x檔案第七季

我想做好人 Hungry一個基因變種人有着無法抑止的吃人腦的慾望。但他想做個好人。

幸運兒 The Goldberg Variation一個善良的傢伙有着難以置信的好運氣，他和懂得平衡自己擁有的好運，並運用它們來攢錢幫助一個腎衰竭的孩子做腎移植手術。

第六次大滅絕（上） The Sixth ExtinctionMulder在醫院被Fowley監管着。他想辦法請來了Skinner和Kritschgau來幫忙，他們瞭解到Mulder擁有了CIA一直在研究的讀心術。Scully在象牙海岸尋找治癒Mulder的辦法。Mulder的病情加重了。

第六次大滅絕（下） The Sixth Extinction II: Amor FatiKritschgau指出Mulder現在的情況是因為曾感染黑油，飛船碎片的出現激活了黑油發生作用。CSM知道Mulder現在是繼Spender的母親之後又一例成功alien/人類混種，而且是更加穩定無排斥的品種。他帶走Mulder，實施手術移植他的腦部遺傳物質到自己身上。Mulder一直在做夢，夢中他在CSM的誘惑下經歷了完全不同的人生。

千禧計劃 Millennium一個叫做千禧組織的邪教團體召喚了四個活死人，意圖通過儀式迎接世紀末的世界末日。Mulder和Scully找到曾是千禧組織成員之一的前FBI探員幫助破案。

急速快感 Rush幾個孩子發現了一個山洞的秘密，被洞裏的神秘光線照過之後，他們能夠以肉眼捕捉不到的高速運動。

替天行道 Orison2X13裏的戀物癖被一個傳教士出於替天行道的目的放出了監獄，但他低估了這個變態的邪惡程度。Scully再次成為了這個變態的目標。

魔術大師 The Amazing Maleeni魔術大師馬里尼在完成他的絕技——頭顱旋轉180度的表演後，被發現屍首分離死在自己的貨車上，另一個與他有瓜葛的魔術師成為了嫌疑犯。Mulder和Scully卻發現這一切可能只是場魔術騙局。

不義之徒 Signs & Wonders傳教士Mackey的和善外表下是惡魔的心，只有同一教區的另一位另類神父看穿了他。Mackey使用種種卑劣手段打擊栽贓這位神父。連Mulder和Scully都被他們的外表欺騙了。

生命的奇蹟（上） Sein Und Zeit發生了多宗兒童綁架案。Mulder認為案件和Samantha的失蹤有關。追隨線索，他們發現兇手是個嗜殺兒童的殺人狂。Mulder的母親自殺了。

生命的奇蹟（下） Closure被殺的兒童裏沒有Samantha。但有個人通過這個案件聯繫上Mulder，聲稱能幫Mulder找到他妹妹。最後Mulder終於知道Samantha很早就死了，她的靈魂和許多其他奇異失蹤的孩子的靈魂在一起，安全而快樂。Mulder自由了。

Ｘ警察 X-CopsX檔案與Cops的Crossover，忠實記錄了Mulder和Scully協助警方追捕月圓之夜的“怪物”——恐懼的過程。

虛擬戰鬥 First Person Shooter遊戲公司測試虛擬現實第一人稱射擊遊戲時，測試人員意外死於遊戲中——被一個非遊戲角色的虛擬人物殺死。Mulder和Scully全副武裝進入遊戲調查真相。

奪命魔咒 Theef譽滿業界的醫生曾經為一名無治療希望的病人實施了安樂死。病人的父親認為醫生是殺手，決心用巫術報復醫生全家。

爾虞我詐 En AmiCSM利用Scully達成他的目的，在Scully和CSM的合作過程中，她多少了解到了他的另一面。

賢妻良母 Chimera善良能幹的妻子對丈夫偷情視而不見，寧願默默忍受也要維護家庭的幸福。但忍受到了極限就一定會爆發，她變成了連自己都不認識的怪物。

人生旅途 all thingsMulder匆匆趕去英國看麥田怪圈，Scully留在華盛頓遇到了自己的舊情人，讓她有機會對自己做出的選擇進行了深刻的反省。

超級煙草 Brand XMorley煙草公司利用轉基因技術培育新品種煙草，卻意外改造出了致命的煙草甲蟲。Mulder成為了甲蟲的受害者，生命垂危。

好萊塢式Ｘ檔案 Hollywood A.D.Mulder和Scully發現了耶穌讓拉撒路復活時使用過的陶土碗。好萊塢把他們的經歷拍成了電影，請Skinner擔任副製片人。

鬥陣俱樂部 Fight Club通過捐獻精子由同父異母所生的一對完全相像的雙胞胎相遇，周圍的人們便會莫名其妙地陷入瘋狂。兩對這樣的雙胞胎在全是摔角迷的摔角賽場相遇……

三個願望 Je Souhaite來自法國的古老的地毯精靈被釋放了，她能滿足任何釋放她的人任意三個願望。

安魂曲 RequiemMulder和Scully回到他們第一次合作辦案的厄勒岡，調查當地一起飛船墜毀事件。CSM自從手術後就身體欠佳，聽到消息異常興奮，認為是復興計劃的機會，派出Krycek尋找飛船。MS發現，曾被劫持過的人現在又開始一一失蹤了，他擔心Scully的安全。但是，最後被飛船和賞金殺手帶走的卻是Mulder。Krycek無情地殺死了CSM。Scully懷孕了。