CLANNAD～AFTER STORY～

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　　第2學期開學了，朋也這些高三學生也必須開始決定畢業後的出路。但是朋也依舊不知道以後想要做什麼，仍然繼續寄住在渚家。此時，秋生突然説要跟隔壁城鎮的商店街球隊進行一場棒球比賽。

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　　春原到現在還是沒有決定好畢業後的出路，替哥哥感到擔心的芽衣，決定暫時寄住在古河家，順便觀察哥哥的狀況。為了讓芽衣放心，朋也建議春原去找一個假的女朋友，兩人因此開始尋找願意假扮成春原女朋友的女孩子。

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　　春原的女朋友最後決定由早苗假扮，兩人也定好了約會的日子。沒有發現早苗真實身份的芽衣雖然覺得很詭異，但還是決定前往一探究竟。另一方面，春原真的以為早苗是渚的姐姐，當他看到早苗做出宛如真正情侶般的舉動時，更是樂到不行。

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　　雖然朋也與芽衣聯合起來騙春原，但春原卻一點反應也沒有。芽衣看到哥哥變成這樣，她認為「只要讓哥哥再開始練足球，他一定會恢復得跟以前一樣帥氣…」。朋也聽到芽衣這麼説之後，他仍認為春原回到足球社的可能性相當低。

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　　朋也與渚來到宿舍探訪春原，但他們卻看到春原仍一如往常地遭到美佐枝的修理，原因是春原打算擅自賣掉美佐枝的貓咪。雖然這隻貓咪並沒有名字，但不知從何時開始它就一直待在美佐枝身邊。

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　　志麻今天也在學校門口等着美佐枝，但美佐枝因為之前發生的事而請假沒來上學。當由紀和沙紀從志麻的表情得知美佐枝失戀的事之後，要求志麻代替他們兩人去安慰美佐枝。

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　　朋也、渚、春原三人來到資料室找有紀寧，有紀寧也一如往常地招待他們三人。此時，突然有個受傷的男人跑了進來。雖然朋也等人完全搞不清楚狀況，但有紀寧仍幫這名男子包紮療傷。這名男子似乎是有紀寧的朋友。

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　　因為須藤等人的爭執，讓有紀寧最近顯得有點睡眠不足。據説如果頭靠在別人的大腿上睡覺，就可以睡得很熟。當渚得知有紀寧小時候常常靠在她哥哥大腿上睡覺，她便提議由朋也來幫有紀寧這個忙。

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　　學校開始舉行三方面談，三年級生也必須決定畢業後的出路。渚並不打算繼續升學，想要直接出社會工作。當朋也被渚問到畢業後想做什麼，朋也也只是顧左右而言他，甚至不參加面談。另一方面，杏與其他話劇社成員則是已經決定好畢業後的出路。

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　　朋也將渚留在學校，一個人畢業了。但是他在畢業後卻沒有繼續升學或就職，秋生與早苗因此徵詢朋也是否有意願在古河面包店工作，朋也也欣然接受兩人的提議。天氣變暖之後，渚的身體也好了起來，她即將第三度展開高三的生活。

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　　朋也開始工作了，雖然他每天在芳野的嚴格指導下而感到相當疲累，但仍非常努力。渚由於放不下心，每天都會來看朋也工作的模樣，朋也也很關心渚的狀況。「渚就陪在自己身邊」，這就是朋也現在最重要的心靈寄託。

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　　當工作漸漸上手，與同事相處得也越來越融洽後，對朋也來説公司等於是他另一個全新的屬於自己的地方。雖然渚在一旁體貼地守護着朋也，但唯有一件事讓渚仍放不下心，那就是朋也的父親，可是朋也仍不願意談與自己父親有關的話題。就在此時，朋也在公司老闆的介紹下，得到了一個待遇更好的職缺的面試機會。

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　　朋也來到古河家拜訪，朋也對早苗表示很抱歉因為父親的事造成他們的困擾，但早苗仍温柔地迎接朋也的來訪。看到早苗依舊如此關心、如此温柔地對待自己，讓朋也再次覺得相當感激。另一方面，朋也是明明有事要來跟他們説，但秋生卻完全不聽朋也説話，還要求朋也與他來一場棒球對決。

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　　朋也與渚開始了兩人的生活，他們彼此扶持、協助。渚為了想要幫忙家計，要求朋也讓她出去找工作。雖然朋也很擔心渚的身體，但渚仍堅持不想讓自己一直都是這麼軟弱。

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　　朋也與渚之間傳出了一個好消息，雖然秋生與早苗也都表示祝福，但這也讓朋也再次感到自己的責任之重。時間不斷地飛逝，朋也與渚也忙着過每天的生活。

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　　最近早苗在白天會一直陪着渚，秋生來探望的次數也變得頻繁，大家都想要儘可能地幫助渚度過難關。朋也也將他不安的心情隱藏起來，努力地完成自己的工作。某天，朋也問早苗是不是很恨他。

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　　早上起牀出門工作，晚上吃飽就睡。朋也每天就只是重複着這種身體自然就會去做的事，過着相同的生活。他完全不顧一切只想着工作，為了打發假日時間而花錢，就只像是慣性地活着。

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　　朋也帶着汐獨自出門旅行，但自從汐出生後他們兩人就沒有獨處過。在尷尬的氣氛中，朋也在火車內責備起不斷吵鬧的其他小孩。看到朋也的這個樣子後，汐從座位站起來朝着某處走去。

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　　朋也與汐結束了兩人的旅行，回到古河家，秋生與早苗也一如往常温柔地迎接兩人。朋也在充滿了渚的回憶的房間內，除了對早苗表達感謝之外，同時也對自己過去的行為表示歉意。接着，朋也與汐兩人開始一起生活。

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　　雖然還是得仰賴旁人的協助，但朋也彷佛像是想填補過去的空白一般，非常珍惜與汐相處的每一刻。某天，朋也為了跟汐的幼稚園老師打招呼，因此帶着汐比平常還要提早出門。他在出門的時候，也對渚説了一聲「我們要出門了」。

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　　汐突然發高燒昏倒，症狀跟渚一模一樣。醫生表示完全找不出原因，讓大家感到束手無策。朋也在秋生與早苗的協助下，雖然很努力地照顧着汐，但過了一個月之後汐的高燒仍舊沒退…。

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　　在通往學校的坡道上，朋也面前出現一名低頭沉思的少女。她站在路上，獨自一人喃喃自語着…朋也也一直凝視着這名少女。在櫻花飄散的坡道上，朋也將與渚邂逅。

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　　渚升上高中三年級後，被分到一個沒有任何熟識同學的班級。雖然秋生不斷逗她，她還是很努力地想尋找新朋友，但卻一直無法如願。另一方面，升上二年級的杏由於也是班長，因此被老師交付了盯着班上兩名不良少年的任務。

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　　朋也對着年幼的汐談起與媽媽‧渚相遇時的情況，以及兩人一路走來的那段歲月。

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　　擔任班長的藤林椋提起勇氣，向同班的岡崎朋也表白。朋也最後也接受了椋的心意，同意與她交往。椋的雙胞胎姊姊雖然在一旁替兩人加油打氣，但她心中卻有着某種難以啓齒的思念。