魔偶馬戲團

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　　由於父親的事故死亡而繼承了龐大遺產的少年·才賀勝。與那樣的小勝偶然相遇的青年·加藤鳴海，決定向小勝伸出援手。然而，追殺着小勝的居然是具有強大戰鬥能力的傀儡師們。兩人也在鳴海的不勝招架下而陷入了絕境。當小勝為了求救而發出呼喊聲的時候，銀髮美女·白銀出現在了他們面前。

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　　在短暫的休息後，鳴海他們再次被傀儡襲擊了。操縱着小丑型的懸絲傀儡·普爾契耐拉的殺手阿紫花英良襲來。白銀則操縱懸絲傀儡·丑角迎戰，而隱藏起來了的阿紫花的同伴向小勝襲去。

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　　在受到多次襲擊後，小勝終於被輕井澤給搶走了。為了救出小勝，鳴海和白銀潛入了幕後黑手的小勝的叔叔·才賀善治的宅邸中。與此同時，試圖從宅邸逃出的小勝，過程中發現了死去的父親·才賀貞義所留下的錄像帶。

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　　為了逃出善治的魔掌，以及改變曾經是愛哭鬼的自己，小勝下定了某個決心。過程中，與曾經頂上自己性命的阿紫花再次相遇的小勝，不但沒有逃跑，反而向他提出要不要成為自己的同伴。與此同時，鳴海與白銀被善治所僱傭的傀儡使逮到，陷入了走投無路的危機。

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　　好幾次從危機中拯救了小勝性命的鳴海，被宅邸的爆炸所捲入，變成了音訊不明的狀況。小勝在揹負着巨大悲痛感的同時，決定受鳴海的教導那樣堅強地活下去，回到了日常的學校生活。另一邊，為了保護這樣的小勝，白銀進入了小勝所就讀的小學旁邊的高中。

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　　在輕井澤一事後再次恢復了意識的鳴海，發現自己在某個醫院裏的一個房間裏。在那裏，鳴海與愛好女色的男子·奇和老太婆露西爾。由於事故的衝擊而喪失了記憶的鳴海，與在住院中的孩子們接觸的過程中，看到自己身上的傷口正在不可思議地快速癒合着，覺得哪裏不太對勁。

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　　鳴海得知了ZONAPHA症的真相、以及散佈ZONAPHA症的元兇·午夜馬戲團這一存在。為了打倒奪走了孩子們未來的自動傀儡，鳴海決意要成為傀儡破壞者·白銀。與此同時，與仲町馬戲團一起行動的小勝與白銀，遇見了神秘女性·葳璐瑪。

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　　新的夥伴·葳璐瑪加入後的仲町馬戲團，利用收集的演出資金，在伊豆準備迎接公演的開始。就在公演馬上就要開始的時候，鳴海、奇、露西爾追着午夜馬戲團的蹤跡，乘上了開往上海的飛機。然而，他們在機內也遭遇到了自動傀儡，陷入了激烈的交戰狀態。

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　　在與自動傀儡的戰鬥中負傷掉進了海里的奇，被仲町馬戲團所救。令人驚訝的是，奇居然是白銀的懸絲傀儡的師父。以與奇的相遇為契機而得知了白銀內心的小勝，為了知曉自己出生的謎團而獨自踏上了旅程。與此同時，到達了中國的鳴海與露西爾，在追尋線索的過程中鳴海與自己學習中國拳法的師父·梁相遇了。

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　　梁所述説的過去的真相。曾經，有個都志於掌握鍊金術的青年兄弟，他們的名字為金與銀。他們都遇見了自己一見鍾情的名為法蘭西奴的女性。在三人之間的心意互相都沒有傳遞到的同時，奇病·ZONAPHA症在法蘭西奴所在的村莊爆發了。在得知真相的鳴海面前，被稱為四大元老的自動傀儡之一·龐泰洛出現了。

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　　一行人在中國發生了許多事情後，終於找到了午夜馬戲團。地點在撒哈拉沙漠。為了消滅午夜馬戲團，全世界的白銀都聚集在了一起。鳴海在那裏遇見了身體的一部分得以機械化的白銀O們的首領·無臉，以及以沙漠地帶為活動中心的法蒂瑪。

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　　在午夜馬戲團的帳篷中，鳴海等人打倒了旋轉木馬·奧爾森、雜耍兄弟。接下來出現的是，其中一個通向法蘭西奴傀儡所在房間的兩扇門。鳴海等人打算兵分兩路進行突破，然而每扇門後面都有新的敵人等待着他們。

