電視動畫片《名偵探柯南》分集劇情列表（一）

　　解決了諸多疑難案件的高中生偵探工藤新一，在和毛利蘭一起去遊樂園約會時，在雲霄飛車上被捲入了殺人事件。他用超羣的推理能力解決了案件，卻遇見了乘客中形跡可疑的黑衣男子接收現金的現場。他想要取得現場的證據，不料被人從背後襲擊，失去了意識。當被警察發現時，工藤已變成小孩子模樣。

　　 被黑衣男子襲擊而失去意識的工藤新一醒來後，因被灌下毒藥，身體縮小到小學生的樣子。趁警察不注意，工藤逃到阿莉博士家尋求幫助。這是擔心工藤是否回家來詢問的小蘭，為保護小蘭的安全，新一自稱是小學生江户川柯南，為了得到黑衣男子的情報，他住進了父親以偵探為業的毛利蘭家中。隨後，聽説有錢人家的女兒被黑衣男子綁架了。便跟着小五郎去查案，在柯南的協助下成功救下董事長千金，因此幫助小五郎破獲他半年的第一件工作。

　　偶像衝野洋子到訪了毛利小五郎的事務所。據她所説，有什麼人跟蹤她，或是入侵了她的房間。為了進行調查，柯南等人來到洋子的房間，發現那裏有一具被刺殺的男性屍體……柯南讓小五郎昏倒，利用阿笠博士發明的領結型變聲器，用小五郎的聲音開始解開案件。

　　柯南和同學三人組偶然間得到了一張寫有神秘圖形和文字“ORO”的紙。他們認為這一定是寶藏的地圖，就立刻開始搜尋，但實際上那個暗號，顯示了逃亡中的意大利強盜團的金幣藏匿處。

　　在前往京都的新幹線上，柯南遇到了讓他喝下毒藥的兩名黑衣男子。為了打聽情況而安裝竊聽器時，他聽説有人在公文包上設置了炸彈，新幹線再過40分鐘就會爆炸……

　　小蘭被邀請參加情人節聚會。她被迷上了主辦者克彥的同學園子強行帶來，柯南很不痛快。克彥吃了朋友之一好美送的巧克力，痛苦地死去。趕來的目暮警部和小五郎，認定好美是犯人……

　　毛利偵探事務所來了一位名叫小川的委託人。從兩年前開始，他每月都會收到玩具和現金，發件人的名字和地址都是胡亂填寫的。今天送來的現金，附帶了一封寫有“2500萬日元付訖。作為交換，我就取走了。”這樣的意義不明的信。小五郎斷定這是惡作劇……

　　傳聞在夜半時分會有盔甲在美術館到處走動。頗感興趣的小蘭帶着柯南和小五郎去參觀學習。然而，在最後的“地域之間”，柯南等人看到的是，為了轉型為酒店而決定關閉美術館的新老闆真中，在題為“天罰”的畫作後，和畫中一樣被劍刺穿喉嚨而亡的樣子。

　　天下第一春季慶典的晚間，人氣作家今竹智在酒店卧室遭到殺害。他的朋友笹井被懷疑實施了犯罪行為。笹井聲稱自己是在慶典會場，並拿出了小蘭按下快門拍下的拍立得相片作為證據。對於完美的不在場證明，笹井充滿了自信，但柯南堅信笹井是犯人，開始尋找能打破笹井不在場證明的線索。

　　自稱赤木量子的女高中生來到毛利偵探事務所，希望能找到新一。從未見過量子的柯南感到非常困惑，但小蘭已經因怒氣而失控。為了教訓新一，小蘭帶着柯南去了量子的家，但他們瞭解到那件委託和某位職業足球選手的恐嚇事件有着關聯……

　　柯南一行人被神秘委託人叫到伊豆的小島——月影島。已知委託人是12年前彈奏鋼琴奏鳴曲《月光》時死亡的知名鋼琴家。在為了調查神秘委託人而前往的公民館正進行前村長的法事，就在這期間，伴隨着《月光》的第一樂章，村裏的資本家被殺害，以此為開端，殺人案接二連三地發生……

　　柯南等人在公園玩捉迷藏。過了兩個小時還沒有找到步美，柯南用發信器聯繫了步美，而步美居然在汽車的後備箱裏。而且，那是少女連續綁架殺人案的犯人的車！滑板的太陽能動力因日落而告急，時間太久的話步美的生命會面臨危險。柯南陷入了窮途末路的危機。

　　自稱廣田雅美的人來到毛利偵探事務所請求尋找一個月前開始下落不明的父親。小蘭注意到廣田家的貓的名字取自熱門賽馬的名字，就在賽馬場的觀眾中很快發現了廣田。與雅美感動般重逢，然而第二天廣田在公寓中被勒死。

　　柯南等人在河邊玩的時候，隨着槍聲一般的聲音，氣球破裂了。柯南用眼鏡看了河對岸，在堤壩對面大樓的房頂上看到一個被兩人用手槍指着，手持步槍的男子。趕到現場，發現那裏放着一台顯示着神秘的十位數字的計算器。這是男子留給柯南的信息嗎？

　　接受了找貓委託的柯南等人，在貓出來的人家的浴室發現了男人的屍體。因柯南等人的報警，目暮警部趕來，搜索了那户人家，但屍體所在的浴室連一滴血跡都沒有。判斷在柯南等人看不見的地方將屍體運出是不可能的，目暮警部認定柯南的報警是假的……

　　柯南等人前往資本家丸傳次郎的家，要向他報告其妻子外遇的時候，傳次郎自己卻不知被誰殺害了。遺留下來的傳次郎的筆記本上寫着的，是小五郎、傳次郎的主治醫師波多野、雕刻家阿久津、居合的道場主諏訪這4個人的名字。犯人究竟是否在這其中？

　　柯南等人為了看《假面超人秀》而來到百貨公司。元太落下了重要的假面超人簽名，回到了百貨公司去拿，但是出入口關閉，他們被困在百貨公司內。前往保安室是柯南等人，在那裏遇到了身着假面超人和小丑軍團服裝、盯上了關店後的百貨公司的強盜團。

　　今天是新一和小蘭初中的恩師——松本小百合老師的婚禮。儀式的時間一步步靠近，小百合一個人留在了休息室。聽到了奇怪的聲音，柯南等人回到休息室，發現身穿純白婚紗的小百合喝下摻有氫氧化鈉的檸檬茶後吐血倒在地上。嫌疑人被鎖定在出入新娘休息室的人中間……

　　小蘭在街上被頂級設計師蘆屋映子發掘為時尚模特。為了試裝而來到大樓，卻發現秘書美香在電梯裏被殺害了。映子發現了地板上的鞋印，斷定她是被闖入大樓的人殺害的，但柯南沒有放過映子用手帕擦拭電梯按鈕的細節。

　　步美髮現了幽靈屋。少年偵探團立刻開始了驅鬼行動。那裏是5年前發生過殺人案的人家，現在應當是空着的房子。光彥獨自去廁所發出慘叫後，又聽到了元太的慘叫。真的是幽靈嗎？柯南注意到地板的隱藏門，打開門後面對的是通往地下的樓梯。

　　人氣偶像衝野洋子主演的懸疑劇的外景拍攝在米花神社舉行。作為該電視劇推理監修的小五郎是顧問。但當天晚上，攝影助手安西在石獅子前渾身是血地倒下了。線索只有用血寫下的“石獅子”的文字。

　　柯南一行人來到旗本島旅行。偶然間，旗本島的世家旗本家決定乘坐包租的豪華客船。家主豪藏在婚禮途中心情不好，就回了自己的房間。晚飯時豪藏未出現，而是在自己的房間裏被殺害了。案件被推測是圍繞遺產分配的紛爭，然而……

　　被旗本家包租的豪華客船內，家主豪藏被殺，剛剛與其孫女舉行婚禮的新郎武被懷疑是犯人，被監禁在倉庫裏。本以為到此已解決一樁案件，但慘劇的帷幕尚未落下。第二起殺人案發生後，監禁武的倉庫的門打開了，武不見了蹤影。真正的犯人究竟是誰？

　　兩個月前因柯南的推理而被逮捕的保險金殺人犯湯田逃出了監獄。像往常一樣，柯南用小五郎的聲音解決了案件，但是湯田對此不知情，他痛恨小五郎。想起湯田被逮捕時説的“此仇必報”，小蘭很擔心小五郎安危。魔爪正悄悄靠近小五郎。

　　小蘭的同學直子被綁架，贖金的交接在碼頭進行，綁架犯的車在逃跑途中載着直子掉進海中。可是，被打撈上來的汽車上沒有直子和犯人的身影。此後，柯南得知在案件發生當天，在碼頭對岸有一艘可疑的遊艇，柯南認為直子還活着，開始進行推理……

