南少林三十六房

雍正年間，南少林三十六房住持劉仁宣受方丈之命給皇上送密函，途中遭襲身亡。當年康熙帝將繳獲倭寇的寶藏藏在南少林中，劉仁宣是受皇上之命將寶藏部分清單送往京城。寶親王弘曆受雍正之命前往浙江寧海以尋醫為名暗訪倭寇內應，弘曆途中遇呂四娘襲擊。呂四娘父親呂留良當年被雍正所殺，呂四娘女扮男裝陸弘十找到當年父親好友“易神醫”曹太虛殺弘曆。雍正派方世玉和北少林玄真繼任三十六房住持和方丈，劉仁宣之死是師叔普照所為，他欲奪方丈之位和寶藏。

呂四娘要曹太虛和她一起報仇遭拒，與前來的弘曆相遇，曹太虛趁機逃走。呂四娘與弘曆打賭，如自己用曹太虛最愛吃的狗肉將其騙出，弘曆就與她進京城殺一個人，曹太虛被騙出，呂四娘與弘曆相約廣寧寺。江浙總督府温榮玉為討好弘曆，將名妓小紅安排給弘曆，洽遇方世玉到府上求見，小紅將求救紙條遞給方世玉，方世玉與呂四娘將小紅救出怡紅院。

“陸公子”和曹太虛欲在廣寧寺殺弘曆，被方世玉救下，方世玉告別弘曆繼續前往北少林。普照一班人慾在方世玉茶中下藥，被“陸公子”巧妙化解，“陸公子”對方世玉暗生情愫。北少林內，方世玉見到玄真大師和他的徒弟雲明，3人連同雲惠一起前往南少林。

普照特來迎接，幾次加害玄真，但玄真還是如期披上主持伽沙。呂四娘師兄江南六俠之一白太官，追殺呂家仇人劉太3年，終將其人頭祭在呂老先生墳前，與暗戀多年的呂四娘相會。弘曆回京，他在江南時屢次聽到“往生極樂，天心月圓”，他詢問雍正被拒絕。因倭寇猖獗，雍正再次派弘曆前往海寧。

玄真讓雲明與方世玉比武和試解説《愣伽經》，勝者出任三十六房主持，3人遭到普照暗算，幸方世玉發現一密道逃生。方世玉收到弘曆差信應邀下山，讓助其收繳陸宏十等人。弘曆趕路時呂四娘等人殺出來，弘曆抽出閃靈長劍，呂四娘抽出木鞘長劍，兩把劍心有靈犀將二人殺招化解。弘曆分析呂四娘在進京路上，決定再次回京。温榮玉兒子温濤娶了武功高強的妻子，決定娶親當天擺擂比武。

輪到方世玉上擂台，新娘子認出他，讓方世玉趕快下去，原來新娘子是方世玉舊識卓靈。方世玉去北京查陸弘十行蹤，行至山東德州拜見飛虎幫幫主董海川，董佩服方世玉武功交下他這個朋友。陸弘十也就是呂四娘以女裝出去，被監視方世玉的雲明看見，對她一見傾心。雲明派人殺方世玉，被一路追來的卓靈破壞。飛虎堂探知呂四娘師兄白太官在德州境內邀之前往，弟子楊某給方世玉報信被殺，並被誣陷是方世玉所為。董海川信以為真欲殺方世玉，被女扮男裝的呂四娘巧妙化解。

官兵趕來，陸弘十大開殺界，方世玉阻止，二人相鬥間方世玉發現陸弘十可能是個女人。呂四娘被箭射傷被雲明救下，呂四娘無意中發現和雲明在一起的人，正是誣陷方世玉的人，呂四娘耍花招逃出去。方世玉警告卓靈，如果她改不掉偷盜毛病就不再當她是朋友。呂四娘為了出城決定直接到德州劉世德家。

呂四娘拿劉世德女兒當人質奪門而出，撞到前來的方世玉，二人決定公平比武，方世玉略施小計將呂四娘放走，被弘曆識破。呂四娘等3人赴京與喬裝等候的方世玉相遇，方世玉勸她放棄計劃被拒。弘曆親自帶兵剿寇展開肉搏戰，弘曆制服倭寇首領押送進京時，遭到倭寇襲擊，倭寇首領被營救走，弘曆和温榮玉被追殺，幸遇方世玉才得以脱身。

