯。在阿丈的鼓勵下，伊織最終拿起裝甲，讓穿山獸裝甲進化成潛鯊獸，與海獅獸一起打碎了超海龍獸的邪惡螺旋環。伊織終於懂得了善意的謊言是對的這個道理。事情結束後，潛鯊獸帶伊織參觀了海底。

今天是八月一日，是阿武等人第一次去數碼世界的日子，新舊被選中的孩子們聚在一起紀念這個難忘的日子。在電視台，在剪輯錄象帶時經常發現黑影，而且每次都不同。阿武到阿和家吃飯，聽到他爸爸説起這件事。第二天，電視台工作人員依然發現同樣的情況，並且不斷有人叫迪路獸的名字，同時光子郎發現只要有D3暴龍機，任何一台上網的電腦都可以打開數碼世界大門。八月三日，大家來到電視台前，迪路獸突然感覺到一些東西，於是大家進入電視台。黑影終於現身，他就是三年前的今天為保護迪路獸和小光而犧牲的巫師獸的靈魂。他留下了“發出善良的黃金光輝”的信息以後，就離開了。

光子郎和伊織發現暴龍改造者的基地，大家決定讓太一等人幫助，並利用一起去郊遊的假象掩護下一舉打倒暴龍改造者。小京因為非常緊張，到了數碼世界以後神經非常興奮，暴龍改造者的基地從原來的位置消失了。小京下去偵察時不小心被蜘蛛獸襲擊，麻鷹獸為救她而受傷。小京非常後悔，於是嘉兒留下來陪她照顧麻鷹獸，其他人去找暴龍改造者基地。晚上，當麻鷹獸的傷好了以後，嘉兒和小京發現了正在天上的暴龍改造者的移動基地。

阿武和伊織一大早去偵察暴龍改造者的基地。暴龍改造者親自到黑暗漩渦裏取出黑暗係數碼暴龍的數據。阿武和伊織在基地裏看到漩渦裏的惡魔獸，使阿武想到三年前天使獸用生命封印惡魔獸的事，決定與暴龍改造者決戰。暴龍改造者在取數據時，惡魔獸對他説他不能控制強大的黑暗力量。他取完數據後完成他的原創數碼暴龍——合成型的基米拉獸。基米拉獸可以説是全能的數碼暴龍，嘉兒她們不是對手。阿武恥笑了暴龍改造者後與他爭執起來，在發現基米拉獸後乘天馬獸與大家一起撤退。

基米拉獸到處破壞，暴龍改造者的基地就跟在後面。大輔他們利用火焰的掩護進入基地，準備破壞動力室。暴龍改造者叫基米拉獸回來攻擊大輔他們。它強大的攻擊力即使避過攻擊仍然會被氣浪彈開。很快，數碼暴龍們都退化了，而且大輔、小京、伊織的數碼暴龍都退化成了幼年期。暴龍改造者十分驚奇，命令基米拉獸停止攻擊。大家趁機去了動力室，暴龍改造者又叫基米拉獸攻擊，它卻沒有聽從而離開了。蟲蟲獸為了使一乘寺賢恢復善良，帶大輔進入了動力室。原來動力室是由奇蹟裝甲提供動力的。它的光輝不但使豆丁獸立即進化成V仔獸，而且自動落到大輔手裏，此時V仔獸裝甲進化成金甲龍獸，放出奇蹟的光輝。

聖騎士型的金甲龍獸出現，使基米拉獸察覺並返回。兩獸展開激烈的對決，蟲蟲獸則不停地勸暴龍改造者變回善良的小賢。後來，金甲龍獸由於能量消耗過多，全身無力。蟲蟲獸在盡最後一次努力勸暴龍改造者後，用自己的生命力注入金甲龍獸，終於消滅了基米拉獸。當暴龍改造者明白數碼暴龍都是有生命的時候，才知道自己是錯誤的，變回了一乘寺賢。此時，蟲蟲獸已經死去，這使一乘寺賢非常傷心。大家回來時，他的姐姐來到營地，於是便一起回家了。