　　柯南等人期待着放學回來和坂口家的愛犬約翰玩。某天晚上，柯南、小蘭、小五郎一起路過坂口家，聽到了狗的叫聲和慘叫。一名年輕女性跑了出來。在家中倒下的男子和呻吟的約翰。柯南和小蘭認為與人親近的約翰沒有理由襲擊別人，但……

　　小五郎大學的柔道部舉行了同學會。翻看過去的相冊，暢談往事。中道邀請大家去打乒乓球，他的前女友由美説累了想休息就回了房間。除由美外的所有人都盡興打了乒乓球，之後大家一起去了煙花大會。然而回到房間一看，由美的頭部被槍射穿了。

　　小五郎大學柔道部的同學會上，柔道部的美女堀田由美死了。雖然是在旅館內自己的房間裏用槍打穿了頭，但從許多證據中可以看出這是偽裝成他殺的自殺。犯人是集合在同學會上小五郎的四名摯友中的誰？但是，所有人都有在這個時間打乒乓球的不在場證明。小五郎煎熬的推理時間開始了。

　　電腦軟件公司的社長大木田死了。因為遺體沒有外傷，也沒有服毒的痕跡，所以被認為是猝死。但是柯南卻發現，家中應當是用電腦管理着舒適的温度，可遺體卻出了很多汗。僅僅是温度上升很難引起心臟病發作，可是……

　　小五郎接受了調查著名律師巽的妻子外遇的委託。但當天，卻在對方的家裏發現巽妻子的遺體被綁起來塞進空浴缸裏。推定的死亡時間上，和小五郎在一起的巽應該有完美的不在場證明，但柯南依舊無法釋然。所有推理的出發點都是那家酒店。

　　以小五郎為嘉賓出演的人氣節目直播結束後，製片人諏訪在會議室被殺。諏訪原本要在節目結束後和主持人松尾商談。目暮警部對傳聞要離開節目的松尾提出疑問，但松尾卻對自己的不在場證明充滿自信，認為自己擔任直播節目主持人是不可能犯罪的。

　　小蘭説去和新一約會，高高興興地出門了。想着“新一明明是我啊”的柯南心中不悦。感到不放心的柯南直接趕到了約好的咖啡店。在觀察顧客的時候，廁所裏響起了男子的尖叫聲。在廁所的單間裏，一名被刀刺中心臟的女子渾身是血地倒下了。

　　來到河灘邊露營的柯南和少年偵探團的四人，從阿笠博士那裏拿到了標有寶物所在地的舊地圖，開始奮力尋找寶物。按地圖沿着樹林裏的記號走過去，途中遇到了兩名形跡可疑的男子，男子看到四個人後慌慌張張地跑開了。隨後，正要解開地圖上的暗號之謎，然而……

　　小蘭和柯南被邀請前往園子的別墅。園子的姐姐和園子大學時期的電影研究會的同伴也集合在那裏。小蘭在樹林裏被臉上纏着繃帶的男子用斧子襲擊了。山莊的電話線被切斷，吊橋也被破壞。當天晚上，柯南等人在樹林裏發現了被切斷四散的編劇知佳子的慘死屍體。

　　因為小蘭再次被繃帶男襲擊，所有人都在餐廳待到天亮。綾子發現了知佳子被帶走時脖子上掛的項鍊，知佳子被害之謎再次浮現。如果是內部犯罪的話，小蘭為何會被襲擊兩次？柯南想起了剛剛到達山莊時發生的事情。

　　步美在牙醫澤木葉子那裏拔牙的當晚，在某公寓發生了殺人案。第一發現者是住在隔壁房間的葉子。葉子有在牙科醫院和步美一起看電視的不在場證明。可是，步美睡着了，只看到節目的最開始和最後。柯南認為詭計就藏在某處……

　　小五郎按委託來找人。線索是紅色跑車的車牌號和委託人典子畫的肖像畫。對於典子所説在信州認識的那個男子，小五郎擅自認為是她的戀愛對象。但柯南很在意肖像畫的陰險表情。柯南雖然向小五郎指出了這件事，但小五郎並未理會，柯南獨自展開了調查。

　　在紅鬼村的火祭會場，從熊熊燃燒的櫓中發現了燒死的屍體。事件被當作殺人案開始了調查，不過，受害者根岸是小五郎被阿部這個男人委託跟蹤3天的人，而且二人互相投了5億日元的生命保險。從狀況來看，犯人肯定是阿部。但是，小五郎證明了阿部的完美不在場證明。

　　小五郎、小蘭、柯南被邀請參加企業家的獨生女四井麗花的生日派對。因為麗花任性的一句話，被認為是麗花的新郎候補的帆船俱樂部的四位成員將和家政婦美、柯南他們一起留在別墅。就在此時，麗花失蹤了，正在尋找的時候，發現二階堂溺死在了庭院的噴泉裏。

　　在遠離村莊的別墅裏，企業家千金麗花的新郎候補之一——二階堂離奇地溺死，連小蘭也被同樣的手段襲擊。失蹤的麗花也在浴室溺死。三起犯罪事件一定是當晚在別墅裏的同一個人所為。從全身濕透的麗花屍體的狀況來看，柯南識破了利用淋浴的作案手法。

　　柯南和小五郎、小蘭去為米花高中棒球部的遠征比賽加油。對手是去年地區大賽冠軍學校，今年也是優勝候補第一位的修好學園。比賽意外地由米花逆轉取勝，不過，就在比賽之後，在修好學園的理事長室，大家發現去年的優勝錦旗被割，校長宣佈退出棒球部的大會出場……

　　小蘭和柯南受園子的邀請，參加了人氣樂隊“雷克斯”的慶功宴。但是，主唱達也在熱唱熱門歌曲後不久吐血倒倒地身亡。死因是氰酸鉀中毒。警察懷疑着曾是樂隊同伴的卡拉OK包廂的店長……柯南將所有人集中到卡拉OK包廂，使用店內廣播開始推理。

　　毛利偵探事務所出現了一位自稱柯南母親的女子。在小蘭和小五郎面前，不能揭穿謊言，柯南坐上了女人的車，但是柯南不可能有母親。果然，女人知道柯南的真面目是工藤新一就綁架了他。被神秘面紗包裹着的世界級推理作家和原美女女演員——新一的父母終於登場的特別篇。

　　小五郎和小蘭、柯南把在山路上因汽車拋錨而困擾的堀田重工會長堀田耕作送到別墅。別墅里正在舉行堀田的生日派對，兒子們開始吵架，氣氛變得很緊張。當晚，堀田的卧室被炸燬，堀田死亡。小五郎懷疑失蹤的次子……

　　在高級住宅區，公司社長兒島鬱子臉上包着繃帶，以長袍模樣被勒死。根據監控錄像和警衞員的證言，推斷死亡時間為晚上9點過後的18分鐘內。嫌疑人是專務吉岡、女兒千尋、證券人泉三人。雖然有預約訪客，但柯南注意到穿着長袍做面膜是不自然的……

　　來雪山滑雪的柯南和小蘭、小五郎，把租的別墅的鑰匙弄丟了，就決定在醫大教授大山將的別墅裏借電話。大山的弟子副教授和助手們都在別墅裏，柯南等人也被邀請參加火鍋派對。飯後，獨自看電視的大山的慘死屍體被發現了。柯南注意到大山的死亡信息。

　　原高中跳水女選手主辦的體育俱樂部將重新裝修開放。前一天被邀請的柯南、小蘭、小五郎，目睹了跳高代表選手西條和其他教練們的爭吵。那天晚上，發現西條的屍體浮在游泳池裏。西條的死是事故還是他殺？

　　為了見到新一，一個自稱“關西高中生偵探服部平次”的少年來到小蘭所在的地方。感覺有點感冒的柯南被服部給他灌下的中國酒弄得暈頭轉向。小蘭看着服部的時候小五郎的委託人來了。小五郎、小蘭、柯南、服部四人前往委託人外交官家，外交官被某人毒死了。

　　因為服部給他喝了中國酒，柯南的狀態變得糟糕，在外交官辻村勳的被害現場倒下了。揭露了毒殺辻村的作案手法的服部，斷定辻村的父親利光是犯人。這時，新一突然出現，指出了服部推理的錯誤。新一找到了真兇，挖掘了辻村夫婦的過去。

　　柯南在圖書館發現了反向包裝在盒子裏的奇怪外文書籍，得知這裏圖書館的工作人員失蹤了。警察沒有找到線索就回去了，柯南和少年偵探團的3人一起調查了閉館的圖書館內部。然後在兒童圖書的書架上發現了藏在沒有封面的書裏的毒品。

