魔法少女奈葉StrikerS

　　四年前，昴與奈葉初次相遇。自從昴被奈葉成功救出後，一直憧憬着奈葉。四年後，在相同地點，昴與搭檔蒂安娜一起參加了陸戰魔導師B級升級考試，昴和蒂安娜在參加考試時很快地消滅了許多障礙，她們的配合也贏得了菲特和疾風的好評。雖然蒂安娜為了救昴而不小心因意外扭傷了腳，但是對昴來説非常為難。快要放棄考試的蒂安娜最終相信了昴，最後兩人成功地通過了讓半數以上的考生不能通過的難關。考試過後昴和奈葉終於在四年後重逢。

　　四年前，菲特曾經和銀河初次相遇，原來昴和銀河是一對姐妹，也是中島三佐的女兒。火災被撲滅後的第二天，疾風考慮到地面總局在火災現場的實際行動問題，想要組建的想法，最終受到了奈葉和菲特的支持。四年後，疾風邀請昴·中島和蒂安娜·蘭斯特作為陸戰魔導師擔任機動六科先鋒。機動六科的另外兩個先鋒候選人一個叫艾力奧·曼迪爾，另一個叫凱珞·露·露茜，他們倆初次相遇，而且凱珞有一隻小龍叫弗里德里希。

　　機動六科成立，奈葉和菲特派駐機動六科，並與格利斐斯重逢。菲特和希格諾也在機動六科重逢。疾風和菲特前去首都“庫拉納岡”的中央管理局並説明機動六科設立的原因。機動六科先鋒們已經互相認識，奈葉就對他們進行訓練，而且他們首次接觸“拓發者”的模擬戰訓練。但由於“拓發者”本身有一種叫“AMF”的特性，先鋒們陷入苦戰。在奈葉的提示下先鋒們很快地戰勝了具有“AMF”特性的8台“拓發者”。

　　先鋒們轉入機動六科已經有兩週時間，目前為止還沒有接受過緊急出動的命令，而且還要經常訓練。先鋒們在疲倦的情況下，與奈葉進行迴避射擊訓練。訓練之後，菲特和疾風在同一輛車裏從她們經過，菲特要去6號傳送點去，疾風要和卡莉姆會談。卡莉姆已查到一些情報，猜測出“拓發者”在今天或明天活動。先鋒們洗完澡後，都得到了新的魔導器。然後，來自教會的警報響起，艾裏莫山嶽丘陵地區的運輸列車出現“拓發者”和“聖遺晶石”的反應，先鋒們因應急情況被迫出動。

　　拓發者航空型出現。菲特到達停車場後，飛速趕往現場，與同時出擊的奈葉會合，並一同掩護空中的拓發者。先鋒們全部出擊，執行武力回收“聖遺晶石”任務，並與拓發者發生激戰。艾力奧和凱珞與新型機拓發者發生激戰。最後，凱珞用自己的稀有魔法成功召喚出弗里德里希的真正形態，並將自己的魔法支援到艾力奧身上，成功打敗敵人。同時完成了“聖遺晶石”回收任務。

　　自從先鋒們首次執行任務以來，仍然繼續訓練，而且維塔與菲特也都參與了教導任務，幫助先鋒們訓練。疾風前往108部隊向中島三佐委託調查“聖遺晶石”的走私途徑，而且銀河被任命為副官，菲特也在六科擔任調查主任。為感謝銀河的協助，六科還向她贈送一個魔導器為謝禮。菲特和莎莉在對一個新型機拓發者殘骸進行研究，發現了“聖石之種”和“傑爾·斯卡利艾迪”的名字。

　　“聖遺晶石”的走私途徑可能發生在阿哥斯塔賓館中。因此，機動六科全員執行阿哥斯塔賓館的警衞任務。奈葉、菲特、疾風三人化裝成普通小姐，並執行內部警衞任務。扎斯特和璐緹希雅得知拓發者在附近活動，斯卡利艾迪想委託璐緹希婭趁着交戰的時候，盜取古董作為實驗素材。與拓發者發生激戰的守護騎士們，退到防線守衞。而拓發者又被璐緹希婭傳送到守衞防線的先鋒們面前發生激戰。蒂安娜過於冒險射擊，誤射到昴。