大輔與阿武打籃球，小光為阿武加油，而大輔卻頻頻出洋相，巴達獸則與迪路獸一起跳舞。大家來到數碼世界開始重建數碼寶貝世界，大輔希望和嘉兒感情更好些，而V仔獸則希望和迪路獸感情更好些，於是大輔要求V仔獸進化成成熟期。他讓鼻涕獸與紅鼻屎獸們扮成敵人，希望V仔獸能為了救他而進化，但是弄巧成拙。後來他們遇到多達獸，被它追擊。就在千鈞一髮之際，V仔獸終於進化成V仔獸EX，打敗了多達獸。

一乘寺賢躺在牀上想以前的事，原來他以前有個哥哥叫一乘寺智，他非常聰明。有一次，神聖計劃突然來到他家，哥哥就把它放在一邊。小賢因為好奇而拿出來，進入了數碼世界。回來後，哥哥很生氣，勒令他以後不準拿。哥哥死後，小賢收到電子郵件，叫他不要為哥哥而自責，還叫他再次拿那個神聖計劃。他來到了黑暗海邊，黑暗的海水使神聖計劃變成黑暗D-3暴龍機。想到這裏，小賢醒來，併到了數碼世界的初始城市，被幼年數碼寶貝責罵，觸動了自己善良的心。善良徽章發光，一個數碼蛋也有響應。小賢走過去抱住那個蛋，蟲蟲獸的幼年期——綠葉獸誕生了。

伊織一直無法原諒一乘寺賢以前的所作所為，此時的小賢因為父母非常高興而硬吃了很多飯。晚上，一個神秘的女子突然出現在小賢的房間裏……第二天，在數碼世界當V仔獸和巴達獸試圖進化時都失敗了，阿武懷疑是黑暗之塔的功能再次啓動。突然伊織被身上無邪惡環和邪惡螺旋環的閃電球獸襲擊，穿山獸適時進化成了戰甲獸，大家覺得非常奇怪。後來，一隻神秘的數碼暴龍出現救下伊織並幹掉了閃電球獸，原來他是由蟲蟲獸進化而來的。伊織通過這件事發現了一些東西。

在伊織危險時拯救他的謎之數碼暴龍就是蟲蟲獸進化而成的飛蟲獸。大輔相信小賢已經改過自身，努力地要令小賢成為同伴，但是小京等同伴的反應則很冷淡。大家內心的某處都仍然不太相信小賢。就在那時，在數碼世界的美美傳來了求救信號。突然出現的高力獸正開始要破壞水壩。為了阻止高力獸，小京他們立即出動前往數碼世界。但是高力獸對小京他們零星的攻擊無所畏懼。為了守護下游的鎮一定要認真地攻擊……就像小賢要消滅閃電球獸那樣！不能打倒高力獸，也就不能守護水霸，小京為此十分苦惱。小賢的到來使她終於領悟，麻鷹獸也進化成亞古拉獸，在大家合力下，終於打倒了高力獸。

被小賢消滅的數碼寶貝原來是由神秘女人利用黑暗之塔所變成的。小賢就以前作為暴龍改造者時的行為重新向孩子們道歉，但拒絕了大輔的邀請成為同伴而獨自離去。他希望一力承擔自己的罪孽……孩子們繼續重建數碼世界的工作，但對於逐漸明朗化的事實就不能整理好心情。但是那些追擊他們的數碼暴龍……新的危機正向數碼世界迫近。原來暴龍改造者的基地中的黑暗力量將會發生大爆炸！為了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大輔發E-Mail叫小賢來，但是卻沒有迴音。雖然伊織他們仍不能信任小賢，但大輔仍然繼續等待小賢。最後他終於趕到，然後兩個人的心互相重疊，奇蹟的進化就發生了，V仔獸EX與飛蟲獸合體進化成了完全體的機甲龍獸。

