X檔案第一季

Pilot 試播 聯邦調查局探員Scully接受了一個新任務，去見一個整個調查局“最不受歡迎的人”。她敲門進去看見一個人坐在一張桌子前擺弄幾張幻燈片，凌亂的辦公室貼着很多張UFO的照片，還有一張印着飛碟的大海報，下面有“我想要相信” (I WANT TO BELIEVE)的字樣。這個“最不受歡迎的人”正是Mulder探員。Scully探員在大學主修物理學，後來又進入醫學院。Mulder探員對她很不信任，更對Scully探員試圖用科學理論解釋一切的態度嗤之以鼻。這一集就是他們7年合作的開始。他們接的第一個案子是發生在俄勒岡的高中生死亡事件。 Mulder相信這個案子和外星人有關。

深喉DEEP THROAT Ellens空軍基地一名空軍試飛員在出現異常精神病症狀之後突然消失。Mulder探員和Scully探員前往該基地調查這一案件。這時，一個自稱深喉的人約見Mulder探員，聲稱掌握調查靈異事件所需要的機密信息。

突變異種 SQUEEZE Scully探員在調查局學院的前同事然找上門來，希望Scully探員能夠幫助他們調查一件奇特的謀殺案。在這件案子裏，兇手沒有留下任何蛛絲馬跡。Mulder探員回憶起在X檔案裏類似的案子每30年就會發生一次。他也加入了調查，試圖打破這個循環。事件所需要的機密信息。

奧卡布基湖奇案 CONDUIT 調查局一位主管Blevins表達了他對X檔案調查方向的擔憂。同時，Mulder探員開始着魔似的想解開一宗失蹤案。Mulder探員的妹妹 Samantha在他幼年時期奇異失蹤，而Mulder一直堅信是外星人所為。“在我小的時候有個儀式，我會閉上雙眼走進我的房間，因為我想有一天，我一開門，我的妹妹就會在裏面，躺在牀上，就好像什麼事情也沒發生過。而我這一生中的每一天，都在走進那個房間”。這就是Mulder永無止境的惡夢。

澤西惡魔 THE JERSEY DEVIL 一個無家可歸者被謀殺了。Mulder探員發現，這個案子同1947年的一宗謀殺案在細節上極為相似。而那間舊案，據信同出沒於大西洋城附近森林裏的野人有關。

鬼魅陰影（幽魂） SHADOWS 一個年輕女人見證了好幾起不知名力量的謀殺案。Mulder探員認為那個女人的前僱主的幽靈在保護她，Scully探員則認為她的前僱主根本就沒有死。

幽靈電腦 GHOST IN THE MACHINE 一台計算機已經不再能夠勝任一棟辦公樓裏的工作，將要被淘汰。為了不被淘汰，這台計算機裏的一種不知名的高級人工智能開始行兇殺人。

冰核計劃 ICE 一個極地探險隊在創造了最新的冰芯掘進紀錄之後，突然開始了莫名其妙的自相殘殺。Mulder探員和Scully探員同一隊科學家和醫生前往調查。他們在冰芯裏發現了一種微生物，任何感染了這種微生物的人都會變得異常憤怒和偏執。調查隊剛到不久，就有人感染。究竟誰會成為兇手？

太空驚魂 SPACE 一股神秘力量破壞了一項NASA的發射任務。Mulder探員和Scully探員開始了調查。

墜落天使 FALLEN ANGEL 一個UFO墜毀了。軍方迅速封鎖了事發地點。Mulder探員前往調查，但卻危及了X檔案的未來。

奪命夏娃 EVE 兩位父親在同一天被謀殺了，作案方式幾乎完全一樣。Mulder探員發現，這兩位父親都有一對8歲的雙胞胎女兒。他們意識到案件的背後有更奇怪的事情發生。

惡魔烈火 FIRE Mulder探員在牛津大學時的前女友找到他，希望他幫忙調查幾個英國重要人物的國際謀殺案件。這時，一個雙手能夠發火的殺手出現了。

心靈感應 BEYOND THE SEA Scully探員的一把梳子擁有靈異能量，讓她看到了自己不久前去世的父親。一個Mulder探員很久前抓獲的一個死囚，忽然聲稱自己是個占星師，能夠提供給他關於一個連環謀殺犯的線索。

性別扭曲 GENDERBENDER Mulder 探員和Scully探員調查的一宗謀殺案，把他們帶到了Massachusetts州的 Stevenston鎮。Mulder探員和Scully探員發現，案犯似乎同時擁有男性和女性的特徵。在該鎮，有一羣人在鎮外的森林裏建立了一個小村莊。他們從來不和外人交談。他們從不與外界溝通。平靜的生活被打破了，他們選擇集體消失。

復活者 LAZARUS FBI探員Jack Willis在處理一個銀行搶劫案時被嫌疑人打傷，而嫌疑人Warren Dupre則傷重不治。Scully探員對Willis探員實施了急救。然而，康復的Willis卻莫名其妙的表現出很多Dupre特有的行為。

追命惡魔 YOUNG AT HEART Mulder 探員剛加入聯邦調查局時接到的第一個案件是一件珠寶店搶劫案。他成功地將案犯John Barnett抓獲歸案。在本集故事發生時，John Barnett已經在4年前死於獄中。然而，Mulder探員發現有人想置他於死地，而這個人正是John Barnett。

外星訪客 E。B。E。 深喉通知Mulder探員和Scully探員，一架飛碟在伊拉克被擊落，並正在秘密運往美國。

神蹟 MIRACLE MAN 一個年輕人擁有一伸手就治癒病人的神奇天賦。然而，那些經他治癒的病人，竟然開始接連死去。

變形狼人 SHAPES 一個印第安保留地發生了一起謀殺案。被殺的印第安人被誤認為是一隻動物。Mulder探員和Scully探員發現這個人可能就是印第安人傳説中的狼人，一種可以隨意變化外型的生物。

夜幕低垂 DARKNESS FALLS 華盛頓州立森林公園的一羣伐木者失蹤了，他們失蹤的方式同一羣在50年前失蹤的伐木者如出一轍。Mulder探員和Scully探員前往調查，卻發現自己被困在一座木屋裏，而木屋外卻充斥了夜晚時分出來活動的吃人昆蟲。

終結突變異種 TOOMS 基因突變人Tooms被精神病院釋放了。他需要吃一個人類的肝臟，才能開始另一次為期30年的冬眠。Mulder探員清楚這一點，於是設計把這個殺人狂抓獲歸案。

附身 BORN AGAIN 一個探長和他的前搭檔被神秘的謀殺了。一個小女孩目擊了這兩起謀殺案。Mulder探員認為，這個小女孩是一位生前被自己搭檔謀殺的前警察再次轉世。

雙胞奇緣 ROLAND 一個研究高級推進系統的研究及後發生了一連串的謀殺案件。所有的線索都指向曾經精神不正常的清潔工ROLAND。Mulder探員和Scully探員發現，這個人有着極不尋常的背景。

外星混血 THE ERLENMEYER FLASK 深喉給Mulder探員和Scully探員提供了一條非常含混的線索。追蹤下去，Mulder探員發現了一項代號為“純度控制”的*秘密研究計劃，研究的內容是外星人與地球人的混血人。