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數十年前“Unknown”侵略時被送往冷凍睡眠設施避難的孩子們，現在終於從沉睡中醒來，而他們得到了新的力量“世界”，朱雀一彌和宇多良金絲雀也是其中之一。各都市的代表齊聚一堂，就在三都市例會結束後灣岸部Aqua Line南方海域確認了大規模的Unknown出現反應，東京、神奈川、千葉防衞都市三校立即展開迎擊。

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公主在消滅Unknown的時候失手摧毀了重要的設施，修繕aqua line的任務就落在了各都市的代表頭上，朱雀等人靠着自己的力量加快了修繕的進度，剛剛修繕完畢aqua line，新的任務就出現了。青生的世界可以掃描他人的視覺、聽覺及主觀印象再重播給別人，朱雀等人從目擊者的角度看到了海里疑似Unknown的存在，搜尋任務立即開始。

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Aqua line海螢前面海域出現了超巨大Unknown，這是比之前最大的特里同級還要大的新型，管理局將此新型暫稱為利維坦級，明早在日出時分三校將同時前去討伐，這是與此前截然不同的戰鬥。為了證明自己的朱雀提前趕赴現場，金絲雀發現後也前來支援，但此次敵人的能力完全超出了他們的想象。

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金絲雀的負傷讓朱雀非常的內疚與自責，三校的代表全都聚集了過來，開始向利維坦級Unknown展開攻勢，但即便是公主的全力一擊也無法傷及它的一分一毫。恢復精神的朱雀立即組織人員開始反擊，各地的戰鬥人員全都積極加入了戰鬥。從醫院中醒來的金絲雀得知大家都在戰鬥後執意前往戰場，她的歌聲鼓舞了所有的人。

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在各地因為Unknown的奇襲，一共有7名學生犧牲了，而東京方面更是損失了多名主力，金絲雀便在其中，在人員補充完成前公主將兼任東京代表協助東京的城市運營。朱雀因為眼看着金絲雀在自己眼前消失而一蹶不振，城市運營的全部重任都落在了公主身上，她不光要負責運營城市還得安撫人們的心情。

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Unknown的突然襲擊讓學員們亂了手腳，臨危不亂的公主讓所有人都冷靜下來，被鼓舞的眾人重新投入戰鬥。朱雀卯足了力量一陣狂轟亂炸，看到東京即將淪陷後千葉的代表也趕去支援，為了保護非戰鬥人員的撤離，公主打算一個人拖住敵人，但即便公主力量再怎麼強大，面對眾多敵人的她還是處於劣勢。

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公主赤手空拳對抗着眾多的Unkown，雖然只有一個人但她依舊展現出了壓倒性的實力，但空中懸浮着的特殊Unkown趁機消弱了公主的能力，失去力量的公主處於劣勢。在霞的計劃下螢通過世界的力量向公主身邊極速趕去，就在她準備消滅殘餘Unkown時被公主制止了，戰鬥中被打碎脖子上芯片的公主看到了不一樣的世界。

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公主和螢的消失讓戰力縮減了很多，本部打算縮小戰鬥範圍，讓明日葉調去本地防守，但明日葉和霞並沒有調離的打算。霞更在意的是螢在最後給他留下的訊息，本部派來的人一直想要説服明日葉和霞前往內地，霞臉上的傷暴漏了螢所留下的訊息，傍晚的會面明顯是個陷阱，而早有打算的霞也並沒有打算一人前往。

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芯片受損的霞時常會看到完全不一樣的世界，為了尋找這個世界的真相，霞開始搜尋線索，而明日葉則被留下保護都市。Unkown大規模來襲，受明日葉所託的朱雀主動擔任指揮一職，對抗Unkown的戰鬥有條不紊的進行着，但霞卻顯得心不在焉，本該保護的管理人員卻在朱雀的面前被槍殺了，而朱雀明白的知道擁有這種技巧的只有霞。

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看清了世界真相之後朱雀一行一起轉移到“日本”船上，雖然公主向大家解釋了相關緣由，但大家還是不太明白現在的狀況，出來解釋的是霞和明日葉的母親約翰內斯。朱雀等人之前看到的一切與真實世界完全相反的，喚醒他們的是Unknow，Unknow通過植入晶片篡改了他們的記憶與感官，而他們一直以來的戰鬥對象卻是真正的人類。

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次元挖掘洞不斷出現Unknow，為了奪取Unknow的世界與現實世界連接的門，人類在Unknow出現的據點設下埋伏準備進行總攻擊。孩子們對於這場即將到來的戰鬥各持己見，有些人已經做好了拼死一戰的準備，有些人還在猶豫不決。在這關鍵時刻，朱雀會做出怎樣的選擇？

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朱雀等人已經攻入的管理局，準備破壞大門的他們卻遭到了朝凪的阻止。朝凪雖是貨真價實的人類，但他卻選擇了與人類對立的一方。青生的倒戈讓朱雀等人陷入了危機，青生用她的能力妨礙了眾人展開“世界”，被改造過的朝凪遠比朱雀等人想象中的強大，公主和螢在對戰愛離時也陷入了危機，而打破僵局的是金絲雀鼓舞人心的歌聲。