陸弘十和曹太虛想混進宮內苦於沒有門路，打聽到有一個曹大人上可通天，此人十分愛他的九姨太小九，他們對小九做手腳讓她卧牀不起，陸弘十和曹太虛醫治好小九達到目的。白太官把和師妹呂四娘定情的玉佩當掉，方世玉把玉佩贖回給白太官追問陸弘十下落，白太官喝得大醉告訴方世玉，陸弘十就是他師妹呂四娘。方世玉知道呂四娘與曹太虛可能進宮，要曹大人追查，曹太虛威脅説他推薦進宮要誅九族，要曹大人保他們過關。

曹太虛化名杜仲混入宮中。夜裏以自己的真實身份，阿隆慶偷偷見了皇上，並求皇上饒過呂四娘。呂四娘和曹太虛為皇上做飯，弘曆和惠成出面指認兩人是刺客，被皇上平息。弘曆讓方世玉做了皇上的貼身侍衞，方世玉把呂四娘騙到皇上寢宮，勸説她放棄報仇並下了最後通牒。惠成因為承受不了壓力自縊，皇上為了調開弘曆，將他派去江浙，但弘曆抗旨帶侍衞來抓曹太虛和呂四娘。

弘曆的計劃被皇上打亂，呂四娘等人被帶走，並讓方世玉轉告弘曆不要再管這件事了。皇上和方世玉一同飲酒，在方世玉的酒裏下了迷藥，皇上對方世玉講了自己的一段感情經歷。呂四娘趁方世玉被迷倒將皇上殺了。弘曆登基並派人捉拿呂四娘，雲明的人到客棧追殺方世玉和卓靈，正遇黃嘯俠逃走，黃嘯俠與方世玉相見恨晚，方世玉和卓靈同回南少林。

温榮玉派風雲四毒去呂四娘老宅追殺，被呂四娘殺死，但曹太虛中了他們的暗器，呂四娘一路逃往杭州找五師哥白泰官解毒。弘曆的人衝進客棧，錯把方世玉和卓靈當做呂四娘和曹太虛，呂四娘和曹太虛藉機逃走，找到白泰官，為曹太虛多延長了幾天性命。他們只有找到黃嘯俠才能真正救活曹太虛，呂四娘和白泰官上路去北少林找黃嘯俠。温榮玉被調任福建總督。

方世玉和卓靈同北少林主持一同來到雲州客棧，巧遇呂四娘和白泰官。老虎等決定到雲州客棧襲擊呂四娘和卓靈。老虎被方世玉認出，是原被南少林逐出山門的寶光，方世玉和呂四娘聯手追捕採花賊，發現了江浙總督的腰牌，兩人相認。

呂四娘被雲明抓走，雲明向呂四娘表白了自己的愛慕之心。方世玉、卓靈、白泰官3人尋找呂四娘，發現雲明的兩個跟班。黃嘯俠跑到北少林尋釁，遇到三德兩人一見如故，三德道出他對雲明的疑心。兩人酒歡而散，與呂四娘擦肩而過。三德被疑偷學武功逐出山門。黃嘯俠在酒鋪遇到雲明等人，約定3日後比武。

方世玉來到北少林，巧遇黃嘯俠，提起為曹太虛療傷的事被拒絕。黃嘯俠知道呂四孃的真實身份後，同意為曹太虛療傷，閒聊中呂四娘得知，三德的易經功同樣可以救曹太虛的命。黃嘯俠在與雲明的決鬥中被暗箭所殺。方世玉和卓靈在給趙大宏掃墓時碰到三德，在與三德的交談中獲益不小。方世玉回到南少林，方丈決定讓其與雲明比試武功和佛法，勝者出任三十六房住持。

