魔法少女奈葉A's

　　八神疾風在過生日的昨天晚上，她身邊的暗之書突然啓動…鈴鹿與疾風在圖書館相識。當日晚上奈葉初次遭遇到維塔的襲擊，兩人發生戰鬥，並在戰鬥中負傷，“旭日之心”也受到相當程度的破壞。正在維塔要對奈葉進行最後一擊時，重逢而來的菲特突然出現並救下了奈葉。

　　菲特和希格諾初次相遇。在艾爾芙和菲特的兩人夾擊下，維塔陷入不利。隨後增援而來的希格諾和守護獸扎斐拉立刻再次扭轉了局勢。不僅尤諾也加入了戰鬥，而且奈葉仍處於不利的局面。但是奈葉帶着負傷的身體使用“星光炮”成功打破了結界。剛一打破時，莎瑪爾就已經奪取了奈葉的“念動之核”。與此同時克洛諾已經確認到“暗之書”的存在。

　　在總局治療後的奈葉和菲特與時空管理局高官吉爾·格雷姆提督見面。隨後，琳蒂提督將以奈葉為中心的“暗之書”進行調查，由於艦船阿斯拉不能使用，琳蒂提督就把司令部設在奈葉家附近，並將菲特安排在聖樣私立小學與奈葉同班，菲特還與愛麗莎、鈴鹿兩人見面。而暗之書守護騎士因上次戰鬥被引起注意的原因，她們將前往遠一點的世界收集魔力。

　　菲特第一次上小學，入讀聖樣私立小學三年級，與奈葉、愛麗莎、鈴鹿同班。奈葉的“念動之核”經過一段時間修煉後以完全恢復，與此同時，旭日之心和雷光戰斧已經修理完成。艾蜜剛剛作説明時，維塔和扎斐拉就已經被發現，並與克洛諾和局員們在結界內交戰。奈葉和菲特因應急情況只好使用旭日之心和雷光戰斧與它們交戰。

　　疾風和莎瑪爾在超市買了半價的新鮮肉，而且鈴鹿也一起過來吃飯。與此同時，希格諾突入結界支援維塔和扎斐拉，並與奈葉、菲特、艾爾芙交戰。雙方發生第二次激戰，能力不分上下。克洛諾就趁着她們交戰在結界以外尋找暗之書主人。在情況不妙時，莎瑪爾就已經被克洛諾逮住，隨後來了一名不明身份的面具男子將克洛諾牽制住，讓莎瑪爾使用暗之書來破壞結界救出大家。在鈴鹿家的疾風已經接到莎瑪爾的電話，但疾風並不感到擔心，也不會責備她們。

　　正在調查暗之書的克洛諾邀請尤諾明天來幫忙工作。與此同時，鈴鹿邀請疾風在她家過夜，並找個機會與奈葉認識。自從暗之書在疾風家開啓以來，疾風就與守護騎士希格諾、維塔、莎瑪爾、扎斐拉初次相遇。雖然守護騎士們都臣服於任何一位主人，但是疾風把她們當做自己的家人對待。不久，疾風的雙腿就受到暗之書的侵蝕，並激化了守護騎士們對暗之書的魔力收集。尤諾與羅蒂和艾麗婭初次見面，克洛諾要她們倆協助尤諾在“無限書庫”收集資料。

　　菲特的朋友們為她推薦新的手機，而且琳蒂提督為她購買了她所想要的手機。琳蒂提督已經返回總局試航阿斯拉，指揮部的負責人就由艾蜜代理，而且就已經接到來自無人沙漠世界警報，菲特和艾爾芙前去迎戰。奈葉再最後出擊，阻止維塔。面具男子再次出現，阻止奈葉狙擊維塔。奈葉在解開枷鎖，兩人就消失不見。菲特和希格諾在陷入疲倦情況下，剛要進行最後的勝負時，菲特就慘遭毒手，被面具男子抽取了“念動之核”。

　　疾風突然感到頭暈、胸口疼和手抽經等感覺，石田醫生就要求疾風住院觀察。尤諾在“無限書庫”裏已經收集到一些有關資料，告訴了克洛諾和艾蜜。但是關於那名面具男子的特殊能力，實在覺得非常厲害。菲特身體恢復後又正常和奈葉一起上學，她們得知了疾風住院的消息，一起去探望疾風。但是卻引起守護騎士們的恐慌。疾風受到的暗之書的侵蝕越來越高，並激起守護騎士們更加拼命地收集暗之書的魔力。

　　第二天，奈葉和菲特、鈴鹿、愛麗莎一起去探望疾風時，偶然與守護騎士們碰面。疾風毫無疑問就是暗之書主人。為了不在疾風面前發生衝突，雙方只對視了一會。隨後，在高樓樓頂上，發生激烈衝突。兩名面具男子出現，將所有人用枷鎖捆綁起來，然後用暗之書將所有守護騎士們全部吞噬。接着，兩名面具男子將奈葉和菲特關在水晶牢籠裏，並變成了她們的樣子在疾風面前上演了悲劇儀式，使得疾風的詛咒被完全激化。最後，暗之書主體封印得到解放。

　　奈葉和菲特與暗之書主體發生激戰，克洛諾趕往現場將兩名面具男子抓住，兩名面具男子的真面目竟然是羅蒂和艾麗婭。暗之書主體在激戰中發動奈葉的魔法攻擊奈葉和菲特。鈴鹿和愛麗莎也被困在結界中，被奈葉和菲特發現，抵擋住攻擊後，她們倆已被傳送到安全地方。奈葉和菲特想勸阻暗之書主體，但是暗之書主體還想在進入暴走狀態時，繼續要打倒奈葉和菲特。菲特在激戰中被暗之書吸收進去，進入生與死的沉睡夢境中。

　　菲特在夢境中遇到阿利西亞、琳尼絲和母親普蕾西亞，而她也很受普蕾西亞的寵愛。正與暗之書主體交戰的奈葉，將戰場轉移到海上。而她的旭日之心做好了堵上性命的準備。在黑暗中的疾風遇到了暗之書主體，並拒絕了暗之書主體為她實現願望的請求。還給她取了個新名字“天使之翼（琳福斯，琳芙絲）”。菲特也已經離開夢境，粉碎眼前的景象。奈葉在疾風的請求下，打敗了面前的暗之書主體，使菲特和疾風從中脱離出來。

　　自動防禦系統還要在幾分鐘後暴走，疾風使用管理者權限修復守護騎士系統，使維塔、希格諾、莎瑪爾、扎斐拉都全部復活，並使用琳福斯的力量啓動了她的騎士甲冑。克洛諾趕到現場向大家説明防禦系統的兩種解決方案，但是兩種解決方案都不能通過。最後，奈葉、菲特、疾風三人決定一口氣幹掉，克洛諾只好同意了這種賭博性的方案解決。在大家的連續攻擊下，將核傳送到阿斯拉的前方，最終成功消滅。而疾風在這場戰鬥中暈倒…

　　天使之翼為了不再侵蝕疾風的身體，決定將自己消滅，但是守護騎士們和“夜天之書”就不再具有轉身復活能力。天使之翼消失後，給疾風留下了一個沉睡中的魔導器。而疾風和守護騎士們被管理局進行監護觀察，併入局工作，贖回以前的罪行。奈葉、菲特、疾風三人一起參加鈴鹿家的聖誕宴會，讓鈴鹿和愛麗莎得知了她們三人相識以來發生的所有事情。晚上，奈葉的家人也從琳蒂提督那裏得知了奈葉和菲特之間的所有事情。最後，暗之書事件將全部結束。