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　　隨着他們在帳篷前進，鳴海等人終於見到了法蘭西奴傀儡的身影。然而，要到達那裏卻要打倒四大元老。就在可蘿碧準備襲擊滿身瘡痍的鳴海的時候，以破壞法蘭西奴傀儡這一點為目的而聚集在一起的諸多白銀，團結一心保護起了鳴海。

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　　在激戰中同伴們一個個死去。鳴海自己也徘徊在生死之間。為了救活鳴海，羅肯菲爾特在對他進行着生死攸關的手術。與此同時，被與法蘭西奴傀儡長得一模一樣的安傑莉娜傀儡封住了行動的阿爾萊奇和龐泰洛也終於能夠行動。就在形勢越來越惡化的時候，繼承了同伴們身體零件和想法的鳴海終於甦醒。

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　　為了搞清楚自己出生的謎團，小勝一個人離開了仲町馬戲團。他所前往的是，母親曾經居住的公寓。想起了因母親死後而被才賀家收養的小勝，卻怎麼也想不起父親·貞義的相貌。而後在移動過程中想起了與祖父·正二的對話，決定前往自己開始決心改變的地方·機關宅邸。

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　　在機關宅邸，小勝被襲來的黑賀村的傀儡師抓走。醒過來後，在他面前的是理應早已死去的祖父·正二。然而，祖父·正二卻稱自己為他的父親·貞義，並對他抱以敵意。小勝被強制喝下了含有生命之水的正二的血液，再次體驗了正二的記憶。時為天保。地點是長崎。當時的正二是鎮上的醫生。

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　　小勝正在感受着正二的記憶。正二毫不猶豫地喝乾了生命之水，決意要與安傑莉娜一起活下去。為了讓自己能幫上白銀的忙，正二努力研究懸絲傀儡。而安傑莉娜也與正二共結連理。某天，為了將正二製造的懸絲傀儡分享給全世界的白銀，在露西爾的命令下從法國前來的名為汀·麥斯特的男子出現在正二面前。

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　　正二與安傑莉娜的孩子·愛蕾諾出生。以愛蕾諾為契機，奇與法蘭西奴傀儡的態度也在逐漸地發生變化，大家都感到非常的幸福。然而，這一切也都是短暫的，隨着不詳的機械聲，黑賀村遭到了自動傀儡的襲擊。

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　　從記憶旅途回到現實的小勝，為了證明自己不是貞義，鑽黑賀村眾人的空子而從跑出了宅邸。就在這時，在到處尋找着小勝的白銀也來到了黑賀村。然而，在逃脱奇的追殺過程中，小勝再次進入了正二的記憶。記憶中的愛蕾諾，沒能完成安傑莉娜的心願也喝下了生命之水。

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　　將自己大腦的信息全部傳輸到小勝身上，然後再與愛蕾諾共結連理。這就是貞義的目的。得知了正二所有記憶的小勝，為未能實現自己願望的許許多多的人流下了眼淚。即使如此，正二和奇還是認為小勝就是貞義。而奇也終於向小勝拔刀相向。就在這時，令人意想不到的是，黑賀村的一個人站了出來。他説起了連正二都未曾知曉的真相。

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　　穿越時間，改變樣貌，為了實現自己願望而操縱着命運紅線的人物。那就是以無臉的姿態出現的白金。擄走白銀消失後的無臉司令，讓巨大的銀色女神顯現在了這個世界。以及散佈開來的ZONAPHA症。充滿憤怒與悲傷的小勝，乘坐着傑克南瓜怪去追擊女神。然而，這對沒有實體的女神完全不見效。為了阻止ZONAPHA症的蔓延，小勝和奇、琍婕對無臉展開了追擊。

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　　為了守護能夠治療ZONAPHA症的機器·哈利，鳴海等人到達了研究所。被挾持湯姆為人質的明霞，也與自動傀儡·約翰斯展開了戰鬥。被約翰斯的攻擊玩弄在手掌之中過的明霞，想起了死去的父親和露西爾等人，拼盡了全力。與此同時，被囚住的白銀，因尊敬地稱呼自己為法蘭西奴的可蘿碧、龐泰洛、阿爾萊奇而在煩惱着。

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　　ZONAPHA症研究所的戰鬥還在繼續。喬治與新型白銀O的休那吉展開戰鬥，攻擊對她卻完全沒有見效。面對這樣的喬治，休那吉説起了自己跟隨無臉的理由。與此同時，阿紫花與在撒哈拉的時候結下了因緣的龐泰洛展開了戰鬥。原本以對攻擊的分析和花言巧語為根據看到了一些勝機，然而馬上也被龐泰洛強大的力量所壓倒。

