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2005年，太陽風暴侵襲地球，幸好早在一年前就有人做了一種叫網格的程式，在各國的通力合作下，整個地球包上了網格防護網，免除了地球毀滅危機。只是那個做了防護網的人卻不知去向，從此人間蒸發。太陽風暴席捲當下，韓國通訊全斷，甚至還停了電，讓民眾相當驚慌。金賽夏正在工廠工作的母親，因無法和兒子取得連繫而焦急。而當時鄭清晨正在操場和同學上體育課，老師和同學們見到天有異相，急忙逃回教室，晚了一步的鄭清晨以為自己會沒命，但幸好大家全都平安無事。2021年，已經長大成人的金賽夏去超商買東西，意外見到店員遇害，而假扮店員替金賽夏結帳的金馬祿，已經從容逃走，急忙報警。當上刑警的鄭清晨趕到現場瞭解案情，鄭清晨等人調閲監視器後，發現金賽夏有讀唇語的能力，求他幫忙，但金賽夏卻急着趕回家照顧卧牀不起的昏迷老母。他邊把玩自己持有的槍械，邊關心着命案進度，發現兇嫌金馬祿在共犯接應下，逃離警方追捕的事實。金賽夏其實是管理局的職員，他工作效率不錯，經常準時下班，引來同事們不悦，另一名同事宋語真確替金賽夏説話。金賽夏在公司的地位顯然不低，但一進辦公室不忘替崔副局長倒垃圾，讓宋語真頗有微詞。這個管理局的人似乎工作忙碌，且一直在找一個失蹤的女人。金賽夏看了鄭清晨關於案件的詳細記錄，知道鄭清晨曾見過協助金馬祿逃走的女人瞬間消失，也因此遺失了自己持有的電擊槍。鄭清晨憑記憶畫下神秘女子樣貌，並從對方掉落的帽子中找到一根頭髮，打算好好查查那女人的身分。

金賽夏猜到鄭清晨報告中所寫的女子，就是自己單位一直在找尋的人，便立即將此事報告崔副局長。崔副局長要求金賽夏刪除紀錄，並帶金賽夏等人來警局接收所有查案資料。但此時鄭清晨正在國科搜拿神秘女子的DNA鑑定報告，知道對方似乎是個死人的事實。鄭清晨不願將拿到的資料交給金賽夏和宋語真，拼命逃着，最後仍不得已將資料交出。而國科搜的檢驗人員，同樣被要求封口，讓對方神色凝重起來。在逃的金成祿，因缺錢花用，有意行搶，被神秘女子阻攔。金成祿只好再度逃走。金成祿偷了路人手機打給住處樓下的店家，確認警方已經不再包圍他住處，才放下心來。金賽夏不動聲色的看着崔副局長將收集來的資料裝箱，送到其他樓層去，接着又去金成祿之前住處找線索。金賽夏將同樣也來找線索的鄭清晨誤認為神秘女，和她打了一架，等認出那是鄭清晨後，兩人才一起查找線索。鄭清晨猜到金賽夏認得那名神秘女，也知道他們管理局已經追查那名神秘女好一陣子了，金賽夏卻不肯承認。鄭清晨顯然和宋語真是舊識，知道他以前在網格工作的事情。金賽夏僅表示宋語真調組，卻不願多説工作細節，只是事後仍將鄭清晨想要的調查報告傳給鄭清晨，顯然有意和鄭清晨合作查案。而那名神秘女似乎有跨越時空的能力，並利用這樣的能力搶走行賄某議員的錢。金賽夏等人這些年總是將查到線索交給所謂的其他單位查案，金賽夏表面上極度配合崔副局長，實際上偷偷動手腳，想取得崔副局長的指紋，企圖查出資料去向。但這天似乎他的行動被崔副局長髮現。

