鋼之鍊金術師 FULLMETAL ALCHEMIST

曾是國家鍊金術師，卻在伊修巴爾殲滅戰後投身反政府運動的男子“冰凍之鍊金術師”艾薩克，突然現身於中央。“焰之鍊金術師”羅伊‧馬斯坦奉大總統金‧布拉德雷之命，與擁有機械鎧手腳的少年“鋼之鍊金術師”愛德華‧艾爾利克，以及其弟弟阿爾馮斯‧艾爾利克前往執行緝捕任務。艾薩克似乎有所企圖，不斷在中央殘殺軍人與市民。他真正的目的究竟是什麼呢？

愛德與阿爾為了讓温柔的媽媽復活，決定挑戰被視為最大禁忌的“人體煉成”，然而等待着兩兄弟的卻是過於巨大的代價。某日，在陷入絕望深淵的兩兄弟面前出現一名軍人，他給了這兩兄弟一個建議，那就是成為國家鍊金術師。為了奪回失去的東西，艾爾利克兄弟開始了漫長的旅途！

愛德與阿爾得知里歐爾有個會使用“奇蹟之術”的教主，因此來到此地。這名雷託教教主柯奈洛所施展的鍊金術，居然違背了等價交換的原則。為了探查真相，愛德與阿爾在當地認識的少女羅珊的引領下，終於有機會與柯奈洛見面。

羅伊介紹一名“綴命之鍊金術師”修‧塔卡給愛德與阿爾認識，塔卡是在兩年前曾經成功合成合成獸的生體煉成權威。愛德與阿爾來到塔卡家尋找資料的同時，也與他女兒妮娜變得感情很好。另一方面，由於一年一度的國家鍊金術師審定日即將到來，讓塔卡感到相當焦慮。

震撼亞美斯多利斯，專挑國家鍊金術師殺害且神出鬼沒的神秘人物“傷疤男（斯卡）”出現在東都。愛德與阿爾在城裏巧遇斯卡後，隨即遭到斯卡的攻擊。斯卡的驚人戰鬥能力與不可思議的“破壞的右手”，讓愛德與阿爾完全沒有招架之力。

為了修復損毀的機械鎧，愛德、阿爾與阿姆斯特朗一起回到故鄉利塞布爾。當他們在中途的車站休息時，阿姆斯特朗湊巧看到一名男子。這名男子叫馬可博士，他過去曾在軍方的研究所研究鍊金術的醫療應用，伊修巴爾內亂後卻突然失蹤。愛德一行人前往探訪馬可，此時他們才發現原來馬可曾經奉軍方的命令研究過“賢者之石”的這項驚人事實。

愛德與阿爾來到國立中央圖書館第一分館尋找馬可的研究資料，但是他們抵達後看到的卻是分館遭到大火吞噬後的慘狀。為了確認馬可的資料是否真的曾經放在分館，在羅斯少尉的安排下，他們去見了一名據説對分館的資料很熟悉的少女榭絲卡。經過一番詢問後，榭絲卡證實了那些資料確實是放在已經燒光的分館。正當愛德等人為此感到沮喪時，榭絲卡提出了一個意外的提案。

為了追查賢者之石的真相而潛入第五研究所的愛德，發現了畫在地面的賢者之石煉成陣。此時，身穿盔甲的男子48號對愛德發動攻擊。另一方面，在研究所外等待愛德的阿爾，也遭到66號的襲擊。在激烈的戰鬥中，他們發現了一個意外的事實，原來48跟66居然和阿爾一樣，都是靈魂附着於盔甲上的存在。

愛德在第五研究所的戰鬥中不僅損壞了機械鎧，身體也受了重傷。他馬上聯絡在利塞布爾的温莉，請她前來中央修理機械鎧。此時，阿爾因為巴利的一句話而陷入了迷惑。“自己的靈魂跟記憶，是否都是哥哥假造出來的？”這種疑惑在他心中漸漸擴散開來，最後甚至開始影響了他們對從未動搖的兄弟之情。

