軟瓊脂培養

I.Macpherson等於1964年首創的培養法，這一培養法選擇性地使已轉化的細胞進行增殖，而抑制正常細胞的增殖。通常是將含有0.5%瓊脂的培養基作為營養層鋪在底部，然後再將含有細胞的少量軟瓊脂培養基（瓊脂量約0.3%）倒在上面。正常細胞仍停留在接種時的狀態，幾乎不進行增殖，但已轉化的細胞則以半浮游狀態增殖，而形成菌落。形成菌落的能力和對動物的還原接種所產生的形成腫瘤的能力經常是非常平行的。

Cell BioLabs的CytoSelect™ 96孔板軟瓊脂克隆形成分析試劑盒（CytoSelect™ 96-Well Cell Transformation Assay）克服了上述難題，使用該試劑盒不再需要3-4周漫長的克隆形成過程，只需要6-8天；而且無需進行手動計數，而是應用MTT（普通光分析）或CyQuant ® GR Dye熒光染料（熒光分析），最終使用分光光度計或熒光計讀取數值。

還有的方法是用大約1.3%的甲基纖維素來代替細胞層的瓊脂。由於用保持低温的大量培養液洗滌，甲基纖維素可溶解，所以，對回收細胞很方便。軟瓊脂培養可用來確定已轉化細胞的性質以及對其進行定量。