　　因為喜歡的偶像衝野洋子的推薦而參加慈善高爾夫大會的小五郎，今天早上來到了高爾夫練習場。當小蘭厭倦了笨拙的小五郎的練習時，來了4個上班族。部長橘換成了司機，後者揮杆的瞬間，伴隨着劇烈的爆炸聲，升起了滾滾黑煙。

　　在柯南、小蘭、小五郎要留宿的山寺裏，流傳着一個關於霧天狗的傳説，説是帶走年輕女子爬上高樹，在那裏吊起屍體以其肉為食。修行僧們想對小五郎講述2年前年輕修行僧死亡的故事，但是被和尚大聲喝止。第二天早上，和尚在非常高的房樑上吊死了。

　　在公寓的陽台上，公司社長井在做每天要做的太極拳時，被什麼東西打中後腦勺而死。公寓裏有井本的妻子貴子、井本夫婦的媒人土橋、公寓的居民、釣具店的老闆寺澤，他們各自都有殺人的動機。柯南從陽台扶手上的傷痕中，識破了使用魚竿的詭計……

　　在小五郎監修的遊戲軟件發佈會上，柯南看到了另自己身體變小的、看起來像黑衣男子同伴的大個子男人。為了抓住線索，他開始跟蹤大個子，結果對方在廁所裏被炸死了。爆炸發生在他領取公文包後不久，柯南絞盡腦汁尋找其交易對象。

　　從温泉旅行回來的途中，柯南、小蘭、小五郎在換乘的車站遇到了殺人案。被殺的是和柯南他們一起乘坐同一列車的醫師會成員，在並行行駛的其他路線的車內被注射了毒藥而死亡。柯南認為醫師會的成員伊達很可疑，但是在別的列車上是不可能犯罪的。

　　《電視翻車魚》的中山秀徵、麻木久仁子等以本名作為嘉賓出演。清潔工公司的專務，被掉落的鐵材砸到頭部死亡。現場是公司附近的小衚衕。今天星期天只有社長中山和秘書麻木在公司上班。碰巧在現場的柯南，尋找偽裝成事故的殺人案的作案手法。

　　柯南和小五郎和小蘭一起參加了“夏洛克福爾摩斯迷歡迎旅行”，但是旅行的主辦者金谷卻在車裏從懸崖上摔下來，燃燒起來了。孤立無援的參加者們關在一個房間裏，但是發生了第二起事故。柯南和參加旅行的服部平次一起進行了與犯人的智慧較量。

　　繼旅行的主辦者金谷之後，綾子被炸死。並且，藤澤被冰球杆襲擊，參加旅行的人們都誠惶誠恐。犯人是在剩下的成員中，還是本應死了的金谷？和服部平次一起推理犯人的詭計，平次開始懷疑柯南的真面目。

　　在商店街的活動“首次跑腿大會”中作為記錄員參加的少年偵探團的各位和柯南，被參加者小弘的離奇行動嚇了一跳。終於找到了一度失去蹤影的小弘，可這次危險逼近了小弘。雖然本人毫無察覺就千鈞一髮逃過了災難，但最終他還是被什麼帶走了。

　　在柯南和小五郎等人的面前，女性插畫家從公寓的陽台上摔下死亡。因為她之前給師父花岡打了預告電話，所以被認為是自殺，但柯南卻看出墜樓前女性已經死了。最可疑的是在遠離設計事務所的花岡。偽裝成自殺的詭計到底是什麼方法！

　　在流傳着海軍傳説的瀨户內海小島——敷島，本應是7年前裝載金塊沉沒的小型船——龍神丸被衝上了海濱。受邀出席演講會來到島上的小五郎被委託尋找10億日元的金塊。但是，代替小五郎拉着繩子的職員在汽油中燒成了火球。有人盯上了小五郎的性命。

　　從龍神丸的船艙裏發現了濱田的慘死屍體，在現場昏厥的小五郎被懷疑有殺人嫌疑。面對島民們的憤怒，小五郎和小蘭都有可能被撕成八瓣的危險，柯南用麻醉槍讓小五郎睡着，用小五郎的聲音揭露小五郎被設下的陷阱。將小五郎設為陷阱的真兇一定是瞄準了金塊。

　　去看電影《大怪獸哥美拉》的拍攝地的柯南和少年偵探團的孩子們，在出演哥美拉的演員松井的引導下看到了佈景和怪獸的玩偶裝，非常開心。但是，松井被哥美拉刺傷，柯南等人追蹤逃走的哥美拉，在攝影棚刺目擊了哥美拉決定殺死要中止這個系列的製片人。

　　小五郎刑警時代的前輩、負責暴力團的警部——寺岡邀請小五郎、小蘭、柯南參加烤肉派對。寺岡被暴力團的幹部叫出來，説是要獨自見他。感到擔心的小五郎在寺岡的陪伴下，在寺岡進入的集裝箱放置場聽到槍聲，暴力團幹部松山被擊中喉嚨死亡。

　　柯南發現了綁架事件，和小五郎、小蘭一起，尾隨被威脅的牙醫遠藤到家。裝着急症的樣子進入的3人，知道了4歲的兒子圭太被綁架，被要求贖金的事情。圭太監禁場所的線索是螃蟹和鯨魚。柯南他們不停調查水族館和螃蟹料理店……

　　在路燈壞掉的夜路上，大學生的頭部側面被鈍器擊中而死亡。現場附近沒有發現兇器。在黑暗中是誰、如何殺害的？之前在公寓裏一起喝酒的朋友和在現場的朋友，都有各自的動機。柯南發現了利用對面大樓屋頂的密室作案手法。

　　公演迫在眉睫的知名劇團收到了恐嚇信。在被委託調查的小五郎等人面前，女主角大手祥子在彩排中死亡。在飾演服毒自殺的殉情場景中，他似乎被灌下了氰基化合物。在眾目睽睽之下，有沒有隻讓祥子喝下毒藥的方法？擁有殺害祥子動機的嫌疑犯不斷浮出水面……

　　柯南等人代替博士參加了阿笠博士提出的“伊豆神秘之旅”。據説如果在旅行中找到混入的主辦者的話，可以得到有絕密程序的軟盤。神秘的主辦者扮成柯南的父親工藤優作所寫的推理小説的主人公暗夜男爵，在途中似乎會引發事件。

　　參加了旅行的七個人瞭解到參加了暗夜男爵的名字是個有計算機病毒的軟盤。就在這時，程序員江原墜樓而死。江原身着暗夜男爵的服裝，因此旅行組織者在江原被認為是醉酒後發生了事故。但是，衣服確定被什麼人穿了。

　　暗夜男爵襲擊的警察是空手道高手。暗夜男爵也閃開小蘭的踢腿。能做到這一點的只有曾經是日本空手道冠軍的前田。柯南告訴了橫溝刑警和小五郎如何從外面鎖上死去的江原的房間，小五郎他們再次確認了旅行成員的不在場證明。

　　從早上開始就外出郊遊的柯南等人，遇到了年輕男子離奇死亡的現場。被認為是男人喝的含毒的清涼飲料，和小五郎從自動販賣機裏取出來的兩瓶冷飲是一樣的商品。案件被認為是利用自動販賣機的無差別殺人，但死了的男性有過因遭遇跟蹤狂而報警的經歷。

　　被邀請到園子別墅的小蘭和柯南，認識了園子姐姐的未婚夫富澤雄三。雄三的父親哲治是隔壁別墅的主人，是富澤財團的會長。當晚，哲治被殺害，在停電的黑暗中柯南等人偶然看到了殺人的場面。犯人的臉確實是雄三的。但是，雄三有長得一模一樣三兄弟。

　　柯南和少年偵探團的成員們一起去海邊玩，認識了春日財團的名門子弟輝彥和戀人忍，乘着摩托艇大玩一場。傍晚，柯南他們撿到了寫着本應先回去的忍的名字和“SOS”信息的塑料瓶。認為信息屬實的四個人，為尋找忍進入了海邊的洞窟。

　　電影《死神陣內》的主角——飾演死神陣內的演員南條隼人收到了署名死神陣內的殺人預告函。在警護包圍南條的事務所的過程中，出現了和電影一樣扮成死神陣內的人物，但柯南的足球和小五郎的擒抱都被躲開，嫌疑人逃走了。緊接着槍聲響起，南條在事務所被槍殺的屍體被發現。

