Fairy gone

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大戰已經結束9年。瑪利亞·諾埃爾在違法妖精交易拍賣會上再會了自己的發小維羅妮卡·西恩，但她已經成為了對燒燬二人故鄉的男人的復仇者。瑪利亞正要阻止和潛入調查的違法妖精取締機關“德洛蒂亞”的菲力·安達巴戰鬥的維羅妮卡——

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在戰鬥中由於特殊體質被妖精“亞修克拉德”附體的瑪利亞，因為菲力的臨機劃策，加入了德洛蒂亞。在參加首次任務中出現的黑手黨，竟是菲力的前戰友，妖精兵沃爾夫蘭·勞。

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接到報告稱，找到了維羅妮卡在尋找的“黑色妖精書”，菲力和瑪利亞前往塔之都拜訪妖精學者凱恩與達米安。在那裏出現的神秘美女Sweetie。兩人被其玩弄於鼓掌之間，但是——

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Sweetie的目標，也是黑色妖精書。她操縱着妖精“斯庫萊卡”，企圖奪走黑色妖精書，但最後因瑪利亞的捨身攻擊而被擊退。然而當瑪利亞回到總部就餐時，卻遭遇殺手襲擊，被逼入絕境，危在旦夕。

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瑪利亞被逼入絕境，此時維羅妮卡終於現身。眼看維羅妮卡操縱妖精“布拉德多塔”進行戰鬥，自己卻無法參戰，瑪利亞為自己的無力感到懊惱。就在這懊惱達到最高潮之時，“亞修克拉德”出現並暴走。它捲起熱浪，將周圍一切化作一片火海。另一邊，菲力也與一名強力刺客相持不下。

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迎接皇帝首相的盛大終戰紀念儀式馬上就要開始，正在試驗配置中的軍用新型人工妖精突然暴走。德洛蒂亞的成員們介入調查。而負責妖精管理和行政的妖精省、管理軍隊的軍部省也十分重視，開始了行動。再加上收到黑色妖精書“黑四”的新情報，瑪利亞和同事克拉拉開始一同追蹤與線索有重大關聯的一名男子。

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再度發生新型人工妖精暴走事故，調查依然沒有進展，上層同僚們因懷疑內部人員作案而產生的對立再次激化。菲力通過情報屋獨自進行調查，但還是沒能獲得決定性證據。另一邊，瑪利亞等人收到拍下“黑四”的幕後人情報，然而那個人卻是和政府有密切關聯的權勢者，無法輕易對他出手。而Sweetie卻像是看穿了這情況，主動提出要給予協助。

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擔心克拉拉安危的塞爾吉和菲力會合，瑪利亞她們的奇襲作戰也一舉成功，得到了“黑四”。另一邊，新型人工妖精的暴走事故，最終以被排除出儀式配置而畫上句號。儀式當天，首相哥魯邦站上天壇，大公施瓦茲·狄塞及雷·道恩陪同。雷.道恩就是燒燬瑪利亞和維羅妮卡故鄉的主謀。維羅妮卡對雷虎視眈眈。在羣眾的歡呼聲中，發生了事件。

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首相暗殺未遂事件告一段落，阻止了暗殺的海布藍茨公狄塞，作為獎勵，獲得了世上僅有7把的妖精武器其中之一。菲力、瑪利亞、奧茲、莉莉等人，奉命護送貴為國寶的妖精武器“伏拉塔尼爾”和狄塞，乘上了專用列車。就在這時，突遇敵擊。

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襲擊者的身份，是持有妖精武器“嘉德法克斯”的傳奇妖精兵比維·利斯卡。面對曾在統一戰爭中驍勇善戰、“七騎士”之一的妖精兵利斯卡，德洛蒂亞全軍覆沒。夥伴被殺，伏拉塔尼爾被奪，利斯卡也消失了。因自己而令周圍人不幸，再次迷失自我的瑪利亞，前往拜訪曾經養育自己的義俠團首領金格爾。

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狄塞突然宣佈要從統一澤斯齊亞獨立，舉兵謀反。沃爾夫蘭的暗中行動、人工妖精暴走、首相暗殺未遂、利斯卡襲擊列車。這一切都是為了這一步的計劃，是為獨立戰爭而做的準備。統一軍也立即向公都哈普修塔特派出鎮壓部隊。德洛蒂亞局長、七騎士之一的奈恩·阿烏拉也與鎮壓部隊會合。另一邊，瑪利亞、菲力等人加急趕回隆達奇亞，然而——