V仔獸EX與飛蟲獸合體進化成機甲龍獸，力量比大古加獸還強，令大家覺得不可思議。大家進入暴龍改造者的基地，將善良徽章插進動力室。動力室雖然停止運作，但是爆炸卻仍未停止。小賢發現管道，於是順着管道找。他們發現了動力室能量的來源，阿武和嘉兒感到有黑暗力量。原來那裏是黑暗世界的入口，而且那裏馬上就要爆炸了。就在最危急的時刻，機甲龍獸打敗了大古加獸，並擊毀了來源。回去以後的第二天，光子郎與他們討論了合體進化的事，並確立了敵人——神秘女子。

神秘女子看了被一部電視機錄下的大輔他們的對話片段，非常生氣。決定認真對待被選中的孩子。她發電子郵件給他們，叫他們到一間巨大的房子去。那一間大房子裏所有的東西都是正常的30倍大。大輔、伊織和小賢作為先頭部隊被蟑螂獸與古尼獸襲擊，而阿武、嘉兒和小京也被黃蜂獸和螳螂獸襲擊，被迫躲進大屋。而且那些數碼暴龍身上都沒有邪惡環和邪惡螺旋環，也沒有證據證明它們是由黑暗塔變成的。當大輔等三人找到神秘女子時，飛蟲獸和鋼鑽獸居然被控制。伊織終於明白，神秘女子吹的笛子能夠控制昆蟲型數碼暴龍。突然他們掉了下去，粘在蜘蛛網上，蜘蛛獸正朝他們走去。

伊織向小京和阿武他們求救，但他們都脱不了身。最後他們利用空調將蜘蛛網弄破。但是飛蟲獸和鋼鑽獸依然受到控制，他們被困在抽屜裏。伊織想到用聲音來干擾笛聲，由小京來擔當重任。善於玩弄電腦的小京在嘉兒的幫助下，終於成功干擾了笛聲，所有被控制的數碼寶貝恢復正常。但沒想到神秘女子居然露出了原型，它就是亞基利獸！大家設了個陷阱，用胡椒粉、殺蟲水和電線削弱亞基利獸的力量，機甲龍獸終於打敗了她。但是亞基利獸的同黨木乃伊獸突然出現，並救走了它。

亞基利獸越想越生氣，於是想出了一個可怕的計劃：用100座黑暗塔製造出一隻強大的數碼寶貝！大輔與小京想讓伊織和一乘寺賢減少矛盾，於是叫穿山獸和蟲蟲獸一起去破壞黑暗塔。雖然穿山獸和蟲蟲獸的感情好了，但是伊織和小賢識穿了他們的意圖，他們的感情不但沒好，小賢更是離開了。這時，亞基利獸實施了她那可怕的計劃，究極體的黑暗戰鬥暴龍獸誕生了！小京將小賢找回來，但是機甲龍獸的實力也在它之下。最後，它使出很恐怖的絕招，令所有人都暈厥。意外的是，黑暗戰鬥暴龍獸居然不聽亞基利獸的指揮，獨自離開了。

黑暗戰鬥暴龍獸在尋找對手戰鬥，亞基利獸則追蹤它。大輔他們來到數碼寶貝世界，迪路獸發現那裏是她丟失神聖環的地方，於是大家便去尋找。小賢突然看到黑暗之海，於是大叫。小光和小京發現了他，三人突然進入奇怪的地方。大輔與V仔獸居然能穿過他們的身體，原來他們所處世界的次元不同。小京他們來到山崖，發現類似神聖環的東西發光，小京與小光為了撿它掉了下去。麻鷹獸不能進化，使小京以為再也上不去而發脾氣。小光打了她一耳光，使她冷靜了下來。上去後，小光和小賢又看見了黑暗海，而且亞基利獸用黑暗之塔造出暴羅剎獸,它十分厲害。小光十分絕望，無法冷靜下來，小京也打了她一耳光，並鼓勵她。兩人心意合一，使亞古拉獸與迪路獸合體進化成希爾芙獸，打敗了暴羅剎獸並回到了原來的世界。

