上海生物信息技術研究中心

上海生物信息技術研究中心成立於2002年，隸屬於上海科學院，是由上海市科學技術委員會依託中國科學院上海生命科學研究院、國家人類基因組南方研究中心、復旦大學、上海交通大學、上海醫藥工業研究院等11家科研單位，整合上海生物信息學主要研究力量投入1140萬元資金，正式組建了上海生物信息技術研究中心（以下簡稱“中心”）。中心是國內第一個以推動我國生物信息學數據共享為目的，專業從事生命科學研究、生物信息研究和數據庫建設、生物信息學軟件開發的獨立事業法人單位，是上海市生物信息學會的依託單位。

　　成立10年來，研究中心建立和發展了包括國際、國內主要生物信息資源數據庫在內整合的數據庫體系及技術標準，建立了可操作的生物信息資源匯交平台。建立了生物信息資源的共享機制，構建了技術支撐體系，以及國際、國內廣泛的合作渠道。建立和不斷完善了基因組功能註釋、生物芯片數據分析、蛋白質組數據分析技術平台，還建立了人類疾病研究、小分子功能分析和作用靶標基因的高通量生物信息學篩選技術體系。形成相應的生物信息數據挖掘和技術開發能力，建立起生物信息學研究和應用人才的培訓基地。中心成立以來投入3000萬元建設了強大的硬件基礎設施，總計儀器設備542件（套），總CPU個數超過300，存儲超過200TB，擁有良好的網絡通訊設施，最大100M的多條internet網絡接入，具有完備的防入侵、防病毒等網絡安全設施。為上海及周邊地區的生物、農業、醫藥、環境等生命科學與生物技術及相關領域的研究和應用提供高效、快速的生物信息資源和技術支撐服務。 2009年“生物信息系統與數據挖掘方法及其在生物醫藥領域中的應用”獲上海市自然科學獎二等獎。

優秀的人才隊伍的建設，是中心一項長期堅持的措施。中心不斷吸引各方高級人才加入到人才隊伍中，同時也非常重視培養中心內部的人才。這是一個有74人組成的大家庭，由8個課題組及生命科學數據中心、軟件部、技術服務部，綜合辦公室組成。課題組研究方向包括功能基因組學、系統生物學、應用醫學、醫學信息學、進化基因組學、計算化學、病原基因組學、新一代測序。團隊中博士27名，碩士13名，本科24名，年齡主要分佈在25至40歲之間，是一支高學歷的青年團隊。中心作為上海各大高校的生物信息專業研究生校外培養基地，現有2名中科院博士生導師、1名復旦大學博士生導師、2名同濟大學博士生導師、2名交通大學博士生導師、2名華東理工大學博士生導師，參與各大高校的研究生培養工作。2010年獲得同濟大學校優秀校外實習基地稱號，中心研究人員平均每年帶教畢業設計4~5人，已有2屆學生獲校級優秀，幾乎每屆都有獲院級優秀者。
　　在科研創新方面，中心將科研重點放在功能基因組學、蛋白質組學、系統生物學、應用醫學等生物信息學發展的最前沿，承擔了大量的國家科研項目。2011年，中心已結題項目共59項，其中國家級項目21項，上海市項目38項；中心在研項目共36項，其中國家項目21項，上海市項目15項。科技部“973”計劃項目2項，科技部“863”計劃項目5項，科技部“國家支撐計劃”2項，“國家科技重大專項”4項，國家自然科學基金項目8項，以及上海市浦江人才計劃、上海市自然科學基金、白玉蘭人才基金等項目15項。

截止到2019年底，中心已申請18項專利，獲得軟件著作權88項；中心科研人員共發表論文236餘篇，其中SCI收錄200篇以上，總的影響因子超過730；數十篇論文分別發表在 Nature、Science、Nature Genetics、PNAS，MCP、Bioinformatics, Science, BMC Bioinformatics, Oncogene, Nature Biotechnology, JBC, JTB，Molecular Systems Biology, Plos Computational Biology，PlosOne 等國際重要學術刊物上。

2011年以來，中心根據國家十二五規劃，積極加強技術研發力量，在生物醫學信息學系統、實驗室信息管理系統、生命科學數據中心、組學信息分析系統開發的研發工作也取得了較大進展。中心還在生物醫學信息學研發部門的基礎上，大力開展和深化同中山醫院、腫瘤醫院、上海CDC,上海公共衞生中心，上海第九人民醫院，復旦大學，新生源公司的科研合作，以863項目為鏈條，研發服務為導向，在臨牀醫學信息管理系統、樣本庫建設、新藥研發企業信息管理系統建設等方面，取得顯著的研發進展，大幅度提高了中心的服務和技術開發能力，在新藥研發企業信息管理系統開發方面獲得重大突破，形成市場化的產品，為中心這一塊服務內容的今後的市場化運作奠定基礎。
　　隨着基因組學技術的發展，中心還建立了新一代測序實驗技術平台，購置了六台/套454、Solexa和Solid等第二代高通量測序系統，可在高通量基因測序、基因表達數據產出方面為本項目提供強有力的基因組、轉錄組、表觀遺傳組學實驗技術支撐。 中心在系統建模、定量組學數據獲取、分析、數據整合及其相互作用網絡分析技術平台建設方面已經有了很多重要的研究成果。在蛋白質組學研究、細胞信號轉導研究等多個領域研究達到了國際先進水平，在系統生物學和生物信息學研究方面也取得國內外矚目的研究成果。