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反向重複序列

鎖定
反向重複序列指兩個序列相同的拷貝在DNA鏈上呈反向排列， 是DNA重複序列的一種類型。反向重複序列散佈在整個基因組中，約佔人類基因組中佔5%，常見於基因的調控區，可能與基因的轉錄、複製有關。反向重複序列的一種形式是反向排列的兩個拷貝間隔着一段序列，另一種 形式是兩個拷貝之間沒有間隔序列，呈反向串聯，這種結構又稱迴文式序列。 [1] 
中文名
反向重複序列
外文名
inverted repeat sequence
類    型
專有名詞
領    域
生物基因
x學科標籤
分子生物學
術語簡介
反向重複序列 (inverted repeat sequence)：
如圖1 GTGCTAA和TTAGCAC構成反向重複序列。在雙鏈DNA中反向重複可能引起十字形結構的形成。（圖1上面的序列為反向重複序列，同時，注意到它兩條鏈順讀是一樣的，且中間沒有間隔序列，因此它是迴文序列；圖1下面的序列為鏡像重複序列。詳情參見下文辨析。）
圖1 GTGCTAA和TTAGCAC構成反向重複序列 圖1 GTGCTAA和TTAGCAC構成反向重複序列
迴文結構（palindromic structure）：
在真核細胞染色質DNA分子中，還存在大量特殊的序列，這種結構中脱氧核苷酸的排列在DNA兩條鏈中順讀與倒讀其意義是一樣的，脱氧核苷酸的排列對於一個假象的軸成180°旋轉對稱，這種結構稱為迴文結構。
幾種重複序列辨析（非正式名詞解釋）：
反向重複序列
(Inverted repeat sequence)
5'AAAANNNNTTTT3'
3'TTTTNNNNAAAA5'
兩條鏈中以5'→3'方向讀出來是一樣的，兩條鏈旋轉對稱。
迴文序列
(Palindromic sequence)
5'AAAATTTT3'
3'TTTTAAAA5'
當反向重複序列中沒有“NNNN”時就稱為迴文序列，兩條鏈旋轉對稱。
正向重複序列
(Direct repeats sequence)
5'ATCGNNNNATCG3'
3'TAGCNNNNTAGC5'
在同一條序列中有重複(NNNN的前後序列都是AAAA)，中間的NNNN可有可無。
鏡像重複序列
(Mirror repeats)
5'ATCGNNNNGCTA3'
3'TAGCNNNNCGAT5'
兩條鏈都呈軸對稱。
重複序列類型 重複序列類型 [2]
參考資料
  • 1.    官大威．法醫學辭典：化學工業出版社，2009年
  • 2.    INBOK LEE, YOAN PINZON. A Simple Algorithm For Finding Exact Common Repeats[J]. IEICE transactions on information and systems,2007,e90/d(12):2096-2099.