御前侍衞伊爾根、烏蘇、塔布一路追殺呂四娘、曹太虛至杭州，曹太虛身受重傷。呂、曹二人退避至呂四娘師兄白泰官的歸雲莊內，被伊爾根等人發現，3人調集官兵將歸雲莊團團圍住。呂四娘與曹太虛只得扮做採茶父女在龍井村安頓下來，在呂四娘追問下，曹太虛道出呂四娘之母當年與雍正之間一段情緣。曹太虛身中劇毒再次發作時日不多，只有少林寺三德和尚能有法救他，此時三德和尚為查明雲明身世，已追至福建南少林。為早日抓到呂四娘，乾隆決定御駕親征趕往福建，呂四娘、曹太虛也為找三德療傷趕往福建南少林。福建總督温榮玉得知乾隆要微服來福建，與倭寇首領宮本健二策劃驚天大陰謀。雲明的突然出現，揭開了温榮玉隱藏極深的另一層身份。

帶着玄悲大師臨終前的重託，方世玉回到南少林，並將南少林代代相傳並藏有半張藏寶圖的八寶紫金裂梁交給了方丈玄真大師。愛説夢話的雲慧無意中聽到藏寶圖的秘密，在雲明的威逼利誘下，他説出了所聽到的一切。三德和尚性格放蕩不羈，雲明從中挑撥，加之他先棄於南少林又被北少林驅逐，這些都讓玄真大師頗為不滿。南少林三十六房主持之職選拔日期臨近，玄真大師希望方世玉和雲明能加緊練功，通過比武選出主持，並將南少林武功發揚光大。卓靈跟隨方世玉來到南少林，在雲慧夢語中，她也知道了藏寶圖的存在。當夜在雲明的脅迫下，温榮玉下手殺害了雲慧，並嫁禍於三德和尚。在塔林，三德將自己對雲明的種種懷疑告知方世玉，在選拔三十六房主持的比武中，方世玉勝出。

精靈古怪的卓靈在尋找藏寶圖中，撞到了她原本以為已不在人世的趙大宏。對趙大宏的表白，卓靈靈機一動，在她的鼓動下，趙大宏心甘情願加入到替卓靈尋找藏寶圖的行列。呂四娘與曹太虛在去南少林尋找三德和尚的途中，巧遇遭倭寇襲擊的乾隆，關鍵時刻呂四娘與曹太虛二人出手救下乾隆，官兵的到來讓原本想從乾隆口中打探自己母親消息呂四娘不得不放棄。三德和尚的被逐讓呂四娘大失所望，情急之下向方世玉求助。正在方世玉無奈之時，三德和尚突然出現讓曹太虛的傷勢轉危為安。龍顏震怒的乾隆下旨，讓方世玉出山抓捕呂四娘，以期早日得知真相，為逃避追捕，方世玉將呂四娘與曹太虛二人安排到南少林後山靜養。方世玉和呂四娘二人惺惺相惜。為了不禍及南少林，面對前來頒旨的鄂必隆，方世玉表面上應允了抓捕呂四孃的任務。

面對曹太虛對自己與方世玉之間相互愛慕之情的調侃，呂四娘心煩意亂。一面是乾隆的聖旨，一面是自己心愛的四娘，這讓方世玉騎虎難下，玄真大師的一番開導，讓方世玉下定進京決心。進京面聖前，玄真大師將藏寶圖刺在方世玉的背上，這一舉動被突然闖入的雲明發現。在後山，雲明也對呂四娘表達了自己心底的愛慕，呂四孃的嚴辭拒絕讓雲明發誓要把她弄到手。卓靈纏着方世玉帶她一同下山，對卓靈的愛意方世玉婉言相拒。下山時，方世玉和呂四娘依依惜別，並約定將來的聯絡方式，方世玉告知呂四娘，自己進京準備面見乾隆，打消他們之間的誤解，呂四娘將自己隨身玉佩送給方世玉。進京途中，方世玉發現尾隨身後的卓靈和趙大宏。

