鋼之鍊金術師

為追求藴藏着強大力量的“賢者之石”而持續旅行的艾爾利克兄弟，哥哥愛德華，是史上最年輕獲得國家鍊金術師資格的天才鍊金術師，弟弟阿爾馮斯，雖然外表是壯碩盔甲姿態，事實上是個非常温柔體貼的少年。來到東方邊境的小鎮里歐爾的兩人，在那裏他們目擊了自稱為太陽神雷特代理人，柯奈洛教主的“奇蹟之術”。

因關係到“賢者之石”，艾爾利克兄弟在里歐爾教會的秘密地下室與柯奈洛教主對決。但是卻遭到察覺教主有危機的雷特教信徒們打斷。兩人雖然逃到街上，但卻被信仰深厚的里歐爾鎮民發現幷包圍。因“奇蹟之術”而動起來的雷特神像，致使阿爾被破壞、愛德被逮捕，並且被拖到柯奈洛的面前。

在旅途中順路繞進的街角舊書店裏，找到了鍊金術入門書的愛德和阿爾，回想起了閲讀這本書學習時的往事。那是在兩人還很幼小的時候，在故鄉利賽布爾村生活的事。他們想看到母親開心的笑容，為了這個單純的心願，兩人開始爭相學習鍊金術。

為了成為國家鍊金術師，艾爾利克兄弟離開故鄉利賽布爾出外旅行。旅途中聽到鍊金術師馬吉哈魯的傳聞，而前往造訪其居住的村莊，但那個村子卻傳出死人復活陸續攻擊活人的不祥謠言。

為了成為國家鍊金術師，愛德華與阿爾朝向中央市前進。當打電話向馬斯坦中校報告自己即將到達的消息時，出乎意料的被命令搭上下一班列車。於是兩人遂急忙跳上指定的火車。沒想到，與家人出來旅行的哈克洛將軍正好也在該列車上。

為了準備國家鍊金術師資格考試，愛德華與阿爾住進了由馬斯坦介紹的，生物體煉成界的第一人“綴命之鍊金術師”修‧塔卡的家中。受到塔卡的女兒妮娜與愛犬亞歷山大的鼓勵，兄弟倆每天都埋首苦讀。然後，考試當天，愛德華與阿爾前去應考了。

愛德華以12歲的年紀通過“國家鍊金術師資格考試”的試驗，成為了史上最年輕的合格者，並從馬斯坦手中接下了作為國家鍊金術師證明的銀懷錶。然後塔卡家舉辦了慶祝派對，妮娜與亞歷山大玩得不亦樂乎。但塔卡此時卻為了即將到了的審定日子，被逼入了絕境。

愛德華沒能解救妮娜，內心備受後悔與無力感的煎熬。馬斯坦此時卻命令愛德華去分析塔卡留下的研究，愛德華對這樣“冷酷”的命令感到非常憤怒，一個人獨自開始搜索殺害妮娜的犯人。

感受到自己的渺小與無力，為了要達成自己的目的，愛德華決意成為國家鍊金術師，但在得到種種特權的同時，也意味着將成為“軍方的走狗”。隨後，愛德華接到了馬斯坦所下達的身為國家鍊金術師的第一個任務。

在前往和馬斯坦做報告的途中，兄弟倆在水之都阿庫羅亞中途下車。阿庫羅亞是有名的觀光勝地，但最近卻有位名叫“賽壬”的怪盜出沒。該人身份不明，唯一的線索只有這傢伙會使用鍊金術。兄弟二人接受了街上刑警的委託，協助幫忙尋找怪盜。

聽到“賢者之石”的傳言，愛德華與阿爾來到了黃金的產地傑諾塔姆。這裏曾是繁極一時的城鎮，不知從何時開始漸漸沒落下來，於是鎮民們便把最後的希望寄託在馬古瓦爾所研究的“賢者之石”之上。而愛德華與阿爾在那裏得知了冒牌艾爾利克兄弟的存在。

瑟爾和弗雷查打着艾爾利克兄弟的名號，繼續從事着“賢者之石”的研究。為了從“紅水”中精製出“賢者之石”，拉瑟爾依照馬古瓦爾的指示實行了某個方法，但最後由於他們實在無法狠下心來實行，遂被逮捕到地下牢房。

身為國家鍊金術師必須提出調查報告，為了這個目的，愛德華與阿爾馮斯來到了東方司令部。當愛德華尋問馬斯坦自己在傑諾塔姆所聽到的關於馬可醫生謠言時，卻被巧妙地避開了話題。於是愛德華心生一計，決定以馬可的情報為賭注，向馬斯坦提出了模擬戰鬥的要求。

過去在伊修巴爾內戰中從軍方脱逃的前國家鍊金術師馬可醫生。兄弟二人為了拜訪這位“賢者之石”的研究者，來到了海德村。愛德華要求馬可讓自己看當初從軍方帶走的“賢者之石”的研究資料。

遭到斯卡追殺的愛德華與阿爾，在千鈞一髮之際被阿姆斯特朗解救，並帶着馬可一起逃命。當馬可知道斯卡是伊修巴爾人之後，便開始談起過去發生的那場戰爭，伊修巴爾內亂悽慘的事實真相。