崔仙蔚副局長髮現金賽夏偷偷進入自己辦公室，懷疑他動機不單純，但看他似乎只是倒垃圾和洗保温杯，倒也沒多想，不知道金賽夏已經偷偷掉包保温杯，拿去找鄭清晨幫忙製造假掌印，好潛入十三樓的房間內找線索。鄭清晨一度懷疑金賽夏的目的，不願幫忙，最後還是被金賽夏説服，替他製造假掌印，讓他通過辨識系統進入十三樓順利拿走資料檔案。金賽夏假裝要開車外出，在外面竄改了監視器畫面，成功騙過了負責監控監視器的人，沒被發現。金賽夏下班後回家，打開資料檔，看到神秘女殺害了一名帶着孩子的男子，讓對方當場變成一具焦屍的影片，而崔仙蔚和負責監控的人都是當初事件的目擊者，金賽夏自己疑似就是在場的那名男孩。另外還有一段神秘女同時出現在各國的影片。金賽夏冷靜過後才去約鄭清晨見面，讓鄭清晨看那些影片，鄭清晨認為那名女子和自己前幾天見過的很像。金賽夏見鄭清晨也曾遭對方電擊，顯得相當關心，幸好鄭清晨手臂上雖留下痕跡，但沒有大礙。金賽夏猜到是神秘女子提醒了各國，讓大家懂得利用網格替地球架防護網，阻擋了太陽風暴，拯救地球人的性命。只是不知救了地球人的她，為何要殺掉在電波研究中心當清潔工的男子。鄭清晨也不明白那名女子為何要用那麼麻煩的方式拯救金成祿，甚至企圖攻擊自己。軍方嚴密監控着金成祿的住處，等着他出現。神秘女卻暗中保護着金成祿，讓他幸運逃過軍方追捕。金成祿以為神秘女是自己的救命恩人，乖乖跟着神秘女來到地鐵車站下方，竟遭神秘女囚禁，從此過着暗無天日的生活。

軍方發現狙擊手被殺，低調將屍體運走。鄭清晨趕來，見現場被包圍，謊稱是老闆娘女兒，立刻被負責指揮的少校識破，將她囚禁了起來。崔仙蔚發現鄭清晨正在查案，立刻調出鄭清晨資料來看，見她是宋語真的前妻，懷疑事情和宋語真有關，找宋語真算帳。宋語真卻説兩人早已離婚多年，沒連繫了。鄭清晨獲釋後，第一時間又回現場，鄰居告訴她，當晚除了老闆娘外，另有一人受傷，讓鄭清晨大感意外。被神秘女囚禁的金成祿，想方設法逃出後，又被神秘女以倒轉時間的方式，繼續囚禁。鄭清晨得知自己即將調職到偏遠鄉下去，乾脆提休假，私下去查案。崔仙蔚和局長都很想找到能時間旅行的神秘女，崔仙蔚當年曾目睹清潔工李章赫罹難現場，和清潔工的養子李始源交談過，似乎知道些別人不知道的秘密。而鄭清晨去醫院查訪，卻碰了壁。幸好金賽夏趕來，替她套問出不少真相。只是金賽夏明知道那名探員是死於高壓電，不知為何騙鄭清晨説那探員只是輕傷。金賽夏疑似就是清潔工養子李始源，這天崔仙蔚想到李始源，跑去户政機關查他下落，發現他在户籍上已經被判定為死亡，但他的養母還活着。此時金賽夏約鄭清晨見面，見到宋語真比自己早一步找鄭清晨談話，便謊稱自己臨時有事，不去赴約。原來宋語真發現鄭清晨被調職，跑去關心她情況。鄭清晨裝作一副欣然接受調職模樣，顯然不願讓宋語真知道自己仍在繼續查案。金賽夏回家，和臨時請來的居家幫傭打了照面，卻沒發現對方就是自己苦尋多時的神秘女，等對方離開金賽夏家後，金賽夏才隱約覺得不對。