愛德與阿爾在病房裏，將第五研究所發生的事情告訴阿姆斯特朗與休斯等人。人柱、賢者之石的煉成陣，以及有着銜尾蛇刺青的一羣人，讓這一連串的謎題更為加深。此時，大總統布拉德雷突然出現在他們面前。他告訴愛德等人軍方內部正有人圖謀不軌，並要求他們在掌握事件全貌之前不得輕舉妄動。雖然得到大總統的忠告，但敵人的魔爪仍伸向了意外的人物身上。

在温莉的強烈要求下，愛德與阿爾跟她一起來到機械鎧技師的聖地“拉修巴雷”。沒想到抵達後不久，愛德身為國家鍊金術師的證明銀懷錶卻被一名叫帕妮孃的少女給扒走了。但也因為發生了這件事，讓愛德等人與帕妮娘，以及幫帕妮娘製作機械鎧雙腳的多明尼克與他的家人產生了意外的互動。温莉看到多明尼克的機械鎧技術後，馬上表明希望能拜他為師。就在此時，原本懷孕的多明尼克兒媳莎特拉，突然感到了陣痛。

愛德與阿爾抵達達普利斯後，與師父伊茲米久違地重逢。他們見到伊茲米沒多久，就從伊茲米口中得知父親霍恩海姆的消息。當晚，愛德想起了第一次見到伊茲米時發生的事。母親過世後不久，愛德與阿爾為了磨練自己的鍊金術，因而死纏着伊茲米要求收他們為徒，沒想到等待着兩人的卻是為期一個月的無人島野外求生訓練。兩兄弟最後能否找到伊茲米要他們找出的“一即是全，全即是一”的答案呢？

羅伊終於調回了中央。另一方面，被人造人打成重傷的斯卡，也開始準備前往中央。此時，為了找回真理之門的記憶而暫住在伊茲米家的阿爾，遇到了一羣自稱知道阿爾秘密的詭異人士。阿爾後來才發現，原來這些人居然全部都是合成獸。

在伊茲米的擾亂下，讓愛德與格利德的戰鬥出現了轉機。沒想到此時金‧布拉德雷突然率領國軍衝入建築物，打算殲滅格利德與他的同夥。格利德原本打算派部下抱着阿爾逃走，結果卻遭到金‧布拉德雷的阻擋，並對人造人的格利德發動壓倒性的猛攻。在這場戰鬥中，格利德從布拉德雷的眼中看到了讓他無法置信的東西。

當斯卡與尤基正準備出發前往中央時，一名神秘少女“梅”突然出現在他們面前。能夠使出“煉丹術”這種不可思議法術的這名女孩，自稱是來自東方的大國‧興國，前來亞美斯多利斯的目的則是為了尋找長生不老的方法。另一方面，為了修理機械鎧而來到拉修巴雷的愛德與阿爾，認識了一名倒在路上的少年‧麟，他同樣也是來自興國，目的是為了得到賢者之石。當愛德被麟問到關於賢者之石的事時，愛德卻謊稱他什麼都不知道。沒想到此時，愛德與阿爾的背後突然被人持刀抵住。

羅伊與巴利接觸後，漸漸掌握休斯遭到殺害的事件真相，羅伊的一連串行動最後也被人造人們發現。此時，與温莉一起來到中央找休斯的愛德與阿爾，卻從在軍部見到的瑪麗亞‧羅斯口中得知休斯已死的震驚消息。但此時温莉已先行獨自前往休斯家。

羅斯被當成殺害休斯的嫌犯，遭到軍方拘禁。眼看羅斯的處境越來越危險，沒想到巴利卻在此時襲擊了拘留所，將剛好也被關在該處的麟也一併救出逃亡。在軍方下令格殺勿論的緝捕令後，愛德與阿爾為了探求事件的真相而前往中央司令部。沒想到在他們抵達司令部之前，羅伊就已經出現在羅斯面前，並朝着她發射火焰閃光。

