越獄第三季

在巴拿馬索納監獄(SONA)展開，這裏關押的盡是窮兇極惡之徒，法律沒有效力，Lechero，一個狡猾的毒販是這些惡徒們的首領。初來乍到，自然要拜過山頭，邁克爾和馬宏以及一干新進人犯被帶去見Lechero，他早就對邁克爾的所作所為有所耳聞，並對他表現出極大敵意。馬宏對邁克爾示好，並提出要求一同逃出監獄，但卻被邁克爾拒絕，同時，他們倆也見到了老夥伴--T-Bag，各路"好漢"再次聚首。同樣被投入監獄的前獄警貝利克則過着殘不忍睹的生活，沒有食物，衣不遮體，還要被迫打掃廁所。但在那裏他見到了一個神秘人物韋斯勒(Whistler)，他要求貝利克為他做一件事情，並許以食物相換。監獄裏的爭端有一個特定的方法解決--"雞爪子"，即雙方生死相搏，邁克爾被陷害，與一黑大漢相鬥。這時，貝利克出現，並把韋斯勒給他的2張字條塞給搏鬥的兩人。在馬宏的幫助下，邁克爾贏得了生死之鬥，而黑大漢的死屍被抬出監獄，等候在那裏的女子索菲亞(Sofia)打開字條，上面赫然寫着一串數字和詞語。監獄外，林肯一方面竭力尋找辦法救邁克爾出來，一方面也尋找莎拉和兒子LJ。偶然間，他竟接到LJ的電話，告知自己也到了巴拿馬，並且要見林肯。林肯趕到相約地點，見到的卻是一個陌生女子，並且得知莎拉和LJ被綁架，只有把一個叫做韋斯勒的男子弄出索納監獄，才可以拯救莎拉，LJ和邁克爾。林肯與邁克爾見面，並且把這個事情告訴了他。

索納監獄自從上次暴動後，水資源就一直很緊缺，萊切羅(羅伯特-維斯頓飾演)的權威也因此受到了挑戰。邁克爾從貝利克那裏得知：韋斯勒(克里斯-文斯)正躲在下水道里面。邁克爾趕去告訴他自己被關在這裏就是為了把他弄出去。監獄外面，神秘女子蘇珊和林肯再次見面，要求林肯在一週內，想辦法把韋斯勒弄出監獄，並且隨時向她報告越獄的進程。痴情男子蘇克雷終於登場，他和貝利克碰面，並且用槍威脅他，最終得知其實貝利克根本沒有抓住瑪麗克魯茲。另外一方面，監獄中另外的幾個美國人也發現了韋斯勒的存在，馬洪從麥迪那裏得知了韋斯勒的所在，而貝利克和T-Bag則把這個消息出賣給了萊切羅。於是，三方人馬在地下水道劍拔弩張，邁克爾，馬洪，還有萊切羅的人馬，韋斯勒最終被馬洪抓住。監獄內終於發生暴動，但麥克想辦法打通了監獄的水道，拯救了韋斯勒，也拯救了萊切羅的權威。林肯由字條上的線索(維拉銀行，馬德里，1989)跟蹤到韋斯勒的女友，並搶到了一本鳥類指南。

林肯把撒拉和LJ的照片交給了邁克爾，邁克爾讓林肯告訴蘇珊，他必須要和撒拉通話，並策劃讓林肯去把撒拉和LJ救出來。為了和撒拉通話邁克爾威脅T-BAG"借"來了萊切羅的手提電話，萊切羅雖然不知道是邁克爾和T-BAG偷了電話，但最後還是發現了電話被人動過。撒拉在電話中暗示了邁克爾他所處的位置。林肯趕去找到了他們，但最後撒拉和LJ還是被綁匪帶走。"斷藥"很久的馬宏開始越來越不安，他甚至讓他的律師給他搞藥，但被拒絕了。韋斯勒這個神秘人物找到了馬宏，向他打聽邁克爾的情況。然後維斯勒向邁克爾透露了他入獄前的遭遇。他以前結識過一個類似自然學家的人，從那以後就不斷的有人讓維斯勒帶他們去這個自然學家去過的地方，其中甚至包括政府官員。林肯拯救撒拉和LJ失敗以後，絕望的邁克爾開始認真策劃越獄計劃，他似乎發現了點線索。已經等不及要離開的馬宏又要求和邁克爾合作，被拒絕以後他威脅要殺死維斯勒。這一段對話被貝利克聽到了。萊切羅發現最近自己身邊的人有點不對勁，他懷疑有人搞鬼想奪取他在監獄的統治權。監獄裏的二把手很看不慣阿諛奉承的T-BAG，處處對他表現出敵意，而T-BAG也開始計劃向他反擊。拯救撒拉和LJ失敗的林肯回到公寓，在門口看到了決定離開瑪麗克魯茲之後就開始一直要求和他一起找回那筆錢的蘇克雷，之後接到蘇珊的電話，並且找到了一個帶血的箱子。

