超市特工第三季

　　恰克離開特工生活後，十分頹廢，天天連鬍子都懶得刮。他説自己是失敗男的典型代表：與別人合租房子，吃微波食品。恰克最愛吃的是芝士球，他甚至於窮困到去超市偷吃芝士球的地步。恰克無意中遇到特工卡斯。並且，意外得知夢中情人——女特工莎拉和卡斯共同執行一項任務。莎拉激發了恰克的雄心，恰克颳了鬍子，準備向莎拉示愛。恰克到莎拉執行任務酒會，他的頭腦中靈感突現，發現自己莎拉的接頭人是惡人，很震驚。處處保護莎拉。但是，莎拉根本不知道他的能力，恰克處處被動。

　　米爾、莎拉、恰克和卡斯四人一起執行任務，要追回在軍火商卡爾手裏的一款新型武器。米爾以引美人計引誘了卡爾，兩人的訂婚禮上，恰克和莎拉進入保險庫盜取武器。恰克無意中觸動開關，被關在房間裏。有幽閉恐懼症的恰克擔心自己馬上就會死去，於是隔着門向莎拉大聲説出心底的愛意。無意中也説出米爾是自己的同夥。次是一早，米爾帶着開器打算離開本城，卻發現卡爾帶人追來。米爾只好再度求助於恰克。恰克和卡爾再度過招，戰勝了卡爾。而一系列的糾葛中，莎拉發恰克真愛自己。於是任務結束後，莎拉留在本城，和恰克一起奮鬥。

　　艾莉和德夫是醫學院的高材生，他們上學的第一天就相愛了。而今，兩人已經結婚姻9年。德夫和艾莉有一所大房子，並且都是主治醫生。但是，艾莉覺得生活波瀾不驚，太無聊。某個國家的獨裁者郭亞拜訪美國，美國軍方發現很多人想殺郭亞，於是派恰克和莎拉去保護郭亞。恰克和莎拉正犯愁如何接近郭亞的時候，郭亞突然生病，住進醫院。郭亞的主治醫生是德夫，德夫治好郭亞的病。德夫對小舅子的工作很感興趣，總想看看恰克工作的地方，恰克堅決不准許他去。郭亞為表示感謝，請德夫夫婦參加領士館舉辦的派對。身為小舅子的恰克也順理成章的被邀請出席晚宴。晚宴上，險象環生。德夫竟陰差陽錯的救了郭亞一命，但也因此被恐怖分子盯上。自從，恰克不僅要保護郭亞，還要保護姐夫。

　　摩根被提升為經理助理，萊斯特對他十分不屑，總是向他發起挑釁。在邁克教導下，摩根回擊萊斯特，請他離職。萊斯特害怕失去工作，從此對摩根俯首稱臣。德夫被魔環組織抓走，對方以為他是恰克，對他另眼相看。不久，德夫被放回。艾莉問德夫失蹤這麼長時間，他去哪裏了。恰克幫姐夫編慌，假説卡斯當街耍流氓，德夫陪他去了警局。不明就裏的艾莉對卡斯十分鄙視。魔環組織的辛迪尼給德夫一個耳機。此耳機竟然有炸彈裝織，戴在耳朵上就摘不下去，否則就會爆炸。恰克對自己把姐夫帶入這個行當十分內疚，想辦法救姐夫。辛迪尼讓德夫去某個大廈的12層殺死一個男子，德夫和恰克也因此遇到特工閃恩。閃恩對付魔環組織已經5年，這次他打算和恰克聯手作戰。但是恰克擔心姐夫受到傷害，心裏有所牽絆。而莎拉亦擔心恰克受傷，所以暗中保護恰克，處處與閃恩做對。這次任務執行起來，比任何一次都難。連閃恩都説：“特工不應該有家人和朋友，否則都會讓自己受到影響。”

　　萊斯特對於摩根升任主管，十分生氣，與之冷戰。摩根求助於卡斯，卡斯讓摩根拿出領導威嚴，任何不服從自己的人，都開除。摩根按照卡斯的意見行事，果然鎮住了萊斯特。閃恩為了考驗恰克，讓他獨自去巴黎完成任務。對此，莎拉很擔心，但是鞭長莫及。閃恩的真正任務是在飛往巴黎的航班上。閃恩讓恰克偷取行李艙的一把鑰匙。魔環組織也極為重視這把鑰匙，派出一位武林高手保護這把鑰匙。經過一翻惡戰，恰克終於贏得勝利，順利取回鑰匙。恰克在飛機上巧遇美女漢娜，兩人一見鍾情，並且互生好感。恰克奪取的鑰匙盒裏有一張給閃恩的留言，一向冷麪的閃恩看到流言也不出得動情。原來，為保護這把鑰匙而犧牲的特工是閃恩的女友。