在羅伊的命令下，阿爾被獨自留在中央，愛德則與阿姆斯特朗一起前往利塞布爾。沒想到抵達不久就在布萊達的安排下，暗中前往傳説中的王都‧克塞魯克塞斯的遺蹟。愛德經過一番努力才跨越大沙漠，並在該處與福爺重逢。愛德一行人在福爺的帶領下前往遺蹟的內部，沒想到卻在這裏意外地遇見了某個人。

羅伊對人造人策劃的作戰，即將進入最後關鍵。巴利為了尋找自己的肉體而潛入第三研究所的地底，羅伊也與哈勃克、阿爾等人一起進入。哈勃克與羅伊分成兩路前進，卻在途中遇見打算來收拾他們的拉絲特，羅伊在此時才得知人造人的真實身份與秘密。羅伊雖然感到困惑，最後仍成把握一絲機會引發大爆炸，將拉絲特炸成碎片。但在賢者之石驚人力量的加持下，復活的拉絲特卻在瞬間用自己的矛鋭利地刺穿哈博克與羅伊的身體。

愛德與阿爾的父親霍恩海姆，久違地回到了利塞布爾。但愛德因為不滿他讓母親朵莉夏受苦，因此對他也相當不客氣。霍恩海姆在得知愛德兩兄弟曾做過人體煉成後，以疑問的口氣對愛德説“那真的是朵莉夏嗎？”。隔天，霍恩海姆離開村子後，愛德與比拿可前往老家的跡地，目的是為了挖出被埋於該處的自己的罪孽證據，由人體煉成做出的母親遺體。

愛德與阿爾來到醫院探訪在與拉絲特的戰鬥中負傷住院的羅伊與哈勃克，他們在此得知人造人的大本營居然也是在大總統官邸，這也讓他們對於自己所面對之巨大存在感到寒顫。當兩兄弟正打算前往探尋人造人的秘密時，突然又接到斯卡現身於中央的情報。

蘭芳遭到布拉德雷砍傷，雖然麟即時趕來救助，但最後仍被布拉德雷與格拉託尼逼到無路可退。另一方面，與格蕾西亞一起來到休斯墓前掃墓的温莉，在回程的路上得知愛德與阿爾正與斯卡戰鬥中。温莉急忙趕到現場，沒想到卻湊巧聽到斯卡正是殺害自己父母的犯人之事實。

愛德與阿爾為了緝拿人造人，將傷心的温莉交給軍方保護後，打算與斯卡再戰一場。羅伊與霍克艾為了支援愛德兩兄弟，也同時趕往現場。此時，麟一邊抱着蘭芳，一邊設法躲過布拉德雷的猛烈攻勢。雖然麟勉強躲過眼前的危機，但最後仍無法甩掉奉布拉德雷之命前來追殺兩人的格拉託尼。蘭芳認為自己拖累了麟，最後居然持刀朝着自己的身體。

馬可被人造人帶回他們的大本營囚禁，他猜測這些人造人打算犧牲所有亞美斯多利斯國民，藉以架構出“國土煉成陣”。另一方面，愛德、阿爾與麟雖然設法想阻止失控的格拉託尼，但格拉託尼能把所有東西吞下的能力，讓三人完全無計可施。在這場戰鬥當中，麟又感覺到存在着某些詭異的氣息。

愛德被格拉託尼吞了進去，當他回過神來後才發現自己身處於一片無止盡血海的漆黑詭異空間。愛德雖然在這裏遇見了麟，但兩人仍找不到逃出去的方法，最後他們又遇到了被一起吞進來的恩維。恩維告訴他們這裏是格拉託尼的肚子裏，同時也是“父親大人”做失敗的真理之門，而且一旦進來就無法出去。

