重慶諜戰

　　1939年的重慶面臨着日軍瘋狂的轟炸，大後方的軍民時刻處於危險之中。為了擺脱困境，重慶方面派出了得力干將秦敖和李克江，前往武漢劫持正為日軍服務的“美國密碼之父”雅德利，希望能借用他的能力建立中國“黑室”與日軍進行密碼戰。潛伏在武漢的地下黨陸涯準備遵從上級命令前往陝北，卻意外地發現了妻子扈渝雯沒有在電台上班，而且她似乎還有另一個丈夫。陸涯悄悄地試探着妻子，但是扈渝雯沒顯露出什麼破綻，一切就象電台員工的玩笑。陸涯覺的自己應該相信妻子。李克江找到扈渝雯，告訴她有重大任務。原來扈渝雯是國民黨安插在陸涯身邊的間諜，而且她還是秦敖的未婚妻。秦敖幾人商議劫持雅德利的具體事宜，但他們中間出現了叛徒。秦敖等人被日本特務追殺，在逃跑的過程中，秦敖負傷，從日軍手中劫持雅德利的任務落在了李克江和扈渝雯的身上。

　　扈渝雯知道劫持任務完成後，她必須離開陸涯回到重慶，但是她已經深深愛上了陸涯。李克江告訴她一個金蟬脱殼的方法，能夠詐死脱離組織和陸涯一起去陝北。秦敖找到陸涯，希望此次行動能夠得到武漢地下黨的幫助。在雙方共同努力下，他們成功突破日軍關卡，劫持了雅德利。扈渝雯也按計劃實行了自己的計劃，假裝在爆炸中身亡，悄悄回到了自己和陸涯共同的家。不明真相的秦敖傷心欲絕，他告訴李克江他已經把所有的線索都指向陸涯，現在日軍包圍了這個共產黨的家，危險正悄悄地逼向扈渝雯。李克江趕到陸涯家希望能帶走扈渝雯，被共產黨小謝發現。扈渝雯想用槍逼走小謝，倔強的小謝被屋外的日軍打死，這一幕都被趕回的陸涯看見，他誤會是扈渝雯殺死了自己的好兄弟，面對妻子是特務的真相，陸涯怒不可遏。這時，日本人開始炮轟小屋。

　　陸涯一行人利用下水道逃出，卻遭到特務頭子四姐的追擊，為了能成功帶走雅德利，陸涯單獨開車引開敵人。雅德利利用混亂逃回到日本軍手裏，李克江和秦敖無法躲過搜捕，和許多平民一起被當成嫌犯關進了日軍憲兵司令部。雅德利似乎有意放過了秦敖和李克江，沒有向日本人指認他們。陸涯的車在江裏爆炸了。漁民救起陸涯，逃過了日軍的搜索，但是四姐知道陸涯並沒有死，她暗地裏繼續追尋着陸涯的蹤跡，扈渝雯也被特務盯上了。陸涯突襲四姐得手，狡猾的四姐用秦敖和扈渝雯的安全威脅陸涯，陸涯只能放過四姐。這一切，都讓陸涯受到了黨組織的懷疑，他被隔離審查了。現在只有扈渝雯能夠繼續執行尋找雅德利的任務，她在報紙上刊登雅德利的愛人相片，希望和雅德利見面，卻不知道四姐的網已經向她張開了。

　　雅德利約扈渝雯在遠東公館見面，扈渝雯終於發現了潛伏在自己身邊的日本特務，並知道了驚人的消息：四姐要炸死雅德利，並嫁禍給國民黨，以挑撥中美關係。陸涯的審查有了結果，他得到了清白，也得知小謝並不是扈渝雯所殺。他現在的任務是混進日本司令部和秦敖他們串供，好讓他們得以被釋放。陸涯掃清了牢裏的特務，取得了和秦敖的聯絡，成功解救出秦敖和李克江。四姐向雅德利坦白了要炸死他的計劃。正當雅德利快被炸死的時候，藏在暗處的扈渝雯救出了他。在四姐的追殺下，他們躲進了教堂，喪心病狂的四姐開始槍殺任何出入教堂的人。困境中的扈渝雯向陸涯發出了求救的電波。雅德利被扈渝雯深深感動，為了保護她，雅德利再次落入四姐手中。

