N的城堡

擊敗四天王後，N的城堡從地下升起，附着在寶可夢聯盟的建築上。根據等離子團隊員的描述，這個城堡在多年前就開始暗中建設了，而且是奴役那些從其他訓練家手中搶來的寶可夢。

主人公進入第一層的時候，會被七賢人中的六人擋住前進的道路，這時道館訓練家突然出現（天桐、伯特和寇恩並未出現，因為白露通知到他們的時候，事件已經結束了），主人公得以繼續前進。

在二層，黑暗三人組出現，把主人公帶到了一間屋子裏。那裏有兩個女人在等着主人公，她們自稱是和平與愛之女神，愛的女神恢復了主人公的隊伍，和平女神向主人公講述了N小時候的故事。三樓有一台個人電腦，可以讓主人公調整隊伍，在同一間屋子裏，一個科學家提到等離子隊現在甚至可以通過寶可夢寄存系統進入別的訓練家的個人電腦。其它房間裏分佈着等離子隊隊員，但是不會與之對戰，他們在慶祝勝利或者考慮與它們的寶可夢道別。N兒時的房間在4樓。

在與N的最終戰鬥之前，主人公持有的明石或暗石會變成另外一隻龍，玩家必須要在此捕獲它。

擊敗N後，計劃受挫的傀奇士露出了幕後黑手的本來面目，為了打倒主人公而發起戰鬥。

N的城堡內的要素之一，N自己的世界，由於有着與宏偉的最終戰役格格不入的微妙氣氛而有着相當大的衝擊力。許多玩家進入這個房間時內心都會湧上一股複雜的情感。

N的房間包括：

沒有書與電視，甚至沒有窗。 有着與N的年齡不相符的玩具。 有着寶可夢的抓痕。 畫着幾何學圖形的畫。 插在藝術畫上的飛鏢。 放在地上的籃球有使用過的痕跡，但籃筐上卻擺着火車。 放在輪胎上的滑板。 滿是新玩具的玩具箱。 因為障礙而只得來回運動的玩具火車。 圍繞着一根軸旋轉的飛機。 可以撿到神奇糖果。

這些擺設可能含有一下暗示：

沒有書、電視、窗：象徵無法與外界交流的封閉。

寶可夢的抓痕：可能以前在這裏有寶可夢被殘忍對待過，也促使了N的性格變化。

圍繞一根軸轉的飛機和來回運動的火車：代表N的過去就是被拘束着，無法脱離原地打轉。

但在兩年後的BW2世界中，火車離開了軌道，證明N也隨之解脱了。

藝術畫上的飛鏢：藝術畫本是給人欣賞的，可卻被插上飛鏢，代表N的扭曲心理。

神奇糖果：代表了N作為“王者”對“臣民”的憂愁以至於吃不下東西（另一個説法是N的童年就像是被歸為藥物一類又能加速等級提升的神奇糖果一樣催熟的）。

整體氛圍：明明是最終大戰的地方，但是這裏的氣氛單純天真到一種莫名其妙的恐怖，可能暗示N就像這個房間一樣閉關鎖國，無法感知外界的變化，只能孤單地按着自己的節奏長大。

愛之女神與和平之女神出現在二樓右數第二間房間，她們可以為主人公回覆體力，並告訴主人公N小時候的事情。 三樓右數第一間房間中可以使用箱子系統 三樓右數第三間房間中的等離子隊成員可以利用瞬間移動使主人公在N的城堡與寶可夢聯盟間自由移動。