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　　鳴海和明霞終於抵達了治療ZONAPHA症的機器·哈利的所在處。班哈特因受到布洛姆·布洛姆·羅和九月鑽頭這兩個自動傀儡的襲擊而陷入了瀕死狀態。為了能夠儘早給他們療傷，兩人分別展開戰鬥，而明霞卻倒在了布洛姆·布洛姆·羅的兇刃之下。

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　　白銀在阿爾萊奇的帶領下來到最後四人所在的房間，感受到了一絲絲空虛。然後白銀向阿爾萊奇闡述了歡笑的意義。與此同時，小勝、琍婕、葛利芬正在追趕着無臉的飛行船。然而，他們卻中了突然本想而來的閃電而而掉進了濃霧之中。小勝和琍婕在回過神來後發現那裏是無臉的根據地·聖米歇爾山。緊接着，與琍婕有着因緣的馴獸師道格爾·拉歐出現在他們的面前。

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　　在可蘿碧的帶領下小勝所到達的地方是O的本體所保存的地方。得知了O的秘密後，被其自私而激怒到極點的小勝，勇於與追殺來的O等人展開了對峙。與此同時，琍婕在逃跑過程中，遇見了連道格爾·拉歐也未能順服的幻獸。預知到死亡的琍婕。然而在那一瞬間，她想起了小勝説過的話語。

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　　小勝操縱着從葛利芬所給的丑角，逼近着無臉和最後四人。然而寡不敵眾，還是陷入了苦戰狀態。就在這時可蘿碧和琍婕也加入了戰局，戰況也得以有好轉。小勝為了救出愛蕾諾，展開了與無臉一對一的對決。

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　　無臉打算將自己的意識傳輸到小勝身上的作戰，看似好像成功了。然而在小勝的腦海中，自己與無臉的意識正在展開激烈的戰鬥。就在火箭的發射時間在一刻一刻逼近的時候，小勝再次向無臉發起挑戰。與此同時在城堡的另一角，可蘿碧與蒂瑪迪娜的戰鬥正在白熱化。

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　　愛蕾諾在胡氏的城堡與鳴海等人再遇了。然而，鳴海卻懷疑愛蕾諾是無臉的手下，對她的態度非常冷漠。而且，在城堡避難的人們對愛蕾諾也是同樣的態度，向她投以冰冷的視線。愛蕾諾為了證明自身清白，決意將向大家表明自己的記憶。

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　　為了阻止無臉的野心，鳴海、愛蕾諾以及仲町馬戲團的人們堅決打算趕往航空飛機的發射場。然而，即使決定了一起戰鬥，鳴海還是有意地在躲避着愛蕾諾。為了讓這樣的鳴海察覺他自己的心意，奇向鳴海提出了決鬥申請。與此同時，正在尋找愛蕾諾的小勝也找到了線索，開始前往胡氏的城堡。

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　　經過奇的生死之戰後，幾乎半數的自動傀儡都被銷燬。然而，在爆炸中活下來的殘黨，前去阻止鳴海等人所乘坐的列車。逃過一劫的小勝卻向着列車趕往。就在這時，在列車中控制住戰況的仲町馬戲團的阿浩、阿紀、信夫如今卻想起了關於已經去世了的“母親”的記憶。

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　　與仲町馬戲團重逢了的小勝，得知了鳴海也在同一個列車上。然而，出現在想要馬上與鳴海見面的小勝面前的是，阿爾萊奇和龐泰洛。與此同時，鳴海一直抱着對愛蕾諾的憎恨，但也逐漸開始恢復以前的記憶。

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　　仲町馬戲團的阿浩、阿紀、信夫展開了與蜘蛛女的對峙。然而，敵人的樣貌卻是與已經去世了的母親長的非常相像，讓他們非常動搖。信夫等人為了給同伴們製造機會，都展示了自己的招式和本領，但每次都會受到攻擊而身受重傷。

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　　打倒了龐泰洛的赫雷昆，正在逼近着鳴海等人所在的列車。為了保護想要立馬開始戰鬥的鳴海，愛蕾諾操縱着丑角，獨自向赫雷昆發起了戰鬥。與此同時，小勝與戈萊亞諾也在進行着激烈的空中戰鬥。

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　　終於再會了的小勝與鳴海，擊退了襲來的自動傀儡們。而後小勝代替精疲力竭的鳴海，乘上了前往太空的航天飛機。與此同時，在發射場附近的城鎮角落，愛蕾諾被赫雷昆逼上了絕路。

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　　到達了宇宙空間站的小勝，與操縱着丑角的無臉展開對決。無臉向小勝提問道為何要將愛蕾諾讓給鳴海。就在兩人的戰鬥逐漸白熱化的時候，ZONAPHA症所帶來的人類滅亡也進入了倒計時。