EVA十三號機

擁有和初號機相似的頭部造型以及配色，即以紫、黑為主，綠、黃、紅為輔；體型方面則和Q中其他新設計的機體（改二號機γ、八號機β、九號機）接近，相較於序和破中的機體顯得較為粗壯。採用特殊的雙插入栓系統，由碇真嗣和渚薰共同駕駛，並有着與之對應的兩雙眼睛以及隱藏在軀幹的第二對手臂。沒有EVA傳統的機械式的插入栓收納結構，兩枚插入栓通過本機背部兩處紅色部分直接以浸入的方式插入機體內。

全名為EVANGELION“第”十三號機，不同於其他EVA：零號機至五號機及八號機被直接用編號稱呼，而六號機和九號機則分別被稱作Mark.06和Mark.09。暫不明這種如同稱呼使徒一般的方式有何目的（很可能是暗示渚薰會貶為第十三使徒）。

於Q中在NERV總部建造，似乎是在盛滿血水的巨大容器中完成的製造。劇中被真希波稱作“Adams的倖存者（アダムズの生き殘り）”，故可推測出其本體為新劇場版中的四隻亞當之一。

本身沒有AT力場，由八號機對其發射的AA彈（Anti-AT Filed，反AT力場彈）可直接從其身體穿過而無法造成任何可視的傷害；取而代之的是通過儲藏在肩部拘束器莢倉內的四個如同浮游炮一般的“RS Hopper”釋放AT力場進行戰鬥。沒有AT力場的原因暫不明確，可能是需要兩名駕駛員心意相通而不存在作為心之壁AT力場，亦有説法是作為Adams的遺骸這種死過一次的存在無法釋放AT力場。此外，根據《終》看來，本機也可以使用使徒般的眼部十字形光束攻擊。

為了突破最終教條中莉莉絲的結界以及拔出朗基努斯和卡西烏斯兩把槍而搭載了雙插入栓系統，但是根據和二號機的戰鬥看來在兩名駕駛員都在機體內的前提下只通過其中一人也可以實現機體本身的操控。同時，此係統似乎亦有在失去一個駕駛員的前提下確保第四次衝擊不中斷的保險作用。本機亦搭載了傀儡系統（Dummy System），以實現不基於駕駛員意志的操控。而在《終》裏，本機則是由注入了尼布甲尼撒之鑰的碇源堂一人以不經過插入栓的非常規形式駕駛，甚至可以像TV版中的渚薰一樣在機體外遠程操控。除此之外，根據Q中同Wille側所屬的EVA需要充電的表現的對比來看，本機似乎同EVA九號機一樣搭載了人造S²機關以實現無限續航。

在Q中覺醒為了全身透白、肩部拘束器破碎並生長出不明結晶物、以及背後出現內切的兩輪巨大光圈的“疑似神化第3+形態（推定）”，有別於在破結尾處初號機覺醒成的“擬似神化第1覺醒形態”以及後續的“擬似神化第2形態”;在《終》中本機再次進入了此形態，但是不同於Q，此次本機肩部拘束器部分並未發生變化。

雖然建造本機用的容器在真嗣抵達NERV總部時就有出現，但是觀眾直到劇情後期才有機會一睹第十三號機的芳容。

初期真嗣因得知自己在破結尾引發了近第三次衝擊以及綾波麗並沒有真正得救之後而不願意在碇源堂的命令下駕駛十三號機，但是在渚薰以“拔出朗基努斯和卡西烏斯兩把槍就能讓一切重來”為理由的鼓勵下再度登上了EVA。

以雙插入栓系統以及真嗣、渚薰二人的同步順利突破了莉莉絲的結界，同黑衣綾波麗駕駛的九號機一同抵達了最終教條。在渚薰發現了插在六號機以及莉莉絲身上的兩把槍的異樣的同時，本機遭遇了Wille所屬的改二號機γ以及八號機β的阻擊。

在九號機被真希波駕駛的八號機牽制的時，本機同明日香駕駛的二號機展開了纏鬥。儘管在渚薰思考期間真嗣以一己之力操控本機一度取得上風，但是仍被擊毀全部四個RS Hopper；而二號機雖然在隨後的白刃戰中壓制住本機，但是因內藏電源達到活動時限而被迫脱離戰場。期間渚薰雖察覺到了目的為讓十三號機拔出實為兩把朗基努斯的槍從而引發第四次衝擊的碇源堂欺騙了二人，但是因其操作權被傀儡系統切斷而使得本機有機會接近兩把槍所在位置。真希波雖駕駛八號機試圖通過發射AA彈阻止拔槍，但是由於十三號機沒有AT力場而無果；最終本機展開隱藏於胸部的第二對手臂，並拔出了兩把朗基努斯之槍。