　　尤諾剛剛和艾克斯督察官一起同行參觀拍賣會，碰巧與奈葉、菲特相遇。疾風也得知了艾克斯督察官和尤諾是朋友的關係。蒂安娜的情況有很多人非常瞭解，很理解她所犯下來的過錯。所以蒂安娜因此就不斷訓練自己，就連昴也陪她一起訓練。在第二天的2對1模擬戰訓練時，蒂安娜公然連同昴一起違反奈葉的教誨，被奈葉擊昏過去。

　　東部海域上空出現航空型拓發者，那其實是斯卡利艾迪對拓發者進行實驗運作。作為誘餌已被六科的隊長們識破，奈葉、菲特、維塔三人前去出擊。先鋒們留在隊舍裏待命，由希格諾負責待命指揮。與奈葉發生激烈矛盾的蒂安娜從莎莉那裏聽説了奈葉的過去一身的“聖石之種事件”“暗之書事件”以及不明敵人襲擊事件。蒂安娜在奈葉一番話後，又讓她看清了自己未來的發展的正確方向，也對自己蠻幹行為感到非常傷心。

　　機動六科先鋒們已經完成第二階段的訓練，已經達到合格標準。下午先鋒們放假。維塔和希格諾前去108部隊和教會總部，對中島三佐要建立協同調查總部進行商討。維塔則對108部隊的魔導師提供戰技教導，而希格諾卻成了菲特的副官。銀河對一輛翻到事故的貨車進行調查取證，並發現了拓發者殘骸和生體容器。艾力奧和凱珞在第三區劃發現了一名昏迷中的小女孩和一個聖遺晶石的箱體，並通告全課。

　　小女孩一抱上直升機後，拓發者就出現，維塔在中島三佐的允許下前往現場，銀河也參與行動。奈葉和菲特負責掩護天空中拓發者，先鋒們往下水道尋找另一個箱體。天空中的拓發者越來越多，實際上是柯瓦特羅使用的幻術在迷惑她們。疾風在克洛諾提督的限定解除的情況下被迫出戰，並使用S級魔導師的力量殲滅天空中的所有拓發者。銀河與先鋒們會合，終於找到箱子。但隨後初次遭遇璐緹希婭和牙龍及埃基特發生激戰，箱子被搶走。

　　與先鋒們發生激戰的璐緹希婭、牙龍、埃基特遭到前來會合的維塔和琳的逮捕。迪艾琦對運送小女孩的直升飛機進行狙擊。薩依將先鋒們的找到的箱子搶走後，並救走璐緹希婭。迪艾琦的狙擊被奈葉抵擋住，菲特很快找到狙擊地點，並對柯瓦特羅和迪艾琦進行武力逮捕。但是最終，她們被託瑞救走。而箱子裏的聖遺晶石被先鋒們在鬥智鬥勇時，成功地智取了，讓戰鬥機人們沒有完全得逞。

　　由於攜帶聖遺晶石的小女孩薇薇歐在聖王醫院裏消失，引起沙赫修女的恐慌。奈葉和薇薇歐初次相遇。地面總局對機動六科進行臨時視察，奈葉、菲特和疾風前去教會總部與卡莉姆、克洛諾會談。卡莉姆的稀有能力早已預言出地面總局會遭遇到危機的情況，而地面總局不相信這些預言，只能暗示這些情況。所以也成了機動六科設立的原因之一。

　　疾風叫蒂安娜一起到總局裏去，並且，蒂安娜與克洛諾和艾克斯督察官相識。菲特和艾力奧、凱珞前去與銀河一起調查現場。為了讓奈葉成為薇薇歐的監護負責人，昴就讓薇薇歐稱呼奈葉為“媽媽”，最後兩人就毫不猶豫地接受了。瑪麗艾爾技術官在銀河和六課查的資料已確認有“戰鬥機人”的存在。晚上，菲特作為薇薇歐的督察人也成了薇薇歐的“媽媽”。

