SMOKING GUN~決定的證據~

　　2011年，在某個教堂裏，流田緣（香取慎吾飾）手捧花束向永友惠美理（倉科加奈）求婚。但是幾天後，緣在黑暗中醒來，全身上下傷痕累累，而惠美理倒在他的身邊。這時，一羣刑警衝了進來。2014年，石卷櫻子（西內瑪利亞飾）在滿員電梯內遭遇色狼。電梯門一打開，櫻子就抓住身旁鹿户澄夫（菊池均也飾）的手臂指責其性騷擾。澄夫堅持自己是受到冤枉，到場的警察走過來把其帶走了。在警局內，澄夫認識了一名頭髮亂蓬蓬的男人，他就是在千代田科學搜查研究所民間科搜研工作的緣。緣接受了澄夫的調查委託，並依據櫻子裙子上殘留的指紋證明了澄夫的清白。第二天，櫻子造訪了科搜研，希望緣查明那場導致父親去世的火災的真相。

　　緣為了尋找失去的記憶，拜訪了曾經向惠美理求婚的教堂，希望能在那找到惠美理被殺害的線索。另一方面，櫻子開始在千代田科搜研打工。這時，所長千代田真紀（鈴木保奈美飾）指派緣、櫻子和松井丈太朗（中山優馬飾）到街頭分發傳單。到了飯點，3人來到了一間名為“雷面”的知名拉麪店，發現店外拉起了警戒線。經瞭解得知店內發生了搶劫案，店主被歹徒傷害後被送醫治療。緣趁警方忙不過來，接受了案件的調查委託。緣立即把調查資料帶到科搜研展開調查，並發現了犯人犯下搶劫案的真實目的。

　　搜科研來了個名叫水野高志（玉元風海人飾）的高中生，高志表示看到傳單後想委託搜科研幫忙調查母親被跟蹤狂跟蹤的事件。高志稱，跟蹤狂是擁有權勢的市議會議員，警察也很難找到他問話。但緣卻説需要經過高志母親同意才能展開調查，櫻子對此表示難以理解。最終，高志親自説服了母親站出來抵抗。緣和櫻子、高志一同在公園碰頭。在那裏，他們遇見了跟蹤狂仲本英司（野村昇史飾）的真身，面對張揚權勢的仲本，緣瞬間發怒了。

　　一名名叫濱田輝男（伊方勝飾）的男子被逮捕了，他就是三年多前潛入久留美家中，還差點殺害了久留美的兇手。這次嫌犯是因為妨害公務還砍傷了上前盤查的員警而被逮捕，但是對於三年多前的殺人事件則一概否認。當年，濱田之所以潛入久留美家中，完全是出於對千代田所長的怨恨，只因為濱田是當年身為警察的千代田所長所極力追捕的對象，但是因為現場並未發現濱田犯案的相關證據，因此無法隨意通緝。另一方面，千代田所長突然到了監獄去探訪一個罪犯，這個人似乎知道惠美理的秘密。就在當晚，所長匆匆趕回科搜所內時，發現科搜所已被人入侵，一個人追了出去的所長，之後被緣發現身受重傷而倒地不起。

　　經過確認，科搜所內唯一遭竊的似乎只有千代田所長的東西，因此，一行人趕緊翻找所長的辦公室，看看能不能找到蛛絲馬跡。此時，警方告知緣，射殺所長的兇槍和當年射殺惠美理的似乎是同一把。因此，兇手很可能也是同一人。由於兇手還沒找到，導致科搜所內人心惶惶，甚至陸續有人選擇離開團隊，讓科搜所陷入瞭解散危機。此時，一名認識惠美理的神秘女子田中花子（片瀨那奈飾）突然現身在緣面前，並卻對緣提出了請求，代價則是在事成之後告訴緣關於惠美理的秘密。

　　科搜所的夥伴們全都回歸後，科搜所也正式開始辦理田中花子的案件，因為這起案件，甚至還連累了當時花子所在銀行分行長引咎辭職。不過緣發現，案件正是由分行長以及她的妻子兩人所策劃，因此洗刷了田中花子的冤屈。花子為了復仇，早早就通過整容得以埋伏在分行長夫妻所經營的店裏當店員，在得知真相後決定親手了結兩人的性命，所幸緣及時制止。事件過後，緣從田中花子口中得知，惠美理在發生意外前，曾經跑去找過大學時期的恩師。

　　田坂繁（尾形一成飾）的兒子訴説着自己的案件，原來是他在一家文具店擔任約聘人員。某天，會計帶着40萬日元的員工旅遊基金到銀行去，卻在半路被搶劫，最後歹徒刻意栽贓給他，由於他本來就曾進過少年監護所，實在很難脱罪。另一方面，當緣循線來到惠美理之前念過的大學時，卻發現當年和惠美理見面的那位一之瀨教授早已自殺身亡。不過緣找到了另一位曾經和一之瀨教授做過許多同研究的浜教授（半海一晃飾）。而另一頭在調查千代田所長遇襲案件的柏木警官（谷原章介飾），則跑到千代田遇襲前到監獄見過的同一位犯人藤春獏人（袴田吉彥飾），沒想到這名犯人居然也是當年在一之瀨研究所的成員。

　　除了在於當年的研究外，所有的線索指向了山梨縣，緣和柏木把各自線索拼湊起來，得知楠神和久留美的母親都是山梨縣人，並發現楠神就是久留美的父親。緣和櫻子兩人循線來到農場，打聽到了楠神曾在這裏跟農家租了一塊地作為研究之用，另一夥人則打聽到，在一之瀨教授和惠美理相繼死亡後，害怕被盯上的藤春才故意想辦法讓自己能夠被關進監獄，以求能夠活下去。緣和櫻子經過進一步調查，來到了當年楠神所居住的孤兒院。另一方面，在突破藤春的心防之後，他總算願意吐露真相，就在此時，千代田所長也恢復了意識。

　　藤春説出了他所知道的事實，原來，當年在楠神的努力下，一之瀨團隊研究出一種稱為KH04的小麥種子，在經過深入研究後，卻意外發現這個品種的種子會讓人產生如同毒癮般的依賴性，一之瀨教授因此不顧楠神的反對，便毅然決然地解散團隊並終止研究。另一方面，從昏迷中醒來的千代田所長告訴了緣她所知道的線索，當年千代田為了追查楠神的訊息，找上了惠美理。然而，惠美理卻獨自一人前往山梨縣，要千代田幫忙轉告緣先到教堂去等着，等惠美理把事情處理好之後就會過去，最後不幸發生了。

　　科搜所開始調查起一之瀨教授的自殺事件，一之瀨教授還留了封奇怪的遺書。此外，櫻子發現最近總是有人在身後跟蹤她，跟蹤着似乎是認為千代田所長手中握有證明KH04副作用的不利證據。經過科搜所調查發現，一之瀨教授自殺當晚，當年一同參與研究的大島隆二（橋野純平飾）曾來到教授的房間，並逼迫教授自殺。柏木也發現，大島為了掩人耳目，居然悄悄整形了。當柏木將整型後的照片寄給千代田科搜所時，意想不到的事情發生了。

　　原來，槍殺惠美理的人正是大島，之所以留緣一命，是因為認為惠美理所持有的KH04不利證據就在緣手上。原來當年在研究所解散之後，大島還是和巴貝爾公司合作，繼續KH04的研究工作，過程中還邀請楠神一同加入研究，不過卻在沒多久，楠神就死於火災意外中。大島要求緣拿證據交換人質，而緣也回憶起了當年那段消失的記憶。