阿巴扎倉

阿巴扎倉有4層：共分5個拉康，主要供奉有釋迦益西的塑像。在明清時期，大慈法王釋迦益西進京覲見皇帝時，被賜予用紅檀香木做成的十六羅漢，之後一直供奉在阿巴扎倉羅漢殿內，而十六羅漢又被泥塑包裹起來，早前據説，從一兩個泥塑中傳出羅漢發出的聲音，真可謂是妙哉！據今已有400多年曆史的阿巴扎倉，原系初建色拉寺時的全寺大經堂，後改為阿巴扎倉的經堂。該扎倉面積為1517平方米（以外牆為準），經堂有46柱。現有僧人不足100人，僧人們主修密宗。

阿巴扎倉為密宗學院，大殿由48根大柱組成殿中供奉的是9頭34臂的勝魔飾畏金剛像，是黃教密宗三大本尊之一。傳説該佛是大法王宗喀巴親手塑建的。怖畏金剛右側的宗喀巴像，據説也是宗喀巴親自塑制的，其塑像的鼻樑端直挺拔，與其它寺院供奉的宗喀巴像有明顯不同。

[甘丹頗章] 該殿是達賴喇嘛在哲蚌寺的寢宮。在重建布達拉宮以前五世達賴喇嘛一直住在這裏，並在那一時期執掌了西藏的政教大權，甘丹頗章也就成了西藏地方政府的同義語，史學界故稱其為"甘丹頗章政權"。甘丹頗章生活費哲蚌寺第十任堪布、即二世達賴喇嘛郭嘉措於公元1530年時興建，宮室共7層，分前、中、後三幢建築。前院系地下室的各類倉庫。二層院落面積達400多平方米，四則皆為僧舍遊廊。達賴喇嘛生活起居主要在7樓，設有經堂、卧室、講經堂、客廳等。7樓還有兩個殿，卓瑪殿和護法神殿。殿內供奉有一個少女乾屍，據説她原是旦巴林一個農民的女兒，後被寺廟以妖女為由處死，並將屍體風乾後塑為吉祥天女神像。