Z/X IGNITION

　　21世紀初，世界突然出現了奇怪的門扉“黑點”，一種被稱為“Z/X”的異形生物從中湧現而出，他們在世界各地散佈死亡訊息，由此，人類與Z/X展開了激烈戰鬥。三年後，神户的北部和西部分別遭到了來自赤之世界的攻擊，為保護神户，少年天王寺飛鳥加入戰鬥，激戰中遠處的神户出現了……事情回到一週之前的平安夜，飛鳥從一名不可思議的少女手中接過了“卡片裝置”後，他的命運開始發生鉅變……

　　當飛鳥正在為從天而降的受傷天使發愁時，一個名叫上柚木綾瀨的少女帶着她的Z/X罪伽出現在飛鳥面前並企圖狩獵天使，期間，飛鳥利用卡片裝置成功捕獲天使，使其成為了自己的搭檔，不願繼續糾纏的綾瀨先行撤退。之後，飛鳥暫時將這個名為菲愛緹的天使帶回宿舍，並讓她安心療養，沒想到傷勢初愈的她卻再次遭到綾瀨和罪伽的突襲。

　　由於飛鳥不知道如何分配資源給菲愛緹，致使她在與罪伽的戰鬥中陷入窘境，這時，來自青之世界的莉潔爾和安曇出手相助，不願多做糾纏的綾瀨只好先行撤退，雖然這二人救了菲愛緹，但菲愛緹卻對她們前來白之世界的動機表示懷疑。與飛鳥告別後，莉潔爾提醒安曇不要背叛青之世界，這喚起了安曇對過去的回憶。

　　飛鳥和菲愛緹遇到了來自白之世界的十二使徒水瓶宮的天使嘉姆碧耶爾以及她的貓妖小因，飛鳥本以為她們是來接菲愛緹的，可她們似乎只是想確認菲愛緹的位置而已。滿腹疑問的飛鳥終於忍不住請求菲愛緹解開他的疑惑，於是菲愛緹告訴他，在自己曾居住的那個世界裏，精神力高的人將變成天使，受人尊敬，而精神力低下的人則被區別對待，菲愛緹不滿身為天使卻要統治那些人的做法，於是離開了那裏，也不打算再回去。

　　那生日當天，綾瀨、安曇等朋友在她和飛鳥打工的店內齊聚一堂，為給她準備生日派對，大夥兒一起動手做蛋糕，可卻沒有一個成功，於是，大家一起買食材，途中藍那因受魔人瑪利斯邪惡氣息的引導離開大家來到一個隧道中，就在危險逼近之時，有所察覺的飛鳥等人及時趕到成功救下藍那，可是飛鳥、綾瀨和安曇是異形操控者的身份也因此暴露……

　　終於來到九州的千歲與龍膽遇到了少女世羅，在熱心的世羅帶領下兩人來到了博多駐地。吃飯時千歲對亞歷山大即將發侵略爆發不滿時，神門出現了，隨後神門告知了千歲為了和平所以要統一日本的目的，並且邀請千歲加入亞歷山大。晚上博多駐地受到了碧璽鷹羣的襲擊，在神門的冷靜完美指揮，與亞歷山大超強的能力下，碧璽鷹羣成功擊退……

　　因為對異形的厭惡藍那一直逃避着飛鳥等人。之後飛鳥和安曇與綾瀨先後遭到了神秘異形歐迪姆的攻擊。而另一方面在睡醒的藍那的牀上有着歐迪姆的頭髮。在調節好自己心情的藍那跟隨飛鳥一起看望了飛鳥的母親時，見過藍那的飛鳥母親説出了自己對藍那的擔憂，並希望飛鳥多注意藍那。隨後藍那説的話更是引起了飛鳥和綾瀨的困惑。

　　巨大的歐迪姆出現在了港口，在軍隊對其攻擊無效後，亞歷山大對歐迪姆發起一擊使歐迪姆消失了。為了調查出歐迪姆的搭檔，神門將飛鳥等人帶回基地並且商討對策。在飛鳥等人搜索歐迪姆搭檔時，遇到了毫無精神的藍那。隨後世羅誤將路人當成媽媽而跟飛鳥等人走散，失落的世羅回想起了自己與媽媽的過去，也想起了與自己搭檔的初次相遇……

　　綾瀨來到了自己曾經生活的過村子，在綾瀨陷入回憶時名為迦爾瑪特的男子出現在綾瀨面前，曾經救過綾瀨的迦爾瑪特對綾瀨講訴了當年天使襲擊村莊的原因。原來為了掩蓋事故天使選擇抹殺掉可能會知道事故經過的人，而阻止天使這樣做的迦爾瑪特背叛同伴救下了綾瀨，之後背叛同伴的迦爾瑪特在救了綾瀨離開後又有怎樣的經歷？

　　來到珀拉莉絲辦公室的莉潔爾知道了安曇生病的真相，這都是他們想要控制安曇的策略，現在珀拉莉絲還想消除莉潔兒關於安曇的記憶。逃過TypeII追捕的莉潔兒回到了安曇的身邊，雖然龍膽的藥對安曇的病情有所幫助，但TypeII卻很快又追了上來。趕來的安曇帶給了莉潔兒力量，在他們打敗強大的TypeII後奧迪姆竟然出現了。

　　在飛鳥和綾瀨等人趕到時奧迪姆已被亞歷山大打倒，正當亞歷山大準備最後一擊時消散的奧迪姆竟然顯現出藍那的身影，本就強大的敵人顯得更加棘手。被奧迪姆排斥出體外的只有飛鳥，而藍那和綾瀨還被困其中，奧迪姆想要憑藉綾瀨完成最終的進化，説服了神門後飛鳥等人開始瞭解救同伴的行動，他們將要面對的是最終形態的奧迪姆。

　　最終形態的奧迪姆擁有恐怖的力量，為救出綾瀨的飛鳥等人完全不顧自己的安危，同時向菲愛緹和罪伽輸送能量的飛鳥顯得非常吃力，在眾人的努力下終於結束了戰鬥。嘉姆碧耶的笑聲擾亂了平和的氣氛，在嘉姆碧耶準備對綾瀨等人再下毒手時米迦勒出現了，迫於烏列爾的壓力嘉姆碧耶只能收手，但加百列的陰謀還未就此結束。