來自深淵

住在建造於巨穴“阿比斯”邊緣的城鎮“奧斯”的少女見習探窟家·莉可。一天，孤兒院的少年夥伴·那多在探窟中被巨大的蛇形生物“血口巨蛇”襲擊時而遇難。莉可靈機一動吸引它注意，但這次輪到自己被血口巨蛇襲擊了。在窮途末路的那一瞬間，突然周圍被閃光和轟鳴所包圍。

夜晚，在莉可的房間聚集的孩子們，推測着雷格是否來自阿比斯之底。西吉整理的發掘的遺物圖鑑“遺物錄”中，哪都沒有記載着像雷格那樣的遺物。他或許是阿比斯史上最有價值的遺物之一“奈落的至寶”。如果雷格被大人們發現的話，“會被奪走並分解掉”擔心的孩子們決定實行某個作戰，但……

萊莎在持有的信上寫着“我在阿比斯之底等你”的信息。莉可確信這是萊莎寄給自己的信，於是向夥伴們坦白想要前往阿比斯之底。但是，卻與忠告會變成再也回不來的旅程的那多吵起了架。此時，雷格來孤兒院後第一次去探窟。重新潛入阿比斯的雷格會……

莉可醒來時，眼前就出現了雷格的睡相和鋪滿繩索的手臂。從“奧斯”啓程的兩人到達深界一層“阿比斯深淵”，有常常警戒周圍的必要。“照這個速度的話能前往奈落之底的！”眼睛放光的莉可，肚子餓了。於是吃起了特製的莉可湯，此時雷格突然想起了裝進口袋裏的信封。那裏寫着的文字是……

莉可和雷格到達深界二層“誘惑之森”。想起西吉的話，赤笛就這樣下去的話就是自尋死路，並且進退兩難。甩開追兵後安心的兩人走在天霧樹的葉子羣生的森林時，聽到遠處傳來的人聲。慌忙地前往傳來呼救聲的地方後，發現那裏有一隻巨大的鳥類生物和倒在旁邊的探窟家。

來迎接好不容易來到“監視基地”的莉可和雷格的，是不動卿“不動如山的奧森”。從哈勃爾庫的話中，她是現役的白笛，並曾經和萊莎一起把在阿比斯深層出生的莉可運往地上。莉可對救命恩人道謝，然而奧森卻用令人害怕的表情開始笑。然後，兩人與奧森的首席弟子“馬璐璐庫”度過一晚上。莉可在深夜時醒來後……

與莉可他們道別，回到了奧斯城鎮的哈勃爾庫，向那多和西吉説起有關在白笛之中擁有無雙之怪力的“不動卿”奧森的話題。不過，哈勃爾庫對奧森感到了某種不安。另一方面，莉可他們在奧森的房間裏與一個四方形的白箱對峙。對猜測着“這不就是傳言自己被放進去的‘除咒之籠’？”的莉可，奧森説出了真相。

被奧森佈置新的啓程訓練“生存訓練”。被告知要靠有限的裝備在十天內活下去的莉可和雷格，首先為了確保飲用水而開始行動。馬上發現了乾淨的水的莉可，一靠近水面突然搖動起來。另一方面，奧森與“深淵盜賊”一同在遠處觀察其狀況。看見莉可和雷格的樣子，懷念起了……

莉可和雷格與奧森和馬璐璐庫他們道別後，費盡周折來到深界三層“大斷層”。大斷層正如其名有着巨大的垂直巖壁，據説其高度超過4000米。奧森教他們利用豎洞向下走，而在兩人面前卻出現了各種阿比斯的生物。就如往常那樣依賴雷格的力量前進，然後突然聽到了耳熟的某種聲音。

莉可和雷格到達深界四層。那裏是個長者被稱為“巨人之杯”的巨大植物、覆蓋着天台蔓冒出的熱氣的世界。雷格在警戒着周圍時，忽然感覺到可疑的氣息。雖然似乎是能理解話語的反應，但由於完全掌握不到位置，所以兩人想着離開那個地方比較好。在強烈的濕氣中行進時，眼前突然……

由於穿彈獸的毒和深界四層的上升負荷導致莉可陷入了瀕死狀態。淨是驚慌失措、嚎啕大哭的雷格面前，自稱“生骸”的不可思議的生物，娜娜奇出現了。到達藏身處，雖然抱有懷疑但卻毫無他法的雷格，只好拜託娜娜奇照顧莉可。手法熟練地處理着的娜娜奇雖然看到了全部經過，但……

在奧斯的街道上，期待着慶祝生日的奇尤依因發高燒而做噩夢。“在生日死去的病”的傳説正在流傳，吉魯歐去拜託尋訪各國的“商團船隊”的藥師。與奇尤依一起離開奧斯，前往商團的診療所。另一方面，洗衣服回來的雷格看見米蒂在睡着的莉可上面蠢蠢欲動後，驚慌失措起來。但是娜娜奇卻……

看見雷格的火葬炮後拜託“替我殺了米蒂”的娜娜奇，回想起了小的時候。以前，在極北之地“賽雷尼”過着撿垃圾的生活的娜娜奇，若能繼續同樣過着地底一樣的生活的話，更想去真正的地底“阿比斯”。在那樣的一天，“阿比斯”的探窟家來到這裏並開始在孩子們面前演説。那個探窟家是白笛“波多爾多”。為了解開阿比斯之迷而招募自願者。