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公都哈普修塔特一戰是佯攻作戰，狄塞的真正目標，是皇帝和首相哥魯邦所在的首都，隆達奇亞。利斯卡親率手下傭兵集團奇襲隆達奇亞，統一軍受到了毀滅性的打擊。瑪利亞、塞爾吉、克拉拉，以及手握妖精武器“貝洛蘇蒂爾”的菲力，追着利斯卡，衝進了宮殿。

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狄塞帶着別動隊與沃爾夫蘭一同進入隱藏信道，終於到達皇帝面前。此時雷.道恩出現，阻止了狄塞的野心。這位“救國英雄”心中，一直隱藏着十二年前，燒燬瑪利亞與維羅妮卡的故鄉蘇娜的痛苦記憶——

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拯救了皇帝的雷·道恩回到了領地。德洛蒂亞被任命護衞雷·道恩，但瑪麗卻難掩心中複雜的感情。維羅妮卡也在護送途中跟蹤雷·道恩，準備伺機報仇。在途中，大橋被爆破，一行人被迫停下，在古城留宿一夜。沃爾夫蘭和維羅妮卡分別逐漸接近雷·道恩。瑪利亞和菲力，再度與二人對峙。

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在狄塞叛亂的背後，一直有沃爾夫蘭的參與。但他卻最終將這一切顛覆，反叛了，這個男人究竟有什麼目的？在事後處理中，每日不斷搜查檢舉反叛者的德洛蒂亞眾人。瑪利亞雖抱有自責，但依然要堅持履行職務。就在這時，菲力探出曾被疑私通狄塞的原王族克里斯托弗·拉恩的存在。

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在國內的唯一貿易點貝倫的船島上發現了大量違禁品，和黑色妖精書“黑九”。瑪利亞等人前往搜查。另一邊妖精學者達米安與維羅妮卡，以及Sweetie和帕特莉西婭兩人也來到了船島。加上三大黑手黨之一“古因·加林”的幹部伊傑，三方的戰鬥開始了。

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包括“黑九”在內的黑色妖精書三部到了古因.加林處，其餘六部在妖精省的管理之下。九部集齊之時，會發生什麼？瑪利亞激動地質問了解維羅妮卡過去的達米安，而達米安則暗示有更加危險的勢力存在。菲力從Sweetie的認罪協商中獲得了嫌疑人名單，準備開始正式引出古因·加林將其摧毀，然而，組織的黑手已經曼延至政府內部。

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在德洛蒂亞的活躍下，“黑三”“黑六”轉到妖精省門下。剩下的只有古因·加林四大幹部最後一人伊傑所持的“黑九”。前往潛伏地的菲力、瑪利亞等人，充滿鬥志。然而伊傑竟在獨自研究下開發出了“培養妖精兵”。

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沃爾夫蘭奪走了“黑九”，黑色妖精書終於集齊。德洛蒂亞發現在其背後操縱的正是馬可.貝爾伍德及其左右手格利夫.馬薩，於是為了檢舉妖精省，德洛蒂亞開始行動。他們所追求的“理想之世”究竟是……

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艾因茨教團、“黑色妖精書”記載的“神獸”的復活、在搜查過程中造訪蘇娜的瑪利亞曾被稱為“災難之子”而孤立的過去、被稱為“幸運之子”備受寵愛的維羅妮卡的真相、以及神獸復活必須的素材究竟是什麼，這些秘密，即將揭曉。

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教團企圖獲得的最後素材——“妖精附身者”。只要他們抓到一個妖精附身者，就能復活曾經毀滅古代圖帕爾王國的“神獸”。而身為“妖精附身者”的瑪利亞、雷·道恩、維羅妮卡三人，在教團的陰謀下，被逐漸誘導至隆達奇亞。

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被暗殺的首相的國葬列車，載着各人的不同想法前進。執意要完成葬禮的雷·道恩、率領妖精兵來襲的沃爾夫蘭、負責警衞的德洛蒂亞、暗中潛藏的維羅妮卡、和尋找她的瑪利亞、以及被戰鬥的氣息吸引——比維·利斯卡出現了。

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帕納姆山被打出大洞，神獸甦醒了。無差別的徹底淨化向人類襲來。教團和利斯卡隊被逐漸消滅，各自的戰鬥也即將迎來終結，但依舊找不到阻止神獸的手段。

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只要有妖精武器，就能防下淨化之光。若神獸也是妖精成體，就能用“布拉德多塔”的力量將其“妖精器官”破壞。瑪利亞與維羅妮卡前往阻止神獸，但是……最後，瑪利亞與趕來的菲力等人一同，投入最後的戰鬥。