亞基利獸用200座黑暗塔造了20只長毛象獸攻擊黑戰鬥暴龍獸，卻不堪一擊，反而使黑暗戰鬥暴龍獸感到非常空虛。在戰鬥中，黑暗戰鬥暴龍獸突然發現一朵花，並奮力保護它。後來卻因為自己有“心”而非常煩惱，於是踩死了那朵花。亞基利獸計劃破壞神聖石，便造出騎士獸去粉碎神聖石。這時，亞古獸和黑戰鬥暴龍獸進行長談，經過一段對話，亞古獸希望成為黑暗戰鬥暴龍獸的朋友，黑暗戰鬥暴龍獸似乎不反對。大輔他們正在保護神聖石，卻不小心被騎士獸砍裂了神聖石。黑戰鬥暴龍獸突然發狂，衝過去打敗騎士獸及大輔他們的數碼暴龍，並粉碎了神聖石。隨着神聖石的破碎，空間發生了嚴重的扭曲。

小京去京都進行畢業旅行。光子郎則和小賢一起討論數碼世界的事，其他人去阻止黑暗戰鬥暴龍獸繼續破壞神聖石。大輔他們到達時，神聖石已經被黑暗戰鬥暴龍獸破壞，空間扭曲使黑暗戰鬥暴龍獸來到京都。小賢收到小京的通知，帶鈍鈍獸去京都，將孫·悟空獸帶回數碼世界，並與大輔他們匯合對抗木乃伊獸。小京遇到小空的父親和阿丈的哥哥阿休，得知了一些關於數碼寶貝世界與京都的聯繫。後來，忍者獸將武士獸送進數碼世界，而黑暗戰鬥暴龍獸和其他數碼寶貝又回到了數碼世界。

黑暗戰鬥暴龍獸又破壞了一塊神聖石，突然出現了一個痛苦掙扎的身影，黑暗戰鬥暴龍獸覺得那隻數碼寶貝就是它要尋找的目標。阿武非常憤怒，使伊織覺得很困惑。第二天，大輔他們先於黑暗戰鬥暴龍獸找到神聖石，但是亞基利獸和木乃伊獸卻來攻擊。天使獸被黑暗戰鬥暴龍獸打敗，突然聖石發光，使天使獸超進化成神聖天使獸，打算用天國之門將黑戰鬥暴龍獸吸走。黑暗戰鬥暴龍獸用蓋亞能量炮一擊打碎神聖石，使神聖天使獸退化，天國之門消失。那個身影又再次出現。

黑暗戰鬥暴龍獸又破壞了一塊神聖石，而且那個身影又出現了。小賢要與大輔他們商量對策，於是打電話和媽媽説去朋友家吃飯，他媽媽非常高興。伊織去向阿和詢問阿武的事，得知了天使獸用生命封印惡魔獸的事。第二天是星期天，甲蟲獸發現第六塊神聖石在海底，就讓嘉兒通知大家。海獅獸找來許多水系的數碼寶貝幫忙，集所有數碼暴龍的攻擊，終於打倒了黑暗戰鬥暴龍獸。但是它又站起來了，並用蓋亞能量炮分開海，露出聖石，這時，伊織擋在神聖石前面求黑暗戰鬥暴龍獸，這使它想起那朵花而不忍心傷害伊織。但最後黑暗戰鬥暴龍獸還是下定決心破壞了聖石。

黑戰鬥暴龍獸仍在尋找最後一塊聖石，而亞基利獸和大輔他們先後來到中華街的美食店。由於飛蟲獸還沒到，而亞古拉獸和迪路獸體力又不足，所以不能進行合體進化。幸好老闆蛋蛋獸逃走，亞基利獸它們想知道湯料是什麼而離開了。伊織下定決心改變自己而叫大家吃拉麪補充體力。木乃伊獸發現了湯料所在的池子，在喝了以後突然聖石從池子裏出來了。黑暗戰鬥暴龍獸和大輔他們也同時發現。在前兩對組合合體進化以後，天使獸和戰甲獸也成功合體進化成古神獸，三隻完全體數碼暴龍一起對抗黑暗戰鬥暴龍獸。