　　金融公司的社長肥田被毒殺。肥田當時正獨自確認餘額。從被害者的大拇指和數張紙幣中檢測出毒物反應，可以認為是知道被害者數紙幣時舔大拇指習慣的人實施的犯罪行為。但是，除肥田的大拇指、牌、門把手之外，都沒有毒物反應。在密室裏，是誰如何只在肥田的手指上塗下了毒？

　　園子家收到了怪盜基德的犯罪預告書。他這次以鈴木家傳家寶的黑珍珠“漆黑之星”為目標。園子委託小五郎進行調查。解開了預告書暗號的柯南在酒店的屋頂上等待時機，基德出現在眼前，但他只是露了一下面，就在指揮搜調查的警部手裏留下了下次再來的預告書，然後突然消失了。

　　小五郎被邀請參加名門長門家的家長——長門道三的生日聚會，並被委託尋找道三的初戀情人。那天晚上，道三的二女兒康江的丈夫光明不知被什麼人從陽台上推下而死。在那之前，目擊到了嘴裏叼着匕首的長男秀臣。柯南和服部平次兩個人開始探索案件的真相。

　　從池底發現秀臣的屍體，還發現了暗示事件的遺書。根據鑑定的結果，他被認為是在殺害後光明不久入水自殺的。但是，柯南和平次在遺書上發現了不自然的地方。在秀臣的房間裏聽到了事件前一天錄音的電話留言的兩人，發現了支持推理的遺留物品。

　　在即將關門的銀行裏，柯南與蘭、園子遭遇銀行劫匪。拿着手槍的犯人射殺了從背後打算毆打的銀行職員。趁着銀行內陷入恐慌的間隙，其他的銀行職員撲過來射殺了犯人。一般都認為這是通過打倒犯人的銀行職員有勇氣的行動解決了的事件，不過，柯南感到什麼不自然的東西而開始調查。

　　柯南沒能捕到的棒球打中了正在畫畫的男子的畫布。男子是柯南見過的畫家，好像喪失了記憶。男子突然痛苦不堪，柯南將男子送往醫院，但男子從醫院逃出，第二天以被勒死的屍體被發現。柯南看到遺體的包裏有銀杏葉，開始和少年偵探團的同伴們調查。

　　在武道館的演唱會開幕前，人氣雙人組合TWO-MIX被綁架了。目擊到這一事件的柯南和少年偵探團的孩子們，被犯人指名為聯絡角色，以徹底解決案件為目標……

　　為了救出被綁架的TWO-MIX，柯南假扮成步美完成向犯人送去新曲的磁帶的任務。但是，不想被柯南獨佔功勞的元太等人沒有把追蹤柯南行蹤的眼鏡交給目暮警部。想着只靠自己解決事件，好不容易走到了TWO-MIX被監禁的倉庫……

　　有一天晚上，因受傷住院的小五郎在病房的窗户上目擊到了殺人案。他慌慌張張地叫了警察，急忙趕往被認為是現場的病房，但那裏別説屍體了，就連案件的痕跡也沒有。精神科的醫生白井斷定這是壓力造成的幻覺，而柯南卻發現小五郎所看到的是利用玻璃窗的詭計。

　　在滑雪場遇見小學時代恩師米原的柯南、小蘭、園子，被米原邀請到現在的教師同事借來的別墅裏。因暴風雪而被困在別墅的柯南等人，從蜂擁而至的新聞記者那裏聽説3年前在米原的學校發生了什麼事件。教師們氣氛陰險。那天晚上，米原和園子被什麼人襲擊了。

　　在被暴風雪包圍的山莊裏，小蘭等人的恩師米原的同事杉山被發現已成為屍體，關在自己房間裏的下田也被殺了。下田的脖子上留下了用繩子勒過的痕跡，但是哪裏也找不到繩子。犯人就在下田房間旁邊的3人中。柯南為了尋求線索再次調查了山莊的周邊……

　　在寬波段接收器上聽到綁架犯的恐嚇電話的柯南和少年偵探團的孩子們，只依靠從接收機傳來的信息，想要找出無人知曉的被害者和犯人的住處。犯人一個接一個地提出無理的要求，他讓一個叫川田的男人如果不想女兒被殺就照他的做。

　　在北海道觀察鶴的柯南和小蘭、小五郎遇到了照顧鶴的老人。被邀請到老人家的柯南等人，得知老人是退休的實業家，正在製作將全部財產都捐獻給鶴村的遺書。老人的弟弟和孩子們強烈反對。在手續完成前，老人被弓箭射中身亡。

　　小五郎和小蘭、柯南拜訪了因吸血鬼小説而聞名的恐怖小説作家虎倉大介所委託的被稱為德拉庫拉莊的山莊，但南因為暴雨而在山莊住了一晚。當天晚上，虎倉一個人躲在書房裏，在十字架上發現了一具身穿德修拉的服裝的、慘不忍睹的屍體。

　　為了確定殺害恐怖作家虎倉大介的犯人，必須解開殺人現場書房處於完全密室狀態之謎。這天晚上，小五郎在虎倉的妻子等人面前，誇口説要解開謎團。果不其然，小五郎的推理偏離了預想，但大家都有殺人的動機和時機。

　　插花藝術家岡野利香收到了殺人預告的恐嚇信。恐嚇信上寫着，在利香的世界藝術大獎獲獎派對會場——紅花海濱飯店“死亡之花將會綻放”。派對當天，小五郎、小蘭、柯南三人來到會場，發現了飯店老闆的屍體。小五郎和目暮警部根據遺體的狀況斷定是勒死……

　　因骨折住院的小五郎，其病房裏住着搶劫銀行的嫌疑人。受害銀行的銀行職員的父親也在同一房間，強盜的同夥們威脅着把銀行職員的女兒作為人質，封住同夥的口。監視嫌疑犯的警察中也混入了同夥，銀行職員也無法報警。柯南從動搖的銀行職員身上看穿了案件……

　　小五郎收到了奇怪的委託。半年前，委託人錯將自殺委託給用巧妙的手段殺人的、消失的名殺手銀狐。為了阻止殺人，抓住銀狐，身為不動產公司社長的委託人組織了爬山，柯南等人也同行。

　　本不應當是殺手銀狐目標的大學生平井被殺，在山中小屋裏發現了恭子的屍體。恭子的背後也插着刀，這被認為是狐狸第二次殺人。小五郎説出了自己的真實身份，開始尋找犯人。柯南察覺到恭子的真面目的時候，和恭子同行的河邊，以及委託人潮、山中小屋的管理人不見了蹤影。

　　來滑雪的柯南一行人，住進了古老的民宿。其他住宿客人只有在電視劇中飾演雪女的女演員木下明子與她的專屬替身淺沼洋子。蘭在露天温泉看到雪女幽靈的夜晚，明子留下遺書消失了。第二天早上，發現了穿着雪女衣服的明子的凍死屍體，她被認為是服下了安眠藥自殺……

　　酒醉回家中的小五郎，在初中的後門遇到了認識的佐知子。她不知為何邀請了小五郎去兜風。非常高興的小五郎，從兜風回來的時候，佐知子的室友在自己住的公寓裏被殺了。在小五郎的證言中佐知子的不在場證明成立了。事件被認為是搶劫殺人事件。

　　世界級魔術師九十九元康的妻子因小蘭的母親妃英理的介紹而來到了小五郎這裏。希望調查丈夫死亡的真相。柯南巧妙地推理了作案手法和犯罪動機。但是，小蘭看到柯南的樣子，更加確信柯南的真面目是新一。被蘭逼問的柯南……

　　被市川產業的會長·市川孝太郎叫去的小五郎，被委託監視兩個女兒的行動。在親屬會上，小五郎詢問了性格惡劣的長女和次女的情況。柯南目睹了長女一重在地下室往葡萄酒裏注入了毒藥，但是被什麼人襲擊而失去了意識。但是，在這期間孝太郎喝了一重推薦的紅酒突然死亡。

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　　小五郎受到國寶級陶藝家·菊右衞門的邀請，與柯南、小蘭一起到訪了他在東京郊外的家。身為小五郎粉絲的菊右衞門老人毫不吝惜地給予了小五郎高價作品，並款待了他。打算給小五郎看的新作罐“風水丸”碎了，菊右衞門很沮喪。第二天早上，一個意想不到的事件在等待小五郎和柯南。

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　　人類國寶級陶藝家菊右衞門的兒媳益子的死，被認為是因破壞了新作品陶罐“風水丸”而痛苦自殺。但是，柯南注意到光着腳上吊着的益子的腳沒有弄髒，於是一個人開始尋找殺人事件的證據。柯南將把益子的死偽裝成自殺的犯人逼到絕境。

