FASTA

程序引用取代矩陣實行局部比對以獲得最佳搜索。但眾所周知，使用這種策略會非常耗費工作時，為了提高速度，在實施耗時的最佳搜索之前，程序使用已知的字串檢索出可能的匹配。在速度和敏感度之間權衡選擇依賴於ktup參數。它決定了字串的大小。增大ktup參數就會減少字串命中的數目，也就會減少所需要的最佳搜索的數目和搜索的速度。

從2.0版本開始，FASTA對每一個檢索的比對都提供一個統計學顯著性的評估。