在槍被拔出之後，莉莉絲的遺體破碎，在六號機軀殼內的第十二使徒被釋放出來，渚薰則自言道自己“從第一使徒被貶為了第十三使徒”；而本機亦出於不明的原因導致肩部拘束器破碎、並在該位置生長出了紅色的不明結晶物。

在吞噬了第十二使徒之後，本機眼部凸起、全身變白、肩部結晶物進一步生長、同時背後出現內切的兩輪巨大光圈，覺醒為了“疑似神化第3+形態（推定）”。至此所需條件全部達成，拉夫之門被打開，第四次衝擊由此引發。

之後本機遭到了葛城美里指揮的AAA Wunder的撞擊、AT力場封印以及兩輪曲射彈炮擊，但是因一同覺醒的九號機的介入而使得本機無恙脱出。

在渚薰的操作下，本機將兩把朗基努斯之槍刺入了胸膛；在失去作為駕駛員之一的渚薰後，本機背後的光圈同一雙眼睛一同消失，而機體本身亦如失去浮力一般開始下墜；但是直到真希波駕駛的八號機將真嗣所在的插入栓拔出之後，本機才真正從覺醒狀態恢復，而第四次衝擊也隨着古夫之門的關閉被中止。

Q結束後，本機被NERV回收，並且以被兩把朗基努斯之槍插入胸口的姿態封印在NERV總部，為重新觸發第四次衝擊做準備。在本機隨NERV總部移動至位於舊南極的歸零地後，碇源渡決定在本機復甦後引發第四次衝擊；而以葛城美里為首的WILLE一行人則發動“大和作戰”，試圖以信號停止栓插入十三號機以實現徹底封印，從而斷絕第四次衝擊發動的可能。

在明日香駕駛的新2號機α終於殺出重圍抵達休眠狀態的本機前時，明日香發現由於新2號機懼怕十三號機而無法刺穿自身的AT力場，於是決定使用“暗碼999”釋放出體內的第九使徒，以突破新2號機的AT力場。就在明日香撕裂AT力場、即將將信號停止栓插入的瞬間，本機突然甦醒，並以眼部十字形光線蒸發了新2號機的手臂和信號停止栓。

之後，在注入了尼布甲尼撒之鑰後捨棄了人身的碇源堂的操控下，十三號機吞噬了使徒化的明日香，再次覺醒為“疑似神化第3+形態（推定）”，並引發了第四次衝擊。在碇源堂通過嘴部進入本機之後，本機從覺醒狀態恢復，並且攜帶着兩把朗基努斯之槍和從AAA Wunder中奪走的初號機，進入了負宇宙，準備觸發附加衝擊以實現碇源堂“同碇唯再會”的願望。

之後真嗣在真希波駕駛的吞噬了9~12號機的八號機的幫助下亦抵達了負宇宙，並通過初號機內的綾波麗重新奪回了初號機的控制權；迴歸真嗣操控的初號機將本機手中的一把朗基努斯之槍奪走，並轉變成了卡西烏斯之槍。隨後兩機扭打在一起，並在進入了負宇宙中的“各各他體（Golgatha Object）”後，在真嗣的記憶中展開了戰鬥。

由於象徵絕望的十三號機和象徵希望的初號機有着完美的對稱性，故而初號機的一切攻擊皆無法對本機起到作用。在碇源堂的警告下，真嗣決定停止戰鬥，取而代之的是以兒子的身份同父親對話。

在對話過程中，美里犧牲自己，將以AAA Wunder脊椎製成的人類之槍——蓋烏斯之槍送到了真嗣手中。碇源渡發現真嗣能承受他人的死亡後認識到了兒子的成長，並從中看到了亡妻的影子，於是決定放棄讓自己成為附加衝擊的核心。

在真嗣在各各他體中同渚薰對話、並救出明日香和綾波麗後，他決定用蓋烏斯之槍刺穿自己和初號機，創造一個沒有eva的世界。而正當此時，他被初號機內的碇唯推出，而十三號機亦從初號機體內浮現出來。真嗣此時意識到母親一直就在自己身邊，而父親的願望則是目睹母親的離開。在真嗣的注視下，象徵父親的十三號機將象徵母親的初號機擁入懷中，以蓋烏斯之槍貫穿彼此，進而消除了所有的福音戰士，實現了真嗣“創造沒有eva的世界”的願望。