　　小蘭等人初中學姐內田麻美拜訪了新一的空屋。説是想邀請新一參加生日派對。園子、小五郎、柯南代替新一參加了那個派對。麻美的生日派對很熱鬧，但是留下睡着的麻美，大家一起去卡拉OK的時候別墅着火了。

　　多虧了小蘭，麻美保住了一條命。蛋糕上的蠟燭的火好像是引起火災的原因。是忘記熄滅的事故，還是麻美自己點燃的？柯南注意到在火災前後別墅的傢俱配置發生了變化，開始調查火災的痕跡。然後，他從燃燒剩下的傳真紙上識破了點火裝置作案手法。

　　小五郎和柯南被邀請到古裝劇演員土方幸三郎的公寓，希望能瞭解偵探的心得。小蘭目睹了處於離婚騷動漩渦中的土方的妻子永倉勇美在隔壁沖田一房間的陽台上離奇死亡。沖田是被稱為勇美婚外戀對象的演員。堅稱是獨自在房間裏的沖田，主張自己是清白的……

　　古裝劇演員土方幸三郎的妻子永倉勇美在隔壁沖田一的房間陽台上被勒死，從現場的狀況來看，沖田被認為是犯人。但是，真兇卻使用巧妙的詭計將案件偽裝成沖田的犯罪行為。由於記者蜂擁而至，柯南向小五郎射出麻醉槍，揭開事件的全貌。

　　小五郎收到了神秘作家中村操的來信，説是從死去的祖父那裏繼承的別墅裏持續發生着不可思議的事情。在有名的鐘表工匠出淵紋時郎家的別墅內部，擺放着動物的畫、裝飾着的餐具、傢俱、各種各樣的鐘表。

　　鐘錶工匠出淵紋時郎所居住的別墅果然是個奇妙的家。1點10分，三個鬼從鴿子時鐘裏飛出來開始鳴叫。在閣樓裏的房間裏有人的氣息，書房裏的犯罪報道也讓人很在意。柯南和小五郎都無法理解謎題的含義，小蘭注意到家裏只有獅子沒有被裝飾。

　　在頒獎儀式上與獲得知名獎項的新聞攝影家柳瀨隆一相識的柯南等人，看到了糾纏柳賴的撰稿人中井的身影。當晚，中井給小五郎打電話説“我的性命被人盯上了”。柯南剛去中井的公寓，滿身是火的中井就跌落下來。在對面的高速公路上，柳瀨把這個情景拍在了照片裏。

　　柯南等人把棒球球打進了別墅的庭院裏，去拿球的時候卻被別墅的主人綿貫義一趕了回來。無可奈何，回到毛利偵探事務所後，一個和電視裏《假面超人》中出現的鼴鼠星人長得一模一樣的名叫幸田的男子拜訪了小五郎，説是被綿貫殺害的妹妹被埋在了院子裏。

　　幸田堅稱神秘別墅的主人綿貫殺了其妹妹並埋在院子裏，又闖入了珠寶店。逃跑中的幸田利用井蓋進入了棉貫的院子，用棍子刺穿了院子的各個地方。柯南和埋伏中的步美等人匯合，催促幸田自首。幸田向趕來的目暮警部坦白説，偷來的寶石分散埋在了院子裏。

　　柯南和元太、光彥追趕着逃跑的黑色汽車，但在停工中的工廠前跟丟了車。可是，兩三分鐘後又出現了一輛車，在柯南等人的面前前往了派出所，開車的宍戸自首了。那個時候，在丟失了車的工廠內發現了被刺死的社長的屍體，還確定宍戸是工廠的原工作人員。

　　小蘭代替園子去了僅限一天的法國料理教室學習。知名料理研究家上森美智在自己家開設的教室裏，除了小蘭以外，還集合了三個學生。柯南和小五郎也為了試吃而跟着去了，但是美智對學生和助手們大發雷霆。突然家裏的燈滅了，美智開始感覺非常痛苦。

　　知名料理研究家上森美智，被某人用細針一樣的兇器刺傷後背而死。除參加上課的小蘭外，其他3名學生和助手佑子4人都可以在殺人前用冰在配電盤上做手腳，讓家裏的燈熄滅。而且，每個人都對美智懷有怨恨，每個人都有動機。

　　元太和光彥談論着“這個學校被詛咒了”。據説到了晚上就會發生不可思議的事情。步美也在晚上的教室裏看到了可疑的人影，但因教務主任沒有來學校而感到害怕。柯南和少年偵探團為了解開謎團而進入夜間的學校，查明真相。

　　在迷了路偶然造訪的海邊小鎮上，柯南和小蘭發現了年輕女性的屍體。因為腳腕上繫着重石，也沒有發現外傷，所以負責驗屍的醫生田中暗示是自殺。溺死的女性光子的摯友——智子主張是田中殺的，但是在光子的推定死亡時間，田中的不在場證明因小五郎的證言而成立。

　　小蘭把和父親小五郎分開居住的母親英理邀請到伊豆的酒店，計劃和家人一起度過久違的暑假。計劃順利進行，小蘭很高興，但不知情的小五郎和英理碰上了。二人馬上開始了夫妻吵架。那個時候，小五郎認識的跳水社團的女大學生在海里溺水，朋友救助了她。

　　小蘭計劃與父親小五郎和分居中的母親英理一起度過暑假。小五郎和英理氣氛尷尬，在海里溺水的跳水社團的女大學生被海蛇咬得昏迷不醒。柯南看穿了這是有計謀的殺人案，判斷犯人在被害者貴和子的4名同伴中。

　　有一天晚上，人氣推理小説家新名任太朗的女兒來到毛利偵探事務所。據她説，新名夫婦2個月前開始下落不明，只有原稿每週同一時間都會用傳真發給編輯部。柯南前往編輯部，在看到作品中本人登場的場景後，發現這是作者發來的信息。

　　失蹤的神秘作家新名任太朗夫婦被監禁在哪裏？柯南注意到新名原稿中登場的新名本人的台詞是暗號。從最初的台詞中可以讀出“請救救我……”。但是，之後的台詞無法解讀。犯人監禁新名夫婦的目的是什麼？柯南着急了。

　　本應在服部平次的邀請下享受大阪觀光的柯南和小蘭、小五郎3人被捲入了連續殺人事件中。柯南他們乘坐的巡邏車上掉落了屍體，知道了同樣手法的殺人事件已經是第三起了。平次説做了柯南被犯人刺傷的夢。

　　柯南和小五郎、小蘭、步美、元太、光彥一起去吃飯的途中，遇到了一個打扮成人氣電視節目《假面超人》中登場人物的年輕人。小五郎和孩子們被年輕人邀請參加了節目的粉絲俱樂部的化裝派對，但是其中一個成員拿着手槍闖入，射向了穿突擊警察隊服裝的本田，在眾人眾目睽睽之下他自己也自殺了。

　　小五郎在以前的委託人、山崎開發的女性社長的邀請下，帶着柯南和小蘭前去位於巖美溪谷沿岸的社長的別墅。山崎社長與巖美町的町長合作，計劃建設SPA度假村。但是，在預祝的酒宴中，山崎社長在二樓自己的房間裏遭到胡蜂的襲擊，從陽台掉到懸崖下身亡。

　　弄丟了衝野洋子演唱會門票的小五郎，發現了感嘆不能去演唱會的年輕女性青島全代。去自己家接妹妹的小五郎他們發現了被膠帶貼着眼睛在浴室裏死去的妹妹美菜。

　　目暮警部和小五郎斷定青島美菜在用膠帶貼着門縫，處於密室狀態的浴室中被發現身亡。但是，柯南確信這是偽裝成自殺的殺人事件。為了追查犯人，必須找到犯罪後從密封的浴室逃出的方法，並找到犯罪的決定性證據。

　　元太等人聽到了超受人歡迎的天氣預報小姐淺野亞紀的留言後，為了見亞紀而去電視台。亞紀拿着柯南的傳呼機號碼，約定“拜託工作的時候會聯繫你”。但是，亞紀被電話叫去後就行蹤不明。然後，柯南的傳呼機上不斷出現神秘數字。

　　公司社長石本被某人威脅説“我要殺了你”。在被委託尋找犯人的小五郎面前，石本被槍射中，石本身後的來賓議員高田的胸部被子彈擊中，高田議員死亡。柯南在派對會場目擊到形跡可疑的男子站在照明用的腳手架上……

　　在集會會場，向公司社長石本發射的子彈，貫穿了高田議員的心臟使之死亡。被認為是犯人的形跡可疑的恐嚇者平岡的墜落屍體在第二天被發現，案件被認為已經解決了。石本坦白平岡曾以偷税為把柄脅迫他，但柯南認為事件的真相在別處。

