B：起點

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皇家警察特殊犯罪搜查科（RIS）正在追查某個犯罪者。這個以兇惡犯罪者為目標的連續殺人魔總是在犯罪現場留下“B”的字樣，因此被成為“殺手B（Killer B）”。某一天，刻有“B”字的犯罪事件再次發生，搜查官莉莉趕到現場時遇到一個男子。留着鬍鬚的懶散中年男子，名字叫做基斯·風間·弗利克，是迴歸RIS的搜查官。就在RIS搜索“Killer B”的時候，突然接到軍用戰車在街市上引發暴動的消息。

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RIS來到議員一家慘殺事件的現場進行調查。基斯看了一眼現場留下的“B”字，就識破這是冒充者的犯罪行為。然後在那裏突然收到發現新的屍體的報告。那是一具與議員一家無關的男性屍體。分析結果表明該男性是被新型毒氣毒殺。接到犯人下次要在市長舉辦的宴會上實行犯罪的預告，RIS來到現場做好警備工作。在那樣嚴密的戒備的會場中，現出了一個露出兇惡笑容的男子的身姿……。

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彷彿被什麼東西指引而來的黑羽和一個謎之角色伊邪那美對峙。黑羽毫不猶豫地對引誘自己的伊邪那美對發起攻擊。二人間脱離人類範疇的戰鬥開始了。另一方面，遠離因毒氣事件造成混亂的宴會會場的基斯，目擊到黑羽離開會場的身影，於是和與鮑里斯一起追蹤上去。在公路上展開戰鬥的黑羽和伊邪那美，最後二人來到了一個無人的湖泊。

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為了尋找各自懷着的重大疑問的答案，基斯和黑羽不約而同地來到同一坐圖書館。另一方面，對接連不斷髮生的不可思議事件有種不協調感的莉莉，為了讓自己混亂的頭腦清醒，突然拜訪基斯家。莉莉對一系列的事件展開討論並尋求建議，但不知為何基斯拒絕討論此事，並警告不要再深究下去。

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布萊恩因為抓住了什麼重要線索而遭到襲擊。雖然RIS全力搜查而沒有顯著進展，大家都萬分焦慮。犯罪進行時的監控錄像全被抹除，考慮到警察相關人員參與犯罪的可能性，情況越來越嚴重。這時，基斯以布萊恩留下的信息為基礎單獨展開行動。察覺到這一點的莉莉想協助他，基斯卻總是躲避着她，讓她越來越焦急。

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RIS開始追捕被誤認為是襲擊布萊恩的犯人的基斯。追尋着基斯的足跡的鮑里斯一行人目睹了堆積如山的資料，一窺追逐着什麼似的的基斯的神秘過去。 另一方面，成功與黑羽接觸的基斯，知道了黑羽不斷地刻上“B”字的理由，開始講述二人之間的聯繫。就在基斯和黑羽繼續對話的時候，謎之組織的刺客襲來！

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基斯和黑羽遭受皆月率領的謎之組織的襲擊。無論如何都想得到黑羽的身體的皆月，不顧同伴的生死，向黑羽發起總攻擊。完全沒做好範圍皆月對策的黑羽，身體被撕裂得支離破碎。但是即便如此，黑羽還是向自己一直所追尋的東西伸手。筋疲力盡的黑羽就要被帶走的危難時刻，基斯採取的行動是……

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警察上層依舊把行動不明的基斯視為嫌疑犯處理，追究埃裏克的責任，以解散RIS為威脅加緊對基斯的搜索。RIS搜查基斯的房間的時候，莉莉從無數的計算公式中發現了一個女性的身影。那個時候，與負傷的黑羽一起隱居起來的基斯，述説了以往發生的殺人事件彼此相互交錯的那段過去。

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基斯和埃裏克在審訊室對峙。曾經是師徒關係的二人圍繞着案件展開了對決。埃裏克掌握到一連串的案件背後有着一個被稱為“造市者”的公共隱秘組織干預着。可是，基斯更加深入地推導出操縱着這一切的那個人物才是真正的元兇。已經查明真相的基斯打算再次單獨行動，但是埃裏克以朋友的身份喝住了那樣的基斯。

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向老人星飛去……黑羽相信着這句話，一直在北壁的頂峯等待着那個時刻的來臨。另一方面，按照基斯的策略，以自身為誘餌的莉莉，因為敵人的巧妙偽裝而失去蹤影。在所剩不多的緊迫時間裏，在基斯和埃裏克的指揮下，驅使着大腦和技術迅速地確定了莉莉的所在地。而那個時候，手術枱上醒來的莉莉，面對的是將要切開她皮膚的鋒利的手術刀。

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基斯和黑羽終於迎來了最後時刻。把多年來所思所想刻在胸中，前往各自的決戰地點。基斯把手槍藏在懷裏，乘上公交；黑羽從懸崖跳下順風飛起，直向老人星。

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“正如碑文所顯示的那樣，你和那傢伙在這裏迎來最後的時刻……舞台已經佈置好了。將所愛之人的最後，烙印在這雙眼睛上。”