1899

莫拉富蘭克林在輪船上醒來，此次的旅程是七天到達紐約。在途中的輪船接收到了疑似失蹤了四個月的普羅米修斯號發來的信號，於是船長決定前往查看倖存者情況。當他們搜索了整個輪船，卻只發現了一個被反鎖在櫃子裏的男孩。此時，一個神秘人登上了莫拉他們的郵輪，同時，這個始終沉默不語的男孩交給了莫拉一個重要的工具。

回到克爾貝魯斯號，人們在心裏充滿着疑惑，有些人認為普羅米修斯號上的人與這個小男孩有關聯。而艾克船長更加關心其他的問題，他讓奧萊克悄悄地替他查看煤礦的存量，但同時他也深受幻覺的影響。船員副手緊急聯繫公司後得到的回覆只有兩個字：沉船。艾克心裏明白，這件事沒有那麼簡單，普羅米修斯號一定藏着什麼秘密，於是艾克召集了所有的乘客，宣佈自己將拖着普羅米修斯返程。同時，住在莫拉隔壁的神秘人終於開始了他的行動。

在返程的路上，突然的濃霧和小女孩艾達的莫名死亡令船員們感到更加的不安。船長得力的幫手弗朗茨也因接連不斷的怪事，而開始質疑艾克的決定。趁着艾克和莫拉第二次前去普羅米修斯號查看的間隙，他決定做點什麼來制止怪事的發生。在普羅米修斯號，艾克和莫拉發現了在房間中隱藏在牀下的暗格，他們認為這艘船在幾個月前被一個英國投資者亨利辛萊頓買下後，就曾秘密改造過。艾克在鍋爐艙中找到了沒有被燃盡的普羅米修斯號乘客名單，其中莫拉富蘭克林的名字顯得格外的詭異。

隨着普羅米修斯號突然的消失，羅盤恢復正常，沒有人能解釋為什麼船上有人離奇的死亡，懷孕的託芙不肯相信船員指控“因男孩帶來死亡的説法”。她的兄弟克雷斯特將船員的話翻譯給了母親，令託芙的母親更加信服這件事的源頭就是那個男孩，只要根除就可以順利的到達紐約。在混亂中，莫拉眼睜睜地看着男孩被託芙的母親丟下了大海，神秘人丹尼爾關鍵時刻帶離莫拉遠離了人羣。以艾克為首的一羣人在餐廳休整，理清思緒準備下一步的時候，吧枱的櫃子突然發出了詭異的光芒，剛剛被丟下大海的男孩奇蹟般地又出現在他們面前。

目前的問題是船隻的燃料消耗得太快了，按照現在的速度他們很快就要迷失在大海中。在一聲警報後，隨着有節奏的鐘表聲，所有人像是聽到絕對指令茫然的朝向大海，沉沒。男孩將莫拉帶回了暗格中的世界，希望她能回想起什麼。在這個世界裏，只有一個精神健康的空蕩的房子，同樣的1011號不是莫拉的房間，卻是一個束縛椅。此時，艾克終於得到了莫拉的真實姓名，莫拉辛萊頓。莫拉認為這件事可能是某種實驗，針對大腦功能，同時莫拉認為自己哥哥也是在普羅米修斯號消失的乘客之一。

時鐘聲停止，存活的人所剩不多了。艾克集結剩下的人啓動引擎，希望能用剩餘的燃料離開這個詭異的海域。與此同時，更加詭異的黑色結晶正在逐漸侵蝕整艘輪船。在奧萊克和凌伊以及其他人的努力，他們終於發動了引擎，在駕駛室的兩人嘗試去看教程學習如何駕駛輪船。卻意外的發現，這裏的書本上只有重複的一句話：希望你的咖啡在現實生效前先起作用。莫拉和艾克在精神健康中心尋找線索，卻被緊隨的丹尼爾先找到了。莫拉無法信任任何人，將丹尼爾鎖進了1011。莫拉在崩潰之餘，意外發現自己所處的世界是那麼的不真實，撥開一切的外皮之後，永遠都是冰冷的船體。

莫拉四處尋找被丹尼爾轉移的艾克，與此同時，也有人正在想方設法的尋找男孩。每個人的房間，都是屬於他們自己的回憶暗格，莫拉進入了丹尼爾的房間，發現更加驚人的事實，她的確和丹尼爾的關係十分親密，甚至還和男孩有密不可分的聯繫。莫拉終於理解了丹尼爾的目的，但她心中仍舊充滿着疑惑，自己到底忘記了什麼。丹尼爾告訴莫拉，要在這次重啓模擬之前，她必須回想起來一個能讓他們逃離的代碼和通道。莫拉此時想起自己在輪船醒來時，看到的那封信中的項鍊，裏面藏一把鑰匙。

當莫拉終於意識到這一切都是非真實的世界，她深知自己只要能打開這個鑰匙的鎖着的記憶，她就能逃離這次的模擬迴歸現實世界。這些被選中的乘客也都是希望能逃避某段回憶的人，卻在這段路程反覆的被回憶給折磨，真正的造物主不是別人，正是忘掉了一切的那個人。而困在這裏的並非莫拉一人而已。在丹尼爾用控制器修改了代碼的路徑，將原本需要用鑰匙開啓的黑色三角，退出密碼修改成了另一個關鍵物品。終於，莫拉在這一次打破了循環。在模擬崩潰的一瞬間，莫拉在休眠艙中醒來，面前有一張標籤紙，上面寫着：希望你的咖啡在現實生效前先起作用。