在宮本健二的催問下，雲明在方世玉下山進京，自己暫行三十六房主持之職的便利下，加緊了在寺內的尋寶之路。在伊爾根等人圍捕下，與曹太虛走散了的呂四娘誤打誤撞，趕上了温榮玉之子温濤設下的太平節廚娘大賽，廚藝精湛的四娘一舉奪魁，並藉此機會混入總督府擔任廚娘躲避了追捕。渾身透着傻氣的温濤，被呂四孃的美貌打動，一心想娶四娘為妻，在三番五次努力失敗，並吃夠了呂四孃的苦頭後，轉而堅持要拜呂四娘為師。面對憨態執著的温濤，也為了自己能夠暫時藏身於府中，四娘勉強答應了温濤的請求。

卓靈和趙大宏在尾隨方世玉失敗後盤纏耗盡,在卓靈鼓動下,二人在泉州城街邊表演氣功換取銀兩。在温濤軟磨硬泡下呂四娘教他做了幾樣小菜，這些都讓温榮玉感到了温濤身上的變化。金鑾殿上，方世玉冒死向乾隆進諫懇請放過對呂四孃的追殺。乾隆勃然大怒，任憑方世玉如何請命，乾隆始終不改初衷，方世玉失望離去。望着方世玉離去的背影，乾隆密囑鄂必隆監視方世玉一切行蹤，如有異動或勾結呂四娘可隨機處置。伊爾根3人在福建境內始終無法抓到呂四娘只得硬着頭皮去找温榮玉，酒席之上雙方始終無法為利益達成一致。得知是給大內侍衞做飯，呂四娘悄悄將一包泄藥放進湯內

方世玉離開京城回到福建卻一直未能打聽到呂四娘消息，伊爾根等3人追捕呂四娘未果，在泉州城他們意外發現了方世玉。雲明在接到方世玉出現在泉州城內的密報後找到温榮玉迫其與之合作從方世玉身上下手抓到呂四娘除掉方世玉，温濤在給温榮玉送夜宵時無意之中聽到雲明與父親密謀除掉方世玉的陰謀這讓温濤感到十分不安。為了萬無一失雲明、温榮玉又找來伊爾根3人定下了在萬花樓設計擒拿方世玉引出呂四孃的萬全之策

整日心神不寧的温濤在呂四孃的追問下道出了温榮玉、雲明等人設計擒拿方世玉的秘密。萬花樓內温榮玉、雲明、伊爾根等人將毫無防範的方世玉拿下，危急時刻呂四娘趕到救下方世玉，但清兵眾多，同在萬花樓的白泰官相助3人也無法衝出重圍。為掩護四娘方世玉身中火槍，温濤趕到並故意使自己成為呂四孃的人質以掩護師父突圍，慌亂中温濤被擊中。温濤之死讓呂四娘悲痛萬分，方世玉與呂四娘之間的愛慕之情也讓白泰官十分嫉恨，身負南少林之義、呂四娘之情的方世玉陷入痛苦和無奈中。温濤的意外身亡讓温榮玉和雲明之間反目成仇兩人交手時讓温榮玉從雲明的招式中發現了雲明的真實身份

身受槍傷倒地昏迷不醒的方世玉被路過的卓靈和趙大宏救起他們為方世玉療傷時發現方世玉背上所刺的藏寶圖白泰官挾持呂四娘向她表白愛慕被拒絕在酒樓方世玉無意間從白泰官手中救下呂四娘經過生死考驗一對有情人雙手握在一起這時温榮玉帶火槍兵將二人圍住因方世玉手中握有乾隆御賜龍牌讓温榮玉對他無可奈何只好將呂四娘一人押走趙大宏不惜幹累活養活卓靈讓卓靈大為感動

温榮玉欲侮辱呂四娘被趕到的方世玉製止白泰官拉卓靈和大宏一起劫獄經三德幫助方世玉等人殺出重圍方世玉和四娘決定暢遊後隱居途中二人看到若方世玉捉不到呂四娘南北少林將遭血洗的聖旨呂四娘決定上京由乾隆處置兩人懷着沉重心情再度上路鄂必隆勸乾隆放過呂四娘並言雍正之死未必與呂四娘有關乾隆表示聖諭不可變