　　四姐的擅自行動遭到了日軍憲兵司令部的指責，雅德利被帶到了日軍高官府邸。陸涯趕到教堂尋找扈渝雯，但是潛伏的特務讓他無法接近扈渝雯，他想到了一個將計就計的辦法。四姐假扮共產黨接近扈渝雯，扈渝雯發現了四姐高級特務的身份，殺死了四姐，並搶奪了她出入無阻的證件，前往武漢空軍軍官府邸解救雅德利，但是她不知道這一切都是四姐的圈套。四姐等着把所有人吸引來後一網打盡。陸涯和秦敖巧妙地佈置着計中計，他們找人假扮成自己，假裝中了四姐的圈套。四姐自得地等着收網，不曾料到假扮成日本軍官的陸涯一行人已經成功地帶走了雅德利。雅德利對中國抗戰能夠勝利表示懷疑，李克江向自己開槍證明抗戰決心，感動了雅德利。李克江死裏逃生，陸涯和扈渝雯也冰釋前嫌。陸涯作為共產黨支持重慶黑室的技術代表同他們一起踏上了前往重慶的路途。

　　雅德利剛到重慶就感受戰爭對它的摧殘，他沒有受到熱烈的歡迎，卻受到了驚心動魄的測試，黑室的軍官春曉按命令要求雅德利要在極短的時間內破譯出一份日軍高級密碼，否則要將他當場槍斃。陸涯迷惑不解，威脅春曉放棄如此荒唐的測試。雅德利最終通過了測試，卻被驚出一身冷汗。黑室大老闆唐大銘會見了雅德利，並當着雅德利的面處置了內奸，讓雅德利知道了黑室目前的嚴峻形勢。雅德利受到警示，卻對黑室接待他的態度產生不滿。雅德利的生活條件並不樂觀，身心俱疲的雅德利要求洗次熱水澡。當雅德利洗澡的時候，一把刀悄悄地伸向了他。

　　持刀的是黑室成員砍手，他是李克江的好兄弟，他知道自己的大哥是為了雅德利才受了重傷，前來報復雅德利。砍手用開水燙雅德利，並威脅雅德利要忍氣吞聲。回到黑室的秦敖以為可以繼續自己和扈渝雯的感情，卻不知道扈渝雯在兩年的潛伏生涯中已經真正愛上了陸涯，面對扈渝雯的冷淡，秦敖感到疑惑和尷尬。雅德利無法忍受在黑室的遭遇，他離開黑室逃往重慶市區。焦急的眾人分頭尋找，扈渝雯和砍手找到了雅德利，卻遭到日本黑龍會的追擊。砍手江湖經驗老到，依靠袍哥會和特務周旋，扈渝雯利用電報機向陸涯求助。陸涯及時趕到，將雅德利接回了黑室。雅德利明白了自己的處境，安心在黑室工作。陸涯被授命為黑室截聽組的組長。

　　黑室正式成立，依靠秦敖陸涯李克江等人的優秀能力，以及雅德利在密碼破譯方面的造詣，黑室在很短的時間裏就在破譯密碼、抵抗日軍轟炸方面取得了可喜的成績。陸涯無法原諒扈渝雯對自己的欺騙，他冷淡地對待着扈渝雯，在一起工作的兩人形同陌路。扈渝雯得不到陸涯的諒解，只能向雅德利傾訴心中的苦悶。蔣委員長巡查西南戰線的雲岫行動秘密展開，黑室沒能遏止住重慶猖獗的間諜活動，加上雅德利酗酒延誤了破譯工作，蔣委員長行蹤泄露，遭遇日方轟炸。黑室受到了嚴厲批評，經歷了一次重大挫折。眾人都承擔了責任，雅德利開始端正自己的工作態度。通過黑室成員的不懈努力，泄露雲岫行動的日本間諜終於被俘。頑固的日本間諜自殺了，他讓黑室意識到重慶還隱藏着許多間諜，他們未來的路還很長。唐大銘為了犒勞黑室成員的辛勞，舉行了一場慶祝舞會。舞會上，雅德利受到了黑龍會的暗殺，多虧陸涯的保護才躲過一劫。四姐的身影出現在了重慶，她現在的身份是慈善商會的會長羅蘭夫人，並和黑室有着親密的接觸。