為了修理被斯卡破壞的機械鎧，愛德華與阿爾和隨身保護他們的阿姆斯特朗一同前往利賽布爾。馬可秘密給予的紙條中，記載着“賢者之石”相關研究資料的藏匿處，中央圖書館第一分館。為了好不容易掌握到的“賢者之石”線索，兩人又再度出發。

為了修理機械鎧，愛德華、阿爾與阿姆斯特朗回到了利賽布爾。自從放火燒掉自己的家，開始旅行尋找“賢者之石”的那一天起，這是四年來第一次返鄉。比拿可與温莉雖然講話刻薄，但還是很温馨地迎接二人的歸來。

為了得到馬可留下的“賢者之石”研究資料，愛德華與阿爾再度造訪中央市。然而資料的保管地點中央圖書館第一分館確早已因火災而焚燬，根據目擊者的證言推測，犯人是斯卡。

為了取回失去的一切，艾爾利克兄弟長久以來追求的“賢者之石”，那是犧牲許多人的生命才製造出來的東西。這個衝擊性的事實真相幾乎讓愛德華崩潰，但是他還是決定要探究馬可留下的筆記“真實的深處的深處”的真意。

愛德華與阿爾查出了“賢者之石”的研究場所是第五研究所。這個本來應該已成廢墟的這個地方，卻有着重重戒備與無數的機關。而此時出現了襲擊愛德華與阿爾的兩個黑影，死刑犯48號與66號。

愛德華與48號的死鬥在第五研究所展開，圍繞着“賢者之石”的情報，緊湊而無法喘息的一進一退攻防戰持續進行着。另一方面在研究所的中庭，阿爾馮斯與66號的心理層面戰鬥也即將開始。

愛德華終於闖進第五研究所的深處。為了將鍊金術轉用於軍事用途，這個地方曾經進行了大規模的生物體煉成研究，研究所內仍存在着大量未完成的“賢者之石”與巨大的煉成陣。此時塔卡向愛德華提議，利用這些材料來完成“賢者之石”。

傷痕累累的愛德華，意識朦朧地在醫院病牀上醒過來。而阿爾則是身體幾近半壞的狀態下，被放在房間的角落。只差一步就可以得到“賢者之石”，但怎麼也無法跨出那一步，這件事束縛着愛德的心。而阿爾與66號交手之後，就一直抱持着某個疑問。

自己的靈魂説不定也是偽造的，被這個疑問所困擾的阿爾，從愛德的面前逃開。茫然佇立於街頭的他，在那裏遇到了伊修巴爾人的少年兄弟雷歐與利克。阿爾在兄弟倆的帶領下造訪伊修巴爾的秘密營地，在那裏他遇見了意想不到的人物。

雖然在第五研究所獲知了賢者之石的真相，愛德華與阿爾還是決定另尋他法來恢復原本擁有的身體。二人為了追求那個可能性，決定離開中央市。另一方面，持續調查第五研究所與賢者之石的休斯，最後發現到了某件事實。

愛德華、阿爾以及温莉三人來到了機械鎧聖地拉修巴雷。面對街上一排排的機械鎧工作室，温莉顯得極為興奮。三人在拉修巴雷特有的機械鎧腕力大賽中，遇到了右手腕與雙足都是機械鎧的少女帕妮娘。

愛德華與阿爾兩人在拉修巴雷被他們最害怕的人鍊金術師父伊茲米逮到。愛德華成為“軍方的走狗”國家鍊金術師一事令伊茲米氣得怒火攻心，於是將兩人拉往達普利斯。另一方面，東方司令部的馬斯坦這邊，收到了調往中央市的正式公文。

“現在的他們所需要的是偶爾停下來好好思考。”伊茲米再次將愛德華與阿爾兩人帶到約克島。那裏是二人年幼時期為了修行所待過的地方。島上還殘留着好幾處當時所留下的痕跡，二人一邊回憶着過去一邊重新檢視自己。

愛德華與阿爾在約克島一邊回憶往事，一邊懺悔自己犯下的過錯，並下定決心為了挽回一切，要繼續前進。此時，應該沒有任何人在的森林裏，出現了一名使用着鍊金術的神秘少年。

伊茲米從約克島帶回的少年，少年右肩上有道舊傷痕，那道傷痕和愛德華幼年在約克島修行時所受的傷痕非常相似，少年在愛德華的逼問下逃走了。另一方面，休斯的繼任者法蘭克·亞伽中校陪伴阿姆斯特朗少校搜索着愛德華等人的下落，來到了達普利斯。

右足擁有銜尾蛇紋章的少年，為了爭奪此人，軍方、金布利、艾爾利克兄弟、以及伊茲米等眾人在南方司令部僵持不下。另一方面，馬斯坦奉大總統之命，為了逮捕斯卡，率領軍隊到齊修亞近郊的貧民窟。