　　一座名叫玉之助的美少年轉校到了小蘭的班級。被邀請參加劇團的排練的小蘭邀請園子和柯南、步美、元太、光彥去看，玉之助和團員之間有些隔閡。公演5天后臨近，正在緊急執筆新作劇本的玉之助一座專職作家——近石被某人殺害了。

　　在巡迴劇團的作家被殺後，又有一位女座員被殺，第二代座長玉之助也因被什麼人襲擊而受傷傷。警察認為兼任劇團經理的被害者糸江害怕不正當經營被發現而襲擊了玉之助。柯南推理出除了玉之助和糸江之外還有另一個人在現場。

　　柯南在銀行後門遭遇了現金運輸車的襲擊事件，在渦輪引擎滑板上追蹤犯人，卻不見了犯人的蹤影。作為單純的搶劫事件開始了調查，不過，被認為是犯人的一夥的保鏢和原賽車手被殺，從遺留品的口紅對銀行窗口的姐姐產生了懷疑。柯南看穿了這個事件還有更多的內幕……

　　名為灰原哀的奇妙少女轉學到了柯南的班級。以冷酷的態度對待步美等人的哀，只對柯南表現出興趣。邀請少年偵探團調查事件，和柯南一起救出同班同學俊也的哥哥，解決了事件。在把哀送到家的途中，柯南從哀的口中聽到了意想不到的話。

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　　在元旦去國立競技場觀看天皇杯足球決賽的柯南等人的面前，槍彈射入了足球。這顆子彈是要求贖金的恐嚇電話的犯人，為了表示恐嚇是真的而射出的。按照犯人的指示，準備了裝有現金的包，趕來的刑警們在賽場內埋伏着……

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　　打算拿走裝有5000萬日元贖金的包的犯人被刑警們抓住了，但是從倒在地板上的手機裏又有一個犯人要求釋放同夥和10億日元的現金。據説在比賽結束前如果不準備錢的話就要殺了觀眾。目暮警部釋放了被捕男子，尋找隱藏在觀眾中的另一個犯人的身影……

　　園子在互聯網上加入的“魔術愛好者聯盟”的集會在雪山中的小木屋舉行。小蘭也和園子一起參加了，小五郎和柯南乘車送了兩個人。在回家的路上，柯南在車內廣播的新聞中得知小蘭參加的聚會的組織者在自己家裏被殺了，急忙返回了小木屋。

　　園子和小蘭參加的“魔術愛好者聯盟”的集會呈現出連續殺人案的事態。繼組織者西山在自家被殺後，在雪山中被孤立的小木屋，濱野的屍體被放置在積雪堆積的後院。柯南從陷入疑神疑鬼的成員那裏聽説了西山和影法師爭吵的經過。

　　園子和小蘭參加的“魔術愛好者聯盟”的集會上，兩人被殺，小蘭和園子也被弓箭瞄準。掉在樹林裏的弩、樹幹上空出的洞、箭射入浴池外面的訂書機的針。柯南識破了犯人的真面目和作案手法，收集了繩子和訂書機等小道具，開始準備解謎。

　　步美接受了來自“綠美容室”的美容師美香提出的在自己家剪頭髮的邀請，和柯南他們一起去了美香的公寓。但是，美香被什麼人殺害了。柯南只在美香脖子前方留有索條痕，對美容室的店長·綠的態度感到不滿意，於是搜索了不可燃垃圾放置處……

　　阿笠博士和來露營的柯南等人，誤入了聳立在森林中的西洋風城堡，在城的主人間宮滿的邀請下在城裏住了一晚。間宮家的長女、滿的妻子被燒死的令人毛骨悚然的塔、仿造國際象棋盤的庭院等，這似乎是一座持續着令人毛骨悚然的案件和事情的城堡。柯南搜索了有着詭異氛圍氛的城堡內部……

　　在露營途中發現的古城裏住了一晚的柯南他們，從神秘的居民那裏聽説了似乎是暗示寶物所在地的城堡之謎，對此很感興趣。但是，柯南很快就失蹤了，連阿笠博士也消失了。剩下的哀、步美、光彥、元太的四個孩子，他們想獨自找出兩個人……

　　在小學的創立紀念日，柯南和哀、步美、元太、光彥5人去看復映電影《大怪獸哥美拉》。這家電影院因房地產公司張田的故意刁難而被迫閉館，據説今天是最後一次上映。柯南想如回到從前一般享受電影的樂趣，但是電影上映時，張田上吊的身影出現在了銀幕上。

　　在柯南等人去看的電影院裏，放映時出現了上吊男子的身影，自殺和他殺兩方面的調查開始了。被發現遺體的房地產公司張田是將這家電影院逼入閉館的罪魁禍首。目暮警部等人認為他是因為自己的鉅額借款而痛苦地自殺，但柯南卻從光彥的證言中，推斷是有人使用詭計殺害了他。

　　因為感冒沒去學校的步美，一個人看家的時候，有人闖入了公寓。認為對方是逃跑中的強盜殺人犯的步美藏在壁櫥裏，用少年偵探團徽章給柯南等人發信息。不能發出聲音的步美想把玩具鋼琴的聲音和鬧鐘的聲音組合起來傳達SOS……

　　柯南的對手服部平次為了出席婚禮來到了東京。為了跟和葉一起參觀東京，小五郎、柯南、小蘭被叫來。在婚禮上成為新娘的楓和森園家的執事重松相遇，柯南和平次、和葉被邀請到森園家。被招待了豪華飲食的5人，在回去的時候遭遇了殺人案。

　　森園家的執事重松在密室中被殺害了。嫌疑犯在犯罪時刻處於宅邸的森園家的户主幹雄、兒子菊人、女兒百合江，還有菊人的未婚妻楓，像父親一樣仰慕重松的傭人櫻庭5人中間。柯南和平次，發現了隱藏的兇器，在所有有關人員面前再現手法，告知犯人……

　　小蘭和柯南陪着園子來到星美山保養所看星星。與前來觀測天體的宇宙科學專業的3名研究生相識，剛獲得大獎的野中在拍攝天體照片時從電視轉播塔墜亡。柯南等人目擊到了墜落的瞬間……

　　受到北海道招待的柯南、小蘭、小五郎三人應該在“北斗星3號”的A卧鋪享受優雅的列車之旅。在餐車上遇到的珠寶店老闆因擊退強盜事件而成為話題人物，但卻被一名乘客槍殺。柯南注意到寶石強盜和這個殺人事件與小時候讀過的父親優作的未發表小説是一樣的情節。

　　被認為是在車內射殺出雲逃跑的犯人的男人淺間的屍體也在隧道內被發現了。柯南對柯南的父親優作未發表小説的情節發展抱有疑問，與潛入列車的母親有希子展開合作調查。問題的原稿是淺間等人的強盜團伙從捲入銀行搶劫事件的編輯那裏搶走的。

　　柯南他們為了給案件作證言去了警視廳。迎接他們的高木刑警好像單戀着前輩佐藤刑警。這時，遭到強盜搶劫的銀行分店長來找兩位刑警。分店長給自己家裏打電話，聽到妻子的慘叫，大家趕到分店長家，發現健身自行車旁邊躺着分店長夫人的遺體。

　　銀行分店店長增尾來警視廳瞭解情況時，他的妻子在自己家被殺害的這起案件，在銀行襲擊犯的犯罪這條線上繼續進行調查。柯南確信增尾是犯人，從書架和空客摩托車上僅存的痕跡中打破了增尾完美的不在場證明，揭穿了殺害在離家十幾公里的家裏的妻子的手法。

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　　為了最先乘坐遊樂園的尖叫機，柯南和少年偵探團的孩子們乘坐了早上的市電。其他乘客只有鐵路研究會的3名大學生。一名大學生中途下車，在鐵路旁開始拍攝市電照片，其中一人所踩着的梯子倒塌，市電緊急剎車。那個學生平安無事，但車上還有一個學生渾身是血地倒在地上。

　　小五郎把小蘭和柯南帶到了遊樂園。但是，小蘭很想去別的遊樂園，而且知道小五郎的目的是附近的競艇場，非常氣憤。作為懲罰命令小五郎蹦極。在小五郎猶豫的時候，“假面超人秀”的演員先跳了下來。參觀的孩子們非常高興……

　　小五郎帶着柯南和小蘭去見了學生時代做家教的學生崎原惠。重逢的喜悦瞬間，汽車在小五郎他們面前爆炸，惠的妹妹寬美死亡。車是惠的東西，幫助她從車庫倒車的寬美死了。小五郎為了惠，也決定一定要抓住真兇……

