MR.BRAIN

五年前，九十九龍介還是一名在夜店工作的牛郎，雖然帥氣卻是愣頭愣腦，直到某天回家途中遭遇突發事故，腦部受傷被送進醫院，雖然身體無礙，但他的大腦卻發生了讓人意想不到的變化。如今，九十九剛被調到科學警察研究所工作就遇到了一起爆炸事故，恰巧在現場的他被誤會成嫌疑犯並被審問，最終他幫助刑警偵破了這起一起炸彈事件，但是刑警丹原卻始終很討厭他。這天晚上，市內又發生了連環殺人案件。

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刑警津村修介遭人殘忍殺害，被砍斷雙手和左腳，警方核對犯人的指紋，發覺竟然是三年前兇殺案的罪犯竹神貞次郎，但他早被警方抓住並處決。津村正是當時逮捕竹神的人，搜查一課的刑警認為他真的復活了，津村被殺後，這起案件相關的高田英一也被殺害了，現場也有竹神的指紋，但九十九卻覺察出最後一個被竹神殺害的後藤的死存在疑點，並對此展開調查。原來三年前後藤為了慶祝未婚妻宮瀨的生日赴約的路上被刑警們喊住，刑警三人認為對方很可疑，而後藤因為急忙趕往約會地點，衝突之下後藤後腦撞上了牆上的釘子，死亡。刑警們在審問竹神時，被竹神發覺，竹神聽了答案後，竟然説當他是我殺得吧！反正一個兩個都是死。急於毀滅罪證的三人按照竹神的作案方式將其分屍，造成了是竹神犯案的樣子，而這一切在竹神死之前已告知後藤未婚妻宮瀨久美子。

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某大學醫院內發生了殺人事件，負責調查的丹原和林田查看了院內的監控器，但是犯罪現場卻沒能留下疑犯的身影。正當他們困惑的時候，九十九來到醫院，他對這起透明人事件非常感興趣。案發時，醫生和久井等不少相關人員都在現場，九十九開始從科學視點驗證此事，此時，透明人再次出手，襲擊了和久井的未婚妻後藤……

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作為嫌疑犯，有記憶障礙的鋼琴家中川優被警方拘留了，警方認定他用刀刺死未來姐夫木下，優也在案發現場承認自己殺了人。優的師父八木仁是著名作曲家，上電視時他也被要求討論此事。優七年前因腦內出血病倒，他只能記住一小時之內的人物，丹原不相信他會殺人，於是請求九十九協助調查，他從優的樂譜上注意到一個線索……

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殺害中川純的未婚夫木下莊治的犯人，並不是她的弟弟中川優。姐姐純承認了自己的罪行，優也被釋放了。可是九十九和丹原從優7年前的便條和樂譜中，發現了犯人可能另有其人。九十九發現，優每天都寫的樂譜和便條，缺了幾天。在探索優失去的記憶過程中，九十九發現了某件事情，前往優的鋼琴老師八木仁的演奏會現場。聽着八木的演奏，九十九解開了案發當天優所寫的樂譜之謎。九十九請八木來到了優的工作室，並對八木做了某項測試。真兇即將被揭曉！另一天，都議會議員身為教師的松下百合子被人槍殺。丹原和林田從殺害松下的犯人在現場留下的便當中，檢測出了指紋和DNA。而浮出水面的嫌疑人卻是15年前“誘拐事件”的被害者……

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都議會議員松下百合子被人殘忍的槍殺。丹原朋實和林田虎之助，在現場犯人犯下罪行之後吃掉的便當中查出了指紋和DNA。而浮出水面的嫌疑犯卻是15年前發生的誘拐事件受害者、秋吉加奈子！而且松下還是當時被誘拐的加奈子曾經的班主任。科警研任命行動科學研究室的浪越克己為調查小組領導，大家都在努力進行分析調查。可是，在島根縣卻發生了第二起殺人事件，殺人手法和上一起幾乎一樣，犯人的行動毫無合理性。九十九和浪越懷疑，犯人應該是解離性同一性人格障礙，也就是人們説的多重人格。可是科警研的其他成員和丹原警官等卻不贊同，認為肯定是有同犯。　　就在此時，加奈子被誘拐前所上的小學同窗會即將召開…！？

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“科警研”為犯罪搜查的進步做了很大的貢獻，警察廳副長官川瀨要三為了表彰他們即將到來。可是，九十九為首的科警研成員在門口準備迎接他的時候，副長官卻在他們眼前被人用來福槍擊倒。雖然警察立刻封鎖了附近的大樓，進行警戒，可是還是讓犯人逃脱了。九十九在狙擊現場發現了用血寫上X的手絹，突然意識到這時“給大家的挑戰書”。另一天，這次輪到原警視廳搜查一課刑事部長的眾議院議員尾崎幸平被人誘拐。而尾崎的車上也留有相同記號的手絹。警察因此斷定這也是射殺副長官的兇手所為。犯人發表聲明“48小時以內將對尾崎行刑”可是…！？而且，隨着時間的流逝，第三起誘拐時間又將發生……

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九十九讓丹原警官檢查尾崎伸一郎的DNA，檢查結果表明這起案件與17年前的案件有關。在搜查與17年前的案件有關的北里家時，警察廳副長官川瀨説出了線索，發現下一次誘拐的目標是在東京科學博物館做演講的津田義一。當警察到達博物館時，犯人已經綁架了津田義一，並告知警察會場安裝了10個炸彈。在疏散觀眾時，九十九發現了疑點，並獨自一人前去調查。警察在封鎖會場搜查犯人時發現，津田義一併沒有被綁架，實際被綁架的人居然是九十九……！