　　陸涯故意和扈渝雯保持距離，讓自己埋頭於工作。他的冷漠讓扈渝雯十分傷心。秦敖一方面逼迫陸涯和扈渝雯儘快了清恩怨，一方面用真情感動着扈渝雯。在秦敖鍥而不捨的追求下，扈渝雯終於回憶起和秦敖曾經的幸福時光，答應和秦敖結婚。就在此時，黑室破譯出一份重要的密電，密面顯示日軍將於五月一日對重慶實施大轟炸。憑藉破譯出來的詳細情況，重慶成功抵禦了日軍的空襲，黑室洋溢在勝利的喜悦之中。然而重慶方面抵禦的空襲只是一個煙霧彈，五月三日，日軍真正的大空襲來臨了，由於情報的失誤，毫無防備的重慶受到了重創。陸涯等人發現，原先黑室破譯的其實是份假情報，截獲情報的永福引疚自殺了。黑室裏一片沉痛。

　　黑室追究責任，陸涯發現雅德利的譯文日期和密電原文明顯不符，雅德利被指控為內奸。扈渝雯堅信雅德利的為人，她心思縝密，終於在眾多檔案中發現了破綻，指出有人更改了雅德利的密電原文，而那個人極有可能是雅德利的助手於偉。於偉已經在自己的宿舍裏畏罪自殺了，黑室證明了他的確是日本人的間諜，雅德利的清白得以澄清。秦敖老家的管家老吳前來投奔，告訴秦敖老家所有的人都被日本人殺死。秦敖的悲痛失落讓扈渝雯堅定了嫁給秦敖的決心。為了保證最高軍事會議的通訊安全，黑室負責保衞3A級密碼系統解碼本。解碼本藏於黑室的第一機要室，由重兵把守，三把鑰匙分別由秦敖，李克江，陸涯三個組長保管。解碼本很快就受到了威脅，機要室的守衞被殺死，雖然解碼本沒被盜取，但第一道門被打開，而且是用鑰匙打開的，唐大銘意識到這三個組長裏出現了內奸。唐大銘認為機要室不再安全，他把解碼本悄悄地轉交給扈渝雯保管，並讓她用生命保護解碼本的安全。

　　扈渝雯保管解碼本的鑰匙被雅德利複製，雅德利偷走了解碼本逃往了國際商會。扈渝雯丟失重要機密被投入監獄，秦敖指責唐大銘的舉動是故意害扈渝雯，被一同監禁。唐大銘授命陸涯和李克江前往國際商會搶回解碼本。原來這一切都是唐大銘和秦敖策劃的“釣魚行動”，目的是查出陸涯和李克江誰才是內奸。而春曉也已經在國際商會附近暗中埋伏，等待內奸的現形。令人始料不及的是，黑龍會暗中介入，陸涯和李克江的隊伍中了埋伏，情況混亂，敵我難辨，李克江和陸涯的隊員全部遇害。春曉假扮日本特務試探陸涯，陸涯以為對方是真的日本特務，假意做戲承認自己是“獨臂大盜”。四姐藉機扇風點火，黑室認定陸涯就是內奸，陸涯百口莫辯，只得逃走。李克江在行動中被炸死。

　　陸涯回到行動前約定的地點，遭到秦敖的逮捕，秦敖咬定陸涯就是長期潛伏的內奸“獨臂大盜”，陸涯無法證明自己的清白，憑藉雅德利的鋼筆炸彈脱逃。林茜受人指使向唐大銘舉報陸涯在機要室失竊時有可疑舉動，黑室人人相信了陸涯是內奸這個事實。只有扈渝雯不願意接受。秦敖和扈渝雯的婚禮如期舉行，陸涯乘機潛入黑室，希望找到林茜證明自己的清白。林茜被人滅口，陸涯追蹤而至，被黑室警衞困在林茜房中。洞房之中的秦敖親自來抓捕陸涯，扈渝雯堅信陸涯的為人，不惜用槍指着秦敖讓陸涯逃生。面對妻子的背叛，怒火中燒的秦敖中了陸涯的激將法，成為陸涯的人質。扈渝雯決定和陸涯一起逃離黑室。