　　小五郎的學生惠的丈夫崎原，計劃進行與高橋互殺對方妻子的交換殺人，並實行了。但是，高橋設置的炸彈炸死的是惠的妹妹寬美。崎原和高橋承認了犯罪事實，事件似乎已經解決了。柯南知道惠擁有高度的駕駛技術，懷疑事件還有內幕。

　　小蘭在巴士上認識的老人突然不見了。小蘭很擔心，但卻找不到老人的蹤跡。在同一輛巴士上打瞌睡的園子認為一開始就沒有這樣的老人，小蘭是睡迷糊了。回家後小蘭的化妝包裏有一個陌生的磁盤。柯南委託阿笠博士調查磁盤……

　　邀請小蘭和柯南來到伊豆海岸的園子的目的，不用説就是尋找男人。這次特意住在舊旅館，為了消除大小姐的形象而不停努力。一個奇怪的大學生道脅向園子搭訕。道脅邀請園子他們去餐廳，告訴他們一年前發生的女性刺殺事件。

　　難得的休假，卻遭遇了殺人事件，在旅館遭到襲擊，園子倒是吃了不少苦頭。園子受道脅的邀請去了被詛咒的餐廳，但危險又迫在眉睫。正在停車的路邊的車，載着睡着的園子開動了。在車子即將掉落到懸崖下的時候，小蘭踢破玻璃窗救出了園子……

　　小五郎被學生時代住的公寓的房東光江叫去商量，帶着柯南和小蘭去了曾經是破舊公寓，後來改建成漂亮公寓的地方。光江希望能問出住在同一樓層不同房間的真鬱悶的理由。與光江一起進入了真的房間的小五郎等人，在浴室發現了真的遺體。

　　柯南等人正在進行文藝會的練習的時候，被佐藤刑警追趕的殺人事件的嫌疑人東田逃了進來。佐藤刑警將劫持步美為人質逃走的東田逼到絕境後逮捕，但由於弄錯了，他和東田一起拷在了杯户美術館的廁所。無法動彈的佐藤刑警拜託高木刑警和柯南他們尋找真正的犯人。

　　為了證明被佐藤刑警逮捕的嫌疑人東田是被冤枉的，開始再次調查的高木刑警和柯南等人，調查了被害者村西真美的房間和同一公寓的東田的房間。於是浮現出4個疑問。佐藤刑警和東田在杯户美術館，被手銬拷着身體動彈不得，阿笠博士預定在解體秀上將其爆破。

　　乘坐環狀線的柯南和小五郎、小蘭三人在一名女性乘客遺體被發現的地方。發現遺體的是3名女性同事，死亡的橋本清美應該是先回家的。清美在車內死亡，似乎繞了環線一週。清美的耳朵上有像注射了毒藥一樣的痕跡，小五郎認為有他殺的可能性。

　　小蘭和柯南、小五郎因獲獎而去伊豆旅行，來到了新開的酒店。酒店建在有着五重塔的古寺幻塊寺所在的山麓。傳説這座寺廟如果打破戒律的話會有五重塔作祟。第二天早上，發現了在五重塔上吊下來的觀光公司老闆的遺體。

　　光公司老闆小田的死讓害怕報應的幻塊寺的相關人員陷入恐慌。當地警察正按自殺的線進行調查，通過掉落在院內草叢中的小田的領帶別針和衣服上的草的種子，柯南確信小田是在草叢中被殺害的。但是，不知道將遺體吊到塔頂的手法。

　　柯南一行人來到了以料理被放在船上，通過店內的水路被運送到房間的設計而聞名的日式餐廳——流水亭。柯南對運送料理的船的動作很感興趣。那個時候，隔壁房間的三人之一在別的房間被刺殺。死去的是大學的副教授，據説在這一天他正進行的升職的慶賀。柯南懷疑作案手法利用了船。

　　為了享受沖繩之旅，少年偵探團的孩子們和柯南、小蘭、小五郎從羽田機場乘坐了大型噴氣式飛機。看到柯南的睡顏，小蘭想起了一年前和新一的旅行。在新一的父母的招待下，兩人一起前往洛杉磯的飛機上發生的殺人事件，也是高中生偵探工藤新一出道的值得紀念的事件。

　　阿笠博士在伯父留下的別墅裏招待柯南和少年偵探團的孩子們，請求他們尋找隱藏的寶物。柯南注意到了50年間本應沒有人踏足的別墅裏住着什麼人的跡象。但是，這件事與寫着不可思議記號的餐具碎片一起，在博士設計的尋寶遊戲的情節中是沒有的。

　　阿笠博士從別墅裏發現了10個帶有不可思議記號的物品，因為阿笠博士想起了同樣圖案的明信片被送給伯母，柯南找到了解開暗號的線索。解開暗號，發現了通向閣樓的隱藏樓梯。在調查閣樓房間的柯南等人的背後，破壞玩具的犯人的影子悄悄靠近。

　　柯南等人決定在町內的兒童會上演出人偶劇，於是和其他孩子們在高原的別墅合宿。與擔任導演的青年相識的光彥大聲地練習，引起孩子們的反感。休息後，即使到了重新開始練習的時間，三丁目的孩子們和演出的青年也沒有出現，按人數分發的偶人也消失了。

　　被委託案件的小五郎和柯南、小蘭在前往被稱為傀儡嶺蜘蛛屋的鳥取縣舊家武田家的途中，捎上了服部平次和葉、美國攝影師羅伯特。武田家當家信一説，希望能找到殺害前幾天在倉庫縊死的同行根岸的犯人。那天晚上，信一從人偶倉的樑上縊死，以慘不忍睹的樣子被發現。

　　柯南和平次推測，吊在人偶倉樑上的傀儡人偶製造師、武田家當家信一的死，是偽裝成蜘蛛神報應的殺人事件。兩人在注意信一事件的時候，和葉被什麼人襲擊了。柯南等人在千鈞一髮之際，救出了身體被線捲成一圈差點被吊死的和葉。

　　柯南和平次解開了偽裝成蜘蛛神報應、殺害武田家當家信一的詭計，找出了真正的犯人，將相關人員聚集到人偶倉二樓，開始瞭解謎秀。柯南説明了從倉外勒死信一的方法，為了説明犯人的目的和一連串的事件的關係，必須向武田家的人們宣告令人痛苦的事實。

　　被邀請去水族館水中表演的柯南等人，目擊了表演的主角大澤美智子在表演過程中被發現溺死。因為美智子的腳上貼着濕布，所以被認為是肌肉拉傷造成的事故。但是，柯南考慮到美智子的專業意識和潛藏的實力，覺得不自然的地方太多了。

　　身體不舒服去了醫院的小五郎，被告知要和家人一起來聽檢查結果，為此而動搖。進行診察的醫生新出勸告他要控制飲酒，得知不是重病的小五郎放心了。那天晚上，小五郎和柯南、小蘭被邀請參加新出家的晚餐，和新出家的家人圍坐在餐桌前。

　　新出醫院院長入浴時觸電身亡，大家認為是不幸的事故。但是，目暮警部發現有很多可疑的地方，決定再現停電中的全體人員的行動。事件的停電時間是一分鐘。但是，在再現的黑暗中打開斷路器只花了34秒。柯南發現了填補這個空白的證據。

　　柯南、小蘭、園子三人在遊樂園的滑冰場等待作為冬夜活動的煙花大會。無法忍受寒冷跑到廁所的園子發現了一具年輕女性被槍殺的屍體。遺體附近有一種用血寫的文字。這是被害者的死亡訊息嗎？

　　從廁所牆壁上留下的血跡來看，小五郎斷定殺害千尋的犯人是佐野泉。但是，被害者被認為是當場死亡的狀態，自己寫下文字是不可能的。柯南認為千尋手機上留下的“KIX”是解開案件謎團的關鍵，從千尋的同伴們的對話中，柯南得到了千尋解開暗號的線索。

　　參加猜謎活動的柯南等人，獲得了豪華遊輪之旅。乘客還有8人。還有服部平次和小五郎的前輩原警視鮫崎。鮫崎知道有和20年前搶劫現金事件的主犯葉才三同名的乘客，很是興奮。但是，那個時候，在緊急用繩梯的箱子裏發現了乘客之一——蟹江的燒死屍體。

　　被橫溝刑警委託進行秘密搜查的小五郎，帶着柯南和小蘭前往靜岡。讓橫溝刑警煩惱的事件是，知名老牌演員在後台死亡，3位共演者各自坦白了罪行。剛到靜岡縣，就被縣警課長逼着告訴他真兇是誰，小五郎被逼入絕境。