阿爾與小梅為了去見父親大人，與格拉託尼一起前往人造人的大本營。一行人在前往的途中湊巧被出來找小梅的梅與斯卡撞見，梅與斯卡也決定跟蹤他們一起潛入地底。另一方面，恩維在格拉託尼的肚子裏顯露出他真正的模樣，並朝着愛德與麟發動攻擊。沒想到當愛德看到構成恩維身體的人們的模樣後，居然遲遲不敢還擊，最後被恩維打倒。眼看愛德就要被恩維吞進去了，意識朦朧的愛德在此時突然想起克塞魯克塞斯的煉成陣，並想到了從格拉託尼肚子裏逃出的方法。

某個村子正在舉辦祭典，霍恩海姆也坐在一旁觀看。此時，一名年輕女子拿着酒來找他，這名女子叫比拿可‧洛克貝爾。比拿可與霍恩海姆一邊喝酒，一邊談着這個國家的狀況與愛德兩兄弟的旅行。當酒酣耳熱之時，另一名少女出現在霍恩海姆面前，接着又出現一名長相酷似霍恩海姆的男子，他們身處的世界漸漸地產生扭曲。

在格拉託尼的帶領下，阿爾與小梅來到了父親大人的所在處。此時格拉託尼的肚子突然裂開，愛德、麟、恩維從中冒了出來。兩兄弟雖然對重逢感到開心，但馬上卻被父親大人的長相給嚇到，因為他居然跟兩兄弟的父親霍恩海姆長得極為相似。父親大人雖然給予兩兄弟款待，但卻下令人造人殺了麟。雖然兩兄弟試圖反抗，卻因為父親大人的神奇力量而無法使出鍊金術，與麟一起遭到了制服。接着父親大人又説“格利德的位子還是空着的”，然後從體內取出賢者之石朝着麟的身體送去。

被恩維等人抓到的愛德與阿爾，在父親大人的指示下被帶去移交給中央司令部的布拉德雷。愛德兩兄弟進入房間後看到羅伊已經坐在房內，接着並從羅伊口中得知包含霍克艾在內的羅伊所有部下都被調職，以及軍方高層早已落入敵人的手中。愛德向布拉德雷表示，他不想繼續成為父親大人的幫兇，打算歸還國家鍊金術師的資格。

愛德為了歸還跟霍克艾借的槍，因此來到霍克艾的住處找她，愛德也坦承自己在戰鬥中不敢開槍的事實。接着愛德又問了霍克艾是否曾感到槍很沉重，以及霍克艾奉命前往參加的伊修巴爾殲滅戰所發生的事。就在同時，被關在中央司令部地底的馬可，正打算將軍部在伊修巴爾所幹下的種種恐怖行為告訴斯卡。

愛德離開了霍克艾的家之後，在街上遇到了阿爾。愛德將羅伊與霍克艾等人在伊修巴爾戰之後仍不放棄活下去的念頭，以及他們很清楚“達成目的後的下一步該做什麼”等事告訴阿爾，兩兄弟也再次下定決心要找回失去的身體。另外愛德也告訴阿爾在與父親大人戰鬥的時候，地面的人也無法使出鍊金術的事。愛德與阿爾對於當時仍能發揮力量的煉丹術感到期待，隔天早上馬上跑去找梅打算詳細詢問關於煉丹術的事。

古拉曼與羅伊在休斯的墓前密會，羅伊將過去發生的事全都告訴古拉曼，希望得到他的協助。另一方面，愛德一直找不到梅的行蹤，此時阿姆斯特朗前來探訪，並告知梅他們已經往北方去了。聽到此事後，愛德打算馬上出發去找他們。阿姆斯特朗給了愛德一封親筆介紹信，並要他抵達北方後首先去找一名素有“布里克茲的北壁”之稱號的布里克茲要塞駐守將軍。此時，阿爾也遇到一名意外的人物。