卓靈和趙大宏一路追來找方世玉和呂四娘三德去見玄真大師告訴他方世玉和呂四娘已經去雲遊四海並説三十六房住持之位絕對不能讓雲明擔任其實雲明是日本派到中國尋找寶藏的內應方世玉和呂四娘去京城途中遭日本人暗算方世玉重傷日本的宮本被殺雲明的隨從去通知這一消息被玄真大師看到雲明假裝與來者動手試圖騙過玄真白太官為呂四娘答應與雲明合作抓方世玉卓靈和趙大宏見到方世玉和呂四娘卓靈想把方世玉背上的藏寶圖描下來方世玉想借他們之手將藏寶圖傳出去。

呂四娘在方世玉的飯中下迷藥自己去京城赴京城途中雲明和白泰官捉到她想逼方世玉出現曹太虛出現迎救廝殺之際尋找呂四孃的方世玉出現此時乾隆帶兵前來雲明、白泰官逃跑呂四娘和方世玉自知難逃要求釋放太虛乾隆將二人帶回宮中審問曹太虛闖入説不能殺呂四娘因為她是雍正的女兒、乾隆的皇妹他與鄂必隆一起拿出雍正當年留給呂四孃的玉佩及藏於木鞘內雍正親筆書寫的呂四孃的年生八字為證乾隆呆立但他因認為雍正為呂四娘所殺仍要將其殺死呂四娘冷言當日刺殺雍正時雍正已經不支而死。

方世玉要求乾隆放過呂四娘條件是自己可為乾隆取出南少林內的寶藏乾隆允諾但要呂四娘作押雲明、白泰官回南少林路上英明現身限令雲明向玄真動手若雲明不肯就親自出馬東贏忍者在南少林水井及附近小溪下毒眾僧們包括玄真大師都感不適失去抵抗能力的少林僧人被喝令跪在地上英明問玄真寶藏被拒絕英明大怒揚言每數3聲便殺一人三德、大宏和卓靈殺出迎救三人寡不敵眾卓靈被抓。

英明用酷刑要玄真交出南少林藏寶圖雲明不忍看師傅受苦親手殺了玄真趙大宏給師傅三德抓藥被温庭玉抓到得知南少林已被雲明等日本人強佔温庭玉雖愛財卻發誓不讓日本人佔去寶藏白泰官不滿日本人所作所為欲退出和卓靈一起被雲明禁在南少林。

曹太虛和呂四娘來到南少林被擒，發現南少林被日本人佔據。温榮玉也與日本人為伍藏寶圖被搜出雲明、英明和温榮玉研究藏寶圖懷疑三十六房內的藏書和四孃的木鞘劍可能與寶藏有關。深夜温榮玉來到石雕處想找玄機被英明與雲明當場活捉，雲明要娶四娘為妻被拒絕大怒他強迫與四娘成親之際逃出的白泰官。曹太虛和卓靈殺入曹太虛以取自忍者身上的雷火彈作掩護救走四娘英明、雲明等人。一路追殺四娘與白泰官幫助卓靈與曹太虛逃脱白泰官慘死四娘被抓卓靈與曹太虛與方世玉等人相聚方世玉得知呂四娘被囚禁在南少林孤身前往。

曹太虛、卓靈、趙大宏也趕去方世玉打敗英明救下四娘。英明、雲明假裝退走想等方世玉等人找到寶藏後坐享其成。方世玉等人苦苦研究藏寶圖只差一念即可破解寶藏之迷。乾隆派人監視南少林瞭解到日本人正往南少林增援後命索額圖調兵南少林以備不測。

大宏與卓靈打鬧無意中發現玄機寶藏機關終於打開。雲明、英明率忍者出現雙方大戰乾隆也率士兵殺到英明、雲明發現根本無寶。方世玉追入三人再戰英明、雲明不敵加上多年心機白費，氣憤之下剖腹自殺。乾隆隨後進入發現雍正遺下石碑，碑文講述寶藏己在早年由雍正發掘搬入國庫。此舉是為了引蛇出洞好一舉奸滅倭寇乾隆要將方世玉和呂四娘殺死方世玉以閃靈劍挾持經過方世玉、呂四娘勸説與暗示乾隆答應放兩人一馬兩人決定到大西北隱居。