林肯整個人都處了破碎邊緣，紙盒子中放的是薩拉的腦袋。而蘇珊更威脅他如果還有花招，那麼LJ性命也不保。林肯被逼無奈，再次與邁克爾見面，但不敢把薩拉的事情告知邁克爾。邁克爾則一心籌劃越獄計劃，借來麥迪十字架、讓馬洪去尋找一支黑色鋼筆，而林肯則必須找到那個掘墓人幫忙。邁克爾用十字架成功製造了停電假象，並且乘機提出要求更換牢房，而也成功得逞。貝里克偷聽到邁克爾的計劃，想要乘機入夥，結果被拒絕，又想出賣這個秘密，結果更偷雞不成蝕把米。監獄外面，林肯把計劃報告給蘇珊並且前去買通那個掘墓人，結果誰知掘墓人出爾反爾，最後蘇珊為了保密射殺了掘墓人。得知了兄弟倆計劃之後，索菲亞找到林肯，要求一起行動。而蘇克雷也因此得知蘇拉死訊，最後決定出手替代掘墓人，參與進了越獄計劃。蘇珊從林肯手裏面拿到了真正鳥類手冊，並且寄給了韋斯勒，裏面赫然夾着一張紙條：“你時間不多了。”

越獄的一切準備活動都在緊鑼密鼓的準備當中，邁克爾想辦法得到了微波爐，手錶和望遠鏡。他試圖通過觀察守衞的日常特點來找出越獄的機會。第二天球賽進行的時候，就是越獄進行之時。正在邁克爾，韋斯勒和馬洪忙得火熱的時候，越獄裏的內外條件卻有了新的變化，一個神秘的新囚犯出現了，他似乎認識韋斯勒，也開始觀察他們的日常舉動。而在監獄外，扮作新掘墓人的蘇克雷被人利誘送一些東西到監獄裏面去，而監獄裏面拾取這物品的正是監獄老大萊切羅的馬仔之一。邁克爾發現獄警之一是個體育迷，在值班時候有時還看電視，他想利用微波爐的EMP脈衝來干擾獄警的視線，但是卻弄巧成拙被發現。獄警蜂擁而入發現邁克爾等人的望遠鏡，危急之時，韋斯勒巧妙的用鳥類指南做證據，逃過了一劫。雖然危難暫時過去，但是他們的計劃卻別打亂，時間卻越來越少。正在眾人煩惱之時，馬洪卻從丟棄的紙杯找出了越獄的新契機。

越獄的準備工作進入最後的階段，當天下午三點，馬洪、邁克爾和韋斯勒就會撬開一件囚室的鐵窗，利用吊牀製作的繩梯逃出去。至於看守的警衞，林肯等人會負責迷倒一個，而另外一個則會被午後的陽光遮擋視線。新來的囚徒帝格(Tyge)堅決指認韋斯勒曾經在尼斯做過外交官，而他的真名叫做麥克法登(Mc Fadden)，而他隨帝格被神秘的謀殺了。為了維護監獄的規矩，萊切羅抓走了嫌疑犯韋斯勒，因為他和帝格有矛盾，但是邁克爾卻發現其實真正的兇手是馬洪。另一方面，馬洪以前的同事來訪，並且以出庭做污點證人為條件，換取減刑，最終馬洪同意，並且離開了索納。林肯那邊，他的意圖都被蘇珊識破，只能把越獄計劃告訴蘇珊，並且答應不會耍詐，他也無法再瞞住邁克爾，把莎拉的死訊告訴了邁克爾。邁克爾悲痛萬分，並且做出了一個出人意料的決定，他大聲宣稱萊切羅是這一切的罪因，並且要求和他決鬥。

其實決鬥的事情只是一個幌子，邁克爾雖然很悲傷，但是他的真正目的是借決鬥的喧譁來掩蓋越獄的意圖。三點，是雙方約定決鬥的時刻，但此時兩人卻會暗度陳倉，實行越獄。誰知道這一切最終弄巧成拙，雖然一個獄警最終被迷倒，但是陽光卻沒有給予他們足夠的時間。邁克爾和韋斯勒只能夠暫時退回囚室，並且沒有時間掩蓋他們越獄的痕跡。兩人最終被迫決鬥，而就在韋斯勒要對邁克爾實施致命一擊的時候，循跡而來的獄警出現了。獄警殺了一個囚徒殺雞儆猴，並且警告萊切羅如果不能管教好其他人，那麼就會找個人取代他。暴怒的萊切羅抓走邁克爾，但是出人意料他卻要求邁克爾繼續實行他的計劃，並且帶他一起走，因為他再監獄的統治權已經受到威脅。監獄外，越獄的失敗使得林肯只能強奪人質，但是他和蘇克雷使盡全力也沒有救出LJ。蘇珊來到監獄探訪一個神秘人，而那人竟然是韋斯勒，而韋斯勒要求多給兄弟倆四天時間，而這一切都被邁克爾看在眼裏。