古神獸擁有可以剋制黑戰鬥暴龍獸的能力，集三獸之力終於打倒黑暗戰鬥暴龍獸。但是，黑暗戰鬥暴龍獸依靠頑強的意志又站起來了，並且將三獸打倒，準備破壞最後一塊聖石。大輔他們下定決心保護聖石，便用D-3暴龍機對準神聖石，原來被破壞了的神聖石的位置發出光芒集中於此，召喚出青龍獸！黑暗戰鬥暴龍獸已經沒有足夠力量與青龍獸戰鬥，失去生存目標的它悲哀地離開了。青龍獸則向大輔他們講述裝甲進化以及各個徽章的含義等信息。

大輔他們終於將數碼世界裏所有的黑暗塔破壞了，此時聖誕節快到了，小賢邀請大家到他家玩。伊織也終於原諒了小賢，大家接受了邀請。回到現實世界後，大輔眼前突然閃過黑暗之塔的形狀。第二天，大家將太一等人的數碼暴龍接到現實世界來與太一他們團聚。晚上，大輔等人去小賢家玩，太一等人則去聽阿和唱歌。突然，數碼寶貝出現破壞了現場，而且太一發現了黑暗之塔！大輔他們趕到後，破壞了黑暗之塔並在暴龍獸等的幫助下將所有數碼寶貝送回數碼世界，但是，危機似乎又在逼近。

數碼寶貝再次出現在現實世界，而且在日本各地都有！大輔聽到小賢住的地方有數碼寶貝出現，便決定單獨去接小賢。三角龍獸出現在那裏，大輔趕到後破壞黑暗之塔並讓機甲龍獸去與三角龍獸戰鬥。然而三角龍獸非常強大，機甲龍獸被打得毫無還手之力。

這時，年輕的玄內出現在眾孩子面前，並拿出青龍獸身上的一顆數碼珠，放出神聖力量，大家都可以進化成完全體，並且機甲龍獸還進化成帝皇龍甲獸，終於將三角龍獸打敗送回數碼世界。接着，帝皇龍甲獸又到了日本各地，在半小時內將日本的所有數碼寶貝都送回數碼世界。全世界的數碼大門都打開了，玄內告訴大家只有D-3暴龍機才能將大門打開，於是11個孩子將分別到6個地方，與全世界被選中的孩子一起將數碼寶貝送回去。

帝皇龍甲獸將大家送到該去的地方後，到指定的地點退化。大輔來到紐約見到玄內的複製人，其他被選中的孩子則將數碼暴龍帶到指定的地方。祖利獸突然發狂，花仙獸、V仔獸EX以及其他被選中孩子的數碼寶貝一起攻擊，終於制服了祖利獸。大輔打開數碼大門，將數碼寶貝送回了數碼世界。在香港，光子郎和小光見到擁有八爪魚獸的三兄弟，準備在九龍公園將由亞洲被選中的孩子送過來的數碼寶貝送回數碼世界。但是在穿越中國國境時受到阻攔，大家想出辦法證明數碼寶貝們是有智慧的，終於安全通過。嘉兒他們的任務也完成了。

阿丈和伊織來到悉尼破壞黑暗塔。突然見到被選中的孩子以及貝殼獸、龍蝦獸和墨魚獸，於是大家用“數碼寶貝什錦海鮮攻擊”嚇跑它們，並追上去。突然，亞路加獸出現，為了防止它破壞珊瑚礁，海獅獸超進化成祖頓獸，與潛鯊獸一起打敗了亞路加獸。巨蟹獸進化成的古尼獸破壞了黑暗塔，然後伊織打開大門將數碼暴龍放回數碼世界。巴黎那邊，阿武、太一和阿武的爺爺發現凡爾賽宮有數碼寶貝，原來是豆豆獸三兄弟。後來，還出現了炸彈獸。在打敗它們後，機械暴龍獸和神聖天使獸破壞了黑暗塔，並將這四隻調皮的傢伙送回了數碼世界。