　　軍方交給的新任務是跟蹤一位叫莫什的年輕男子，他在和魔環做生意，幫魔環製造新型武器。莫什是一個天才少年，他做的武器是什麼？軍方很想知道。恰克以朋友身份接近莫什，取得了他的信任。但是，沒有從莫什嘴裏挖出秘密。隨後莎拉使出美人計，依舊沒有成功。卡斯用麻醉槍制服莫什，並從他的公文包裏拿走神秘紅盒。但是，裏面裝的只是刮鬍水。不久，魔環特工找到莫什。莫什戴上一副眼鏡後，變得彪悍無比。迅速打敗了幾個魔環殺手。恰克發現，莫什竟然和自己一樣，是武器聯網中的一人。莫什坐飛去迪拜，參加武器博覽會。卡斯等人隨後而至。魔環的人也趕到。三方人馬交惡，真刀真相的對峙。恰克再次出現閃念戰勝一切。漢娜到買好多超市工作，成為恰克的新工作夥伴。摩根對漢娜一見鍾情，拼命追求。艾莉聽説恰克隻身去了巴黎，怕他出事，問他具體情況。恰克為了安撫姐姐，給艾莉和戴蒙買了去巴黎的機票。但是，戴蒙怕這是一個間諜任務，堅決不去。

　　閃恩去博物館竊取惡歷山大面具，一時失手，啓動警報系統，他被反鎖在展廳裏。展廳的空氣被吸走，閃恩危在旦夕。莎拉到買好多超市找到恰克，希望他出手相救。同時博物館以為電腦系統出現問題，也請恰克出手。恰克和漢娜一起執行此項任務，並且順利完成。面具將會公開展覽，博物館館長請恰克和漢娜在展出當天前來協助維持電腦系統的安全運行。二人同意。為什麼一定要取得此亞歷山大面具？原來，此面具在其他國家展出時，魔環曾將之盜走後，又歸環。閃恩懷疑，魔環把武器放入面具中。因為，藝術品過關時不用安檢。閃恩和莎拉終於盜得面具。但是，他們發現裏面裝的竟然是毒氣，兩人都中毒了。恰克再度出手解救二人。同時，魔環特工瓦斯利以漢娜做人質要挾恰克。在鬥智鬥勇中，恰克再度贏了瓦斯利。但是，閃恩身份曝光。瓦斯利告訴組織，自己知道了閃恩的下落，組織表示會置閃恩於死地。

　　姐姐艾莉撞見恰克和漢娜巫山雲雨，覺得弟弟長大了，十分開心。恰克亦決定一家共進燭光晚餐，正式把漢娜介紹給家人。薩拉透過監視器看到此情此景，又羨慕又傷心，她發現自己好久沒有享受家庭生活了。魔環組織請來殺手拉夫，拉夫十分彪悍，他擁有“百步穿楊”功夫，是全世界排名前五的神槍手。不過，拉夫一到達目的地就被薩拉和閃恩麻醉，隨後囚禁於地堡。閃恩派恰克扮成刺客拉夫，找出刺殺目標。因為，此人既是魔環的敵人，那一定可以為我所用。卡斯輔助恰克，助他一臂之力。執行任務時，魔環高層竟然認出卡斯。原來卡斯是一個隱姓埋名的神槍手，他曾經叱吒風雲。恰克在和魔環鬥智鬥勇的過程中，發現魔環要抓的不是別人，正是閃恩。於是，恰克再一次保護了閃恩。

　　和恰克分手後，漢娜離開了買好多超市。為此，暗戀漢娜的同事們對恰克心生不滿，恰克頓時感到被冷落。恰克突然失去了閃念。失去了閃念的恰克不適合當特工，閃恩和薩拉讓他休息，不同意他繼續做特工，因為特工是一個技術活。事業、感情備受打擊的恰克，找好友摩根傾訴。卻聽到了買好多超市要被財團收購的消息。打算收購買好多的財閥竟然是魔環的人。原來，他們以收購為幌子，尋找特工地堡，並且真的找到了地堡。擔心自己失業的摩根，跟蹤他們進入地堡。隨後把發現告訴給恰克。恰克發覺情況危急，一面通知閃恩和薩拉，一面帶着摩根和超市眾兄弟打敗了魔環的人。恰克的閃念又回來。同時，恰克發現自己真愛的是薩拉。