蘇珊答應給兄弟倆多4天時間去籌劃越獄，但組織可沒有那麼好耐心。將軍出現了，並要求蘇珊強行把韋斯勒救出來，至於兄弟倆和韋斯勒女朋友——他們已經沒有利用價值了。監獄裏面守衞正用強化鋼加強各處窗門，而萊切羅和邁克爾一眾人則繼續籌劃新越獄計劃。萊切羅和邁克爾雖然暫時結成利益同盟，但卻有各自想法，更別提心懷鬼胎了。韋斯勒已經知道組織會強行營救，只需要5點時候出現天台上就可以了。邁克爾通知林肯會面臨危險，而經過槍戰後脱險林肯和蘇克雷告知邁克爾組織已經派出殺手來殺他們。邁克爾突然意識到，這意味着組織有其方法來營救韋斯勒。於是邁克爾跑到天台上並且阻止了韋斯勒逃跑，而組織派出兩架直升機也只有無功。而返監獄守衞被這次越獄徹底激怒了，認為一切都緣起於邁克爾，並且決定把他帶離這個監獄——邁克爾命運又將陷入一片迷霧中。

索納監獄迎來了一個新監獄長，而高壓政策逼迫邁克爾説出了整個事情真相。監獄長無法相信這個離奇故事，於把威斯勒也抓來和邁克爾對峙。最終威斯勒也經受不住刑罰，招認參與越獄。監獄外，林肯繼續在蘇珊和邁克爾中間絞盡腦汁。而蘇珊出現，並且帶來了LJ，展現了一定程度上善意。而蘇克雷為了掙錢養活老小再次接受了送貨去索納監獄差事。並不知道送那個盒子裏面放着一支手槍。監獄內外，針對黑幫老大萊切羅正策劃者一個陰謀。邁克爾想辦法聯繫到了林肯，並且靠這條訊息讓監獄長抓到了蘇珊。蘇珊，威斯勒，邁克爾，三方對峙。監獄長終於相信了這個故事，並且找人設法去救LJ。但事情發展並沒有那麼順利。蘇珊把們引入了一個陷阱，殺掉了監獄長，再次用LJ性命威脅林肯。監獄長死了，威斯勒和邁克爾重返監獄；加上之前回來馬宏一切似乎回到了個原點。

T-Bag和貝利克加入了越獄計劃中，此時薩米(Sammy)成為了監獄領導者，T-Bag希望貝利克利用同樣的方法殺了薩米，但是貝利克的丙酮用完了。薩米對邁克爾的首級進行了懸賞，但是很快發現邁克爾想要越獄。幸運的是，邁克爾計劃破壞隧道時，薩米因隧道塌陷而死掉。勒切洛再次奪回權利。

格雷琴(Gretchen)綁架了索菲亞，為了逼迫維斯勒告訴公司他們想要的情報。邁克爾被人威脅提前越獄時間，在晚上便進行越獄。麥克格雷迪 (McGrady)參加到了越獄行動中來，T-Bag和勒切洛組成聯盟，而貝利克希望與馬洪組成聯盟。林肯和蘇克雷在外協助。但是，蘇克雷卻因為自己化名的問題遇到了麻煩。只是延遲了三十秒，越獄計劃卻受到嚴重威脅，貝利克、勒切洛和T-Bag威脅邁克爾先讓他們跑，要不然就殺了維斯勒。

勒切洛、貝利克和T-Bag正要逃跑時，電源供應又接上了，他們被逮了個正着，勒切洛被射傷。邁克爾、維斯勒、馬洪和麥克格雷迪卻因此逃了出來。他們在水中躲避公司的追查。正當林肯與格雷琴商量新的交換協議時，維斯勒卻因為害怕而逃跑了。

邁克爾和林肯很快抓到了維斯勒，這樣就可以用他交換LJ和索菲亞的生命。邁克爾計劃在博物館進行交易，希望公司的人能在要離開前被槍擊制服。邁克爾制定了相應的逃跑計劃。但是，當索菲亞中槍後，邁克爾與公司的人陷入了混戰。麥克格雷迪回到了在哥倫比亞的家裏人身邊。索那監獄的警察發現了蘇克雷身份後，把他投入獄中。T-Bag在殺了勒切洛以後，想要獲得監獄的最高領導權。馬洪決定再次加入公司中。索菲亞傷勢開始好轉，邁克爾離開了他的兄弟，想找到格雷琴，為薩拉報仇。