　　做了被黑暗組織發現的夢的哀被柯南看穿了內心的動搖，被忠告繼續扮演孩子。緊接着，哀發現了組織成員琴酒的車。柯南在車上安裝了發信器和竊聽器，在追蹤的途中知道了組織的暗殺計劃。為了阻止計劃，柯南決定一個人進入預定暗殺的酒店。

　　知道了黑暗組織的暗殺計劃後，趕到酒店的柯南和哀的面前，吞口議員死了。犯人匹斯可在議員周圍的7人中。在混亂的人羣中，哀被匹斯可抓住關在了酒店的酒窖裏。通過眼鏡型手機和哀取得聯繫的柯南，指示她找一種名叫“白乾兒”的酒來喝。

　　被監禁在酒店酒窖裏的哀，在柯南的指示下喝了冰酒，藏在了舊的暖爐裏。緊接着進入酒藏的琴酒和伏特加，沒有發現同伴匹斯可和哀就離開了。在暖爐裏哀變回原來的雪莉，試圖從煙囱中逃脱出來。但是，一顆子彈擊中了出現在酒店屋頂上的雪莉……

　　和阿笠博士去了在坡道上的某家咖啡店的柯南等少年偵探團的各位大玩了一場。孩子們點了冰淇淋和芭菲，結果一輛停在坡上的快遞卡車衝進店裏，造成一名客人死亡。大家都認為是不幸的事故。但是，柯南對死亡男子的可疑行為抱有疑問。

　　據説音樂產業集團會長的妻子收到了可怕的恐嚇信。恐嚇信中暗示，秘密推進的日本通俗歌手吉拉爾天馬在簽訂日本出道合同的內部派對上會發生事件。小五郎和小蘭、柯南偽裝成會長認識的家人潛入派對……

　　吉拉爾天馬被青銅亞瑟王之劍刺入背部，氣絕身亡。到其死前都在與天馬爭論的義則被懷疑，但義則堅決否認了罪行。柯南覺得格蘭特鋼琴的蓋子開着很可疑，從遺體下面地板上的傷痕和鋼琴內部的紫色斑點中追蹤事件的詭計。

　　放學途中，掛着S形型鈎的戒指掉了下來。柯南和少年偵探團的孩子們認為兩個S形掛鈎的結婚戒指是“SOS”的信號，認為女人被監禁在某個地方。孩子們依靠戒指上刻着的大寫字母，開始對面向道路的九個房間進行大搜索。

　　柯南和少年偵探團的孩子們用撿到的超市的小票來推理那家店的菜單，玩着玩着，撿到了6張一起被扔掉的小票。那裏除了食品和日用品之外，還印着“克羅尼”藥品的名字。毒性強的克羅尼有什麼用？柯南等人決心尋找扔掉收據的人。

　　作為嘉賓出演由著名歌手——蘇方紅子主辦的慈善表演的小五郎，與其他嘉賓一起被邀請到裝飾着世界各國眾多假面的蘇方宅邸。深夜，在自稱是“詛咒假面使者”的人物的電話中被叫醒的小五郎、柯南、小蘭三人，發現了在上鎖的卧室被殘忍殺害的蘇方紅子的遺體。

　　來到伊豆天城山中的山莊遊玩的柯南和小五郎、小蘭三人與人氣電視節目《城市獵人》的工作人員們相識。雖然是節目的聯歡會，但是主演砂岡和工作人員之間有着不協調的氣氛。那天晚上，在和小五郎他們的酒宴上喝得醉醺醺的沙岡回到自己房間後，被步槍射殺。

　　柯南確信，射殺在伊豆山莊認識的人氣電視節目《城市獵人》男主演沙岡的犯人就在山莊內。但是，任何人都認為在物理上犯罪是不可能的。看上去像是從山谷對面的岩石場狙擊，這無疑是犯人的偽裝工作。柯南從子彈的微笑傷痕中發現了破解複雜手法的突破口。

　　小五郎被電視劇製作公司的社長委託保護母親。委託人古川悦子的母親勝江三天前被襲擊受傷。訪問古川宅邸的小五郎和柯南、小蘭三人，對古川家的家族關係惡劣感到吃驚，知道了女僕梓似乎也受到了勝江的殘酷對待。緊接着，從勝江的房間傳來了槍聲。

　　柯南和少年偵探團的孩子們乘坐阿笠博士的車去山上露營。光彥和元太在撿柴的途中發現了鐘乳洞，步美甩開柯南的阻攔進入了裏面。但是，在山洞深處發現了一具男人被槍殺的屍體，柯南被其中一名犯人槍擊受傷。孩子們揹着柯南逃到鐘乳洞裏……

　　少年偵探團的孩子們在鐘乳洞遇到了殺害同伴的強盜一夥，揹着負傷的柯南尋找出口。孩子們解開石碑的謎題，找到了通往出口的“龍之道”，但在逃脱前卻被強盜一夥抓住了。在本以為萬事休矣的瞬間，柯南被警察隊救出，被抬進醫院……

　　哀將槍口對準了決心向小蘭坦白一切的柯南，告誡他如果坦白的話，小蘭也會被組織盯上，並向柯南説明了三種選擇。柯南出院前後小蘭的學園祭開始了。為了看小蘭出演主角的戲，柯南、小五郎、和葉坐在觀眾席上。在觀眾席上，有一名高中校友死亡，戲劇因慘叫而中斷。

　　小蘭的戲劇演出中發生的殺人案的嫌疑犯有4人。小五郎認為死者是得知嫌疑人之一蜷川彩子單方面撕毀婚約後，決定接受失戀的打擊，並自殺。但是，和小蘭在舞台上表演的黑衣騎士提出異議，露出了面具下的真實面目。那張臉毫無疑問是工藤新一的。

　　新一用哀做的解毒劑恢復了原來的身體，但是吃藥的目的是讓小蘭安心。對小蘭説有重要的話要告訴她之後就喪失良機的新一，邀請小蘭去高層大樓的展望餐廳。新一打算對小蘭説出話的時候，又發生了殺人案。

　　在充滿父母回憶的展望餐廳遭遇了殺人事件。新一認為在專用電梯中射殺社長的是社長千金的戀人大場，但在關鍵時刻解毒劑開始失效。揭穿大場的手法，讓其承認罪行。在變回柯南之前，新一有話想對小蘭説。

　　小學生江户川柯南再次開始了在小蘭家的寄住生活。年輕女性春菜到訪毛利偵探事務所，委託她把聯繫不上的尋呼機好友送的八音盒還給她。去拜訪緒方秋悟家的春菜和柯南等人聽到秋悟已經死亡的消息，被遺屬提出了奇怪的問題。

　　在春菜的尋呼機好友緒方秋悟家，小蘭看到老人的樣子後，雖然秋悟的孫子稔被襲擊，在緒方家卻找不到什麼人入侵的跡象。在秋悟的遺物中，沒有發現價值2億日元的郵票，全家一起尋找。柯南追查事件的犯人和郵票的去向。

　　小蘭和園子在酒店門口附近差點被車撞了。開車的是一位名叫吉野千惠的花卉設計講師，她最近頭暈頭痛得厲害，開車時出了錯，向兩人道歉。小蘭對千惠的丈夫昭夫不自然的樣子感到在意，決心試着調查千惠頭暈和頭痛的原因。

　　通過抽籤中的免費招待券，小五郎和柯南、小蘭住在伊豆高原的霧之峯酒店。雖然山中的酒店連公共汽車都沒有，但是集結了社長泉的收藏品的超級車的展示場將於明日開放。知道小五郎是偵探的寺泉，給他看了收到的恐嚇信，委託他進行警備。

　　柯南他們住的霧峯酒店的社長寺泉在超級跑車的展示場開業前被體發現屍體。因為駕駛席上的廢氣導一氧化（碳）中毒死亡，小五郎斷定是不幸的事故。但是，柯南因為死者被發現時的車的狀況不自然，且有很多對寺泉懷有怨恨的嫌疑犯，所以懷疑有他殺的可能性。

　　小五郎和小蘭、柯南來到輕井澤的酒店，偶然遇到了小蘭的母親英理。小五郎和英理的後輩律師碓冰律子在酒席上興奮不已，直到深夜也不回房間。英理和小蘭、柯南在尋找小五郎的時候發現了在密室狀態的自己房間裏被殺的碓冰。在碓冰的牀上，小五郎睡着了。

　　小五郎因涉嫌殺害分居中的妻子理的後輩律師——碓冰律子而被警察帶走。英理藉助柯南和小蘭的幫助，為了證明小五郎無罪，開始了行動。英理從律子房間的門上貼着的筆記和門鏈的痕跡中看穿了密室的手法，對犯人設下了圈套。