　　扈渝雯和陸涯挾持着秦敖，秦敖寧死也不願意放過陸涯，唐大銘顧忌秦敖的安危，放過了陸涯和扈渝雯。負傷逃離的兩人躲避於隱秘的歌樂山別墅，他們似乎又回到了武漢時甜蜜幸福的時光。悲憤交加的秦敖動用了一切措施追緝陸涯。四姐化身的羅蘭夫人企圖接近黑室，機警的唐大銘拒絕了羅蘭夫人的接近。扈渝雯和陸涯潛入唐大銘的辦公室尋找線索，為了掩護陸涯離開，扈渝雯被捕。秦敖審問扈渝雯陸涯的行蹤，扈渝雯守口如瓶，執意保護陸涯。被憤怒扭曲的秦敖瘋狂地鞭撻自己的愛人，雅德利感到痛心和不解，只有春曉理解秦敖內心的痛苦。秦敖要槍決扈渝雯，想以此為誘餌引出陸涯。

　　秦敖親自執行對扈渝雯的槍決，雅德利指責秦敖的絕情，進行阻撓。陸涯果然出現在了刑場，雅德利憑藉着舊日的友誼和信任，阻止了秦敖抓捕陸涯。靠着共產黨員的幫助，陸涯再一次帶着扈渝雯從秦敖面前離去。陸涯悉心照顧受傷的扈渝雯。扈渝雯告訴他自己從黑室默記得來的密電，密電上有奇怪的數字無法破譯。在一個偶然的機會，陸涯發現破譯的關鍵竟然是麻將，而這些數字代表的就是“獨臂大盜”和四姐的聯絡頻道。陸涯假扮“獨臂大盜”和四姐取得了聯繫。靠着從雅德利那借到的定位儀，陸涯成功發現了四姐的所在，令他驚訝的是，唐大銘和四姐竟然有親密的關係。陸涯意識到唐大銘很有可能是真正的“獨臂大盜”。

　　秦敖和唐大銘不斷髮生衝突，他已經發現了唐大銘的種種可疑，唐大銘不但行蹤不明，還擁有機要室的全套鑰匙，這意味着唐大銘極有可能就是“獨臂大盜”。陸涯暗中調查唐大銘，他潛入唐大銘府邸，發現唐大銘的確和四姐有不法的勾當，卻找不到任何證明唐大銘是內奸的證據。羅蘭夫人不僅成為了唐大銘的情人，還依靠唐大銘的關係做着走私生意。但是唐大銘不知道這個慈善商會的羅蘭夫人其實是個日本特務頭子。秦敖聯絡上陸涯，澄清了和陸涯的誤會，兩人約定裏應外合，揪出唐大銘這個內奸。春曉和雅德利也受秦敖委託負責監察唐大銘所有的行動，以找出他是內奸的證據。

　　解碼本從機要室被竊取了，擁有全套鑰匙的唐大銘有最大的嫌疑。秦敖直接質問唐大銘，表示唐大銘就是偷走解碼本的“獨臂大盜”，憤怒的唐大銘監禁了秦敖。唐大銘受到了上峯巨大的壓力，黑室也陷入一片恐慌之中。雅德利截獲了一封從唐大銘電台發出的通敵賣國的密電，春曉確定了唐大銘的內奸身份，侍機扳倒這位“黑室大老闆”。秦敖在牢中把唐大銘是“獨臂大盜”的消息傳遞給砍手，衝動的砍手持刀刺殺唐大銘，唐大銘逃過一劫，砍手被關押起來，唐大銘震驚於秦敖的有恃無恐，他疑心自己是否落下了什麼把柄。

　　春曉和雅德利密謀扳倒唐大銘的計劃被黑室的二老闆梅佑森發覺，他立即調查羅蘭夫人的身份，當梅佑森把羅蘭夫人是日本特務的消息帶給唐大銘時，唐大銘明白了自己的處境。他認為是秦敖處心積慮想要謀害他，為求自保，唐大銘捏造證據試圖誣陷秦敖才是“獨臂大盜”。黑龍會特務黃璉綁架了扈渝雯，埋伏於歌樂山別墅伏擊陸涯，陸涯警覺，黃璉失手。辦事不利的黃璉遭到四姐的滅口，黃璉死裏逃生，對四姐又恨又怕。四處躲避的黃璉再次遇見了陸涯，他以解碼本和黑龍會的信息為籌碼，要求陸涯幫助他逃往國外。陸涯通過跟蹤唐大銘發現唐大銘可能並非“獨臂大盜”，但春曉深信不疑。被逼入絕境的唐大銘想出了向總部自首的“苦肉計”，企圖矇混過關，卻在總部的門口遭到了暗殺殞命。

