支序分類學

分支研究的最終結果是由被稱之為“分支圖”的樹狀關係圖來描繪出其假定的關係。 [2]現代的系統學研究會收集各方面的資料，包括DNA序列、生化數據和形態學上的數據等。

在一個“分支圖”中，所有的生物體都如同一片樹葉，且每個內節點理想上都是二元（有兩條分歧）的，在此一分歧點兩端的分類羣即稱為“旁系分類羣”或“旁系羣”。每一枝幹，不論其包含了上萬種類別或只有一種類別，都被稱做是一個分支。一個自然的類羣應該會有包含在任一分支裏的所有生物體，這個分支會有着屬於此一分支的唯一祖先（一個不會是此一分支外的其他生命體的祖先）。每一分支都會有一些只共同出現在分支內每一個成員上，而不會出現在其他生命體上的特徵。這些特徵稱之為衍徵。例如，堅硬的前翅（鞘翅）是鞘翅目的衍徵，而幼葉卷疊式－由捲曲的幼芽舒展成葉子則是蕨類植物的衍徵。

一個特徵狀態若是同時表現在外類羣和其祖先身上時，稱之為“祖徵”；而若只出現在之後的後代時，則稱之為“衍徵”。用祖徵和衍徵來代替原始和先進這些詞是因為，若是在不同的環境之下，每種特徵都有可能是先進的。用祖徵來指分支的“分類基礎”在非正式的情況下並不會不普遍。

一些種類如果比其他種類具有更多的祖徵，稱為基本分支，一般來説基本分支比其他衍生分支的種類要少得多，基本分支也可能現在已經不存在，例如鳥類和哺乳動物的共同祖先就已經不存在，雖然它們之間有許多共同的祖徵存在。

分支分類分析必須收集信息，並區分什麼是“一般特徵”什麼是“特殊性狀”。在以前，研究者必須區分哪些特殊性狀是共同祖先以前具有的（祖徵），哪些是共同祖先單獨具有的特徵（共源性狀），要和分支以外的種羣比較，只有共源性狀才能用來確定一個分支。

要確定一個分支，必須有足夠大量的共源性狀，才能説明這種特徵是由於共同的祖徵，不是由於趨同進化造成的同形相似（因為生活在同一環境，而不是因為有同一祖先造成的相似特徵）。例如鳥類和昆蟲有生活在相似的環境中都具有的翅膀（共同的特徵），但卻是沿着不同的進化路線發展的，如果將它們放到一個分支內就是錯誤的。

共源特徵確定後，要依照簡約化的原理確定之間的關係（也是一種奧卡姆剃刀原理），另外也主要也依照分子進化理論，選取最接近的分支。

現代不太容易出現由於研究者自身造成的偏差，因為一般分析都使用計算機軟件，現在有各種複雜的軟件可以用來分析和計算分支。

但有時也會出現許多衝突，例如外形特徵和基因分析完全不同等，造成分到不同的分支內，現在種系發生學提供了得到大部分人贊同的結論。

現代DNA系列的測定已經比較容易，種系發生學得到分子數據的支持，計算機系統可以處理大量的數據，能精確篩選出真正的共源特徵數據。更為有效的方法是利用染色體中的反轉座子記號。最理想的是將形態學、分子生物學、以及行為生態等種系發生學的信息結合起來，沒有一種方法是完全完美的。所有的方法都有自己的誤差，在形態學中經常發生趨同進化的錯誤，但在分子生物學中卻經常有和外在特徵衝突的現象，分子數據雖然比利用化石數據更精確，但也充滿誤差。各種方法的比較和結合，才能得到更好的結果。

親緣分支理論並不能取代現在所有的進化理論，只是對現有的知識進行一些修正。這種理論也可以使用到生物學以外的領域，目前已經應用到歷史語言學中確定語言的族屬分類，和古代文獻考訂中確定文獻派生情況等。

親緣分支法所用的三種分支方法

結點分支:最近的共同祖先分出的A和B以及它們的後代。

主幹分支: 包括A和B 的比較遠的共同祖先及其後代，但不包括Z。

派生分支: A 和B 最近的共同祖先及其後代，還包括具有一定的派生特性的較遠祖先。

自從1960年代以來，生物界出現傾向用親緣分支分類法的“分支主義”，他們主張取消所有非分支的分類系統。但其他分類學家認為雖然種系發生學要應用親緣分支的技術，但分類仍然有使用傳統的門類的必要，兩種分類法都應該存在，因為不僅存在單源種系，也有同源種系。

單源種系可以應用分支，全體種系都是從一個祖先派生出來的。同源種系雖然意義相同，但其中一部分種羣有獨立的進化道路，產生很大的區別。例如鳥類和爬行類具有同一祖先，但進化道路相當不同。脊椎動物和無脊椎動物也是從共同祖先演化來的，但不能分到同一類中。

此外還有多源種系，例如以前分到一類“厚皮類”中的動物象和犀牛並不是來源於同一祖先，而是各自由不同的薄皮祖先進化來的。進化分類學者認為多源在分類學中是錯誤的，如同將趨同進化的動物或同形的動物分到一類中一樣。

分支學者認為同源種系和多源種系是一樣錯誤的，單系羣是依據共源性狀，可以將各種羣進行客觀地分類。而同源和多源是依據外觀特徵，容易造成主觀的錯誤。但其他學者認為分支法將種羣分類從“低級”向“高級”分類，容易導致目的論，目的論是在進化研究中應該避免的。

分支學者認為傳統的分類方法人為地將物種分成不同的層次，不能真正代表物種進化的實際情況，因此應該放棄林奈的分類法，全部使用簡單的親緣分支層次。

而其他有不同意見的學者認為所有的分類方法都是人為的，都有主觀因素在內，所有物種都是在持續不斷地進化，任何分類劃分都是人為製造前半部單一起源，後半部同源發展，在樹形結構的早期就應用同源分類是必要的。例如發展成為靈長類的早期脊椎動物不能放到任何單源分支中。他們還認為同源分類提供了生物形態、生態即生命進化歷史中重要變化的信息。也就是説傳統分類和分支分類都很有價值，但在不同方面是為不同的目而起作用。