SPEC

瀨文焚流是一名警局裏的精英中的精英，精湛的槍法和格鬥技術讓他在27歲那年就已經被提拔當上了警視廳特殊部隊（SIT）的小隊長。但是在一次的執行任務裏面，部下的離奇死亡讓他受到了長官的質疑。雖然瀨文本人極力否認是自己開槍擊斃部下，但是由於部下的死狀實在是太過離奇，瀨文也無法舉證説明自己是清白的，因此他就被貶至警視廳公安部公安第五課——不明事件調查科。第五課是專門調查一些原因不明的離奇事件的特別部門，基本上如果警察接到關於超能力的報案，案件就會交給第五課處理。因為超能力不被世人認同，也意味着第五課是一個不被人看好的部門。加上瀨文，第五課裏只有3名成員，瀨文的新上司——“老江湖”的野野村光太郎，和另一位畢業於東京理工大學卻對超能力（SPEC）異常感興趣的怪才——當麻紗綾。上任第一天，性格截然不同的瀨文就和當麻因小小事情而扛上了。就在此時，受害者找上門了。國會議員五木谷被有名的冷泉預言師預告説他會在宴會上毒死，而冷泉預言師因此索要2億日元來幫議員“破財消災”。如果是一般的騙子預言師的話，大家都會將這件事一笑置之，但是冷泉的預言被人譽為“百發百中”，因此第五課對此展開了調查。就在宴會當天，五木谷議員真的在警察的重重關卡和在場嘉賓的眾目睽睽之下被人毒殺了，而關鍵人物的冷泉又不知道被何人帶走了。究竟這位冷泉預言師的SPEC能力是真是假，兇手是誰，在關鍵時刻將兇手殺死的神秘人物又是什麼人。一連串的謎團將第五課卷進了一個巨大的黑幕裏面。

瀨文跟上級報告五木谷議員毒殺案，但是關於SPEC的一切解釋上級都全盤否認。就在瀨文為自己的努力感到沮喪的時候，一名自稱是大島優一的天主教神父找上了第五課。大島在監獄裏當義工，專門凝聽一些還沒行刑的死囚的心聲。有一天，一個名叫桂小次郎的死囚突然對他説自己是大天使加百列的化身，並擁有一雙“千里眼”，可以知道世間的一切真相。因此他想挑戰警察，如果警察不能在24小時內將他指定的犯人抓到，他將代替上天來處決該名犯人。野野村雖然想將這歸咎於“死囚的胡言亂語”來推卸掉這“燙手山芋”，但是大島將此事發上了微薄，迫於外界的輿論和上級的壓力，於是被迫和桂進行對決。桂讓第五課重新對10年前關於花道大師鬼門拓也離奇失蹤的案件進行搜查。搜查過程中，第五課發現案件疑點重重，但是嫌疑人都有不在場證據，因此搜查遇到了瓶頸，而24小時的時限卻漸漸逼近。在第五課堅持不懈的努力下，他們終於推翻了犯人的不在場證明，但是桂卻宣稱他們只猜對了一半，真正的幕後黑手還沒被找到。到底幕後黑手是誰，桂的“千里眼”是真的嗎。為了在犯人下手前將案件截下來，第五課再次傾力搜查。

負責志村優作（懷疑被瀨文槍擊的舊部下）的主治醫生——海野亮太主動找上了瀨文。海野提出想要他治好志村的話，就要瀨文公開第五課裏關於“神之手”（能用SPEC來治療一切疾病的人）的資料。瀨文並不相信“神之手”的存在，於是拒絕了海野提出的要求。但是就在瀨文回家的路上，一個跟他擦身而過的人卻一瞬間將他受傷的左手治好了。與此同時，瀨文和當麻接到了來自上級的監視任務。執行任務的過程中，他們目睹了加油站員工無故將汽油淋在客人的摩托車上的奇怪現象，而且犯人堅稱並非自己想這麼做，而是“鬼上身”。為了證明自己的SPEC是真的，真正的犯人就在當麻和瀨文的眼前展示了自己的“鬼上身“能力，並宣稱自己會入侵全日本名叫“林實”的人的身體。當麻和瀨文在驚訝之餘，也傾盡全力來阻止犯人的惡行。可惜不幸的事情還是發生了，全國各地不斷傳出名叫“林實”的人在犯案，其中唯一一例傷及人命的是一位名叫“林實”的大學助教殺死了一位曾獲得諾貝爾科學獎的知名大學教授，犯人聲稱自己是被“鬼上身”才犯案的。到底怎樣才能全國各地的“林實”繼續犯案，而真正的犯人又是何人，有什麼目的。就在當麻和瀨文憑着各自的努力一步一步地接近真相的時候，當麻卻突然身陷危機中，命懸一線。而且一直在暗中干涉着當麻和瀨文搜查的神秘SPEC少年似乎和當麻有着非比尋常的關係！？

這次前來求助的是一位名叫古户久子的母親。古户已經自殺的女兒有一天突然給古户發來了一封求救短信，她懷疑女兒掉進了一個以“團體自殺”為幌子的蓄意殺人陷阱裏，於是她找上了當麻他們。當麻迅速展開了調查，雖然當麻馬上猜到了事情的來龍去脈，並且圈定了嫌犯的人選，但是由於犯人行蹤隱蔽，當麻一行人始終沒有重大突破。於是當麻決定親身參加自殺派對來接近犯人，沒想但古户小姐也登記了參加自殺派對。當麻不顧“前男友”的反對，毅然參加派對，而且在派對上還被襲擊了。經過依法推理後，他們沒想到真兇居然是。而且隱藏在當麻那隻手上的手背後的真相也漸漸接近了。

