DIP

DIP：蛋白相互作用數據庫（Database of Interacting Protein，DIP）研究生物反應機制的重要工具。DIP 可以用基因的名字等關鍵詞查詢，使用上較方便。查詢的結果列出節點 (node) 與連結 (link) 兩項，節點是敍述所查詢的蛋白質的特性，包括蛋白質的功能域（domain）、指紋（fingerprint）等，若有酶的代碼或出現在細胞中的位置，也會一併批註。連結所指的是可能產生的相互作用，DIP 對每一個相互作用都會説明證據（實驗的方法）與提供文獻，此外，也記錄除巨量分析外，支持此相互作用的實驗數量。DIP 還可以用序列相似性（使用Blast）、模式 (pattern) 等查詢。至2002年6月，已收錄了約一萬八千個蛋白質間的相互作用信息條目。

BIND所收錄的資料較少，不過其呈現的信息方式比DIP 要實用，除了記錄相互作用條目外，還特別區分出其中的一些複合物及其反應路徑。因為複合物與反應路徑中含有多種相互作用，所以至2002年11月就收錄有的相互作用總數約一萬一千多條。在BIND中所記錄的內容與DIP 相似，包括蛋白質的功能域、在細胞中表達的位置等。對於蛋白質間的相互作用，以文字敍述的方式呈現證據，並提供文獻的鏈接。BIND 這種區分出複合物與路徑的做法，讓使用者能節省許多解讀數據的精力，這是比DIP 強的地方；在查詢接口上，除了可以用關鍵詞、序列相似性等搜尋外，還允許使用者瀏覽數據庫中所有的資料。BIND在收錄資料時主要是利用文獻，他們提供PreBIND 這個工具，使用者可用PreBind 瀏覽他們正在處

理的一些可能的交互作用，所提供的文獻鏈接，讓使用者可自行判斷所尋求的相互作用是否為真。

PubGeneTM是一個文獻數據庫，收錄可能有關的基因或其蛋白質產物。它利用的假設是：兩個基因的名字若出現在同一篇文章內，就可能代表它們相關，因此計算同時出現某兩個基因名字的文章篇數，可作為其收錄的準則。這個數據庫分別收錄了人類、小鼠、大鼠中，已知基因的所有兩兩組合。雖然這樣的做法，無法精確地區分兩個基因是因為出現在基因組上的鄰近位置，或是有相似的基因表達模式，或是蛋白質間可能有的相互作用，卻可有助於使用者研究感興趣但在DIP、BIND中找不到的蛋白質。