鄭清晨回家見到弟弟光顧着打電動，一副什麼都不在乎的模樣就生氣，罵了弟弟一頓。弟弟不知道鄭清晨正為了可能沒工作的事情而煩惱，完全沒打算理姐姐。鄭清晨回房和金賽夏講電話，討論著該怎麼抓金成祿和神秘女。鄭清晨認為神秘女可能因時間旅行的關係，導致身體出了狀況。弟弟聽見姐姐和人講電話，還以為姐姐有了新男友，絲毫沒發現真相。這天，崔仙蔚聽見部屬們嫌現在的做事方法沒效率，要大家想解決之道。當崔仙蔚聽見金賽夏提議以網格故障為由，拐神秘女為了修理網格而現身的計策後，立刻通知局長。局長聽到金賽夏的提議，便召開了一次緊急會議，商量抓神秘女的方法。宋語真趁着眾長官都在的機會，提出要公開通緝神秘女，讓全民一同逮人。但蔡鐘意在會議上又提了不切實際的建議，以至於崔仙蔚要金賽夏等人全數離開會議室。金賽夏想到當年母親差點自殺的往事，就難過不已，瞞着崔仙蔚等人偷偷買了槍和子彈，藏在車裏，伺機替母親復仇。管理局對外謊稱網格故障，找藉口要員工全數撤離，佈下重兵防守，準備等着神秘女入陷阱。任智宇少校要手下們若生擒不了神秘女，就殺人奪對方裝備。鄭清晨猜到網格故障可能是藉口，問過宋語真後，更加確認那是一個逮捕神秘女的陷阱。鄭清晨認為神秘女於是很可能躲在地鐵站附近，拜託在地鐵站工作清潔婦幫忙想想哪裏有可藏身的地方。清潔婦想了半天，好不容易想到可疑地點，自行上前查探，果然見到受困的金成祿，嚇得去向鄭清晨求助。鄭清晨要清潔婦對外求援，自己則去找金成祿，和金成祿互掐住脖子，情況相當緊急。

在清潔婦的呼救下，一羣人趕來地下室救援，親眼目睹鄭清晨逮捕金成祿。只是當鄭清晨試圖從金成祿口中，問出神秘女下落時，金成祿卻説自己什麼都不知道，反倒是一旁的清潔婦認出那名神秘女。原來那名神秘女經常在車站附近洗手間進行梳洗，顯見早已在車站出沒許久。鄭清晨讓同事們帶走金成祿，自己繼續尋找神秘女下落。此時，金賽夏等人也在尋找神秘女，大家在金賽夏建議下，在管理局佈下陷阱，等着疑似外星人的神秘女現身。崔仙蔚聽説金成祿被捕，擔心會破壞他們逮捕神秘女的計劃，於是急忙開車去警局，金賽夏和宋語貞也隨後趕來，三人一起逼高漢勝隊長交出金成祿。鄭清晨弄清楚崔仙蔚目的是想拐神秘女出現後，便跟着崔仙蔚等人來到管理局。果然神秘女一如預期地來到了管理局，狙擊手向神秘女開槍時，誤傷了也在現場的崔仙蔚，導致崔仙蔚當場死亡。金賽夏逼現場的狙擊手交出槍械，想查清是誰害死了崔仙蔚，少校也只好下令要人將兩支槍交給金賽夏。神秘女被捕後，立刻被送進了研究室，手上的儀器和身上的晶片也全被取出。部長聞訊趕來，和局長闢室密談，兩人都不知道金賽夏能隔着玻璃窗看懂唇語，知道兩人計劃。部長一離開後，局長要宋語真替自己逼供，企圖逼神秘女説出時空旅行的秘密。神秘女自稱2091年出生，還説時間不會流動等奇怪的話。鄭清晨早猜到金賽夏是當年事故中的小男孩李始源，勸他放棄為父報仇的計劃。但金賽夏並非計劃為父報仇，而是想取回那個即將被破壞的神秘儀器，希望能利用那儀器讓死去的人復活。但此時金賽夏突然收到了簡訊，發現那是神秘女傳來的影片，影片內容是神秘女闖入金賽夏家，對金賽夏母親注射了什麼藥物。金賽夏見了，心慌意亂的衝回家。