在“團體自殺”事件中，瀨文開始感覺到自己處境的危險性，而當麻更是語出驚人“我們一不小心就會被人從這個世上抹殺掉的”。就在瀨文還沒來得及仔細思考，新的案件又發生，了。一個月內，公安裏的5名警察離奇死亡，死亡的全是身為警方卧底的精英，而且死因無一例外都是自然死亡。過於巧合的事件，讓警方起了疑心，但是警方又無法找到任何線索，於是迫於無奈之下，希望能讓專門解決離奇事件的當麻和瀨文也幫忙調查。同時，瀨文和已經退役了的SIT同僚——裏中貢見面，這讓瀨文高興萬分，但是他沒想到裏中居然利用自己，竊取了公安的高度機密資料庫的資料。內心矛盾萬分的瀨文，為了瞭解裏中當上雙重間諜的原因，決心深入調查內幕。在當麻和瀨文一番努力下，終於在裏中下手前阻止了他的行動，但是。

在前任同僚裏中的一案中，瀨文為自己的無力深深感到不甘，於是他和當麻決心不惜犯險也要探明真相。他們還從裏中的妻子那裏得到了重要的線索，跟隨着線索，他們找到了裏中臨終前拼死也要保護的一個芯片，而且芯片的內容讓當麻和瀨文都大吃一驚。可惜芯片中最關鍵的部分卻缺失了。急於救人的瀨文在走投無路的情況下，想到了之前跟他提起“神之手”的海野醫生。海野給瀨文提供了大量線索，可是讓瀨文萬萬沒想到的是海野居然就是連續讓5名卧底警察死於非命的真兇。而且一直懷疑瀨文開槍射擊自己哥哥的志村美玲還被牽扯進來了。究竟隱藏在黑暗之中的那龐大組織是什麼來頭？

海野的真正身份讓當麻和瀨文開始接近正真的黑幕，但是此時最關鍵的海野卻無故失蹤了。在所有線索都斷了的時候，當麻和瀨文想起了那個被抓走了的預言師——冷泉俊明。加上瀨文前任同僚的志村被認定腦死亡，醫院決定給他執行安樂死，因此通過冷泉找到“神之手”來救人更顯得迫切了。於是當麻他們全力追蹤冷泉的下落，但是就在此時，一名聲稱有讀心術的神秘少女出現在他們面前，並從瀨文的腦海中“偷”走了冷泉的所在地。成功從神秘組織手上奪回了冷泉的瀨文和當麻分別得到他們想要的信息，並開始為各自的目的奔走了。

聽了冷泉的自白，當麻和瀨文決定放過冷泉，同時作為報答，冷泉告訴了瀨文“神之手”會出現的地方，也告訴了當麻一十一的所在地。雖然當麻在冷泉給的指示下順利找到了一十一，可惜當麻沒法勸服一十一停止犯罪。而瀨文也在與“神之手”接觸的過程中讓自己處境越來越危險。“神之手”要求瀨文將公安零課的頭目——津田助廣交出後，他才會將志村的腦死亡治好。苦無對策的瀨文選擇了同僚的生命，於是他在一十一的幫助下成功接近了津田並將津田交給了“神之手”背後的組織。本以為這樣志村就能康復。

瀨文辛苦換來了志村的康復，可惜他們還沒來得及為重逢而高興，志村就在他們眼前被殺了。志村的死並不在一十一的預料之中，這也讓他知道了組織已經和自己分道揚鑣了，於是一十一開始瘋狂獵殺違背自己意願的人。此時。瀨文卻發現零課的“津田”僅是一個代號，而零課也沒因為上一任“津田”的死亡而毀滅，並且零課還打算將瀨文收歸零課之下。瀨文以恢復未詳職能為條件，加入了零課，而且首個任務就是暗殺一十一。暗殺失敗了，一十一的獵殺行動變得更加激烈，當麻也被迫不得不想辦法消滅一十一。

瀨文決定隻身一人前去挑戰一十一，但是在一十一強大的SPEC能力的目前，瀨文被弄得滿目瘡痍，很快就變得命懸一線。就在這樣一個千鈞一髮的危機時刻，當麻突然出現了！當麻採用了一個賭上了自己的性命的作戰方案，巧妙地利用了一十一SPEC能力的缺憾，成功地實現了大逆轉，反而是將一十一給逼入了絕境，不過雖然如此，當麻、瀨文和一十一三個人卻又因為突然發生的某件意外情況而一起陷入到了生死的邊緣，在足足地沉睡了整整三天的時間之後，當麻終於是甦醒了過來。祖母葉子和前男友地居也是都紛紛前來熱心探望，而另一方面，瀨文卻還是一直處在昏迷當中，而一十一則也是始終處在瀕死的狀態。然而就在此時，前來探望瀨文的美鈴在機緣巧合之下，從一直保持昏睡狀態的瀨文的腦海當中讀取到了某樣重要的信息，因此知道了所有事情的可怕真相的美鈴於是來到了當麻的身邊進行確認，卻不料，在經過了一番掙扎之後終於恢復了所有的記憶的當麻，決定隻身前去迎戰這個可怕而又強大的敵人！