配體結合

酶或受體的配體結合區一般是該蛋白分子的疏水口袋。每個酶或受體的活性結合位點是不是一般只有一個。在非虛擬篩選過程中，能與酶或受體結合的小分子一定是結合在活性結合位點上。

（1）這個東西不用想實驗坐出來什麼樣子就是什麼樣子。如果自己沒有條件，需要從公用的PDB數據庫裏看別人解析的複合物結構，將要具體瞭解的酶或受體與期配體的複合物下載下來，看看是否該口袋是否都是疏水口袋，還是有化合物是部分暴露在口袋外，口袋裏的環境也一目瞭然。

（2）在非虛擬篩選過程中，能與酶或受體結合的小分子一定是結合在活性結合位點上。PDB數據庫的結構都是實驗結構，如果是計算的結構會有説明。

小分子應該一定是與其靶點結合在其結合位點上。但是，可能激動劑，拮抗劑（又細分幾個類型）可能結合方式不一樣。即使是同一機理的結合方式可能還不一樣。