　　陸涯和砍手從黃璉口中套出了黑龍會的所在，善良的陸涯幫助了受傷的黃璉，黃璉感恩，告訴了陸涯真正的黑龍會地址。秦敖從黃璉口中知道了陸涯要前往黑龍會。郭仲衡前來調查黑室，他告訴秦敖，唐大銘不可能是日本間諜，“獨臂大盜”另有其人。陸涯再次成為矛頭所指，秦敖下令追緝陸涯。原來秦敖才是真正的“獨臂大盜”，陷害唐大銘就是由他一手策劃。他通知了黑龍會陸涯的行蹤，黑龍會設下陷阱等待陸涯的到來。黑室出現了一個神秘而又熟悉的身影，在暗中監視着秦敖的一舉一動。陸涯潛進黑龍會，見到了扈渝雯，找回瞭解碼本，但是黑龍會早有準備，陸涯被伏擊，陷入困境。

　　陸涯劫持了四姐，但黑龍會不在乎四姐，四姐被日本人擊殺，陸涯失去了籌碼。靠着砍手的火力掩護，陸涯帶着扈渝雯成功逃出黑龍會。秦敖身為內奸，常常受到內心譴責，在精神上飽受折磨。陸涯帶着解碼本回到黑室，秦敖在眾人面前指出解碼本是假的，陸涯才是真正的內奸。陸涯被黑室追殺，危急時刻，神秘黑衣人挽救了他。黑衣人不願透露身份，但陸涯感覺這個人十分熟悉。神秘人悄悄地來見秦敖，秦敖驚奇地發現，這個神秘人居然是李克江。李克江並沒有死，在“釣魚行動”中他成為了日本人的俘虜，從牢獄中逃出來後他明白自己不可能找回清白，於是暗中觀察着黑室的情況，目睹了“獨臂大盜”的所作所為。

　　面對李克江的責問，秦敖説出了自己成為特務的原因，自從成為日本人的走狗後，秦敖內心十分痛苦，希望以死謝罪。李克江制止了他，他説出了一個為秦敖洗白的計劃：由他來承受“獨臂大盜”的罵名，而秦敖利用自己的特務身份繼續潛伏在日軍內部，實際上是為我方服務，並恃機對日軍造成重大打擊。陸涯告訴砍手李克江可能並沒死，砍手興奮不已，四處尋找這位敬愛的大哥。砍手找到李克江，李克江告訴他真相，希望在自己死後由砍手監督秦敖是否真的悔改。

　　李克江迷倒了砍手，隻身約黑室的人交換解碼本。李克江承擔了“獨臂大盜”的一切罪名，向眾人承認自己是真正的“獨臂大盜”。李克江一心求死，最終死在了秦敖的槍下。黑室取回瞭解碼本，“獨臂大盜”被剷除了，秦敖的身份得到了保護。李克江蒙受着“漢奸”的污名，死後依舊遭受眾人唾棄。只有陸涯幾人堅信李克江的為人，違背紀律護送李克江的遺物回老家。秦敖對李克江之死的內疚雖倍加掩飾，但仍被陸涯看出，陸涯對這一切產生了懷疑。砍手悲痛於李克江的死，他仇視着真正的“獨臂大盜”秦敖。

　　秦敖調離黑室，前往高炮團任職。黑室新來了一位年輕活潑的姑娘劉釗，砍手對她產生了好感。臨時變更的最高軍事會議仍然遭到日本人轟炸，這表明黑室有人走漏了消息。負責監聽的雅德利因為找不到泄密的人受到懷疑。陸涯指出知道軍事會議信息的人當中有一位不在雅德利監聽範圍，那就是調離黑室的秦敖。砍手暗中委託劉釗對秦敖進行監聽，證明秦敖的確在軍事會議前發過不明信息，雅德利擺脱了嫌疑，黑室認為秦敖可能是內奸，但是沒有證據。為了調查秦敖的底細，劉釗假扮秦敖的表妹投奔秦敖。劉釗混入秦敖府中，單純的劉釗很快就被管家老吳發現了。老吳其實是輔助並鉗制秦敖的日本特務，他殘忍地殺害了劉釗。憤怒的砍手把劉釗的死歸罪於秦敖，認為他沒有絲毫的悔改之心。砍手刺殺秦敖未遂，遭到監禁。

