鞭毛菌亞門

鞭毛為一毛狀細胞器，包括 2套中心纖絲和圍繞在周圍的9套纖絲，所以稱9+2鞭毛。鞭毛分茸鞭和尾鞭兩型：茸鞭主軸兩側生小茸毛；尾鞭平滑無茸毛，頂部短而細軟。遊動時茸鞭向前，尾鞭向後（見纖毛、鞭毛）。

鞭毛菌大多習居水中，僅少數兩棲或陸生。腐生、寄生和專性寄生均有。能寄生於藻類、蕨類、種子植物、昆蟲、魚類以及其他真菌上。霜黴和白鏽菌為害多種經濟植物，疫黴和腐黴為害許多栽培植物，水黴為害魚苗和魚卵，而雕蝕菌則侵染蚊蚴，串胞壺菌殺滅線蟲。 ^[1] 

根據遊動孢子鞭毛的數目和着生位置的不同，本亞門下分①壺菌綱：遊動孢子為單鞭毛，後生尾鞭；②絲壺菌綱：遊動孢子為單鞭毛，前生茸鞭；③卵菌綱：遊動孢子為雙鞭毛，前茸鞭，後尾鞭。

以往的多數真菌學家根據鞭毛的數目、有性生殖方式和細胞壁組分等將低等真菌分為壺菌和卵菌兩條演化線。1969年美國的R.H.惠特克提出：鞭毛菌可能起源於單細胞鞭毛生物，演化線有 4條，即①壺菌線：演化出壺菌、芽枝菌和單毛菌；②卵菌線：演化出鏈壺菌、水黴、水節黴和霜黴；③前毛菌線：演化出前毛菌；④根腫菌線：演化出根腫菌。

儘管鞭毛菌的主要共性是具有遊動孢子，但一般認為它是多源的，並不是一個自然羣。因此，不少生物系統學家或真菌學家，如L.馬古利斯（1974）、R.L.謝弗(1975)等將絲壺菌、卵菌和根腫菌排除在真菌之外，或將卵菌與其他鞭毛菌分開。 ^[1] 

雕蝕菌屬Coelomomyces

蠅壺菌屬Myiophagus

接合菌亞門(Zygomycotina)

蟲黴屬Entompphthora

團孢黴屬Massospora

子囊菌亞門(Ascomycotina)

球囊黴屬Ascosphaera=Pericytis

蠕孢赤殼屬Calonectria

蟲草屬Cordyceps

亞肉座菌屬Hypocrella

多腔菌屬Myriangium

叢赤殼屬Nectria

旋蟲草屬Ophilcordyceps

足赤殼屬Poconectria

球槌屬Sphaerostilbe

蟲殼屬Torrubiella

蟲囊菌目Laboulbeniales

擔子菌亞門(Basidomycotina)

隔擔子菌屬Septobasidium

擬鏽菌屬Uredinella ^[1]