　　時光閃回1983年洪都拉斯，當時的卡斯是一位年輕的士兵，長官詹姆斯要求他加入特別行動小組，如果不加入的話，他的家人生命堪危。卡斯被迫做了自己不願做的事情。而今，昔日長官詹姆斯叛變進入thering，再度找到卡斯，又一次要求他加入特別行動小組，偷出新研製的藥丸，卡斯同意長官的要求。所有這一切都秘密進行，但是摩根無意中發現此事，並且錄了下來。不久，恰克與卡斯一起執行任務時，恰克發現卡斯行為不軌。在恰克無意的告密下，卡斯被關起來。恰克發現了詹姆斯的真實身份，想和薩拉一起救出他，詹姆斯卻帶人救走了卡斯。恰克和薩拉想辦法找到卡斯，卡斯説自己知道詹姆斯是魔環的人，之所以還與他合作，詹姆斯再度以家人生命安全脅迫卡斯做事。於是，薩拉和拯救卡斯前往赴約，恰克則去救出卡斯的未婚妻，可是敵不寡眾。恰克因為太緊張而沒有閃回，無奈之下只能吃下卡斯被迫偷出的藥丸，結果一向心軟的他竟想要置敵人於死地，幸得薩拉阻止，他們都驚訝的發現恰克變了。而這一集也發現了卡斯有個女兒。卡斯被將軍解僱，恰克鼓勵他去找回未婚妻，卡斯讓恰克想清楚他所選的是不是就是他想要的，這讓他終於明白自己放不下薩拉，薩拉卻因為恰克的改變十分失望而跟隨將軍回到D.C。

　　恰克的工作成績備受肯定，組織決定考核他是否能當特工。給恰克的考核是讓他找出和魔環組織接頭的叛徒。恰克跟蹤安那提並且順利找出叛徒，此人是一名叫帕瑞的特工。接下來的任務是讓恰克殺了帕瑞。對於這個任務，莎拉百味雜陳，她不希望恰克殺了對方。恰克對帕瑞下不了死手。老奸巨猾的帕瑞屢次從恰克處逃走。卡斯為了讓恰克順利通過考核，於是開冷槍，打死了帕瑞。莎拉誤以為恰克殺了帕瑞，心生遺憾，不肯接恰克的電話。恰克被委任為特工，並且要去華盛頓報到。

　　恰克將被派往羅馬執行任務，組織特別准許他自己挑選人員，組成團隊。恰克聽後十分高興，他想帶着卡斯、薩拉、閃恩等好友一起去羅馬。薩拉不能釋懷恰克打死人一事，恰克想把事實真相告訴薩拉，但是一直説不出口。卡斯不願因為此事，影響恰克和薩拉感情。主動告訴莎拉，是自己開槍打死的間諜。莎拉聽後，發現自己錯怪了恰克。決定和他一起奔赴羅馬。魔環的高層找到閃恩，想要見他。閃恩為了一舉奸滅魔環的人，決定隻身赴虎穴。臨行前，閃恩吞下監視器，並請組織追蹤自己的監視器。然後，用導彈滅掉魔環基地。在魔環基地，閃恩驚訝地發現，自己的妻子艾娃竟然是被莎拉打死。恰克聽説閃恩隻身赴險地，於是不顧個人安危，救回閃恩。但是閃恩怒火攻心，劫持了莎拉。莎拉是否會有生命危險？

　　莎拉被閃恩帶到了所謂的魔環指揮部，於此同時，恰克以為閃恩劫持了莎拉，向卡斯求助。已經是平民的卡斯為了幫助恰克，提供了作戰支援的電話。在指揮部，莎拉知道了自己是殺害閃恩妻子的兇手的這個事實，但閃恩卻認為這不是她的錯。及時趕到的恰克看到了這一幕，救援計劃隨即取消。回到基地，閃恩認為他們可以作為小隊繼續執行打倒魔環的任務。於此同時，摩根辭去了買又多的工作，準備加入恰克的特工小隊。將軍派遣閃恩和莎拉到華盛頓繼續執行任務，以為莎拉會離開的恰克傷心不已，獨自買醉。就在這時，莎拉來到恰克家中承認她愛他。莎拉和尚恩一起準備前往巴黎準備執行最後一個任務，可是真的像尚恩所説，他可以釋懷莎拉開槍打死艾娃的這個事實嗎？

　　恰克和莎拉終於在一起了。處於熱戀中的兩人臨時起意，決定告別間諜生涯，在列車上兩人更是恩愛有加，直到發現有恐怖分子的存在。面對這一情況，恰克和莎拉準備在收手之前最後做一次間諜。於此同時，由於沒有及時回總部報到，將軍命令卡斯和摩根找到他們並將他們帶回總部。可是真的如恰克和莎拉所説，他們不想再做間諜嗎？