擁有愛德華失去的右手腕與左腳的少年拉斯，他是過去伊茲米進行人體煉成後失敗的結果，被創造出來的人造人。拉斯期望可以成為人類，為了搶奪剩餘的身體而襲擊愛德。

在伊茲米師父的但丁之館，阿爾遭到格利德率領的合成獸軍團襲擊，被強行擄走。阿爾被囚禁在他們的根據地，郊區的酒吧惡魔之巢，在那裏，格利德逼問阿爾關於永遠的生命的秘密。

在惡魔之巢展開了不穩份子的殲滅作戰，亞伽隊的士兵接二連三地射殺着格利德一派的合成獸，在混戰之中，格利德遭到金布利與塔卡的背叛，又受到拉絲特、格拉託尼的襲擊，漸漸被逼入絕境。

拉絲特偶然遇見了知道她的過去的青年路瓊。二年前，為了找出流行於故鄉村落的原因不明的怪病“化石病”的治療方法，路瓊日以繼夜拼命地研究鍊金術。

在南部邊境地帶，愛德與阿爾接觸了被軍方護送的伊修巴爾人，得知有位老人知道有關於過去伊修巴爾曾經制造過“賢者之石”的事。愛德、阿爾以及温莉，遂前往老人所居住的，位在齊修亞西邊的貧民窟。

哈勃克少尉奉軍內務課之命對馬斯坦上校進行監視，他和布萊達、法爾曼、菲利一起秘密寫下《羅伊·馬斯坦觀察日記》。陸續揭開的馬斯坦上校那鮮為人知的日常生活。

在前往伊修巴爾的旅行途中，愛德與阿爾為了是要以阻止斯卡為優先，還是恢復自己的身體為優先而意見不合。另一方，在休斯的墳前，謝絲卡和温莉偶然相遇，獨自調查休斯事件的謝絲卡，終於歸納出了一個假設。

旅行途中，瑪黛兒向愛德華和阿爾道出自己與多魯契德、羅亞等人在特殊部隊服役時的過去。伊修巴爾內戰的真相和第五研究所的真實在此漸漸明朗化。就在此時，為了鎮壓反抗勢力，亞伽率領的軍隊到達了里歐爾鎮。

金布利背叛格利德並出賣同伴，倒戈重返軍方。為了替同伴報仇，瑪黛兒不顧阿爾的制止，猛然地發動了攻擊。另一方面，愛德和斯卡在里歐爾鎮對峙着。

失去了領導者，里歐爾陷入一片混亂，趁着這股混亂，軍方決定使用武力進行軍事鎮壓，軍方的鎮壓部隊向市區進軍。而斯卡則企圖利用里歐爾的混亂來完成賢者之石。

追求賢者之石的人必定招來滅亡的傳説，再次因為一個名為里歐爾的城鎮的犧牲而誕生。奉大總統的特別命令，金布利率領合成獸部隊進攻里歐爾的市區，但是在他的面前，立誓為伊修巴爾復仇的斯卡堵住了他的去路。

突然從里歐爾的市街消失的愛德與阿爾。軍方與人造人追逐逼近着成為“賢者之石”的阿爾。在這局勢下，愛德與阿爾，向着利賽布爾的方向繼續逃亡。

藏身在利賽布爾的愛德與阿爾的面前，出現了一位意外的人物。那是他們十幾年前就拋家不知去向的父親，霍恩海姆。

中央市舊市街，在那地下延伸的巨大都市遺蹟的一角。光之霍恩海姆與但丁相對而見，兩人之間有着永遠糾纏不清的緣份。事情回溯到四百年前，從他們終於抵達的那一天開始。

決意要和人造人決一死戰的愛德，為了拿到拉斯的弱點而去拜訪了伊茲米。另一方面，被留下的阿爾，為了知道賢者之石的用法而去了某個地方，那裏就是修‧塔卡的秘密藏身之處。

為了解救成為賢者之石的阿爾，愛德與斯洛斯兩人僵持對峙。阿爾在斯洛斯的身上仍感受到母親的殘影，而被困惑着。犯下的罪，真正的贖罪是要親手消除罪孽，愛德現在，挺身對抗斯洛斯。

愛德將斯洛斯的構成物質全部轉換成乙醇，那是觸犯禁忌者的，所無法避免的一條路。另一方，被送往北方的部隊，飄蕩着詭異的氣氛。

為了追上被帶走的阿爾，愛德隻身前往中央市。在那裏從重逢的託林卡姆兄弟口中得知，在第五研究所前面，有個與“賢者之石”相關的巨大研究場。

被經由羅珊的嬰兒所出現的門所吞沒的愛德，被飛送到了門的另一邊的世界。那裏是20世紀初的倫敦。在混亂中，愛德拼命逃離了齊柏林飛艇。此時，但丁命令格拉託尼吃掉阿爾，想要得到完全的賢者之石。

馬斯坦先是在大總統府與普萊德對立，接着又和知曉事態而趕來的亞伽對峙。另一方面，在但丁的大宅裏，恩維為了見霍恩海姆而消失到門的裏面。最後愛德為了喚回最重要的東西，再度拍擊雙掌。