黑神

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　　從小失去母親的高中生伊吹慶太，在灣岸的公寓過着獨居生活。某天夜晚，慶太在移動拉麪屋遇見了自稱是黑的少女。付不起拉麪費的黑，慶太好心地請了她一頓。黑開始説起了相同模樣的人見面其中一人會死的事情。慶太被告知了“三位一體”的事情。

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　　根據黑的話來説，“與相同相貌的人見面了就會死”就是人類的命運，那麼理佐、真由和母親是接受了這個命運才死的嗎？在心裏苦惱着的慶太，回到家後發現黑居然也在。好想是黑餓倒在慶太的家門前，茜把她撿了回來。對説着天真話語的黑，慶太生氣地把她趕了出去。

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　　慶太在去學校的時候，黑一個人在家，專注於身體鍛鍊。就在這時，新的下位元神靈正在接近。剛剛契約完的黑髮揮不出原有的實力，單方面地受捱打……

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　　從學校逃出來的慶太和黑與茜在家庭餐廳會合。茜提議去向警察通報一下，但慶太覺得對手身份不明和警察説也無濟於事，這種事不需要較勁。黑的哥哥就是操縱下位元神靈的幕後黑手。對於説出了要打敗哥哥的黑，慶太突然就發怒起來。同時，新的下位元神靈的身影在偷偷接近着他們……

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　　突然出現的歐洲聯合組織TNO的元神靈脩塔伊那向慶太和黑提出了決斗的要求。對於修塔伊那堅韌的身體，黑的攻擊完全無效，處於被動狀態。就在這時，慶太萌生了與黑共同作戰的想法。慶太和黑實現了更深層的同步，黑髮動了自己的超越技！

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　　慶太被元神靈水華魅給捉走了。她受比瑢的命令來抓捕元神靈黑，想把慶太作為人質誘出黑。正當水華魅準備把契約者的慶太殺掉的時候，她因注意到了某件重要的事而變更了計劃。

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　　“填補者會隨着戰鬥的消耗最終導致死亡”水華魅的話語給慶太留下了陰影。慶太抱着複雜的心情踏上了前往沖繩的旅行，在機場卻遇見了在與下位元神靈戰鬥的元神靈與其契約者。他是獅子神一族的元神靈揶雲，知曉黑的過去，並稱呼她為公主。

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　　黑也失去了母親這件事激起了慶太與黑戰鬥的決心，兩人的羈絆也變的更深了。到達沖繩後居住在祖父的家裏，慶太他們以唯一的照片為線索開始展開了對黑的哥哥的調查。幾天後，慶太他們遇見了兩個年幼的元神靈卡庫瑪和瑪庫娜。

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　　從卡庫瑪和瑪庫娜聽聞了7年前發生的變故後，慶太得到了關於照片和黎真的提示。但是，“僅憑自己真的能阻止暴走的黎真嗎”心裏開始不安的慶太。慶太在海岸一個人練習着Thousands的時候，一個樣子很像母親的女性·忍出現了。

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　　剛剛打破了攻勢的黑，卻被超越技·魔流鬥雫再次拘束了。不僅身體動彈不得，而且就連與慶太的同步中途斷開失去了力量。就在這時，慶太被比瑢的契約者使用的禁忌的力量奪走了容量，陷入了瀕死的狀態。

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　　消耗了大量容量的慶太失去了意識，救了他的是理應在4年前就死了的好友沢村。沢村向慶太説起了自己的過去，並向慶太尋求幫助。他準備利用三位一體系統，創造出理想中的社會……

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　　為了阻止靈石被破壞，黑與慶太開始了與黎真的對峙。雖然兩人同步後發起挑戰，但因為與黎真的力量差距過大，黑的攻擊完全無效。戰鬥過程中，慶太將自己僅剩的力量注入給黑後倒下了。黑感覺到契約者·慶太快要死了，心裏牽掛着慶太的生命，便放棄了戰鬥。

