黑骸

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　　立山國際高中的白羽由希奈，在三人面談後追趕暴風雨般離開的母親·洋海為了送還遺忘的智能手機，朋友荻布美夏也一起到母親的工作場所黑部研究所去。在大廳裏順利的把智能手機交給了母親，相識的研究人員、荒俁稔等人説着的話的時候突然火球飛來了，產生的衝擊波將研究所的窗户玻璃震碎了。在警報鳴響的研究所地基內，身份不明的侵略者同警備員們展開戰鬥，打算到地下避難的由希奈的目光停留在了實驗室裏方塊發出的奇怪的光上。

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　　Cube出現的神之青年青馬劍之介時貞，稱呼由希奈為“公主”，並將她從侵略者手中救下，但被趕來的警備員們弄昏倒。與此同時，從富山灣出現了新的大型機甲。並且在日本以外也有三台出現，各國進入戰鬥狀態……。身體被囚禁的劍之介，在洋海等人的一瞬間空隙逃脱。找到了在偷看的由希奈，突然抓住了手跑起來。還沒掌握情況的由希奈面前Cube突然出現了。

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　　就這樣原因不明的由希奈和劍之介一起駕駛Artifact進入戰鬥了。從海中出現的大型戰機“黃色巨蟹”即將要被擊破的時候，被一步之差跑掉了，劍之介很是懊恨，富山城沒有了城主和由希奈的水手服，以及只能手機面前，自己不能理解所處的情況……。劍之介再一次被捕，由希奈也在研究所進行身體檢查。另一方面，黃色巨蟹一起出現的一部分小型戰機“仙人掌”，逃往了山嶽地帶。

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　　知道自己已經沉睡了好久，武士現在也不是主要的，劍之介失去了生存的意義。但是在由希奈的叔父藥師和尚的邀請下，安身於和尚的家與由希奈和小春生活。電器產品和飲食、衣服等看得見的摸得到的吃的東西都很新鮮。一一過度吃驚反應的劍之介使由希奈感到困擾。那樣子微笑看着的藥師和尚，為了劍之介使用的日用品的採購和早點習慣現代生活，因此提出了由希奈去購物中心買東西。

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　　在劍之介和由希奈的神經系中，植入了由納米裝置所構築的與劍之介的“黑骸”戰機相連的分子電路。現代科學技術是很難移出的，唯一能操作黑色殘骸只有劍之介和由希奈，進入了聯合國的指揮下從事。也算得上是從屬於聯合國的軍屬了，而且從屬於同一部隊還有同班同學索菲·諾艾爾，被禁止去學校的日子到此為止。平穩的日子終於回來了，想到這裏的由希奈，等到的是久違的學校轉校生，劍之介的身影。

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　　確認了衞星軌道上降落了三個大型機體的格雷厄姆少校開始向黑部研究所的飛行員發出緊急出動。劍之介，由希奈，索菲三人也從學校緊急趕赴現場。最早到達富山市機場的現場的是劍之介和由希奈，機甲的戰鬥開始了。腳邊的市民們按照自衞隊的誘導下開始避難。一手拿着智能手機逆着波浪般的人流前進的由希奈的同班同學赤城涼鬥和茅原純大出現在其中。

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　　大型戰機“黃色巨蟹”裏出現的人形駕駛員，自爆姓名日堂後便引爆自殺了。急中生智中黑骸抑制受到最小限度的傷害，那情形在網絡上實況播放，瞬間被擴散在世界各國而引起了巨大的浪潮。外星人駕駛員的事特別讓由希奈受到打擊，並因此拒絕戰鬥。由希奈情緒消沈着上學，從卡爾洛斯那裏得知赤城和茅原前幾天去看了戰鬥就沒有回來。

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　　突然收到來自侵略者的信息。他們自稱“艾菲德爾克”，要求歸還黑骸。雖然聯合國總部對應的意見雖然很壞，但還是選擇維持現狀。黑部研究所也在被授予了黑骸的使用權。在這種情況下的由希奈因不願意被周圍期待去戰鬥的緣故而離家出走。由希奈打算尋找劍之介，但是她重新發現自己什麼事都不知道。

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　　根據研究鬼問題的父親·嶽人的筆記上寫着“鷲羽之城在山腰之中”這個線索，由希奈去了黑鷲谷，山中遭遇了“仙人掌”。過於驚訝滑倒摔暈了。劍之介不知道狀況，並且赤城和茅原也在尋找由希奈……。

