克隆重疊羣

表現

DNA測序不能從染色體進行，首先必須克隆化，構建基因組的物理圖譜。先構建片段DNA克隆（以YAC或BAC為載體），並把克隆依染色體排序，這就是“染色體的克隆圖”。依片段DNA克隆在染色體上所在的位置排序，可以得到相互重疊的一系列克隆，叫做“克隆重疊羣”。

在大規模DNA測序中，目標DNA分子的長度可達上百萬個bp。但還不能直接測定整個分子的序列，然而，可以得到待測序列的一系列序列片段。序列片段是DNA雙螺旋中的一條鏈的子序列（或子串）。這些序列片段覆蓋待測序列，並且序列片段之間也存在着相互覆蓋或者重疊。在一般情況下，對於一個特定的片段，我們不知道它是屬於正向鏈還是屬於反向鏈，也不知道該片段相對於起點的位置。另外，這樣的序列片段中還可能隱含錯誤的信息。序列片段的長度範圍300~1000 bp，而目標序列的長度範圍是3100萬bp，總的片段數目可達上千個。

DNA序列片段組裝（sequence assembly），又稱序列拼接，其任務就是根據這些序列片段，重建目標DNA序列。如果能夠得到DNA一條鏈的序列，那麼根據互補原則，另一條鏈的序列也就得到了。