銀河英雄傳説：全新命題

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宇宙歷796年，帝國曆487年初，萊因哈特一級大將率領着數量為兩萬艘的銀河帝國軍艦隊，穿過伊謝爾倫迴廊後對自由行星同盟發起了進攻。前來迎擊的自由行星同盟軍出動了數量為帝國軍兩倍的四萬艘的艦隊，並準備從三個方向進行包圍帝國軍艦隊。梅爾卡茲大將等萊因哈特麾下的五名提督，提出了“撤退”的建議……。

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自由行星同盟在亞斯提星城對銀河帝國的遠征艦隊發起了迎擊。第二、第四、第六這三個艦隊為了包圍帝國軍而展開了分散進攻。確信這個佈陣會帶來勝利的同盟軍上層部。但是，第二艦隊的參謀·楊准將預測到了在包圍網完成前有會被敵人逐個擊破的可能，他向第二艦隊司令官·華爾特中將提出了對應的作戰方案……

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萊因哈特的姐姐·安妮羅潔，受到皇帝的寵幸而在皇宮裏生活着。與萊因哈特一同來到安妮羅潔所在公館的吉爾菲艾斯，不禁想起了自己在小時候與兩人相遇時的日子。然後，吉爾菲艾斯被與當時一樣微笑着來迎接的安妮羅潔拜託道：“以後也拜託你守護我弟弟，在他踏上不歸路時請正確地引導他。”

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承擔不起學費卻又想深入學習的楊威利選擇就讀軍官學校，沒想到在畢業後竟然進入了自由行星同盟軍。而後在“艾爾法西爾戰役”中組織300萬人的平民逃亡成功，被人們稱為英雄。由於這個功績而晉升為了少校的楊威利，聽從了軍官學校時代的前輩卡介倫少將的建議後，決定收養戰爭孤兒。

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在亞斯提會戰中敗北後的自由行星同盟軍艦隊回到了首都行星·海尼森。在統合作戰總部，一場悼念150萬人戰亡者的追悼會正在舉行。面對和卡介倫所説的特留尼西特國防委員長為了奪得下屆政權所作的那如同“政治秀”一樣的典禮演講，楊威利只得硬着頭皮去參加。過程中，他與意想不到的人再會了。

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聚集了擁有驚人記憶力的格林希爾中尉等人才的第十三艦隊。由於楊威利的提案而作為作戰部隊而參與了作戰的先寇布上校所率領的“薔薇騎士團”，他們乘上俘獲的帝國軍巡洋艦，他們偽裝成追趕着自由行星同盟軍的帝國軍，成功潛入了伊謝爾倫要塞。

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潛入伊謝爾倫要塞後的先寇布等“薔薇騎士團”精鋭成功佔據了司令室。他們還利用空調系統釋放了催眠瓦斯使整個要塞陷入了無力化的狀態，順利地迎接了第十三艦隊。不損一兵一將就將難攻不破的伊謝爾倫給攻下了的楊威利，被人們讚美為“魔術師楊”“奇蹟的楊”。

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15年來一直擔任着帝國皇帝的財務尚書的卡斯特羅普公爵，長年來私吞公款等牟取私利，因為事故而死了。帝國的財務、司法省，雖然以沒收卡斯特羅普公爵不正當儲藏的財產為名派出了搜查人員，其子馬克西米里安卻拒絕了命令。“卡斯特羅普叛亂”便開始了。由於萊因哈特而受到命令的吉爾菲艾斯，開始對叛亂分子的討伐。

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根據最高議會的最終投票結果，自由行星同盟軍決定向銀河帝國領土發起進攻。同一時間，由於席特雷主席的挽留，楊威利沒能從軍隊中辭退。而後在楊帶着尤里安一起前往的餐廳，他們與格林希爾父女偶然相遇，並一起用餐。在回家路上，楊得知了摯友拉普的未婚妻·潔西卡要走上政治家的道路。

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在自由行星同盟軍統合作戰總部，關於向銀河帝國領土發起大規模遠征的作戰聯席會議正在舉行。面對作戰參謀·霍克准將提出的作戰計劃，比克古中將和楊中將指出了該計劃中的深入帝國領土所導致的兵力分散的危險性以及補給不足的缺陷……另一邊，被委任為了迎擊軍指揮的萊因哈特，確定了將同盟軍引到帝國領土深處，並一舉將其殲滅的計劃。

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入侵到了帝國領土內的自由行星同盟遠征艦隊，由於帝國軍的焦土作戰而陷入了嚴峻的糧食不足的狀況。雖然第五艦隊司令官比克古提督向羅波斯總司令官提出了楊所提議的撤退方案，但是總司令部根本不理解前線的狀況，不允許撤退。同一時間帝國軍這邊，擔任着迎擊部隊指揮的萊因哈特，對吉爾菲艾斯下達了擊潰同盟軍向前線派出的補給艦隊的命令。帝國軍的反擊開始了！

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糧食不足到達了極限的同盟軍遠征艦隊。原本能拯救這場危機的補給艦隊，在吉爾菲艾斯的猛攻下也被擊沉了。約定好的補給被斷絕，陷入了消沉狀態的同盟軍艦隊，帝國軍卻發起了猛烈的反攻。就在萊因哈特麾下的精鋭們陸續地擊敗了同盟軍各個艦隊的過程中，楊所率領的第十三艦隊也遭到了坎普艦隊的攻擊。