　　在先鋒們晨練時，銀河被派駐在機動六科工作，並且與妹妹昴展開了一對一的模擬戰。最終，銀河只差一拳之差，模擬戰就結束了。瑪麗艾爾帶着昴和銀河一起到庫拉納岡的醫療中心進行定期健康診斷。雷吉亞斯向最高評議會通報了機動六科和傳説中的三提督的有關情況，評議長就把陳述會交給了雷吉亞斯去辦。距離時空管理局地面總部的公開意見陳述會還有7天。

　　奈葉、維塔、琳及先鋒們前去陳述會會場參與警衞任務，疾風、菲特、希格諾則最後過去參加陳述會。到了第二天下午的陳述會時，斯卡利艾迪的恐怖活動開始了。戰鬥機人們和拓發者將所有局員們鎮壓住，堵在會場裏面，戰鬥力完全剝奪。維塔和扎斯特在空中發生激戰，奈葉和菲特到地下通道準備與先鋒們會合。而先鋒們初次與戰鬥機人發生激戰，璐緹希婭向機動六科所在的地方過去……

　　正在與戰鬥機人們發生激戰的先鋒們已脱離她們的牽制，前去與奈葉和菲特會合。會合後，她們分頭行動，星辰分隊前去確認銀河的安危，雷光分隊返回機動六科。雷光分隊返回時，菲特牽制戰鬥機人託瑞和塞緹的襲擊，讓艾力奧和凱珞返回。希格諾前去支援維塔，扎斯特打敗維塔後就撤退。星辰分隊已確認銀河被戰鬥機人回收，但昴因激戰的影響而受損。璐緹希婭和牙龍以武力抓走薇薇歐，與艾力奧發生衝突，但最終，艾力奧被蒂多打敗。斯卡利艾迪已完成成了他的無血鎮壓的恐怖活動，地面總部也因此受到他的重創。

　　機動六科所有的傷病員已轉移到聖王醫院進行治療。包括先鋒們，她們也很擔心銀河和薇薇歐落在斯卡利艾迪的手裏的下落與安危。疾風對雷吉亞斯有關的機密事情而與奧利絲髮生爭論。克洛諾、卡莉姆、菲特等人已經從中島三佐得到有關線索。機動六科的總部因恐怖活動的影響已準備轉移到艦船“阿斯拉”上。而斯卡利艾迪將聖遺晶石注入聖王軀體薇薇歐身上……

　　維斯在恐怖活動中被擊昏後，阿露特替他駕駛直升飛機。璐基諾負責艦船“阿斯拉”的掌舵。機動六科現在的任務是搜索聖遺晶石和解救銀河及薇薇歐，但目前沒有進展。地面總部的兵器“戰魂”受到戰鬥機人的破壞。艾克斯督察官和沙赫發現了斯卡利艾迪的老巢，並與拓發者發生激戰。艾克斯督察官趁着激戰向機動六科通報。烏諾將薇薇歐放入王座後，“聖王搖籃”開始驅動起來……

　　巨舟浮起後，克洛諾的次元航行艦隊已展開行動，機動六科也同時展開行動阻止巨舟浮起。而最高評議會還在談論斯卡利艾迪的事情。疾風很清楚最高評議會、雷吉亞斯、斯卡利艾迪三者的複雜關係，所以機動六科全員才被緊急出動，先鋒們被派到地面與戰鬥機人以武力解救銀河和逮捕戰鬥機人。奈葉、菲特、維塔、疾風四人在卡莉姆的限定解除的情況下，在巨舟外部尋找突入口。三名最高評議會成員全部被都艾殺害。

