閃亂神樂

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　　國立半藏學院 是所位於東京淺草，就讀人數眾多的升學高中，但其實這間學校有着不為人知的一面。那就是國家專門培育被稱為善忍的忍者秘密機關，通稱忍者科。就讀忍者科的飛鳥以及其他四名少女，在不被學院內的一般學生髮覺的情況下，為了成為一流的忍者日夜努力修行着。某一天，飛鳥們為了修行而前往商店街去趕走不良少年。在這裏飛鳥碰到了來淺草畢業旅行，卻和朋友走散的少女。雖然仍在修行途中，飛鳥還是很熱心地幫助那位少女尋找她的朋友。不料這名少女卻暗中將短刀拿了出來…

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　　飛鳥以及其他四名少女，正努力地修行忍者奧義的秘傳忍法。藉由將心中想像的生物具體化，來發揮強大的力量。當其他的成員們都已經成功地召喚出龍、鳳凰、或是烏賊時。唯獨飛鳥一直無法順利召喚出屬於她的召喚獸。雖然飛鳥在大家的面前仍保持開朗的笑容，但心中卻擔心再這樣下去會讓爺爺的名聲掃地而十分沮喪。隔天當飛鳥們修行回來後，忍者教室裏突然出現了壽司店的櫃枱。正當大家驚訝時，櫃枱後突然出現了一位和藹可親的老人。“爺爺！？”那名老人的名字就是半藏—沒錯，他就是飛鳥的爺爺，同時也是被人稱作傳説中的忍者的人。

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　　出門採買飛鳥爺爺歡迎會的飛鳥以及斑鳩兩人,在超市前被拿着武器的謎樣少女襲擊。少女針對着名門小姐的斑鳩而來,兩人對充滿敵意的少女的攻擊毫無招架之力,但忍結界的解除後謎樣少女也隨之消失了。斑鳩回到學院後，從導師的霧夜口中得知哥哥村雨行蹤不明。身為遠房親戚的斑鳩,為了代替了沒有忍者才能的哥哥,繼承忍者名門家系的傳家之寶“飛燕”,而被接來當養女,和哥哥幾乎沒有講過話。在歡迎會結束後,回房間的途中斑鳩思考着哥哥的行蹤,沒想到居然在房間碰見正要偷走“飛燕”的哥哥村雨。

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　　為了進行臨海修行，半藏學院的成員們來到的忍島。但沒想到住的地方，雖然聽説是間有名的忍者都在這裏進行修行，代代傳承下來的忍者屋。但是比想像中的還要破舊，於是一開始的修行就變成打掃屋子了。雲雀在打掃時，發現了樑柱上寫了“超級忍者”幾個字。雖然雲雀向霧夜老師問了這是什麼意思，卻被老師含笑帶過。隔天指導課程告一段落，正躺在沙灘上休息的霧夜聽到了鈴聲，正要起身查看發生什麼事時，突然旁邊射來了一支箭文。另一方面，正在享受海水浴的自由時間的雲雀一行人，蛇女子學園的成員們突然出現在她們的面前…

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　　 秘立蛇女子學園―隱藏在黑暗只中的秘密教育機關，專門培育非法忍者，也就是惡忍。從蛇女中選拔出來的五人被派往潛入半藏學院，並偷取藏在半藏學院的超秘傳忍法書。

另一方面，正在上課中的飛鳥等五人，在不知情的情況下聽到了入侵者的警鈴聲。於是霧夜為了查看情形，到外面去看查情況後，發覺只有木偶倒在地上。此時教室突然發生異狀，空間扭曲，被忍結界給包圍住的整個學院中，蛇女子學園的成員們出現了。而且其中一人還是以前飛鳥在淺草幫助過的少女－焰。

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　　蛇女子學園的五名惡忍，躲過監視網潛入半藏學院的舊校舍，並且展開了足以覆蓋整個舊校舍的連動忍結界。飛鳥等五人在結界中被孤立，飛鳥vs焔、斑鳩vs詠、柳生vs未來、葛城vs日影、雲雀vs春花 半藏學院的五人分別和蛇女子學院的五人互相對上，雖然飛鳥一行人使出了秘傳忍法，但仍敵不過惡忍們強大的力量。另一方面，在忍結界外被調虎離山的霧夜，站在被巨大的連動忍結界覆蓋的舊校舍上向遠方眺望時想起了過去的往事。其實連動結界是由霧夜曾經教導過的學生，所研究出來的傀儡忍述的應用技巧…