金布利與搜索隊一行人，為了搜尋斯卡與馬可的行蹤而往西走去。在情報混亂的狀況下，金布利猜測斯卡打算經由西方往北前進。當晚，斯卡果真潛伏於往北行駛中的貨物列車中。此時，金布利突然現身，並與曾在伊修巴爾戰交手的斯卡重逢。眼看殺死自己哥哥的兇手就出現在面前，斯卡的憤怒也在此時完全爆發。

好不容易抵達布里克茲要塞的愛德與阿爾，馬上對當地的指揮官‧奧利維亞表明自己前來的原委與目的，並希望能得到協助尋找梅。愛德與阿爾也被要求在找到梅之前，得在要塞內幫忙工作。奧利維亞的輔佐官，同時也有着伊修巴爾血統的軍人邁爾茲除了幫兩人帶路，還告訴他們奧利維亞的行事作風，以及這個要塞的規則就是“弱肉強食”。兩兄弟在途中還遇見了被降職調到布里克茲要塞的法爾曼，沒想到此時卻聽到地底傳來了陣陣的詭異聲響。

奧利維亞對於襲擊要塞的人造人斯洛斯，展開了“布里克茲風格”的反擊，那就是利用能將一切東西冰凍起來的布里克茲的自然環境。隔天，邁爾茲得知金布利住進附近的醫院，因此前往探望。此時，愛德與阿爾在斯洛斯挖掘的隧道內，將一切真相告訴奧利維亞，他們也在對話中察覺到這個國家的成立，似乎有些詭異之處。

霍恩海姆獨自佇立於毫無人煙的山裏。當他將手指刺進胸膛，從體內取出紅色血塊時，突然想起了昔日與家人的種種回憶。此時，當奧利維亞正打算問出軍方的企圖而配合雷文談笑之時，突然有人回報在斯洛斯挖掘的隧道內進行搜索的成員失去聯絡。

在布拉德雷的策劃下，温莉被帶來了布里克茲要塞。這也讓愛德與阿爾深深感到自己的存在完全掌控在那些人造人以及敵人手中。另一方面，為了搜尋失蹤的搜索隊，巴卡尼亞率領另一支隊伍進入斯洛斯挖掘的隧道。雖然他們奇蹟似的救出了兩名生還者，但他們身後卻有個詭異的影子悄悄逼近。就在同時，來到布拉德雷家中的霍克艾也察覺到背後有種詭異的氣息，沒想到出現在那裏的竟是。

為了緝捕斯卡，愛德、阿爾、温莉與金布利、邁爾茲等人一起來到巴茲庫爾這個城鎮。當大家分頭開始找斯卡時，愛德與阿爾甩掉軍方的監視，試圖靠自己找出斯卡以及跟他一起行動的梅。沒想到他們沒花費多久時間，就與梅、馬可、尤基等人重逢，當他們正在聽尤基訴説的悲慘過去時，與梅等人分頭行動的斯卡被金布利的部下發現行蹤。

愛德與阿爾終於聯手抓到了斯卡，沒想到温莉卻幫這個殺死父母的仇人療傷。當斯卡問她“你是要原諒我嗎？”，温莉只是毅然地回答他“我並沒有原諒你的無理蠻橫”。另外，雖然身上留着伊修巴爾人的血，但為了“改變這個國家”而繼續留在軍中的邁爾茲，他的存在也讓斯卡的想法產生新的變化。在馬可等人的懇求下，邁爾茲最後決定暫時釋放斯卡。當他們正在思考如何才能瞞過金布利的監視將温莉與斯卡等人一起藏匿在布里克茲要塞之時，温莉卻説出了一個讓大家感到意外的方法。