　　砍手想起李克江在體內留下秦敖是漢奸的證據。砍手挖墳剖屍找出有秦敖手印的伏罪狀，黑室以此起訴秦敖。不料秦敖自斷手指，找了假證人誣告砍手捏造證據，砍手反而成了被告。砍手在獄中被殺害，陸涯找來口技師傅模仿砍手的聲音，拆穿了秦敖嫁禍砍手的手段，黑室的人確信了秦敖就是漢奸，但是需要收集更加明確的罪證。一直信任着秦敖的春曉感到十分失望，她回憶着和秦敖美好的往昔，在酒裏下毒，想要與秦敖同歸於盡。陸涯看出春曉的失常，救下了春曉。

　　看到春曉的決心，陸涯構思了一個“反間計”，他要故意被日本人抓獲，以“漢奸”的身份接近秦敖，藉機收集證據。大家反對這樣冒險的辦法，扈渝雯知道陸涯會不顧安危執意實施，就在這個時候，憂心忡忡的扈渝雯出了車禍。扈渝雯腦部受到重創，喪失了近年的記憶。她回到了認識陸涯之前的精神世界，她深愛着秦敖，卻對陸涯感到陌生。秦敖雖然懷疑扈渝雯失憶的真實性，但是他無法拒絕扈渝雯回到他的懷抱。陸涯不願接受扈渝雯把他當做陌生人，他不斷進行確認，但是扈渝雯對他毫無印象。

　　秦敖不顧老吳的反對，把扈渝雯接回了家。即使是一分希望，秦敖還是相信了扈渝雯現在愛的是自己。任憑陸涯怎麼回憶，扈渝雯依舊想不起往事，這令陸涯痛苦不堪。老吳不斷監視着扈渝雯，但是扈渝雯沒有露出任何破綻，她的確忘記了陸涯。為了扈渝雯，陸涯勸秦敖迷途知返，不要對不起扈渝雯，必要的時候他願意做第二個李克江。扈渝雯和秦敖結婚了，在婚禮上，陸涯知道了扈渝雯的失憶是假裝的，這是扈渝雯施的“美人計”。

　　扈渝雯説服了陸涯配合他，儘管痛苦，陸涯還是無奈的答應了。扈渝雯進入秦敖的書房尋找線索，被秦敖發現，扈渝雯巧妙地掩飾過去。扈渝雯幾次三番進入秦敖的秘密書房，引起了秦敖的懷疑。扈渝雯不但給黑室傳遞着秦敖收發的密電，還不露痕跡地搞着破壞，給老吳和秦敖製造了許多麻煩。老吳要除掉扈渝雯，秦敖堅決袒護扈渝雯，不許老吳動她分毫。秦敖的密電裏出現許多關於SQ4的信息，但是雅德利無法破譯出這種特殊密碼。破譯密碼的關鍵就在秦敖的書房內，這需要扈渝雯花很多的時間去收集線索。扈渝雯頻繁進出書房，秦敖確認了扈渝雯的目的，但他依舊不動聲色。丫鬟小蝶發現扈渝雯悄悄服着避孕藥，這讓秦敖更加痛苦。

　　扈渝雯受到老吳的嚴密監視，為了封鎖扈渝雯傳遞消息，老吳殺害任何和扈渝雯有接觸的人。由於遭到懷疑，扈渝雯的破譯任務很難開展，陸涯設計引開秦敖給扈渝雯創造條件。空襲的來臨打亂了陸涯的計劃，秦敖擺脱了陸涯，而此時的扈渝雯正在秦敖的書房裏破譯密碼。黑龍會的特務襲擊了扈渝雯，千鈞一髮之際，一個蒙面人擊斃了特務，挽救了扈渝雯。日軍的轟炸造成了“隧道大慘案”，秦敖心存不忍，老吳諷刺秦敖的婦人之仁。

　　在扈渝雯問題上，秦敖和老吳發生激烈的衝突。無奈於秦敖的袒護，老吳派出黑龍會特務綁架了扈渝雯。秦敖衝進黑龍會解救扈渝雯，被扈渝雯誤傷。扈渝雯見身份暴露，向秦敖表示了對他的鄙夷和厭惡。秦敖的堅持令老吳妥協，扈渝雯回到了秦敖的家，但她受到嚴密的監視，毫無自由。秦敖執着地愛着扈渝雯，但是扈渝雯無法原諒一個漢奸，對他冷顏相對。老吳派手下暗殺扈渝雯，秦敖費盡心機保護着扈渝雯，不斷和老吳帶領的黑龍會發生衝突。陸涯和盧嘉無意間發現老吳做實驗的死貓，在和特務衝突的過程中，盧嘉感染了死貓身上的病毒。秦敖告訴盧嘉，感染了SQ4的他已經活不過今天了。