　　正式交往的Chuck和Sarah在Beckman的命令下向中情局的傳奇夫婦學習，但兩夫妻的關係看上去卻非常差，而且受不了沒完沒了的任務的兩夫妻出賣了中情局奪取了目標芯片，Chuck和Sarah卻要面對憤怒的軍火商。老特工夫婦最後在Chuck和Sarah的幫助下重拾年輕時的熱情，將任務交付的特工夫婦辭去了工作並向Beckman推薦了Chuck和Sarah。另一方面無事可做的Casey則忙着訓練一無是處的Morgan，訓練結果連Morgan自己都絕望了，但Casey卻説在自己最無助的時候是Morgan幫助了他，他不會放棄Morgan。訓練結果是Morgan以滿分過關，雖然他的訓練成績完全不及格，但是在任務中的表現卻非常可靠。以無國界醫生身份前往非洲的Ellie無所適從，魔環特工Justin為了接近Ellie讓Devon染上瘧疾，Ellie和Devon回到了伯班克。

　　Chuck的閃現開始出現問題令他不斷看見幻象，根據自己看到的結果Chuck向Beckman預告Zamibia總統會遭到襲擊，但Beckman認為Chuck精神出現了問題並安排他去看心理醫生。希望證明自己的Chuck和Morgan潛入了音樂會並攻擊了Kowambe博士，這個舉動令Chuck被關進了精神病院。事實證明Chuck並沒有錯，但是心理醫生告訴Chuck因為Intersect的影響他的腦子確實發生了某種變化，而且沒有辦法醫治。回到伯班克的Anna連續被Morgan忽視讓她再次對Morgan燃起了熱情，但是面對這個失去自己才意識到重要的女孩，Morgan大氣地甩了她。Justin成功接近了Ellie並讓她懷疑Casey要謀害他們，變得神經兮兮的Ellie不得不向Justin求助。

　　Chuck夢見Shaw還活着讓Morgan非常緊張。Ellie使用報紙密碼讓父親回到伯班克，Stephen J回到伯班克的第一件事就是去見Chuck，發現Chuck還在當特工的Stephen J非常生氣。尾隨保護Ellie的Casey反倒讓她變得更加惶恐，監聽錄音讓Casey以為她出軌而引起了騷動。得知Chuck安裝了Intersect 2.0的Stephen J馬上離開家，但Ellie給父親安裝的跟蹤器卻讓他受到了襲擊，千鈞一髮趕到的Chuck救下了父親並告訴他自己的夢想，而為了幫助兒子Stephen J決定幫他製作能夠消除副作用的控制器。Big Mike打算成為Lester和Jeffrey的經紀人捧紅他們，Leste雖然一直在鬧彆扭最後還是被Big Mike説服了。

　　Chuck在逛街的時候遇到了Shaw，展開追蹤的Chuck小隊最終來到了中情局的總部，而Justin竟然真的是中情局的特工。突然闖進會場的Chuck給中情局上層極其惡劣的印象，在加上Shaw的詭辯上層決定終止Intersect的開發計劃，並監禁了Chuck；Casey為了保護家人逃走了。因為“Ellie出軌事件”Devon無意中説出了Chuck的真正身份，無奈之下Morgan説出了一切，在尋找Chuck時Morgan和Devon收到Beckman的委託，已經逃跑的Chuck在姐姐的幫助下找到魔環的基地，Shaw為了動搖Chuck的感情在他面前殺死了Stephen J搶走了控制器。失去父親又即將失去弟弟的Ellie決定孤注一擲，她要拯救自己的弟弟。

　　在Morgan和Devon的幫助下大家得救了，Chuck向姐姐坦白了一切，Ellie要求弟弟解決一切後立刻辭職。Chuck等人潛入峯會試圖扳倒Shaw，Chuck忍着Intersect帶來的痛苦完成了任務但還是讓Shaw逃走了。Big Mike收到買又多創始人的最後通牒，Lester和Jeffrey給他出了大甩賣的餿點子，逃走的Shaw來到買又多打算炸燬這裏，Lester和Jeffrey的餿點子最終引起買又多主人的憤怒，搗蛋二人組按下火警疏散了民眾。Chuck在與Shaw的對決中失敗了，但他根據小時候的記憶重啓了系統打敗了Shaw。Morgan失手啓動了炸彈，試圖報復買又多的Lester和Jeffrey提議燒燬超市成為替罪羊。一切都結束了Chuck退出了中情局過上普通人的日子，但他卻收到了父親的信息，來到房子地下的Chuck看到了父親留下的一切——他所做的一切都是為了尋找身為特工而失蹤的妻子。