奧利維亞在布拉德雷的命令下，被召回了中央司令部。為了尋找突破的機會，她刻意接近布拉德雷，並轉調至軍方高層。另一方面，與霍克艾在中央司令部的餐廳重逢的羅伊，透過霍克艾轉告的暗號得知大總統之子塞利姆的真實身份。此時，在中央司令部的地底，父親大人正夢見着過去的那段日子。當時的克塞魯克塞斯王國仍非常強盛，因使用了被稱為“23號”的奴隸少年的血而誕生的他，為了回謝這名少年而幫他想了個名字。那就是“馮‧霍恩海姆”。

邁爾茲等布里克茲要塞的成員，試圖暗中殺死金布利與其部下。愛德雖然提議希望能活抓他們，但反被邁爾茲斥責“你的那種天真個性，説不定會奪走你或夥伴的性命”。邁爾茲等人雖然試圖等到金布利落單時加以狙擊，但他們的計劃卻早已被金布利察覺，並在發動攻擊的前夕遭到反擊。不僅如此，化身為合成獸的金布利部下塔利烏斯與海因凱爾，還對愛德發動攻擊。

温莉等人抱着突然昏迷的阿爾，來到途中的山間小屋。他們在此一邊休息，一邊試着解讀斯卡哥哥的書。梅在聽到醒來後的阿爾與馬可的對話後，像是得到線索似的對斯卡哥哥的書做了一些動作，最後成功找出隱藏於其中的煉成陣。沒想到，這個煉成陣居然就是。另一方面，金布利在斯洛斯挖掘的洞窟與普萊德相遇，普萊德命令金布利反過來利用布里克茲士兵的團結，在布里克茲刻下血紋。

馬可等人躲在“阿斯別克”這個伊修瓦巴人的貧民窟，恩維從贊帕諾口中得知這個消息後也隨即前往。雖然馬可與傑爾索等人試圖反擊，但馬可仍被巨大化的恩維抓住。恩維一一説出馬可過去犯下的罪行，並慢慢地加以折磨。不僅如此，恩維還説出馬可過去的部下，已經全被做成賢者之石之事。馬可在得知此事之後。

阿爾等人在里歐爾與霍恩海姆重逢，阿爾告訴霍恩海姆至今發生的事，以及愛德目前下落不明。此時，塔利烏斯出現在北都的銀行，並領走愛德帳户中的錢，他在領完錢後直接回到鎮上的醫院，沒想到卻被軍方人士暗中跟蹤。另一方面，彼得為了尋找格利德而潛入中央軍司令部的地底，並在此遇見外表已變成麟的格利德。

為了回興國而來到尤斯威爾這個東部城鎮的梅，受到當地居民的熱情款待。這也讓原本對自己要拋下亞美斯特利斯的人們獨自回國的行為而猶豫的梅，內心感到更為掙扎。另一方面，愛德與達利烏斯為了尋找阿爾而來到羅伊在中央的藏身之處，結果在此遇見了暫時取回身體主導權的麟，麟把父親大人將在“終將到來之日”當天開起真理之門的這件事告訴愛德。

温莉在“約定之日”到來的前夕回到了利塞布爾的老家，沒想到卻意外地與愛德重逢。另一方面，與邁爾茲一起暗中來到東部的阿爾，在藏匿處突然又產生了靈魂似乎要被扯回原有肉體的感覺，由於這種感覺發生的間隔越來越短，這也讓阿爾感到相當不安。此時，阿爾的行蹤居然被格拉託尼發現了，雖然阿爾想要逃走，但此時靈魂又開始遭到肉體的拉扯，最後讓阿爾陷入昏迷。

愛德一行人在卡納馬這個部落與霍恩海姆重逢，霍恩海姆也告訴愛德關於他身體的秘密，以及父親大人將利用在隔天發生的日蝕開啓真理之門等事。接着，愛德也將比拿可要他轉達的母親朵莉夏的遺言告訴霍恩海姆。當愛德等人稍做休息，正打算啓程前往中央時，阿爾突然出現在他們的面前，雖然愛德很高興能與阿爾重逢，但格利德體內的麟卻察覺到一股詭異的氣息。