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　　與黎真的一戰後，慶太用盡了力氣而陷入了昏迷。他在腦海裏回憶起了與黑等元神靈的相遇和戰鬥的過程。從此之後在等待着慶太他們的命運到底是什麼。

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　　自沖繩的一戰半年後，黎真消失後，藏木利用主根源的力量在進展着對元神靈的支配。因為藏木的突進而決定撤退的TNO日本支部，受到保護的揶雲他們被一點點逼到了絕境。就在這時，失去黎真這一目標，對慶太昏迷不醒的狀態自感愧疚的黑一個人在街上彷徨着。

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　　慶太他們得到了貝爾赫德和TNO的幫助，準備潛入藏木藏身的魁音寺酒店。此時，在魁音寺一族和總裁、社會上流人士聚集的會場上，舉辦着藏木的副總裁就職派對。在進行着演説的藏木的面前，慶太出現了。同一時刻，總是被人利用、抱怨着自己的命運的雪，下定決心要採取某個行動……

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　　森羅是跟從黎真的獅子神一族的元神靈。對於黎真就是唯一君主的他，在黎真死後踏上了尋找自己葬身之處的修羅般的旅途。但是此時森羅因魁音寺最強的容量而展現出了恐怖的破壞力。究竟能不能把他打倒，成功救出茜呢！？

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　　慶太見到了自己的根源。被逼上絕路的藏木以此要挾慶太，留下的生存手段就只剩下讓慶太成為負根源。被迫要作出決定的慶太，與此同時開始了戰鬥的黑。究竟等待着他們兩人的命運是！？

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　　為了解開清淨之地的謎團而去調查靈石的慶太他們，在他們面前，名為娜姆的元神靈出現了。她是知曉這個世界歷史的極少數元神靈之一。娜姆述説的創世神話好像是解開三位一體系統和靈石的謎團的線索。

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　　在靈王石之下，盯上了真神之力的元神靈·天麻與其契約者·琥珀突然出現在了慶太他們面前。黑和慶太因為天麻的超越技“繚亂有像”而被封住了行動。另一邊，發誓要報仇的愛克塞爾與黎真展開了對峙。與水華魅簽訂了契約、得到了新能力的她到底能不能成功報仇呢？

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　　黎真與黑之間因緣的對決揭開了序幕。得到了容量循壞這一能力的黑與操縱着光球的黎真展開了不相上下的決鬥。相互之間都經過同步、碰撞着拳頭。在決鬥的盡頭他們能看到什麼！？

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　　因為黎真破壞了靈王石，清淨之地陷入了黑暗中。像是相互呼應一樣，天崩地裂，靈王石的上空出現了一個暗黑球體。隨着黑暗一起出現的謎之魔物。真神之力的復活、逐漸闡明的黎真的計劃。黑身上所隱藏的真相到底是什麼！？

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　　因為真神之力而被火焰和寒氣包圍的清淨之地，在這裏真神與黎真的戰鬥開始了。雖然黎真受到了熔岩和冰塊的攻擊，但是通過Thousand“堇青深淵”而增強其超越技“千尋獅咆”的破壞力。另一邊，覺醒的黑與慶太一起趕往幫助黎真。

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　　得到了真神之力的黑與慶太同步後向真神發起了挑戰。由於黎真的超越技而喪失了再生能力的真神，合二為一併獲得了新的能力。戰鬥接近尾聲，黑與慶太能不能打敗真神，結束掉這一切呢？

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　　距最後的決戰數年後，在某個婚禮現場。婚紗裝扮的茜的面前並沒有出現黑的身影。與慶太的回憶、與黑的相遇、以及最初的戰鬥，這些事情在茜的腦海裏漸隱漸現。

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　　距沖繩的一戰半年後，愛克塞爾為了完成對黎真的復仇，在尋找着新的元神靈。愛克塞爾與銀虎一族最強的元神靈·水華魅相遇，並決定了要與她契約。準備簽訂契約的愛克塞爾想起了與修塔伊那的相遇。愛克塞爾和水華魅，都失去了原來搭檔的兩人，對契約這件事有各自的想法。