　　盧嘉和家裏人靜靜訣別，在他毒發的時候，為了減少他的痛苦，秦敖親手結束了他的生命。春曉對秦敖殺掉敬愛他的盧嘉感到十分憤怒，正當春曉想要處決秦敖，盧嘉的父親盧躬庶派陸涯接走了秦敖。原來秦敖一直和國民黨高官盧躬庶有着聯絡，他已經洗心革面，利用自己的身份打入日本人內部。秦敖探清了日本人的SQ4計劃：日本人要從歐斯特手中購買有很強感染力SQ4進行病毒戰。黑室的當務之急是阻止日本人和歐斯特完成交易。日本人郭仲衡是隱藏在國民黨高層的內奸，他發現自己已經被盧躬庶懷疑，便策劃了“刺盧行動”， 綁架了盧躬庶，審問他誰是泄露SQ4計劃的“內鬼”。盧躬庶寧死不屈，保護着秦敖的身份，被黑龍會殘忍殺害。

　　小蝶偷換了扈渝雯的避孕藥，扈渝雯發現自己懷上了秦敖的孩子。扈渝雯不知道秦敖已經洗心革面，依然殘忍地對待着秦敖。秦敖忍受着一切，他故意放走了扈渝雯。黑龍會跟蹤着扈渝雯，前來救援的陸涯同扈渝雯一起陷入了危機。秦敖及時出現，殺掉了老吳，救下了扈渝雯和陸涯。小蝶替秦敖擋下一槍死去。陸涯知道秦敖一直在忍辱負重，但是毫不知情的扈渝雯不能忍受自己懷着漢奸的孩子，偷偷去打胎，被陸涯阻止，陸涯讓扈渝雯留下這個孩子。

　　黑室破譯出關於歐斯特行蹤的密電，陸涯春曉緊密佈置要阻止日本人得到SQ4。但是日本人臨時變動了計劃，利用秦敖迷惑了黑室，黑室成功掃除了埋伏的特務，卻撲空了交易地點，日本人得到了SQ4。在抓捕歐斯特的過程中，春曉中槍犧牲。扈渝雯終於瞭解了秦敖的苦心，她決定把秦敖的孩子生下來。秦敖知道自己已經被日本人懷疑，但是為了找到機會毀掉SQ4，他決定返回黑龍會。日本人根本不信任秦敖，秦敖答應抓回雅德利以表示忠誠。

　　雅德利自願幫助秦敖，隨秦敖前往黑龍會。陸涯暗中觀察高層動向以抓捕內奸，經過嚴謹的採證，目標最終鎖定在郭仲衡身上。郭仲衡望風而逃，逃亡中的他盯上了扈渝雯。秦敖發現了SQ4所在的軍火庫，但是看守嚴密。日本人不完全信任秦敖，要求他毒死雅德利。秦敖自己喝下了毒酒，保全了雅德利。郭仲衡綁架了扈渝雯，要挾陸涯帶他逃出封鎖線。郭仲衡趁亂逃脱。

　　秦敖放走了雅德利，破壞了黑龍會把SQ4傳播到重慶各處的計劃。郭仲衡逃到黑龍會，向頭目表達自己對秦敖的疑惑。而此時的秦敖正要摧毀日軍的軍火庫，那裏保存着大量SQ4製造的病毒彈。陸涯和扈渝雯及時趕到，協助秦敖擊敗了黑龍會和郭仲衡，摧毀了SQ4病毒彈。但是郭仲衡並沒有死，他殺死了留下的秦敖，並企圖用感染病毒的自己將SQ4傳播到重慶市區。陸涯發現了這一切，緊急尋找郭仲衡，希望能阻止他的瘋狂行為。通過蛛絲馬跡，陸涯在自來水廠找到郭仲衡，郭仲衡企圖污染水源，關鍵時刻郭仲衡病毒發作，為了整個城市的安全，陸涯和郭仲衡一起投進了火海。1945年，日本宣佈無條件投降，黑室作為一個抗日的秘密機構，永遠成為了歷史。