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　　大型戰機“長臂”的駕駛員弗斯納尼被黑部研究所押送，並被進行了精密的檢查。在聯合國外星生命研究人員的審問下也如實的回答，在450年前到訪時建造的“樞”因事故而被摧毀，並且現在正尋找“樞”的碎片“樞石”。真相藏在黑暗中。

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　　弗斯納尼打倒警備兵逃脱了，遙控啓動了本應該倒下的長臂。格雷厄姆少校為了應對突然動起來了敵人，發起GAUS和黑骸出擊命令和搜索弗斯納尼的指示。為了前往機庫出擊的由希奈，眼前突然出現了弗斯納尼並被抓住了……。劍之介知道了由希奈遇到危險，收到刀去往幫助由希奈的方向了。

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　　劍之介等人明天開始放暑假，不過，他們沒有迎來暫時的平靜……。由希奈和劍之介在暑假期間，等待他們的是黑部研究所同索菲等守備隊成員的地獄訓練。在湖面上託姆教官正呼籲着，在這裏已經有一個人的身影，他正以GAUS駕駛員為目標。

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　　暑假結束後，由希奈的教室裏進行了文化祭的企劃會議。在平凡的企劃中，茅原的“艾菲德爾克知識講座！”企劃引人注目。文化節的準備不停地前進着，終於文化祭的當日。在世人的注目下，公開討論會開始了……。

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　　穆艾塔再次向劍之介揮起刀，被突然出現的神秘男子阻止了刀刃。兩人交戰中索菲等人將劍之介抬到外面去了，通過直升機送往黑部研究所，所以為了追逐艾菲德爾克的母艦投下了大型戰機。

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　　在立山町內的戰鬥，離開城鎮的人們急劇增加。研究所職員也不例外，很多職員在立山國際高中的孩子們也轉校了。在好友們的離去的教室之中，卡爾洛斯卻無法説出轉校。

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　　黑部研究所，運用單人乘坐用的GAUS仿真測試的神美和塞巴斯汀。兩者都得到了優秀的成績，另一方面，結果是代替了索菲。氣氛與平時不同的索菲讓劍之介引起了注意。還知道了她的父母逼迫她回國的事。

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　　由於米拉薩和穆艾塔潛入，格雷厄姆下達了全面搜索調查黑部川下游的指示。相信着穆艾塔的雪公主身份的劍之介和由希奈一起在黑骸裏尋找着，同時從艾菲德爾克的母艦上降下了戰機。預測落下的地點是運輸GAUS零件中的美國空軍運輸機附近。

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　　劍之介和由希奈，收到了洋海從開始的三個月的工資。最初劍之介認為並沒有侍奉研究所而拒絕了，但肚子的飢餓是無法改變的事而接受了。因這意想不到的收入而高興的由希奈，小春和和尚，以及劍之介決定去温泉旅行。並且美夏也被吸引過來並在學校裏説叫，不知為什麼的話音變大得轉學的同學們也被捲進來…。

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　　被帶到了黑部研究所的穆艾塔，檢測DNA與由希奈完全一致的事得到了證明。大家確信的由希奈被錯誤的當作穆艾塔帶走。洋海為奪回由希奈而奔走……。

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　　由希奈被米拉薩追擊而在艾菲德爾克的母艦內逃竄了。為了奪回由希奈，劍之介是穆艾塔一起乘坐黑骸將進入母艦做為目標。而且這個時候索菲面前出現了“鬼”，開始講述關於艾菲德爾克的的目。

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　　回到地球的由希奈和劍之介，穆艾塔。還未來得及高興艾菲德爾克的母艦朝向地球開始慢慢降落，此時研究所的事態進一步陷入緊張。

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　　艾菲德爾克的立場將黑部研究所封鎖。回到家的由希奈等人，再次從澤魯那裏得知了他自己的事，艾菲德爾克的事，以及由希奈的父親・嶽人的事。

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　　立山國際高中上學的學生大大減少了，劍之介和由希奈帶着穆艾塔出現在這裏。她的登場使美夏和赤城等人吃了一驚。另一方面，卡爾洛斯在以前一起去温泉的時候引起了話題的電影劇本終於完成了。

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　　想知道真相的穆艾塔，決心向曾經的同伴刀劍相向。但是那個時候，“樞石”從艾菲德爾克的母艦順着上發出的光開始上升。全體知道決戰接近。各自的戰鬥終於開始了。

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　　艾菲德爾克對抗勢力的存在使劍之介和澤魯難掩驚訝。另一方面，立山國際高中裏，同學們都等待着由希奈的歸來。

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　　通過艾菲德爾克的戰鬥，各自都找到了目標前進。然後劍之介也如此，找到自己前進的道路，並踏出步伐。