1646年

2月，湖北鄖陽南明將領王斌率三千餘人響應大順農民軍起事抗清。他們以房縣為據點，樹明帥大字黃旗於老寨頂上，並設立中軍旗鼓千把等官，佔據了遠近各寨。王斌還遣子與李過聯絡。三月初一日，清鄖襄總兵官王光恩調集重兵攻破王斌的大本營，擒殺王斌及三百六十餘名抗清兵士。

3月17日，清廷批准了吏部右侍郎金之俊的奏請，決定變通明朝進士授官制，使得“政體人情，俱得其平”。其具體措施如下：新過士除一甲外，二甲前五十名選部屬，後二十名選評博中行；三甲前十名選評博中行，十一名至二十名選知州，二十一名至七十名選推官，其餘盡數選為知縣。

4月30日，清廷舉行開國後第一次殿試，傅以漸被取為首科狀元。

5月5日，查爾斯一世在紐瓦德向蘇格蘭軍投降，第一次內戰結束。

5月17日，清廷以“將謀不軌”的罪名處死了降清的潞王朱常淓及被俘的弘光帝。

6月11日，吏科給事中林起龍上《請速禁異端訛言疏》。

10月，南明隆武政權東大將軍周鶴芝遣使到日本乞師，以抵抗清軍。10月14日，南明兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜等擁立明神宗之孫、桂王朱由榔監國於肇慶，以明年為永曆元年。

10月20日，清廷制定了皇帝行幸迎送禮儀：凡皇帝經過地方，文官知縣以上、武官遊擊以上，於本境道右百步外跪迎送；地方官百里內者來朝，百里外者免。

11月，農民軍領袖謝遷在山東淄川一帶發動反清起義。

11月15日，執掌隆武王朝軍國大權的鄭芝龍至福州，與清軍統帥、貝勒博洛折箭為誓，剃髮投降。

11月18日，桂王朱由榔正式繼位於肇慶，是為永曆王朝。

隆武二年（1646）正月十二日夜，江寧（今南京）城內百姓與城外義軍裏應外合，突然圍攻江寧，清軍急忙調兵鎮壓，為首者三十餘人被殺。十八日，明潞安王朱誼石、瑞昌王朱誼泐又與義軍聯合，聚眾二萬人分三路進攻江寧，由於清軍早有準備，這支抗清隊伍很快失敗。

朱大典，號未孩，浙江金華人，明神宗萬曆時期的進士，曾任户部侍郎。南明魯王監國時，被封為大學士。隆武二年（1646）五月，清貝勒博洛和浙江總督張存仁率兵渡過錢塘江，連陷紹興、温州、台州等地，進圍金華。朱大典率領全城軍民奮起反抗，固守月餘，清軍未能越雷池一步。不久，清軍調來紅衣大炮，轟開城池，朱大典全家縱火焚死，無一降者。

6月21日，戈特弗裏德·威廉·萊布尼茨（Gottfried Wilhelm Leibniz，1646年－1716年），德國哲學家、數學家。涉及的領域及法學、力學、光學、語言學等40多個範疇，被譽為十七世紀的亞里士多德。和牛頓先後獨立發明了微積分。

8月19日，弗拉姆斯提德（Flamsteed, John）生於德比郡登拜，英國天文學家。1719年12月31日卒於倫敦附近的格林威治。

黃道周（1585－1646）福建漳州人。明代學者、書畫家。書法宗魏晉，真、草、隸自成一家。畫山水、人物及長松、怪石，亦格調豪邁。

王思任（1576－1646）山陰（今浙江紹興）人。萬曆二十三年（一五九五）進士，官至禮部右侍郎。其詩歌、書法，與董其昌、陳繼儒相伯仲。山水淡遠空潤，林木森秀。其鈎皴山石，格高韻逸，能以少許勝人多許。間仿米家數點，倪瓚一抹，饒有雅緻。甲申後，與劉宗周、祁彪佳先後絕粒死。卒年七十一。著有《遊喚》（遊記）等，合編為《王季重十種》。

阮大鋮在浙江降清，從攻仙霞嶺時死，一説為清軍所殺（約1587－1646）。大鋮字集之，號圓海，懷寧（今屬安徽）人。著有傳奇《燕子箋》、《春燈謎》等。

馮夢龍（1574－1646）。夢龍字猶龍，號墨憨齋主人，長洲（今蘇州）人。編有《喻世明言》、《警世通言》、《醒世恆言》及民歌集《桂枝兒》、《山歌》等。

1月18日，細川忠興逝世，1563年11月28日出生，是日本安土桃山時代及江户時代的武將；他是小倉藩的藩祖，細川藤孝的嫡子，曾經是細川輝經的養子。