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開放閲讀框

鎖定
分子生物學中,開放閲讀框(Open Reading Frame,ORF)從起始密碼子開始,結束於終止密碼子連續的鹼基序列,是DNA序列中具有編碼蛋白質潛能的序列。
由於密碼子(codon)讀寫起始位點的不同,mRNA序列可能按六種ORF閲讀和翻譯(每條鏈三種,對應三種不同的起始位點)。ORF識別則是確定哪種開放閲讀框對應真正的多肽編碼序列的過程。
真核生物中,ORF可能跨過外顯子,在mRNA中進行拼接
中文名
開放閲讀框
外文名
Open Reading Frame(ORF)
別    名
開放式閲讀框架
定    義
結構基因的正常核苷酸序列

開放閲讀框詞語釋義

開放閲讀框(open reading frame,ORF)是結構基因的正常核苷酸序列,從起始密碼子終止密碼子的閲讀框可編碼完整的多肽鏈,其間不存在使翻譯中斷的終止密碼子。 [1] 
在mRNA序列中,每三個連續鹼基(即三聯“密碼子”)編碼相應的氨基酸。其中有一個起始密碼子AUG和三個終止密碼子UAA、UAG、UGA。核糖體從起始密碼子開始翻譯,沿着mRNA序列合成多肽鏈並不斷延伸,遇到終止密碼子時,多肽鏈的延伸反應終止。由於讀寫位置不同,ORF在下圖鏈上具有六種可能性。
一條鏈中的3種ORF 一條鏈中的3種ORF

開放閲讀框軟件介紹

有很多找ORF的軟件,包括在線的,如:ORF Finder的功能ORF Finder被用來預測已存在的編碼區的小基因序列。它較早應於序列設計,應用優於長片斷、高質量的匹配。ORF Finder把提交序列分成六個亞區,並對這六個閲讀框分別進行默認,賦予每個亞區一個確定其編碼內容的度量,如果可能將對每一亞區進行進一步分析。每個亞區按照已有的分類結果,被隨機提交給查找它們是否編碼蛋白質的特定測試收集器。最後只有那些具有編碼潛能的重要區域才被報道。 [1] 
參考資料
  • 1.    Slightom J L, Durand-Tardif M, Jouanin L, et al. Nucleotide sequence analysis of TL-DNA of Agrobacterium rhizogenes agropine type plasmid. Identification of open reading frames[J]. Journal of Biological Chemistry, 1986, 261(1): 108-121.