小賢與阿和來到墨西哥的瑪雅遺蹟，偷偷走了進去。途中遇到擁有礦石獸的女孩，蟲蟲獸感到小賢對它的感情會發生動搖。在遺蹟深處發現了牛人獸和蜘蛛獸，它們逃了出來。出來後，獸人加魯魯獸、飛蟲獸和礦石獸進化成的角龍獸將它們擊倒，送回了數碼世界。莫斯科那邊，小京和素娜由於不會講俄語，便用食物作為號令來與俄羅斯的孩子一起作戰，戰鬥完後覺得非常飢餓與疲勞。本來俄羅斯的孩子要請她們吃東西，卻因為還有一些長毛象獸沒收拾。此時帝皇龍甲獸帶着孩子們及時趕到並打倒了它們。大家要立即回日本，因此小京和素娜因為沒有吃到東西而非常失望。

小賢睡覺時夢見自己被植入黑暗種子的情景，醒來後就埋怨自己為什麼記不起以前的事。後來，女惡魔獸、海魔獸、喪屍撒旦獸出現在現實世界，孩子們的數碼暴龍與它們苦戰。最後，所有完全體數碼寶貝被喪屍撒旦獸打倒，而帝皇龍甲獸也被封印住不能動彈。光子郎明白到亞古獸他們不適應現實世界的生活，於是它們將力量給帝皇龍甲獸後，回到了數碼世界。帝皇龍甲獸變身成為戰士形態，一擊打倒喪屍撒旦獸。這時，究極魔獸出現，但亞基利獸卻在所有人的眼皮底下以許多被綁架的孩子作威脅，帶走了小賢。

大家乘阿丈哥哥的車追亞基利獸的車。小賢在被綁架的孩子中，看到他爸爸的同事及川悠紀夫。原來他是亞基利獸和木乃伊獸的創造者，他想將小賢身上的黑暗種子移植到被綁架的孩子們身上。並且他就是小賢的哥哥死後發郵件給他的人。希爾芙獸與女惡魔獸戰鬥，被打成重傷。小京為救被女惡魔獸捉住的人而被女惡魔獸攻擊，希爾芙獸為保護小京而打倒女惡魔獸。另一邊，古神獸與海魔獸戰鬥，伊織和阿武到醫院救人。經過苦戰，古神獸打倒了海魔獸。小京和伊織都很矛盾，因為他們必須面對有思想和生命的數碼寶貝。雷龍獸很快要追上綁架小賢的那輛車了，而究極魔獸也出現在那輛車面前。

戰士形態的帝皇龍甲獸、希爾芙獸與古神獸與究極魔獸對決，但是根本傷不了它，而且它的殺傷力巨大。大輔他們商量將究極魔獸送回數碼世界，但是究極魔獸居然自己能打開數碼世界大門。正當大家絕望時，小賢告訴大家他的暴龍機可以打開黑暗海世界的大門。打開大門的時候，小賢被黑暗力量攻擊，十分痛苦。大家一起握住他的手，支持他。再加上三隻數碼寶貝的合力攻擊，終於將究極魔獸送到黑暗海世界裏，危機又一次過去了。可是黑暗種子已經移植到孩子身體裏了。

