Nippon Noir ─刑警Y的叛亂─

在茂密的森林中，輕風吹拂。山中有一間小屋。屋中，一個男睜開雙眼。他就是遊佐清春。醒來後，最先映入他眼中的是女刑警礁冰薰的遺體。而遊佐清春的右手握着槍。看情況是他殺了薰。然而，清春不知何故喪失了近幾個月的記憶。他認為自己沒有理由殺死薰，但是在失憶的情況下，任何事情都會發生。他不知道是自己殺了薰，還是有人陷害自己。清春清除了可能讓他引起懷疑的證據，然後離開了小屋。很快，他收到警方的呼叫，被召集到殺人案現場。這次，他是作為“刑警”來到先前的那間小屋。薰的死亡時間是兩天前。這期間清春曾無故缺勤的，再加上之間他被稱為“警視廳的癌症”，所以警員們都把他當成懷疑對象。這時，搜查一課長南武託清春照料薰的獨生子碓冰克喜。他們都不知道這次相遇會帶什麼相的命運。警方終於把薰被害案與她臨死前追查的“十億元強盜案”聯繫起來被認為已經解決的“十億元強盜案”，其實被疑有警方內部人員牽涉其中，據稱薰就是為調查這個而喪命的。兩件案子散發着可疑的氣味，有可能是犯了法的警察殺害了薰。這一瞬間，包含清春在內所有的人都成為嫌疑犯。

清春被懷疑是殺害碓冰薰的人，而他自己這數月來的記憶全部消失了。在遇害前，薰在追殺十億元搶劫案的真相。那樁案子疑似為警察內部人員所為。清春的家中留有十億元搶劫案的計劃書和犯罪時所用的手槍。這時，本城諭率領突擊隊闖入。雖然身處警察佈下的天羅地網中，但是清春認為他們還沒有掌握自己犯人的決定性證據。在他年來，本應是自己同伴的所有警察都有嫌疑。搜查一課課長南武命令碓冰班的人同時調查“碓冰薰遇害案”和“十億元搶劫案”。掌握兩件案的關鍵的人是薰的獨生子克喜。清春與克喜一起尋找被薰藏起來的“十億元搶劫案”的證據。在調查中，他們發現本城的女兒芹奈藏着某個秘密，而她一週前曾與薰見面。就在清春進行調查時，一個意料之外的人物盯上了克喜。

礁冰薰被害案與十億元搶劫案，警視廳搜查一課打算把這兩件連續發生的案件作為已死亡的理事官本城諭所犯罪行來結案。但是遊佐清春卻不相信本城是殺人及陷害他的主謀。他隱隱約約感到有人是想盡早了結這兩件案子，對警方上層的懷疑也一直揮之不去。雖然被上級命令終止調查，但是搜查一課長南武修介決定由清春等碓冰班的舊部繼續調查這兩起案子。清春等人發現，十億元搶劫案的犯人之一風間嶽人的履歷實標上有可能是警察杜撰出來的。警察把風間送進十億搶劫案的犯罪團伙中的理由讓清春感到疑惑。他發現風間的真實身份與公安的王牌才門要之間有着意外的交集。

遊佐清春堅持追查十億元搶劫案與礁冰薰被害案的幕後黑手。同樣在追查幕後黑手的才門要告訴清春説“南武是真兇”。而且，通過解析手機，清春得知薰遇害的當天曾被南武叫走。他深深地懷疑既是搜查一課長又是調查總指揮的南武。另一方面，南武有着非常有力的不在場證明，在案發當天他與江國光成去海外考察了。實際上，南武是個擅長利用對手的弱點的人。清春判斷這個不在場證明背後一定有古怪，決定與南武當面對質。然而，現場還潛伏着真正的背叛者，誰是真正的敵人，被清春稱為“夥伴”人究竟真實身份是什麼，一時難以明瞭。