愛德等人在重新復出的蘭芳的幫助下，一口氣逆轉了戰局。但在此時，在另一個地點與普萊德對戰的海因凱爾，卻因為不論怎麼攻擊都無法擊倒普萊德而陷入苦戰。最後周圍的燈光也漸漸亮起，讓原本被封住的普萊德的影子得以復活。另一方面，在養母的協助下，羅伊查出了塞利姆的真實身份，但此時在他的背後，居然出現了軍方的密探。

普萊德以殘忍的手段取得了格拉託尼的能力，愛德等人也對他的這種能力束手無策，沒多久就被逼到無路可退。此時，被帶到其它地方的阿爾總算醒來，當他知道哥哥等人是因為自己而身陷險境時，主動向霍恩海姆提出一個計劃。霍恩海姆為了執行這個計劃，獨自前往挑戰普萊德，當他對普萊德發動攻擊的瞬間，繞到普萊德背後的阿爾也同時向前狂奔，試圖壓制普萊德。沒想到在最後一刻，阿爾還是被普萊德抓到了。

羅伊挾持布拉德雷夫人作為人質，對中央司令部展開全面反叛，原以為這場叛變會馬上遭到鎮壓，沒想到在羅伊一行人的巧妙攻擊，以及查理小隊等布里克茲軍的助陣下，讓這場叛變演變為擴及中央全域的激烈巷戰。此時，羅伊等人與協助策劃這場叛變的某個人物相遇。這個人也告訴羅伊，其實還有一名暗中提供協助的意外人物。

在軍方高層的指使下，人偶士兵終於被大量放了出來，這羣不畏死亡的不死之身，甚至把理應聽令遵從的軍方高層人士也加以啃食，接着又襲擊了愛德等人。另一方面，公然反叛軍方高層的奧利維亞，遭到奉命前來剷除她的斯洛斯的攻擊。此時，與被封閉在土堆中的阿爾一起留在卡納馬部落附近的海因凱爾，察覺到普萊德在土堆內不斷敲着阿爾頭部的行為其實另有意圖。但為時已晚，金布利已出現在他背後。

因為海因凱爾的一番話，讓阿爾決定使用賢者之石的力量。他利用被封閉在石頭中的眾多靈魂的力量，對普萊德與金布利兩人展開激烈的戰鬥，絲毫不輸給他們兩人。另一方面，在阿姆斯特朗的參戰後，讓奧利維亞對斯洛斯出現了些微的勝機。沒想到斯洛斯也隨即停止怠惰，認真使出了全力。他的那股隱藏的力量究竟是什麼。

布萊達等叛軍成員佔領了中央的廣播電台，他們並將其實真正想發動政變的是軍方高層，自己只是為了阻止而行動的這種捏造理由透過電台告訴國民。另一方面，當愛德與斯卡等人正在地底與大量的人偶士兵搏鬥時，羅伊與霍克艾，以及梅跟一路追殺着她的恩維也同時出現。第一次見到恩維的羅伊，隨即問恩維是不是他殺了休斯。恩維給他的答案是？

羅伊與霍克艾利用兩人絕妙的默契，戳破了恩維設下的卑劣陷阱，已超越力量極限的恩維，再次變回宛如小蜥蜴般的模樣。羅伊也彷佛遭到什麼東西附身似的，堅持要親手殺死恩維，但是，霍克艾卻在此時將槍口朝向羅伊，試圖阻止他。就在同時，愛德與斯卡也因為擔心羅伊而趕回現場。他們告訴羅伊“若是隻為了復仇而復仇，並不會對任何人有助益”。眼看自己追查已久的仇敵就在眼前，羅伊最後會做出什麼行動？

