閃光的哈薩維

U．C．0093年3月，隨着夏亞·亞茲納布爾攻擊地球的計劃被朗德·貝爾隊阻止，新吉恩與聯邦間的戰火亦逐漸平息。但聯邦始終未能完全統一地球圈，直至0100年．聯邦軍方以新吉恩殘黨及新奧古聯軍叛亂等事件為由，使SIDE3的吉恩共和國放棄自治權，而宣佈已完全消滅戰亂，從此將建立一個安定、和平的地球圈。

然而，聯邦自身卻並無多大改善，一天天持續向着官僚主義及特權主義的墮落，甚至欲制訂法案，讓地球變成少數特權階級居住的場所。為了對付非法在地球居住的平民百姓，成立特殊警察“AIEN HUNTER”用武力強行驅逐或乾脆實行殺戮。 在這種局面下，一位聯邦軍的老將軍匿名為庫瓦克·薩爾瓦，建立起秘密反政府組織“馬法狄·納比尤·艾林”(由蘇丹、阿拉伯及古愛爾蘭語合成的名字)，針對聯邦高官展開了暗殺等一系列恐怖活動。聯邦軍內素有聲望的布萊德大校之子哈薩維·諾亞，也加入了這一組織，並擔任重要職責。

U．C．0105年，馬法狄在月球複合企業秘密開發最新的機動戰士Ξ（GUNDAMΞ的名稱是受著名的NEWTYPE戰士阿姆羅·雷最後使用的機體νGUNDAM的啓發而得）。ΞGUNDAM裝備了米諾夫斯基引擎，可以模擬反重力推進，頭部則裝備了擴大駕駛員腦波的系統PSYCHO V PROGRAM。4月20日偽裝成隕石的ΞGUNDAM降落到地球赤道附近的海域，隱藏在眾多島嶼之中馬法狄的秘密基地。地球聯邦軍的基恩巴部隊受命討伐馬法狄，為此將新開發的機動戰士PENEROPE和其測試駕駛員林·埃姆送至地球。PENEROPE的機體設計思想也是根據高達系而來，亦裝備了米諾夫斯基推進器，有四門機關炮以及念動制導導彈。

馬法狄策劃在地球聯邦政府首腦會議時，暗殺所有的高官閣僚，以阻止聯邦軍制訂不平等的移民法案。作為ΞGUNDAM駕駛員的哈薩維借自己是植物觀察官研究生的身份與諸多閣僚搭乘特權階級的航天飛機回地球，並讓馬法狄的夥伴佯攻航天飛機，然後與基恩巴雷部隊新任司令柯內斯·斯雷克大佐聯手擊退馬法狄，獲取聯邦軍的信任。參觀了基恩巴雷部隊的基地及PENEROPE後，哈薩維躲過聯邦的監視，與夥伴們會合取得ΞGUNDAM，並駕駛它擊敗了來犯的PENEROPE。

數星期後，地球聯邦政府於香港召開首腦會議。馬法狄在機場安置炸彈，卻因NEW TYPE少女吉姬·安塔露茜婭的提示，令基恩巴雷部隊逃過這次毀滅性的打擊。其後，哈薩維代表馬法狄向聯邦發表宣戰通告，在佈下迷陣引開基恩巴雷部隊注意的同時，駕駛ΞGUNDAM率領眾人攻擊會議場，造成大半的聯邦閣僚死亡。柯內斯急中生智轉移戰場，並佈置下大量的光線結界，讓PENEROPE將ΞGUNDAM引誘到結界中，用高壓電將哈薩維擊昏。新的聯邦政府迅速地成立，接任的閣僚們一至認為必須將逮捕的馬法狄處以極刑。對聯邦產生厭倦的柯內斯提出辭呈，他不想親手處死好友哈薩維。但是，接任柯內斯太平洋地區軍管區司令一職的人卻是布萊德·諾亞——哈薩維的父親。毫不知情的布萊德在柯內斯將自己的兒子處刑之後，接手基恩巴雷部隊(不久之後聯邦通過了布萊德的退役申請，但誰也不知道布萊德後來的行蹤了)。兩天後，離開聯邦軍的柯內斯·斯雷克遇到吉姬·安塔露茜婭，發現了聯邦軍發表哈薩維是馬法狄的真相，而且竟然還説是由父親布萊德·諾亞“大義滅親”、親手執行了死刑。憤怒的柯內斯帶着吉姬飛往哈薩維的故鄉日本，他決定要重建馬法狄·納比尤·艾林，為了友人賦予這個名字所隱藏的含意——“人類生活的全領域、真實、正當的預言者之王”