金賽夏在韓魏韓的協助下，和鄭清晨一同順利來到實驗室，脅持曹熙植局長逼對方下令開門，讓金賽夏得以和神秘女談話。宋語真見狀，也出面幫金賽夏迷昏局長。金賽夏從神秘女口中，得知母親已死，便強行拿走穿越時空的儀器，回到過去，企圖拯救所有人性命。只是當金賽夏回到1997年時，立刻被年輕的韓魏韓誤認為權科長，顯然他長得和當博士的父親幾乎一模一樣。金賽夏目睹神秘女迷昏了父親權秀根博士，誤殺了清潔工李章赫後，開始利用電腦寫起程式。金賽夏認為神秘女為了取得員工證就任意傷害父親，又誤傷了清潔工，深感不滿，除了指責神秘女是殺人犯外，也利用穿越時光儀器回到過去，企圖改變歷史。只是當金賽夏力阻神秘女繼續輸入程式後，神秘女竟在金賽夏面前消失，清潔工雖得以平安帶兒子離開公司，但金賽夏想替神秘女寫完程式，卻不知為何失敗了。由於網格沒能成功建構，太陽風暴來襲時，失去網格保護的地球幾乎毫不設防，許多人都遭到輻射傷害。但金賽夏回到現代後，發現父親權秀根因發明了能去除輻射污染的放射碘技術而發了大財，讓金賽夏得以用本名權世河和父母過着極為豪奢的生活。金賽夏迷戀和父母同住的幸福生活，一度想就這樣生活下去，不願再回過去救世人。但當金賽夏發現就連之前幫了自己很多忙的鄭清晨，也因這場太陽風暴成了顏面傷殘的聾啞人士時，開始自責，打算回到過去改變一切。金賽夏向不知情的父母道歉後，回到1997年，試圖替神秘女完成網格程式設定時，被父親權秀根發現，他竟不慎親手殺害了父親。

金賽夏為了救清潔工李章赫，反倒誤殺了父親，又傷了李章赫養子李始源的眼睛，大為沮喪。金賽夏發現神秘女根本無意殺害母親金敏善，知道誤會了神秘女。神秘女警告金賽夏別改變任何事情，以免毀了一切。於是金賽夏幫神秘女攔住清潔工父子離去，任憑本名李始源的金成祿目睹父親死亡，接着要神秘女放過韓魏韓後，便回到2000年去安慰小時候的自己，並送精神科的資料給母親，希望母親去就醫。金賽夏回到現代，表示自己看過沒有網格的世界，還沒來得及多説，就因門外的人引發爆炸，而被迫帶着鄭清晨躲藏。金賽夏和鄭清晨眼睜睜看着站在門邊首當其衝的宋語真喪命，非常難過。金賽夏於是又利用儀器，帶鄭清晨回到過去。回到過去的鄭清晨見宋語真和崔仙蔚都好端端地活着，不僅感慨萬千。鄭清晨回到金成祿受困的地鐵站地下室，金成祿早已不見蹤影，而曾幫過鄭清晨忙的清潔婦，卻陳屍在現場。鄭清晨和宋語真見到清潔婦丈夫前來認屍時的傷心模樣，心生不忍，主動送對方回家。鄭清晨為了沒能殺掉金成祿，導致無辜的清潔婦受害而難過。但她一見到眼前的宋語真就忍不住想起對方被炸死的事情，表情難免顯得有些異樣。此時的金賽夏，改以本名權世河在管理局工作着。金賽夏發現父親竟成了網格創始人，享有極高的社會地位，就連金賽夏自己也因為父親的關係，得以在管理局工作。金賽夏非常訝異，匆匆離開管理局，不知去向。宋語真看出鄭清晨表情不對勁，好意詢問鄭清晨，但鄭清晨不願向宋語真説明真相，將宋語真送回家後，便匆匆離去。