巴卡尼亞等人率領的布里克茲軍終於佔領了中央司令部本部。此時，奧利維亞與阿姆斯特朗正率領着倖存的中央軍士兵與大量的人偶士兵戰鬥，沒想到原本被封住行動的斯洛斯又動了起來，並讓他們受到瀕死的重傷。即使如此，阿姆斯特朗仍不願逃走，堅持要留下來替在場的士兵們戰鬥。沒想到此時，他們得到了一名意外人物的幫助。

與父親大人陷入對峙的霍恩海姆，花了漫長的時間，結束與在他體內的53萬6329人的靈魂對話後，決定使用他們破壞父親大人的身體內部。另一方面，布里克茲軍雖然對回到中央司令部正面入口的布拉德雷展開全面射擊，但布拉德雷卻單靠自己一個人就加以擊破，巴卡尼亞也在戰鬥中受到瀕死的重傷。即使身處這種生死關鍵，法爾曼仍拼命地將槍口朝向大總統，此時，原本失蹤的格利德居然出現在他們面前。

愛德與羅伊等人為了找出父親大人的下落而進入地底，並於途中的廣場遇見一名裝有金假牙的醫生。這名自稱是“做出金‧布拉德雷的男人”的醫生，當他知道羅伊也在場後，隨即從身邊叫出一羣“或許有機會成為布拉德雷”的強悍中年男子，對愛德等人發動襲擊。另一方面，格利德與福爺在中央司令部的入口與布拉德雷交戰。但縱使兩人聯手仍無法擊倒布拉德雷，福爺甚至還被布拉德雷砍傷。

在福爺與巴卡尼亞賭上性命的聯手作戰，以及蘭芳與布里克茲士兵的協助下，格利德終於成功將布拉德雷從城牆上擊落至壕溝內。巴卡尼亞由於曾經幫助福爺，麟為了實現自己在巴卡尼亞死前答應的承諾，因而藉助格利德的力量獨自對中央軍發動猛攻。此時，被無數的黑影之手抓住，並被拉進真理眼中的愛德，與阿爾、伊茲米一起被扔進父親大人的房間。

在金牙醫生與羅伊的對決之地，梅與桑巴諾等人也趁機發動攻擊。眼看局勢就要逆轉，沒想到普萊德與原被認為已死亡的布拉德雷居然再次出現。布拉德雷持劍朝着羅伊砍去，並直接將羅伊的手掌刺穿於地面。普萊德隨即利用羅伊，並拿金牙醫生做為犧牲品，開始強制進行人體煉成。

五個人柱終於聚集於父親大人面前，但是愛德與阿爾等人仍未放棄，並試圖與小梅等人趕在國土煉成陣發動前打倒父親大人與普萊德。就在同時，布拉德雷與斯卡也在另一個地點展開決鬥，雖然布拉德雷身負重傷，但他的動作仍勝於斯卡，並將斯卡逼到無路可走。就在此時，斯卡的左手發出煉成光，並從地面發出尖刺般的石柱將布拉德雷彈開。

父親大人使用亞美斯多利斯所有國民的性命，從天門引出強大的力量，他並稱這股力量為“神的力量”。當一切看似陷入絕望之際，霍恩海姆設下的煉成陣突然啓動。另一方面，在另一個地點對戰的斯卡與布拉德雷，眼看就要分出勝負。

在霍恩海姆的策略下，成功讓父親大人的身體失去了亞美斯多利斯國民的靈魂。父親大人為了繼續保有體內的神力，開始襲擊身邊的人們試圖藉此取得靈魂。為了消滅父親大人體內的賢者之石，存活下來的布里克茲士兵與羅伊、阿姆斯特朗等人使出渾身的力量，不斷髮動攻擊。但在父親大人的反擊下，阿爾失去了身體，愛德右手臂的機械鎧也遭損毀。眼看父親大人就要奪走愛德的靈魂，阿爾為了拯救哥哥而不惜做出殘酷的決定。那就是。

賭上亞美斯多利斯命運的最後一戰！

愛德、阿爾的漫長旅途，即將劃下休止符。