　　疾風指揮局員們與巨舟外面的拓發者進行戰鬥，奈葉和維塔也終於找到突入口進入內部。菲特和沙赫在斯卡利艾迪的老巢進行戰鬥，尋找斯卡利艾迪。先鋒們成功地派到地面與戰鬥機人發生激戰。但是蒂安娜被關在結界裏，艾力奧和凱珞面對璐緹希婭的戰鬥，昴則面對銀河進行難以選擇的戰鬥。奈葉和維塔在巨舟裏分頭行動，維塔前往驅動爐，奈葉前往王座大廳。先鋒們與戰鬥機人、璐緹希婭、牙龍、銀河等人陷入苦戰。希格諾和扎斯特初次相遇發生激戰。　距離“搖籃”到達軌道地點還有2小時16分。

　　維斯遇到曾經被他狙擊受傷的拉格娜，拉格娜很清楚維斯的心理，向他表示問候。艾力奧和凱珞與發生激戰的璐緹希婭、牙龍它們都被斯卡利艾迪植入的芯片所控制，陷入苦戰。菲特終於遇到斯卡利艾迪，但是她在戰鬥中被抓住。希格諾與扎斯特激戰一會後，扎斯特脱離戰鬥趕往目的地。銀河無法迴應昴的聲音，而且還繼續發生戰鬥，將昴陷入苦戰。奈葉很清楚薇薇歐的誕生方式，殺出一條血路並趕往王座大廳解救薇薇歐。距離“搖籃”到達軌道地點還有1小時44分。

　　奈葉趕往王座大廳遇到迪艾琦的狙擊，但迪艾琦的狙擊失敗，被奈葉逮捕。剛一趕到王座大廳時，薇薇歐已經變成了聖王形態，與奈葉展開了生死的自相殘殺。戰鬥機人歐特發現維斯在狙擊拓發者，但是卻被莎瑪爾和扎斐拉發現逮捕。封鎖蒂安娜的結界被解除，蒂安娜成功打敗所有戰鬥機人。昴也成功打敗了銀河，解救銀河。扎斯特以武力突入總部，與雷吉亞斯再次面對面地重逢。希格諾和琳在後面緊追不放，並遇到埃基特的阻擋。

　　八年前，雷吉亞斯的改革措施受到最高評議會的好評，並接受了他們給的“機密任務”。不久，扎斯特要去調查戰鬥機人事件時，連同部下們一同遇難，併成了斯卡利艾迪的試驗品。艾力奧和凱珞成功打敗璐緹希婭後，但菲特仍然被斯卡利艾迪抓住。在艾力奧和凱珞的話語下，菲特成功打敗戰鬥機人並逮捕了斯卡利艾迪。烏諾被艾克斯督察官抓住，並獲取了情報。沙赫打敗了戰鬥機人薩依。蒂安娜成功治服諾威投降。昴打敗銀河後，成功讓她甦醒並恢復過來。最後只剩下柯瓦特羅沒有逮捕。奈葉和薇薇歐還在對峙中……距離“搖籃”到達軌道地點還有1小時35分。

　　奈葉和薇薇歐在王座大廳發生激戰。維塔在疾風趕到時，最後成功破壞驅動爐。斯卡利艾迪的老巢發生坍塌，菲特連同斯卡利艾迪被困。奈葉終於找到並打敗柯瓦特羅，而薇薇歐體內中的“聖遺晶石”已被她破壞，成功讓薇薇歐恢復過來。但是她們連同剛趕來的疾風和琳被困在“搖籃”裏。扎斯特把所有情報和埃基特交給了希格諾，最後死去。昴和蒂安娜在維斯的帶領下突入“搖籃”。

　　昴和蒂安娜在維斯的接送下和狙擊掩護下，成功突入“搖籃”內部。 希格諾在埃基特的融合下成功殲滅空中所有的拓發者。艾力奧在凱珞的魔法支援下成功解救被困的菲特，奈葉、薇薇歐、疾風、琳等人已被昴和蒂安娜解救出來。最後，克洛諾的次元艦隊成功擊沉巨舟“搖籃”。 所有的相關犯人全部收押，璐緹希婭在監獄裏等待母親的甦醒。 機動六科解散後，先鋒們與隊長們在最終的告別會上展開了機動六科最後的模擬戰……