進擊！巨人中學校

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艾倫懷着“一定要將巨人驅除”的夢想升入了中學，卻沒想到剛開學就遲到。他和青梅竹馬的三笠在上學路上疾馳，途中不斷遇到突發狀況，艾倫和其他小夥伴接連發生了親密的肢體接觸。大家終於來到傳説中的進擊中學，開學典禮近在眼前了。但艾倫並不知道，這所學校有着人類決不能違抗巨人的校規。

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春天到了，天氣暖和起來，但怕冷的愛爾敏還是窩在家裏。基斯老師給艾倫他們下達了新任務，必須在明天之前把愛爾敏的社團申請表收回來，否則就把他們幾個隨便找個社團塞進去。艾倫和三笠帶着肉包子去找愛爾敏，半路遇到了搶奪肉包子的巨人，關鍵時刻神秘前輩出場。

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大家都認為喜歡吃芝士漢堡真是太幼稚了，亞妮只好抑制住自己對漢堡的渴望，將怨念轉移到了艾倫身上，發誓要在明天的躲避球大賽上戰勝艾倫。第二天，艾倫竟然睡過頭了，為了掩蓋艾倫逃課的事實，大家只能硬着頭皮上了。亞妮用艾倫缺席的事威脅三笠他們，艾倫能否及時到場。

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艾倫與小夥伴加入清潔牆壁社，沒想到清潔牆壁社的社員只有社長黎各一個人，社團的傳承就寄託在艾倫他們身上了，他們的第一項任務就是擦拭全校所有的窗户。而在這裏，他們竟然進行了立體機動裝置的訓練，一腔熱血的艾倫想要掌握機動裝置對抗巨人，但是隻有他無法駕馭機動裝置。

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考試結果公佈，愛爾敏考了一百分，薩沙完美避開正確答案，所有科目都考了不及格。如果補考還是不及格的話，薩沙就沒有飯吃了。為了避免補考再亮紅燈，薩沙向學霸愛爾敏求助，兩人展開放學後惡補。三笠、艾倫和讓前往調查部，一進門就看到歐魯在自顧自憐，考試成績真讓人心煩啊。

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放學後，讓被秀恩愛的情侶們各種刺激，就在他灰心時，他發現自己的鞋櫃裏竟然有一封情書。第二天，讓不僅做了誇張的髮型，還噴起了香水。小鹿亂撞的讓開始猜測情書的女主人，一番分析後他覺得周圍的女生都有嫌疑。就在此時，亞妮突然出現，並約讓放學一起回家。

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巨人中學裏流傳着一條不成文的規定，一年級生不能在小賣部買麪包，對此吃貨薩沙心痛不已。不光是這樣，在社團活動中一年級也總是被高年級各種教訓，最終高年級和一年級展開體育對抗賽，輸的一方要去打掃巨人校舍。第一項比賽是吃麪包，薩沙能贏得開門紅嗎？

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為了加深一年級與高年級的羈絆，高年級決定舉辦試膽大會。大家來到深夜的校舍，儘管嘴上説着不怕，但艾倫和小夥伴們都被嚇得各種顏藝，只有三笠全程面癱臉。如果看到了七大不可思議的所有謎團，就會被詛咒而變得不幸。詭異事件接二連三襲來，艾倫他們能活着走出學校嗎？

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夏季慶典馬上就要到了，萊納想約赫里斯塔一起去，為了拉上貝爾托特作陪，萊納蠱惑貝爾托特邀請亞妮。內向害羞的貝爾托特終於約到了亞妮，聽聞此事的艾倫等人也吵着要一起去。多餘的人一個接一個跟來了，貝爾托特的告白行動還能成功嗎？夏日的青春戀愛大戲即將開演。

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新聞社揭露了學生會的醜事，於是巨人中學要選舉新一屆學生會長。讓和艾倫都想參選，愛爾敏幫艾倫製作宣傳海報，但海報的風格卻是畢加索抽象派。民意調查結果出爐，讓和艾倫的支持率竟然都是0%。就在他們沮喪時，利威爾告訴他們逆轉的方法，想當上學生會長，就一定要拿到新聞社的筆記本。

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文化祭到了，所有的模擬店都要參加美食大會，艾倫他們決定做芝士漢堡，與去年的優勝組小鍋飯一決勝負。為了招攬客人，愛爾敏犧牲色相，變身兔女郎看板娘。為了支持心愛的赫里斯塔，萊納吃了一份又一份蛋包飯。芝士漢堡大受歡迎，與小鍋飯不相上下，雙方同時拿出殺手鐧料理，沒想到飯香味引來了大麻煩……

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文化祭被巨人搞砸了，艾倫的芝士堡店鋪被巨人搶走，冒着違反校規的風險，艾倫決意要從巨人手中奪回芝士堡。大家團結一心，攻入巨人教學樓，來到藏着芝士堡的校長室。大家裝備上立體機動裝置，與巨人們展開最終對決。沒想到最強巨人突然來襲，他的目標正是芝士堡……