SSRs

它繼RFLP（限制性片段長度多態性）之後成為新一代的遺傳標記。因為微衞星序列分散在整個基因組中，具有高度多態性，提供的信息量相對很大；另外可用PCR技術使操作實現自動化。這一系統在基因定位的研究中應用最多的標記系統。至1996年初，所建立的遺傳圖已含有6000多個遺傳標記，把基因組分成6000多個區域，只要以連鎖分析的方法，找到某一表現型的基因與其中一種遺傳標記鄰近（即緊密連鎖）的證據，就可以把這一基因圖定位於這一標記所界定的區域內。

此外，研究人員以一個“物理標記”（STS）作為路標，以Mb、Kb、bP（鹼基對）作為圖距，繪製出了基因組的物理圖。物理圖與遺傳圖相互參照就可以把遺傳學信息轉化為物理學信息。如某一區域的大小為多少cM可以基本折算為某一區域大小為多少Kb。物理圖的繪製需要篩選大量的物理標記以及進行大量複雜和繁瑣的分析。

特定序列位點（STS）是對由其特定引物序列所界定的一類標記的統稱，在人類染色體物理圖的測量中非常有用。結合PCR技術和酵母人工染色體庫（YAC），科學家至今已測定了40000個以上的STS，平均圖距可達100Kb。這樣，物理圖就把人類整個基因組分成了具有界標的至少40000個小區域。