國立科學博物館

1871年10月 - 作為文部省科學博物局的參觀設施在湯島聖堂內開設博物館

1875年4月 - 改稱為“東京博物館”

1877年1月 - 在上野山的西四軒寺舊址（現東京藝術大學）建造的新館竣工，命名為“教育博物館”

1889年7月 - 教育博物館作為高等師範學校的附屬機構，轉移至毗鄰高等師範學校的湯島聖堂內

1914年6月 - 從東京高等師範學校中獨立出來，改稱“東京教育博物館”

1930年12月 - 上野新館（現本館）落成

1931年2月 - 改稱為“東京科學博物館”

1949年6月 - 根據文部省設置法開設“國立科學博物館”

1962年4月 - 合併位於白金台的國立自然教育園，並將其改稱為“附屬自然教育園”

1972年3月 - 新宿區分館落成

1983年12月 - 筑波實驗植物園開園

1994年6月 - 開設筑波研究資料中心

1998年2月 - 新館（1期）的常設展示部分開展

2001年4月 - 將國立科學博物館作為獨立行政法人

2002年6月 - 設立工業技術史資料信息中心

2004年11月 - 新館正式開放，本館改裝工程開始

2007年4月 - 日本館改裝工程完成，開始對外開放

上野本館 - 東京都台東區上野公園

新宿分館 - 東京都新宿區百人町

筑波實驗植物園 - 茨城縣

國立科學博物館附屬自然教育園 - 東京都港區白金台

工業技術史資料信息中心 - 東京都中央區橋室町

位於上野公園內的國立科學博物館是日本從繩文・彌生時代到古墳時代的遺蹟，還有一部分是曾在幕末明治維新時期遭燒燬的寬永寺子院落羣遺蹟。1944年，發掘工作隨博物館新館整修工程進行，在當時上野本館正面設置的座頭鯨模型（現白長鬚鯨模型的展示位置）和當時探險館的一部分發掘出古代遺蹟。發掘成果有：江户時代寬永寺青龍院的基石、地下室、井等遺蹟；江户時代（17世紀末到18世紀初）的瓷器、陶器、土器，及大量當年在大火中焚燬的瓦片；日本早期從安南（現越南）進口來的安南染製品碎片；彌生時代的豎式穴居遺蹟；古墳時代的土俑·陶俑碎片。另外還在旁邊的國立西洋美術館發掘出豎式穴居遺蹟。

對於上野本館的發掘工作至今為止已進行了兩次，其發掘成果均記載入發掘報告，現收藏於台東區內的公共圖書館內，可供讀者自由閲讀。

《上野忍岡遺蹟：國立科學博物館（たんけん館・屋外展示模型地點）》 - 1995，國立科學博物館上野地區埋藏文化財產發掘調查委員會編

《國立科學博物館：おれんじ館地點》（埋藏文化財產發掘調查報告書第10集） - 2001，台東區文化參禪調查會

《台東區の遺蹟》（《武藏野》第74卷第2號） - 1996，小俁悟

為了獲得生態學資料，博物館開展了各種日本國內調查活動。

・收藏了戰後日本工業發展初期的相關資料。例：筑波大學開發的PAX型計算機相關資料、本田開發的CVCC型引擎等。

・保存至今的戰前資料基本上都是國家級重點文化財產，一般性的藏品很少。