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雖然自由行星同盟軍動員了3000萬人，實行了對帝國領地的大規模進攻，但因萊因哈特率領的銀河帝國軍的反攻，三個宇宙艦隊毀滅。楊率領的第十三艦隊雖然維持了九成的戰鬥力，但是各艦隊都遭受了嚴重的損失。然而，總司令官羅伯斯命令將剩下的戰鬥力全部集結到星系進行決戰，萊因哈特也將全艦隊集結到了星系。兩軍再度燃起戰火。

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銀河帝國皇帝佛瑞德李希四世沒有指定繼承人，心臟病發作而猝死。已故皇太子的兒子，唯一直系的嫡子艾爾威·由謝夫才5歲。娶了皇帝女兒的布朗史維克和立典亥姆兩家策劃讓各自的女兒就任皇帝。皇帝的三個孫子的監護人之間的帝位繼承權之爭靜靜地開始了。不屬於任何一個派系的萊因哈特，為了尋求武力，某個勢力也接近了。

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自由行星同盟軍攻克伊謝爾倫要塞時，被俘虜的銀河帝國軍士兵。銀河帝國軍在亞姆立札星域會戰中捕獲的自由行星同盟軍士兵。雙方決定將各自的200萬名俘虜在伊謝爾倫要塞進行交換。同盟軍的代表是伊謝爾倫要塞司令官·楊。帝國軍的代表是交換俘虜的提案者·萊因哈特的代理吉爾菲艾斯。曾經在戰場上進行過智謀較量的兩位用兵家，在交換俘虜的儀式上第一次見到了對方。

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對於幼帝艾爾威的監護人萊因哈特和立典拉德，以布朗史維克和立典亥姆為中心的門閥貴族們的反感越來越強烈，正在招兵買馬。就在這時，瑪林道夫伯爵的獨生女希爾德拜訪了位於奧丁的元帥府，實現了和萊因哈特的會面。當被問到突然來訪的意圖時，她説道，在明天即將發生的內戰中，瑪林道夫家會萊因哈特一臂之力。

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在自由行星同盟領地的4個邊境行星上不斷髮生武裝叛亂。剛剛就任統合作戰總部長代理的德森上將命令率領伊謝爾倫駐紮艦隊的楊平定叛亂。然而，在楊艦隊出擊之前，他們首都海尼森爆發政變的消息。楊看穿了一連串的事態是萊因哈特的企圖所導致的，也猜到了政變，但其中的主謀卻是個意想不到的人物。

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逃出帝都奧丁的利普休達特貴族聯合軍，並以禿鷹之城要塞為據點，帝國軍最高司令官萊因哈特的艦隊也為了討伐對立的“賊軍”而離開了奧丁。貴族聯合軍艦隊總司令官梅爾卡茲主張應該在要塞迎擊，但是想搶先建立軍功的史塔汀和希德斯哈姆的艦隊出擊。萊因哈特也命令米達麥亞出擊，之後被稱為“利普休達特特戰”的內亂拉開了帷幕。

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為了解放被救國軍事會議壓制的海尼森，從伊謝爾倫要塞出發的楊艦隊，為了確保兵站的據點，首先前往發生了武裝叛亂的邊境行星香普爾。與沒有駐紮艦隊的香普爾叛亂軍的戰鬥，成為了先寇布率領的陸戰隊的狩獵場，僅僅3天就鎮壓了叛軍，也受到了市民的熱烈歡迎。在這種情況下，情報部的巴格達什中佐從海尼森逃脱出來，要求和楊會面。

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攻陷了連典貝爾克要塞的萊因哈特，向利普休達特貴族聯合軍的據點——禿鷹之城要塞進軍。萊因哈特命令率領別動隊的吉爾菲艾斯討伐貴族聯合軍的副盟主立典亥姆。立典亥姆為了逆轉與盟主布朗史維克的立場，想打倒吉爾菲艾斯建立戰功。戰鬥開始後，面對持續猛攻的立典亥姆艦隊，吉爾菲艾斯艦隊卻取消了防禦……

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在德奧里亞星域打敗了魯格拉希的楊艦隊逼近了被救國軍事會議支配的首都星海尼森。救國軍事會議主席格林希爾雖然理解了狀況的嚴峻，但還是認為楊艦隊不能進入海尼森的重力圈內。因為海涅森軌道上有12個首都星防衞系統“阿爾忒彌斯的項鍊”。但是，楊有着使“阿爾忒彌斯的項鍊”無效化的作戰計劃……

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結束了邊境星域的平定的吉爾菲艾斯，與萊因哈特久違地再會。他向萊因哈特詢問了傳言的真偽，內容是他在知道對威斯塔朗特的核攻擊計劃的前提下，但卻對居民見死不救。在與貴族聯合軍的最終決戰之前，兩人的關係發生了前所未有的變化。另一方面，固守在禿鷹之城要塞中的利普休達特貴族聯合軍，為了與萊因哈特艦隊進行最後決戰，出動全艦發起進攻。

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與利普休達特貴族聯合的戰鬥迎來了終結，在禿鷹之城要塞，盟主之間正在舉行獲勝典禮和接見俘虜的儀式。迄今為止吉爾菲艾斯在會見萊因哈特時一直被允許攜帶槍支，但這一天第一次被衞兵阻止。在接見的進行過程中，布朗史維克的心腹安斯巴哈帶着收納主君遺體的棺材一起出現在萊因哈特的面前……

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在政變結束後得以解放的海尼森舉行了和平儀式。在政變中，被地球教信徒所隱匿的特留尼西特最高評議會議長，用巧妙的演説使聚集在會場的民眾狂熱起來。在民眾面前，被強迫與特留尼西特握手而不高興的楊，因自己腦中的某個想法而戰慄。在這期間，他們收到了銀河帝國軍的名將梅爾卡茲逃亡前來投靠楊的驚人報告。