才門要告訴遊佐清春，被搶走的十億日元是警察的秘密組織“Nippon Noir”的資金。而薰很有可能是在追查十億日元搶劫案時發現了神秘組織Nippon Noir的存在，所以才被殺的。搜查一課的南武修介則提醒，警察內部也有可能混入了與Nippon Noir息息相關的人物。Nippon Noir的規模和創建目的都充滿謎團。清春想知道薰到底追查到了什麼程度，是否是因為她接近了真相所以才被殺。就在此時，突然有個戴防毒面具的男人用散彈槍襲擊清春等人。防盜錄像顯示罪犯是半黑社會組織berumuzu的現任首領陣內。面對進行調查的清春等人，陳內神神秘秘地説他了解礁冰克喜的一切。另一方面，約一個戴防毒面具的男人率領約一百名武裝分子向警察大樓進發。

約一百名戴面具的男人武裝襲擊警署。在一片混亂中，揹負上殺害喜志嫌疑的清春在才門要幫助下逃走。警方在全國通輯清春。在逃亡生活中，清春的腦海裏不斷閃回着碓冰薰的告白——“十億元搶劫案的真犯就是我”。他一直以來追查的十億元搶劫案與碓冰薰被殺案的連接點，就是碓冰薰説自己是真兇的真相。兩起案子的謎團越發加重了——為何碓冰薰會被殺，究竟是誰下的手，仍不得而知。清春尋找Nippon Noir的據點時，得知半黑社會組織berumuzu疑似與警方勾結。在得到多名berumuzu的成員在警察醫院裏失蹤的情報後，他與才門要潛入調查。這期間，他發現克喜服用的藥物是未得到認可的烈性藥。慢慢地，清春的記憶變得鮮明起來，而Nippon Noir的輪廊也逐步清晰。

遊佐清春等人潛入警察醫院的地下，在那裏發現了一個神秘的實驗設施。清春回快起薰所説的一個極具衝擊力的事實。她的獨生子克喜是Nippon Noir搞的人體實驗的犧牲品。清春到達實驗設施時，在他面前的是連槍彈都不畏懼的工作人員們。而且，南武等人也嘗試潛入。另一方面，大批的調查員突然找到負責保護克喜的深水喜一及其女兒咲良，把克喜押走了。下令保護克喜的人，是克喜的外公、薰的父親、原警視廳長官碓冰。作為掌握案件關鍵的人物，克喜被Nippon Noir監禁了。在這個國家蔓延的黑暗勢力漸漸浮出水面。

警察的地下組織Nippon Noir在秘密基地開展人體實驗，最初的實驗對象是宮城遼一。南武修介接受警察總監的命令監禁了遊佐清春。像拼組馬賽克碎片一樣，清春的記憶一點點恢復了。碓冰薰的獨生子，也就是清春的兒子——九歲的克喜説自己為了獲得母愛而自願接受人體實驗。根據碓冰政明的命令，Nippon Noir的工作人員帶走了克喜。真木光流要給克喜再次進行實驗。另一方面，清春雖然想找克喜，但他正被拘留，動彈不得。這時，戴面具的男人出現在清春面前。與此同時，宮城得知了令人震驚的事實，內心糾結，苦惱不已。

警察的地下組織Nippon Noir進行着機密的項目。因為人體實驗而被改變記憶的宮城遼一死於公安真木光流之手。憤怒的遊佐清春像變了一個似的打了真木。然後，他來到咖啡館，質問老闆深水喜一：“你就是幕後黑手吧?”夕陽的餘輝射入咖啡館，兩人四目相對。南武修介有個五年前就離家出走的兒子。雖然他掌握了兒子加入berumusu的情報，但其後兒子就下落不明。操縱berumusu進行人體實驗的正是Nippon Noir。南武一邊掛念兒子的安危，一邊與江國光成等搜查一課成員探查Nippon Noir和公安的動向。他們調查到了令人震驚的事實。在覺醒之日，清春恢復了全部記憶。這時，有人問他是否有知道真相的心理準備。

終於恢復記憶的遊佐清春再次回到案件的發源地——山中小屋。在那裏，他與某個人物面對面，傾吐迄今為止在調查中感覺到的“違和感”。薰為何被殺、強盜團伙搶走的Nippon Noir的日億元資金的下落、導致清春失憶的傷，以及戴面具的男人的真實身份，在這種種疑問解開的一瞬間，所有的謎團都瓦解冰消。