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　　飛鳥一行人，因半藏學院被蛇女子學園的學生潛入一事，於是霧夜提出了新的特訓。這特訓其名為“ハイ・キン・グ（這緊虞）”(日文同音遠足)。為了增強生存技巧，必須只配備最低限度的裝備，在極為嚴酷的環境存活兩天整，同時達成被賦予的任務。是非常嚴峻的修行。飛鳥們為了贏得勝利，互相競爭前往搶奪放置在山頂上的卷軸。但路途上有著各式各樣的難關正等着她們。通過各種難關，遍體鱗傷的飛鳥們，最後終於成功攻上山頂，沒想到最後出現在眼前的敵人，居然是傳説中的前輩―大道寺。

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　　忍者教室的修行一日比一日來得嚴格，但云雀仍躲不過霧夜所射出的手裏劍，於是柳生又忍不住保護了雲雀。結果落得兩人都被留下來加強修行。霧夜認為這五個學生，各自有着不同的特質，只要好好鍛鍊的話都能有一番成就。回想三年前剛進入忍者科一年級的斑鳩和葛城，雖然起初互相厭惡對方，但現在卻是比任何人都來的要好的拍檔。兩年前入學的飛鳥，雖然一開始也笨手笨腳的，但為了不負傳説中忍者之孫的名號，也每日努力地修行着。另一方面，大道寺察覺到蛇女子學園的惡忍們，所使出的忍術都是當初一次也沒贏過，同是忍者科的凜在忍者修行時所使用過的忍術。要做出了斷的時刻也慢慢接近了。

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　　自上次的奇襲以來，理當已經加強過警備的舊校舍，仍被不明人士入侵，將超秘傳忍法書偷出。霧夜命令飛鳥們在自己的房間裏待命，才察覺到不知何時雲雀竟然不見了。蛇女子學園的惡忍操控了雲雀，讓她去偷出超秘傳忍法書。為了奪回忍法書以彌補過錯，雲雀自己一人前往了蛇女子學園。另一方面，柳生覺得雲雀消失不見的責任在自己身上，在還不清楚蛇女子學園位置的情況下就衝出房門要去尋找雲雀。同時，轉入蛇女子學園的雲雀，出來迎接她的竟是春花們的教官，鈴音…

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　　霧夜被鈴鐺聲誘導到四周無人的中庭，在那裏等待他的人竟是鈴音。霧夜從對方的刀法看破敵人為曾是自己學生的鈴音。鈴音表示會在蛇女子學園恭候對方大駕，同時留下蛇女的地圖就消失了。飛鳥們聽到霧夜知道蛇女位置後，不顧霧夜的反對堅決要深入敵陣救出雲雀和奪回超秘傳忍法書。另一方面，雲雀得知飛鳥們要前來蛇女，決定要潛入蛇女子學園天守閣的最上層，奪回超秘傳忍法書…

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　　飛鳥一行人順利潛入蛇女子學園後，為了救回雲雀以及奪回忍法書，朝向天守閣前進。將警衞忍者都解決後，終於找到通往天守閣的隱藏門。但沒想到裏面居然有如迷宮般的複雜。而且詠和其他惡忍正準備好要埋伏她們。為了讓其他同伴們往前進，斑鳩自己佈下了忍結界，決定與詠一決高下。另一方面柳生、葛城和飛鳥也分別對上了未來、日影和焰。同一時間，被綁在牢房裏的雲雀，從春花口中得知：能解開施在蛇女子學園學生身上的“束頸之術”，這個只要失敗就會死亡的邪術的人，就只有蛇女子學園的學園長，道元而已…

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　　飛鳥一行人將焰等四人擊倒後，繼續趕往天守閣準備奪回超秘傳忍法書。但沒想到應該已經被打倒的焰等四人，又再度出現在飛鳥們的眼前。雙方一陣激鬥中，道元突然出現在她們的面前，佈下忍結界將飛鳥及焰拉了進去。此時道元正準備利用，陰與陽的超秘傳忍法書對她們兩人產生反應，來完成他的野心。為了救出飛鳥和焰，善忍及惡忍們互相聯手，準備要一起打倒道元…