被移植了黑暗種子的孩子智力和體力都有飛躍的提高，但性格卻越來越差。青龍獸將能量傳給了亞古獸，並告知黑暗戰鬥暴龍獸去了現實世界。黑暗戰鬥暴龍獸找到及川，用言語激他，使他非常痛苦。正當黑暗戰鬥暴龍獸想殺他時，亞古獸究極進化成戰鬥暴龍獸阻止他，兩獸打了起來。戰鬥暴龍獸不斷要求黑暗戰鬥暴龍獸停止攻擊，但黑暗戰鬥暴龍獸不聽。最後，帝皇龍甲獸戰士形態與戰鬥暴龍獸一起攻擊黑暗戰鬥暴龍獸，光子鐳射、蓋亞能量炮和黑暗蓋亞能量炮碰撞。黑暗戰鬥暴龍獸終於被打敗，並且通過與亞古獸、V仔獸和蟲蟲獸的談話明白了一些東西。

在數碼世界裏，加布獸他們正努力封印光丘的大門。及川見到伊織，發現他的身份，想起以前的事。原來他和伊織的爸爸是好朋友，他們都相信數碼寶貝的存在，並做過研究。但是伊織的爸爸英年早逝，令他非常悲哀。一位孩子的黑暗種子發芽開花，及川採集了那朵花，黑暗力量籠罩他的身體。黑戰鬥暴龍獸再次用言語激他，伊織的爺爺明白了事情的經過，希望成為及川的朋友。及川正想答應，卻被黑暗力量所控制，攻擊伊織的爺爺，黑暗戰鬥暴龍獸奮力擋住，受了重傷。知道自己快死了的黑暗戰鬥暴龍獸用自己的身體封印了光丘的大門，犧牲了。

大家暗中監視被植入黑暗種子的孩子，將他們集中在一個地方。及川出現，他用好像3年前太一他們回到現實世界前用來開門的鑰匙卡，打算進入數碼世界。大輔他們因為黑戰鬥暴龍獸已經封印了數碼世界大門而並不驚慌。但是及川居然成功打開了大門，並和孩子們一起進去了。大輔等人非常吃驚，跟了上去。原來他們進的不是數碼世界，而是另一個世界。貝利亞吸血魔獸從及川身子裏破出，他告訴及川其實自己之前做的事都是受到貝利亞吸血魔獸的利用。最後，貝利亞吸血魔獸吸取所有的黑暗之花，顯現真身，並殘忍地殺死了亞基利獸和木乃伊獸。除大輔外，所有被選中的孩子都被他的殘忍所震懾。只有大輔勇敢地站出來，與V仔獸EX一起面對貝利亞吸血魔獸。

由於大輔的勇氣，使V仔獸EX的攻擊居然對貝利亞吸血魔獸產生了效果。但他立即使用幻影攻擊。所有人都看到令自己很高興的假象，那些假象都是自己平時所苦惱的東西的反照。但他們後來都明白過來，只有打敗貝利亞吸血魔獸，這些一切才能實現。奇蹟發生，所有數碼寶貝都可以同時使用進化、超進化、裝甲進化以及合體進化。但是一連串的攻擊卻並沒有對貝利亞吸血魔獸造成傷害，而且他進入了數碼世界，並在數碼世界將自己的黑暗力量傳遞到現實世界，打算一統數碼世界和現實世界。

地球正逐漸被黑暗力量侵蝕。大輔他們仍不斷地嘗試阻止貝利亞吸血魔獸，但每次都被打倒。後來，所有被選中的孩子的神聖計劃的光的力量驅散黑暗，並使他們的數碼暴龍進入數碼世界。貝利亞吸血魔獸的力量被削弱，但是被植入黑暗種子的孩子泄氣的話卻又讓黑暗力量有機可乘。大輔他們用真心的話讓他們明白只要相信有實現夢想的力量，夢想一定會實現。最後，他們也有了數碼寶貝搭檔了。最後，帝皇龍甲獸戰士形態用全世界所有被選召的孩子們共同賜給它的力量打敗了貝利亞吸血魔獸。及川就要死了，他卻遇上自己的數碼寶貝，使他非常感動。他用信念犧牲自己，修復數碼世界。二十五年過去了，數碼世界已經與現實世界密不可分了。每個孩子都有自己的數碼寶貝，能與他們一起去冒險了。