拂曉來找世河，世河問拂曉怎麼知道他家，拂曉説因為前幾天世河有叫她來看1997年的影片，發現創造網格的他爸爸居然是共犯，世河説穿越時空才發現那是自己，又想到拂曉臉上有疤的模樣，拂曉問他未來長怎樣，世河説無法看到未來，問拂曉被幽靈(李詩英 飾)用裝置碰到身體時看到什麼，拂曉説不重要。拂曉説馬鹿又殺人，因幽靈知道她回到過去一定會去地鐵站找馬鹿，就先把他放走，害死一名清潔婦，世河説馬鹿就是1997年清潔工的兒子，兩人認為馬鹿跟幽靈肯定有血緣關係，世河説幽靈注射的是維他命，拂曉説那她就是知道網格假故障且故意中槍，世河説爸爸不是英雄，且看過他老的樣子，拂曉安慰他。仙蔚來到育幼院，發現拂曉剛離開，問院長拂曉問了什麼，院長説她問的跟宗怡問得差不多，拂曉表示馬鹿的本名就是李時元，且已經去找過養母，但馬鹿卻沒提過養父母的事，仙蔚認為拂曉是從養母那得知馬鹿的本名。拂曉拿着幽靈的DNA，請鑑定官看她跟馬鹿是否有血緣關係。仙蔚想起剛剛世河的樣子，要保全室長調監視器，發現原來1997年的共犯是世河而不是秀根，便問保全室長剛剛世河身上帶着什麼違禁品，保全室長説是雜誌，接着傳訊給世河説仙蔚發現了，但世河送媽媽出去沒看到。媽媽説差點把世河送到舅舅那，世河説要是給舅舅養就會改姓金。馬鹿因肚子餓來到福利院排隊領飯，被監視器拍到。世河回家，發現仙蔚來找他，且已經知情，世河説他們利用自己爸爸當網格創始人，仙蔚卻説因為他是共犯，逼他們這麼做，仙蔚突然接到馬鹿被抓的消息。世河趁機打給拂曉想要説再見，但拂曉説在忙，鑑定官打來説查到幽靈的DNA這次是正常的，但有血緣關係的是幽靈跟拂曉，兩人是母系血親，馬鹿跟幽靈的血型都是cisAB，只有萬分之三的機率，但兩人DNA只有13%相符，推測是父系血親，因此拂曉跟馬鹿有可能沒有血緣。世河跟仙蔚説沒有馬鹿就沒有幽靈，仙蔚認為是他把情報告訴拂曉，要馬鹿抵達時先待在大廳等他們，仙蔚叫馬鹿李時元，馬鹿説他認錯人，仙蔚問時元是不是忘記她，説殺父兇手也在現場，馬鹿突然掐住世河脖子，説他也在場，世河把他推開。仙蔚分別帶走馬路及世河，要宗怡去保全室監視，把世河帶到13樓，世河説出一切，但已經把裝置還給幽靈，且幽靈是故意被抓的，局長罵他沒查清楚運作原理。宗怡問1997年的事，保全室長裝傻，宗怡問他名字，他説叫韓偉漢。拂曉突然拿槍闖入被攔下，御真過去阻止她，並把她帶走，拂曉説只是想問馬鹿問題，御真説會被錄影，拂曉離開。馬鹿被關在小房間，突然停電，馬鹿趁機逃脱，從拂曉的車後方跑過去，幽靈故意騎檔車擋住拂曉的後照鏡視線。

崔仙蔚和曹熙植髮現權世河身上會發出異於常人的電磁波，猜到神秘女身上同樣會有這種現象，故意放金成祿和權世河出去，好引神秘女現身。但金成祿卻在逃亡過程中，伺機殺害了權世河，自己也隨即喪命。原來神秘女早告訴過權世河，她早已重新來過幾十次，但每次為了讓神秘女出生，都被迫犧牲了權世河，讓權世河一時之間，有些難以接受。現在有人利用時光回朔，讓時間重回權世河在追捕金成祿那一刻，讓鄭清晨也加入追捕行列，但最後權世河還是不幸為了救鄭清晨而身亡，金成祿同樣被殺。神秘女有意改變此事，遭一名神秘男阻止。崔仙蔚等人雖發現了神秘女，卻根本來不及抓人。權世河的葬禮剛結束，母親金敏善就忍不住痛批崔仙蔚害死了自己的兒子，崔仙蔚無動於衷地自顧自離去。宋語真硬要搭鄭清晨的車，跟着鄭清晨回家，還在鄭清晨家門外喝了整夜的酒。鄭清晨自責害死權世河，原本有意和宋語真保持距離，但最後卻不忍趕走對方，和宋語真發生了關係。而崔仙蔚也在權世河死後，不知用什麼方法欺騙上級，獲得上級認可，得到了極大權力。一年後，調職到鄉下擔任員警的鄭清晨生了個女兒，取名叫星都。鄭清晨回想起過往，知道孩子可能和神秘女有關，期盼給孩子另外一個選擇，於是帶着襁褓中的女兒跟着宋語真逃難。此時，崔仙蔚等人費盡心思爭取而來的管理局，在未來的某股神秘力量摧毀下銷燬殆盡，網格在同時間遭摧毀，神秘女似乎已經喪命。鄭清晨和宋語真趕到某個秘密基地，來迎接他們的人竟是對外宣稱已死的權世河和早已消失無蹤的神秘女。