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開放閲讀框
鎖定
由於
密碼子(codon)讀寫
起始位點的不同,mRNA序列可能按六種ORF閲讀和翻譯(每條鏈三種,對應三種不同的起始位點)。ORF識別則是確定哪種開放閲讀框對應真正的多肽編碼序列的過程。
- 中文名
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開放閲讀框
- 外文名
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Open Reading Frame(ORF)
- 別 名
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開放式閲讀框架
- 定 義
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結構基因的正常核苷酸序列
開放閲讀框詞語釋義
在mRNA序列中,每三個連續鹼基(即三聯“
密碼子”)編碼相應的
氨基酸。其中有一個
起始密碼子AUG和三個
終止密碼子UAA、
UAG、UGA。
核糖體從起始密碼子開始翻譯,沿着mRNA序列合成多肽鏈並不斷延伸,遇到終止密碼子時,多肽鏈的
延伸反應終止。由於讀寫位置不同,ORF在下圖鏈上具有六種可能性。
一條鏈中的3種ORF
開放閲讀框軟件介紹
有很多找ORF的軟件,包括在線的,如:ORF Finder的功能ORF Finder被用來預測已存在的
編碼區的小基因序列。它較早應於序列設計,應用優於長片斷、高質量的匹配。ORF Finder把提交序列分成六個
亞區,並對這六個
閲讀框分別進行默認,賦予每個亞區一個確定其編碼內容的度量,如果可能將對每一亞區進行進一步分析。每個亞區按照已有的分類結果,被隨機提交給查找它們是否編碼
蛋白質的特定測試
收集器。最後只有那些具有編碼潛能的重要區域才被報道。
[1]
- 參考資料
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1.
Slightom J L, Durand-Tardif M, Jouanin L, et al. Nucleotide sequence analysis of TL-DNA of Agrobacterium rhizogenes agropine type plasmid. Identification of open reading frames[J]. Journal of Biological Chemistry, 1986, 261(1): 108-121.