Z/X Code reunion

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5扇通往異世界的門扉開啓、我們稱作Z/X的生物出現至今已然5年。最初紛擾不止的人類與Z/X也終於漸趨穩定。身染不治之症的少女各務原安曇，作為治療的代價而受五個異世界之一“青之世界”之命，與名為莉潔兒的Z/X一同進入某間學園就學。安曇與莉潔兒，結識未久、仍然拘謹的兩人於車站偶遇天之川衣奈。她也是準備入學的學生之一。然而在入學當天，她們就直接遭遇到學園的全新威脅。

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嶄新的威脅來襲，學園受到嚴重的破壞，學生也只能四散而逃。混亂之中，安曇和莉潔兒逃至學園內的某個設施。偶然逃進的設施竟是為了對抗威脅所建的裝置“驅動軸”。與同樣逃到此設施的天之川衣奈、鬼神野朱裏、東雲纏、月形由仁一起，在校長卡爾・瓦伊凡的指示下，安曇莉潔兒將出擊與威脅戰鬥。

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威脅名為“伊涅魯瑪”，而這個學校正是為了與“伊涅魯瑪”戰鬥所建立。安曇與莉潔兒與之前並肩作戰的人組成隊伍。但是，急湊成的隊伍無法順利合作，模擬戰結果得到了最低等級的“E”。她們在失意下前往宿舍，在舍內等着他們的是名為伊拉的教師。

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在伊拉毫不留情的魔鬼特訓下，E隊伍所有人都疲憊不堪。面對如此的E隊伍，伊拉決定進行隊伍內模擬戰。安曇將與莉潔兒一同面對朱裏。朱裏的手持刀型的特殊Z/X。莉潔兒為了畏懼戰鬥的安曇，打算迅速結束戰鬥，但卻因朱裏超羣的劍技而陷入苦鬥。莉潔兒心想“必須保護安曇”而焦慮不堪。此時，安曇卻突然介入了戰鬥。莉潔兒大吃一驚，但在安曇的引導下終於逐漸扳回劣勢。

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在熱血教師伊拉的指導下，安曇她們日漸成長。而她們將面對與其他隊伍的對抗戰。與D隊伍的對戰中，東雲纏由於過往的心理創傷而失控，最終導致E隊伍敗北。因此失落的纏受衣奈鼓勵，纏因此將她看成自己生離的姊姊。隔天再次對戰，纏與自己的搭檔宗妮合而為一。這正是全新的力量“超限助燃”。

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月形由仁忍受不了熱血教師“伊拉”的嚴苛特訓，以“不想幹活”為座右銘的她下定決心逃出學園。由仁趁夜逃跑，卻被鬼神野朱裏發現。由仁已然做好覺悟要被朱裏帶回學校，但朱裏竟然為了修行而與由仁同行逃出學校。

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學園的期末測試為學生間的模擬戰。安曇們在入學時的模擬戰被評為E級，這次模擬戰若是無法提升等級就會遭到退學。期末測試第一戰就對上學園最強的A級。E隊伍也已作出覺悟。正要開始戰鬥時，全新的伊涅魯瑪再次襲來。安曇們被抓入伊涅魯瑪所創的世界。夥伴們在力量遠超上次的伊涅魯瑪之下苦戰，拯救他們的是安曇與莉潔兒的超限助燃。

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與伊涅魯瑪的戰鬥告一段落，期末考查重新開始。結果並不滿意，但在伊涅魯瑪一戰的功績下免以退學，安曇們也終於迎來一時的休憩。此時，月形由仁提案來去海邊。安曇們不禁疑惑，但她們被招待到的地方竟是月形家的別墅。一開始是出於偶然而組成的隊伍，但也在訓練和戰鬥中逐漸建立起羈絆了，安曇如此感覺。

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超越A級隊伍，軍臨全校的最強學生會隊伍。安曇們突然得知她們將離開學校而去。A級隊長烏丸清華口中説着“真舒暢”“這樣自己就是全校最強了”，但安曇卻在她的話語中感受到了一絲寂寥。為了不坦率的清華、安曇他們計劃舉辦學生會隊伍的歡送會。

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為了應對下一次伊涅魯瑪的襲擊、學校穩健的進行準備。此時，安曇卻因曾一度成功與莉潔兒超限助燃、現在卻屢次失敗而苦惱。説不定莉潔兒有所抗拒。對此煩惱不已的安曇、衣奈對她獻上助言。另一方面，伊拉對安曇他們述説起這個世界的真相、以及伊涅魯瑪背後真正的敵人。

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安曇他們因第3伊涅魯瑪的襲擊、以及衣奈的背叛而混亂。E級隊伍以外全滅，學校陷入危機而選擇捨棄衣奈。安曇們仍未從混亂恢復，但仍相信衣奈尚有關懷他們的心而拒絕了學校的選擇，決心幫助衣奈。然後，安曇這份決心與莉潔兒的想法、終將開啓超限助燃的門扉。

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安曇成功超限助燃後的一擊，讓她們終於成功取回衣奈。一行人轉而向吞食了月球而成長的伊涅魯瑪、及其幕後的神挑起戰鬥。安曇的、莉潔兒的、E級隊伍的渾身一擊終將擊破伊涅魯瑪。